单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
7021	2024-10-21	Application progress of single-cell sequencing technology in mesenchymal stem cells research 2023, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2023.1336482 PMID:38264356	综述	本文综述了单细胞测序技术在间充质干细胞研究中的应用进展	单细胞测序技术揭示了间充质干细胞在基因表达异质性、分化过程中的动态转录变化以及调控因子在关键过程中的作用	NA	探讨单细胞测序技术在间充质干细胞研究中的应用	间充质干细胞	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
7022	2024-10-21	Single-cell RNA sequencing reveals characteristics of myeloid cells in post-acute sequelae of SARS-CoV-2 patients with persistent respiratory symptoms 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1268510 PMID:38259488	研究论文	研究了COVID-19后遗症患者中持续呼吸症状的髓系细胞特征	首次使用单细胞RNA测序技术分析了COVID-19后遗症患者中髓系细胞的转录组特征	样本量较小，仅包括3名患者和1名对照组	探讨COVID-19后遗症患者中持续呼吸症状的免疫反应和细胞特征	COVID-19后遗症患者的外周血单核细胞	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	3名COVID-19后遗症患者和1名对照组
7023	2024-10-21	nPCA: a linear dimensionality reduction method using a multilayer perceptron 2023, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2023.1290447 PMID:38259616	研究论文	提出了一种使用多层感知器的线性降维方法nPCA，旨在保留原始数据的线性投影并生成更好的降维结果	nPCA方法结合了深度学习和线性投影，能够在降维过程中保留更多原始数据的信息，是对传统PCA方法的改进	文章未详细讨论nPCA方法在处理大规模数据时的性能和计算效率	开发一种新的线性降维方法，能够在保留线性投影的同时生成更好的降维结果	nPCA算法在10个公共数据集和6个单细胞RNA测序数据集上的性能	机器学习	NA	多层感知器	多层感知器	数据集	10个公共数据集和6个单细胞RNA测序数据集
7024	2024-10-21	Revelations in Thymic Epithelial Cell Biology and Heterogeneity from Single-Cell RNA Sequencing and Lineage Tracing Methodologies 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2740-2_2 PMID:36374449	研究论文	本文总结了通过单细胞RNA测序和谱系追踪技术在胸腺上皮细胞生物学和异质性方面的发现	揭示了胸腺上皮细胞的异质性，包括新发现的mTEC亚群、mTEC基因表达的多样性以及从胚胎到成年阶段的TEC变化	需要实验方法如谱系追踪和重聚胸腺器官培养来验证scRNA-Seq数据的假说	探讨胸腺上皮细胞的生物学特性和异质性	胸腺上皮细胞（TECs）及其亚群	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA	多个胸腺上皮细胞样本
7025	2024-10-21	Developmental dynamics of two bipotent thymic epithelial progenitor types 2022-06, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-04752-8 PMID:35614226	研究论文	研究了胸腺上皮祖细胞的发育动态，识别出两种主要的祖细胞群体	结合单细胞RNA测序和CRISPR-Cas9细胞条形码系统，首次揭示了胸腺上皮祖细胞的发育动态和身份	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨胸腺上皮祖细胞的发育动态及其在胸腺微环境中的作用	胸腺上皮祖细胞及其在胸腺微环境中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), CRISPR-Cas9	NA	RNA	年轻和老年成年小鼠
7026	2024-10-21	Single-Cell Analyses Identify Brain Mural Cells Expressing CD19 as Potential Off-Tumor Targets for CAR-T Immunotherapies 2020-10-01, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.08.022 PMID:32961131	研究论文	研究报告了脑壁细胞表达CD19，可能成为CAR-T免疫疗法的非肿瘤靶点	首次发现脑壁细胞表达CD19，为CD19导向疗法的神经毒性提供了靶向机制解释	小鼠模型中脑壁细胞的CD19表达水平较低，限制了神经毒性的临床前动物模型	探讨CD19导向免疫疗法的神经毒性机制及潜在靶点	脑壁细胞及其CD19表达	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	人类和鼠类脑组织样本
7027	2024-10-20	Schisandrin C inhibits AKT1-regulated cell proliferation in A549 cells 2024-Dec-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113110 PMID:39260306	研究论文	研究了五味子素C对A549细胞增殖的影响及其机制	首次探讨了五味子素C通过抑制AKT1信号通路来抑制A549细胞增殖的机制	仅在体外细胞实验和部分临床样本中验证了效果，缺乏大规模临床试验数据	探讨五味子素C对肺癌的影响及其作用机制	A549细胞和肺癌患者组织	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	A549细胞和肺癌患者组织样本
7028	2024-10-20	Potential crosstalk between Naïve CD4+ T cells and SPP1+ Macrophages is associated with clinical outcome and therapeutic response in hepatocellular carcinoma 2024-Dec-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113231 PMID:39332093	研究论文	研究探讨了肝细胞癌中幼稚CD4+ T细胞与SPP1+巨噬细胞之间的潜在交叉对话及其对临床结果和治疗反应的影响	建立了基于幼稚CD4+ T细胞和SPP1+巨噬细胞交叉对话的机器学习模型TMPS，用于预测预后和治疗反应	NA	研究肝细胞癌中肿瘤微环境内细胞间交叉对话及其对临床结果和治疗反应的影响	幼稚CD4+ T细胞和SPP1+巨噬细胞的交叉对话	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）和批量RNA测序（RNA-seq）	机器学习模型	RNA测序数据	4个独立队列
7029	2024-10-20	Decoding the mosaic of inflammatory bowel disease: Illuminating insights with single-cell RNA technology 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.07.011 PMID:39421242	综述	本文综述了单细胞RNA技术在炎症性肠病（IBD）研究中的应用，涵盖了发病机制、诊断、治疗和预后	单细胞RNA测序（scRNA-seq）作为一种强大的工具，能够克服传统批量RNA测序的局限，提供IBD患者中各种细胞类型的全面转录组谱	需要纵向研究、整合多种单细胞和空间转录组技术，以及探索肠道微生物在IBD中的作用	增强对炎症性肠病（IBD）的理解，包括发病机制、诊断、治疗和预后	炎症性肠病（IBD），包括溃疡性结肠炎（UC）和克罗恩病（CD）	数字病理学	炎症性肠病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
7030	2024-10-20	Multi-omic analysis revealed the immunological patterns and diagnostic value of exhausted T cell-derived PTTG1 in patients with psoriasis 2024-Nov-19, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.150740 PMID:39342798	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了银屑病患者中耗竭T细胞来源的PTTG1的免疫学模式及其诊断价值	本研究首次揭示了耗竭T细胞来源的PTTG1在银屑病中的诊断价值，并验证了leptomycin B作为靶向PTTG1治疗银屑病的潜在药物	本研究主要基于单细胞RNA测序和机器学习方法，未涉及临床试验验证PTTG1作为诊断标志物的实际应用效果	探索银屑病的发病机制及其诊断标志物	银屑病患者的临床样本和耗竭T细胞来源的PTTG1	数字病理学	银屑病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、机器学习、分子对接	机器学习	基因数据	银屑病患者的临床样本
7031	2024-10-20	Characterization of mitochondrial metabolism related molecular subtypes and immune infiltration in colorectal adenocarcinoma 2024-10-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-75482-2 PMID:39414905	研究论文	研究了结直肠腺癌中与线粒体代谢相关的分子亚型及其免疫浸润特征	通过无监督共识聚类分析筛选出与结直肠腺癌预后相关的线粒体代谢相关基因，并构建了预测模型，同时发现了新的潜在治疗靶点SEC11A	NA	探索结直肠腺癌的预后因素及其可能的机制	结直肠腺癌中的线粒体代谢相关基因及其分子亚型	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序分析	LASSO-单变量Cox分析	基因表达数据	NA
7032	2024-10-20	Key genes and immune pathways in T-cell mediated rejection post-liver transplantation identified via integrated RNA-seq and machine learning 2024-10-16, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-74874-8 PMID:39414868	研究论文	本研究通过整合RNA测序和机器学习方法，识别了肝移植后T细胞介导的排斥反应中的关键基因及其潜在的生物学过程和机制	本研究首次通过综合分析RNA测序数据和机器学习算法，识别了与T细胞介导的排斥反应相关的关键基因，并揭示了其生物学意义和潜在的治疗靶点	本研究主要基于GSE145780数据集和单细胞RNA测序数据，样本量有限，可能影响结果的普适性	识别肝移植后T细胞介导的排斥反应中的关键基因及其生物学过程和机制	肝移植后T细胞介导的排斥反应中的关键基因及其生物学过程和机制	机器学习	NA	RNA测序	机器学习算法	RNA测序数据	GSE145780数据集和来自患者的单细胞RNA测序数据及肝活检组织
7033	2024-10-20	Network dynamics-based subtyping of Alzheimer's disease with microglial genetic risk factors 2024-Oct-16, Alzheimer's research & therapy DOI:10.1186/s13195-024-01583-9 PMID:39415193	研究论文	本文利用系统生物学方法，通过构建患者特异性的小胶质细胞分子调控网络模型，对阿尔茨海默病进行亚型分类，并识别潜在的治疗靶点	本文创新性地结合大规模计算机模拟和动态网络分析，对阿尔茨海默病进行亚型分类，并识别出多个亚型共有的治疗靶点	本文的局限性在于依赖于现有的文献和单细胞RNA测序数据，可能存在数据偏差	本文旨在通过系统生物学方法对阿尔茨海默病进行亚型分类，并识别潜在的治疗靶点	本文的研究对象是阿尔茨海默病患者的小胶质细胞及其分子调控网络	系统生物学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	分子调控网络模型	基因组数据	NA
7034	2024-10-20	The molecular anatomy of cashmere goat hair follicle during cytodifferentiation stage 2024-Oct-15, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10820-2 PMID:39407092	研究论文	研究了绒山羊毛囊在细胞分化阶段的分子结构及其对纤维质量的影响	揭示了绒山羊毛囊内层细胞分化过程中的复杂过程和转录动态，识别了九种细胞群体和关键结构，并发现了三种主要内层谱系及其在特化和信号传导中的作用	NA	深入理解绒山羊次级毛囊发育及其对纤维质量的影响，为育种策略提供信息	绒山羊的次级毛囊及其在细胞分化阶段的分子结构	NA	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
7035	2024-10-17	Multimodal Identification of Molecular Factors Linked to Severe Diabetic Foot Ulcers Using Artificial Intelligence 2024-Oct-04, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms251910686 PMID:39409014	研究论文	利用多模态方法和人工智能技术识别与严重糖尿病足溃疡相关的分子因素	本研究通过整合电子健康记录和单细胞转录组学数据，识别出与糖尿病足溃疡严重程度相关的细胞类型特异性和分子因素，并考虑了关键的人口统计学差异	NA	识别与严重糖尿病足溃疡相关的分子因素	糖尿病足溃疡的分子因素	机器学习	糖尿病	RNA测序	NA	文本	数千名患者
7036	2024-10-20	FICTURE: scalable segmentation-free analysis of submicron-resolution spatial transcriptomics 2024-Oct, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02415-2 PMID:39266749	研究论文	本文介绍了一种名为FICTURE的可扩展的无分割空间转录组分析方法	FICTURE是一种无分割的空间因子分解方法，能够处理带有数十亿亚微米分辨率空间坐标的转录组数据，并且比现有方法效率高几个数量级	NA	开发一种能够处理高分辨率空间转录组数据的可扩展分析方法	亚微米分辨率的空间转录组数据	空间转录组学	NA	空间因子分解	多层Dirichlet模型	空间转录组数据	数十亿亚微米分辨率空间坐标的数据
7037	2024-09-15	Analyzing submicron spatial transcriptomics data at their original resolution 2024-Oct, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02416-1 PMID:39271936	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
7038	2024-10-20	Gene signatures for cancer research: A 25-year retrospective and future avenues 2024-Oct, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012512 PMID:39413055	评论	本文回顾了过去25年基因签名在癌症研究中的应用，并探讨了未来的发展方向	提出了多组学数据整合、机器学习技术、开放科学实践和协作努力等未来发展方向	基因签名在不同队列中的重叠和一致性有限，且由于每个患者的转录组独特性，存在可重复性问题	探讨基因签名在疾病转录组研究中的可靠性，并提出标准化实践和先进方法	基因签名在癌症研究中的应用及其未来发展	NA	癌症	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
7039	2024-10-20	Unveiling the Enigmatic Role of SLC35F3 in Lung Adenocarcinoma 2024-Oct, The clinical respiratory journal DOI:10.1111/crj.70023 PMID:39414367	研究论文	研究探讨了SLC35F3在肺腺癌中的作用及其临床相关性	首次系统分析了SLC35F3在肺腺癌中的表达模式及其与免疫浸润、肿瘤突变负荷和药物敏感性的关系	研究主要基于TCGA数据库和细胞系实验，缺乏临床样本的直接验证	揭示SLC35F3在肺腺癌中的作用及其潜在的临床应用	SLC35F3在不同癌症类型中的表达及其在肺腺癌中的临床相关性	数字病理学	肺癌	qRT-PCR	NA	基因表达数据	包括来自TCGA数据库的肺腺癌患者数据和细胞系样本
7040	2024-10-20	Single-cell transcriptome analysis reveals evolving tumour microenvironment induced by immunochemotherapy in nasopharyngeal carcinoma 2024-Oct, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70061 PMID:39415331	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了免疫化疗诱导的鼻咽癌肿瘤微环境的变化	首次在单细胞水平上探讨了免疫化疗对鼻咽癌肿瘤微环境的影响，揭示了不同治疗反应的分子机制	样本量较小，仅包括18个bulk和11个单细胞RNA测序样本	探讨免疫化疗对鼻咽癌肿瘤微环境的影响及其机制	高风险转移性局部晚期鼻咽癌患者治疗前后的肿瘤微环境	数字病理学	鼻咽癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	18个bulk样本和11个单细胞RNA测序样本