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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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7021 | 2025-10-06 |
Combined single-cell and spatial transcriptomics reveal the molecular, cellular and spatial bone marrow niche organization
2020-01, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-019-0439-6
PMID:31871321
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研究论文 | 结合单细胞和空间转录组学系统绘制骨髓微环境的分子、细胞和空间组成图谱 | 首次结合单细胞和空间转录组技术揭示骨髓微环境的三维空间组织,开发了可从单细胞转录组数据推断空间定位的RNA-Magnet算法 | NA | 解析骨髓微环境的细胞和空间组织结构 | 骨髓驻留细胞类型,特别是Cxcl12富集网状细胞亚群 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | RNA-Magnet算法 | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
7022 | 2025-10-06 |
The Application of Single-Cell RNA Sequencing in Vaccinology
2020, Journal of immunology research
IF:3.5Q2
DOI:10.1155/2020/8624963
PMID:32802896
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综述 | 本文探讨单细胞RNA测序技术在疫苗学中的应用潜力 | 系统阐述单细胞RNA测序在传染病疫苗开发中的创新应用价值 | 未涉及具体实验数据验证,主要基于文献综述 | 探索单细胞RNA测序技术在疫苗研发领域的应用前景 | 疫苗免疫反应和传染病(包括COVID-19) | 系统免疫学 | 传染病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7023 | 2025-10-06 |
Patterns, Profiles, and Parsimony: Dissecting Transcriptional Signatures From Minimal Single-Cell RNA-Seq Output With SALSA
2020, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2020.511286
PMID:33193599
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研究论文 | 介绍SALSA工作流程,可从超稀疏单细胞RNA测序数据中推断稳健表达谱 | 结合测量可靠性指标与潜在变量提取,使用矩阵聚焦方法识别必需基因,基于最小特征基因集进行细胞聚类 | 未明确说明算法在更复杂组织或疾病模型中的适用性 | 开发能够从稀疏单细胞RNA测序数据中提取稳健转录特征的计算方法 | 人类外周血单核细胞和小鼠视网膜细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 潜在语义分析 | 单细胞基因表达数据 | 2,700个人类外周血单细胞和64,000个小鼠视网膜细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10X Genomics PBMC 3K, DropSeq | 10X Genomics PBMC 3K数据集和DropSeq平台 |
7024 | 2025-10-06 |
Nuclear MYH9-induced CTNNB1 transcription, targeted by staurosporin, promotes gastric cancer cell anoikis resistance and metastasis
2020, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.46001
PMID:32685004
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研究论文 | 本研究揭示核MYH9通过促进CTNNB1转录增强胃癌细胞失巢凋亡抵抗和转移能力 | 首次发现MYH9在胃癌细胞核内定位并通过四个核定位信号调控CTNNB1转录的机制 | 动物模型主要使用裸鼠和转基因小鼠,临床转化需进一步验证 | 探究胃癌腹膜转移的分子机制及潜在治疗策略 | 胃癌细胞系、裸鼠模型、转基因小鼠模型、人类胃癌组织样本 | 癌症生物学 | 胃癌 | 2-DIGE, MALDI-TOF/TOF MS, 单细胞转录组测序, 免疫荧光, 免疫透射电镜, 染色质免疫沉淀, 双荧光素酶报告基因检测 | NA | 蛋白质组数据, 转录组数据, 影像数据 | 未明确样本数量,包含正常胃黏膜、原发胃癌和腹膜转移组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7025 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA-Sequencing From Mouse Incisor Reveals Dental Epithelial Cell-Type Specific Genes
2020, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2020.00841
PMID:32984333
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研究论文 | 通过小鼠切牙单细胞RNA测序揭示牙釉质上皮细胞类型特异性基因 | 首次通过单细胞RNA测鉴定了牙釉质上皮细胞的新型标记基因,揭示了分泌期成釉细胞亚型分化轨迹 | 仅使用出生后7天小鼠切牙样本,未验证其他发育阶段或牙齿类型 | 阐明牙釉质上皮细胞类型的异质性 | 小鼠切牙牙釉质上皮细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类,伪时间分析 | 单细胞转录组数据 | 6,260个单细胞(出生后7天小鼠切牙) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7026 | 2025-10-06 |
Characterizing Adult Cochlear Supporting Cell Transcriptional Diversity Using Single-Cell RNA-Seq: Validation in the Adult Mouse and Translational Implications for the Adult Human Cochlea
2020, Frontiers in molecular neuroscience
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fnmol.2020.00013
PMID:32116546
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序首次表征了成年小鼠耳蜗支持细胞的转录组多样性,并验证其在成年人类耳蜗中的相关性 | 首次对成年耳蜗支持细胞进行单细胞转录组表征,揭示了其与围产期支持细胞的转录差异 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限 | 为听力恢复治疗提供成年耳蜗支持细胞的转录组基准 | 成年小鼠耳蜗支持细胞和成年人类耳蜗组织 | 单细胞转录组学 | 听力损失 | 单细胞RNA测序,荧光免疫组化,原位杂交,qPCR | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | FACS纯化的成年小鼠耳蜗支持细胞(GFP表达) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7027 | 2025-10-06 |
Single-cell analysis of human adipose tissue identifies depot and disease specific cell types
2020-01, Nature metabolism
IF:18.9Q1
DOI:10.1038/s42255-019-0152-6
PMID:32066997
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人类不同脂肪库的基质血管组分,识别与代谢疾病相关的特异性细胞类型 | 首次在人类肥胖个体中系统比较内脏和皮下脂肪组织的单细胞转录组差异,发现与2型糖尿病相关的脂肪祖细胞亚型和表达金属硫蛋白的功能失调CD8+ T细胞 | 研究样本仅来自肥胖个体,未包含正常体重对照群体 | 解析人类脂肪组织分布与代谢疾病风险的细胞学基础 | 肥胖个体的内脏和皮下脂肪组织样本 | 单细胞组学 | 代谢疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 肥胖个体的脂肪组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7028 | 2025-10-06 |
New Developments in Transcriptomic Analysis of Synovial Tissue
2020, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2020.00021
PMID:32083090
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综述 | 本文综述了滑膜组织转录组学分析技术的最新进展及其在类风湿关节炎研究中的应用 | 系统总结了从微阵列到单细胞测序再到空间转录组学的技术演进,特别强调了单细胞测序在揭示滑膜成纤维细胞亚群多样性方面的突破性贡献 | 未涉及具体实验数据验证,主要基于文献综述和技术展望 | 探讨转录组学技术在滑膜组织研究中的发展历程和应用前景 | 滑膜组织,特别是类风湿关节炎患者的关节组织 | 转录组学 | 类风湿关节炎 | 微阵列,bulk RNA测序,单细胞测序,空间转录组学 | NA | 基因表达数据,空间位置数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,bulk RNA测序 | NA | NA |
7029 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics from human pancreatic islets: sample preparation matters
2020, Biology methods & protocols
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/biomethods/bpz019
PMID:31984226
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研究论文 | 比较不同样本制备方案对人类胰岛单细胞转录组测序结果的影响 | 首次系统评估不同样本处理策略(包括固定和冷冻保存)对新鲜人类胰岛单细胞RNA测序数据的影响 | 研究仅基于两名供体的胰岛样本,样本量较小 | 评估样本制备方案对单细胞转录组测序结果的影响 | 人类胰岛组织 | 单细胞组学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 2名人类供体的胰岛样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7030 | 2025-10-06 |
scRNA-seq assessment of the human lung, spleen, and esophagus tissue stability after cold preservation
2019-12-31, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1906-x
PMID:31892341
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研究论文 | 评估冷保存对人体肺、脾和食管组织稳定性的单细胞RNA测序研究 | 首次系统评估多种人体器官在冷保存条件下单细胞RNA测序数据的稳定性,为样本收集提供时间窗口指导 | 仅评估了三种器官组织,样本量相对有限(≥5名供体),未涵盖所有人体组织类型 | 研究冷保存时间对单细胞RNA测序数据质量的影响,优化样本处理流程 | 健康人体肺组织、脾组织和食管组织 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序,全基因组测序 | NA | 单细胞转录组数据,基因组序列数据 | ≥5名供体的肺、脾和食管组织,共240,000个高质量单细胞转录组 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7031 | 2025-10-06 |
Discrimination of Dormant and Active Hematopoietic Stem Cells by G0 Marker Reveals Dormancy Regulation by Cytoplasmic Calcium
2019-12-17, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2019.11.061
PMID:31851939
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研究论文 | 本研究通过建立G0标记小鼠系区分休眠和活跃的造血干细胞,并揭示细胞质钙浓度对干细胞休眠的调控机制 | 开发了能够可视化静息细胞的G0标记小鼠系,首次在传统静息造血干细胞群中识别出活跃与休眠亚群,发现细胞质钙浓度调控干细胞休眠的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,在人类造血干细胞中的适用性需要进一步验证 | 探究休眠与活跃造血干细胞的区分标志及其调控机制 | 小鼠造血干细胞 | 干细胞生物学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序,高通量小分子筛选 | NA | 基因表达数据,细胞成像数据 | 小鼠造血干细胞群体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7032 | 2025-10-06 |
IL-33 Signaling Alters Regulatory T Cell Diversity in Support of Tumor Development
2019-12-03, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2019.10.120
PMID:31801068
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示IL-33信号通过调控调节性T细胞多样性促进肿瘤发展的机制 | 首次纵向追踪肺腺癌模型中调节性T细胞的动态变化,发现ST2受体在晚期疾病中主导效应表型形成 | 研究基于基因工程小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 探究调节性T细胞在肿瘤发展过程中的动态变化及其免疫抑制机制 | 肺腺癌基因工程小鼠模型中的调节性T细胞 | 免疫学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 基因工程小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7033 | 2025-10-06 |
Characterizing smoking-induced transcriptional heterogeneity in the human bronchial epithelium at single-cell resolution
2019-12, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aaw3413
PMID:31844660
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析吸烟对人类支气管上皮细胞转录异质性的影响 | 首次在单细胞分辨率下识别出吸烟者支气管上皮中表达支气管癌前病变标志物的新型杯状细胞周围亚群 | 样本量较小(仅12名参与者),未包含戒烟者群体 | 表征吸烟诱导的人类支气管上皮转录异质性 | 人类支气管上皮细胞 | 单细胞生物学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序 | 无监督分析 | 单细胞转录组数据 | 12名参与者(6名从不吸烟者,6名当前吸烟者) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7034 | 2025-10-06 |
Data generation and network reconstruction strategies for single cell transcriptomic profiles of CRISPR-mediated gene perturbations
2020-06, Biochimica et biophysica acta. Gene regulatory mechanisms
DOI:10.1016/j.bbagrm.2019.194441
PMID:31756390
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综述 | 讨论单细胞RNA测序与CRISPR/Cas9技术结合进行大规模基因扰动研究的数据生成和网络重建策略 | 系统分析单细胞CRISPR扰动数据特有的技术挑战,并介绍网络重建新方法如嵌套效应模型 | 主要关注方法学讨论,缺乏实际数据验证 | 开发单细胞转录组基因扰动数据的生成和分析方法,以重建细胞网络模型 | 单细胞转录组CRISPR扰动数据 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序, CRISPR/Cas9 | 共表达网络, 贝叶斯网络, 嵌套效应模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7035 | 2025-10-06 |
Expression profiling of single cells and patient cohorts identifies multiple immunosuppressive pathways and an altered NK cell phenotype in glioblastoma
2020-04, Clinical and experimental immunology
IF:3.4Q3
DOI:10.1111/cei.13403
PMID:31784984
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研究论文 | 本研究通过单细胞和患者队列分析揭示了胶质母细胞瘤中多种免疫抑制途径及NK细胞表型改变 | 首次结合单细胞转录组和患者队列数据系统揭示胶质母细胞瘤中NK细胞功能抑制机制及多种免疫逃避途径 | 研究主要基于体外实验和转录组数据分析,需要进一步体内功能验证 | 阐明胶质母细胞瘤免疫抑制机制及NK细胞在肿瘤微环境中的功能状态 | 胶质母细胞瘤患者样本、神经胶质瘤干细胞、正常神经前体细胞、NK细胞 | 单细胞测序 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞转录组测序, 基因表达谱分析, 蛋白质表达分析, NK细胞功能检测 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据, 患者队列数据 | 患者队列样本 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组分析 | NA | NA |
7036 | 2025-10-06 |
Commensal microbiota drive the functional diversification of colon macrophages
2020-03, Mucosal immunology
IF:7.9Q1
DOI:10.1038/s41385-019-0228-3
PMID:31772323
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示肠道菌群对结肠巨噬细胞功能多样化的驱动作用 | 首次在分子水平揭示肠道菌群通过调控转录程序驱动结肠巨噬细胞发育轨迹和功能分化 | 研究仅使用C57BL/6小鼠模型,未验证其他物种或人类样本 | 探究肠道菌群对结肠髓系细胞发育和功能分化的影响 | 无特定病原体(SPF)和无菌(GF) C57BL/6小鼠的结肠髓系细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 基因调控网络推断 | 单细胞转录组数据 | SPF和GF C57BL/6小鼠结肠髓系细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7037 | 2025-10-06 |
Transcriptional dynamics of pluripotent stem cell-derived endothelial cell differentiation revealed by single-cell RNA sequencing
2020-03-01, European heart journal
IF:37.6Q1
DOI:10.1093/eurheartj/ehz351
PMID:31242503
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示多能干细胞分化为内皮细胞的转录动态过程 | 首次使用单细胞RNA测序技术绘制人多能干细胞向内皮细胞定向分化的转录景观和细胞动态过程,发现了新的转录特征 | 研究仅使用人类胚胎干细胞系,未涵盖其他类型的多能干细胞 | 解析多能干细胞向内皮细胞分化的分子机制和转录动态 | 人类胚胎干细胞及其分化的内皮细胞产物 | 单细胞组学 | 缺血性血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 105,727个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7038 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptomics: A High-Resolution Avenue for Plant Functional Genomics
2020-02, Trends in plant science
IF:17.3Q1
DOI:10.1016/j.tplants.2019.10.008
PMID:31780334
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综述 | 本文综述了单细胞转录组学在植物功能基因组学中的应用与潜力 | 首次系统阐述单细胞RNA测序技术在植物复杂组织中研究调控过程的新能力,无需依赖报告基因系即可分析任何植物组织 | 面临复杂数据集处理和分析的挑战 | 探索单细胞转录组学在植物功能基因组学研究中的应用 | 植物组织和单细胞 | 植物基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7039 | 2025-10-06 |
The genetic architecture of Parkinson's disease
2020-02, The Lancet. Neurology
DOI:10.1016/S1474-4422(19)30287-X
PMID:31521533
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综述 | 本文综述了帕金森病的遗传结构研究现状与挑战 | 系统总结了90个已鉴定的独立风险相关变异,并指出新兴技术将推动该领域发展 | 大多数遗传研究基于欧洲血统患者,对其他人群的遗传学了解有限 | 解析帕金森病的遗传结构及其对疾病风险、发病和进展的影响 | 帕金森病相关遗传变异(罕见和常见变异) | 遗传学 | 帕金森病 | 全基因组关联研究、单细胞RNA测序、机器学习、高通量筛选 | NA | 遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7040 | 2025-10-06 |
Probabilistic cell typing enables fine mapping of closely related cell types in situ
2020-01, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-019-0631-4
PMID:31740815
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研究论文 | 提出一种名为pciSeq的概率细胞分型方法,通过原位测序技术实现紧密相关细胞类型的精细空间定位 | 结合单细胞RNA测序分类结果,利用多重原位RNA检测技术实现细胞类型的概率识别和空间定位 | 方法依赖于先前的scRNA-seq分类结果,需要已有充分的基础研究数据支持 | 开发能够精确定位紧密相关细胞类型空间组织的新方法 | 小鼠海马CA1区抑制性神经元和等皮质锥体细胞 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序, 原位测序 | 概率模型 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | pciSeq(概率细胞分型原位测序) |