单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
7001	2024-10-21	CellBiAge: Improved single-cell age classification using data binarization 2023-12-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113500 PMID:38032797	研究论文	本文开发了一种名为CellBiAge的机器学习管道，用于通过单细胞转录组学对小鼠脑细胞的年龄进行分类	通过基因表达值的二值化显著提高了不同模型、技术和脑区的测试性能，并识别了潜在的与年龄相关的基因	NA	开发一种准确的方法来预测特定细胞类型的年龄，以理解衰老的异质性和评估 rejuvenation 策略	小鼠脑细胞的年龄分类	机器学习	NA	单细胞转录组学	机器学习模型	基因表达数据	NA
7002	2024-10-21	INVADEseq to identify cell-adherent or invasive bacteria and the associated host transcriptome at single-cell-level resolution 2023-Nov, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-023-00888-7 PMID:37789194	研究论文	本文介绍了一种名为INVADEseq的新方法，用于在单细胞水平分辨率下识别细胞粘附或侵袭性细菌及其相关宿主转录组	INVADEseq方法通过引入针对细菌16S rRNA基因的引物，克服了传统scRNAseq技术无法捕获细菌RNA的局限性	NA	开发一种能够在单细胞水平上同时分析宿主和细菌转录组的新技术	人类肿瘤细胞系和患者肿瘤样本中的细菌及其相关宿主转录组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA	人类肿瘤细胞系和患者肿瘤样本
7003	2024-10-21	Single-cell and spatial transcriptomics identify a macrophage population associated with skeletal muscle fibrosis 2023-Apr-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.18.537253 PMID:37131694	研究论文	研究使用单细胞转录组学和空间转录组学技术，识别与骨骼肌纤维化相关的巨噬细胞群体	发现了六个新的巨噬细胞集群，这些集群与传统的M1或M2巨噬细胞激活定义不符，并揭示了spp1在肌营养不良中调节基质祖细胞和巨噬细胞相互作用的关键作用	研究主要集中在小鼠模型和人类肌肉活检样本上，可能无法完全代表所有肌肉退行性疾病的情况	探讨巨噬细胞在肌肉退行性疾病中的作用，特别是其在肌肉纤维化中的作用	骨骼肌中的巨噬细胞及其在肌肉退行性疾病中的分子特征	数字病理学	肌肉退行性疾病	单细胞转录组学和空间转录组学	NA	转录组数据	小鼠模型和人类肌肉活检样本
7004	2024-10-21	Virus infection pattern imprinted and diversified the differentiation of T-cell memory in transcription and function 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1334597 PMID:38264657	研究论文	研究比较了由不同病毒（CMV、EBV和SARS-CoV-2）诱导的记忆T细胞的转录组和功能差异	发现CD28和CTLA4可作为评估T细胞抗病毒能力的连续指标，并提出REL是CMV特异性T细胞产生细胞因子的主要调控因子	NA	理解不同病毒特异性记忆T细胞的差异，为开发新的抗病毒治疗策略提供基础	由CMV、EBV和SARS-CoV-2诱导的记忆T细胞	免疫学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	由CMV、EBV和SARS-CoV-2诱导的记忆T细胞样本
7005	2024-10-21	ATF5 promotes malignant T cell survival through the PI3K/AKT/mTOR pathway in cutaneous T cell lymphoma 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1282996 PMID:38223508	研究论文	研究探讨了转录因子ATF5在皮肤T细胞淋巴瘤中的作用及其通过PI3K/AKT/mTOR通路促进恶性T细胞生存的机制	首次揭示了ATF5在皮肤T细胞淋巴瘤中的肿瘤特异性高表达及其促进肿瘤生存的机制	研究仅限于两个CTCL细胞系，可能需要进一步的临床验证	识别皮肤T细胞淋巴瘤中肿瘤特异性的转录因子	皮肤T细胞淋巴瘤中的恶性T细胞	数字病理学	皮肤T细胞淋巴瘤	单细胞测序	NA	基因表达数据	两个CTCL细胞系Myla和H9
7006	2024-10-21	Comprehensive analysis of senescence-associated genes in sepsis based on bulk and single-cell sequencing data 2023, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2023.1322221 PMID:38259686	研究论文	本文通过批量和单细胞测序数据分析了与脓毒症相关的衰老相关基因，并开发了一种基于关键基因的脓毒症诊断模型	本文首次通过综合分析批量和单细胞测序数据，揭示了衰老相关基因与脓毒症之间的关联，并开发了一种高可靠性的诊断模型	本文仅使用了两个RNA表达数据集，样本量有限，可能影响结果的普适性	探讨衰老相关基因与脓毒症之间的关系，并开发一种新的脓毒症诊断模型	衰老相关基因、脓毒症患者、健康对照组	数字病理学	脓毒症	RNA测序	无监督聚类分析、加权基因共表达网络分析	RNA表达数据、单细胞RNA测序数据	两个RNA表达数据集（GSE28750和GSE57065），具体样本量未详细说明
7007	2024-10-21	Single-cell sequencing reveals an important role of SPP1 and microglial activation in age-related macular degeneration 2023, Frontiers in cellular neuroscience IF:4.2Q2 DOI:10.3389/fncel.2023.1322451 PMID:38259505	研究论文	研究衰老相关细胞因子在年龄相关性黄斑变性中的作用	揭示了SPP1和微胶质细胞激活在年龄相关性黄斑变性中的重要作用，并提出SPP1可能成为潜在的治疗靶点	需要更多的体外和体内研究来验证结果和治疗效果	探讨衰老相关细胞因子在年龄相关性黄斑变性病理生理中的作用	人类视网膜神经节细胞和年龄相关性黄斑变性患者	数字病理学	年龄相关性黄斑变性	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	118例人类黄斑神经视网膜样本
7008	2024-10-21	Application progress of single-cell sequencing technology in mesenchymal stem cells research 2023, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2023.1336482 PMID:38264356	综述	本文综述了单细胞测序技术在间充质干细胞研究中的应用进展	单细胞测序技术揭示了间充质干细胞在基因表达异质性、分化过程中的动态转录变化以及调控因子在关键过程中的作用	NA	探讨单细胞测序技术在间充质干细胞研究中的应用	间充质干细胞	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
7009	2024-10-21	Single-cell RNA sequencing reveals characteristics of myeloid cells in post-acute sequelae of SARS-CoV-2 patients with persistent respiratory symptoms 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1268510 PMID:38259488	研究论文	研究了COVID-19后遗症患者中持续呼吸症状的髓系细胞特征	首次使用单细胞RNA测序技术分析了COVID-19后遗症患者中髓系细胞的转录组特征	样本量较小，仅包括3名患者和1名对照组	探讨COVID-19后遗症患者中持续呼吸症状的免疫反应和细胞特征	COVID-19后遗症患者的外周血单核细胞	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	3名COVID-19后遗症患者和1名对照组
7010	2024-10-21	nPCA: a linear dimensionality reduction method using a multilayer perceptron 2023, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2023.1290447 PMID:38259616	研究论文	提出了一种使用多层感知器的线性降维方法nPCA，旨在保留原始数据的线性投影并生成更好的降维结果	nPCA方法结合了深度学习和线性投影，能够在降维过程中保留更多原始数据的信息，是对传统PCA方法的改进	文章未详细讨论nPCA方法在处理大规模数据时的性能和计算效率	开发一种新的线性降维方法，能够在保留线性投影的同时生成更好的降维结果	nPCA算法在10个公共数据集和6个单细胞RNA测序数据集上的性能	机器学习	NA	多层感知器	多层感知器	数据集	10个公共数据集和6个单细胞RNA测序数据集
7011	2024-10-21	Revelations in Thymic Epithelial Cell Biology and Heterogeneity from Single-Cell RNA Sequencing and Lineage Tracing Methodologies 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2740-2_2 PMID:36374449	研究论文	本文总结了通过单细胞RNA测序和谱系追踪技术在胸腺上皮细胞生物学和异质性方面的发现	揭示了胸腺上皮细胞的异质性，包括新发现的mTEC亚群、mTEC基因表达的多样性以及从胚胎到成年阶段的TEC变化	需要实验方法如谱系追踪和重聚胸腺器官培养来验证scRNA-Seq数据的假说	探讨胸腺上皮细胞的生物学特性和异质性	胸腺上皮细胞（TECs）及其亚群	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA	多个胸腺上皮细胞样本
7012	2024-10-21	Developmental dynamics of two bipotent thymic epithelial progenitor types 2022-06, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-04752-8 PMID:35614226	研究论文	研究了胸腺上皮祖细胞的发育动态，识别出两种主要的祖细胞群体	结合单细胞RNA测序和CRISPR-Cas9细胞条形码系统，首次揭示了胸腺上皮祖细胞的发育动态和身份	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨胸腺上皮祖细胞的发育动态及其在胸腺微环境中的作用	胸腺上皮祖细胞及其在胸腺微环境中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), CRISPR-Cas9	NA	RNA	年轻和老年成年小鼠
7013	2024-10-21	Single-Cell Analyses Identify Brain Mural Cells Expressing CD19 as Potential Off-Tumor Targets for CAR-T Immunotherapies 2020-10-01, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.08.022 PMID:32961131	研究论文	研究报告了脑壁细胞表达CD19，可能成为CAR-T免疫疗法的非肿瘤靶点	首次发现脑壁细胞表达CD19，为CD19导向疗法的神经毒性提供了靶向机制解释	小鼠模型中脑壁细胞的CD19表达水平较低，限制了神经毒性的临床前动物模型	探讨CD19导向免疫疗法的神经毒性机制及潜在靶点	脑壁细胞及其CD19表达	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	人类和鼠类脑组织样本
7014	2024-10-20	Schisandrin C inhibits AKT1-regulated cell proliferation in A549 cells 2024-Dec-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113110 PMID:39260306	研究论文	研究了五味子素C对A549细胞增殖的影响及其机制	首次探讨了五味子素C通过抑制AKT1信号通路来抑制A549细胞增殖的机制	仅在体外细胞实验和部分临床样本中验证了效果，缺乏大规模临床试验数据	探讨五味子素C对肺癌的影响及其作用机制	A549细胞和肺癌患者组织	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	A549细胞和肺癌患者组织样本
7015	2024-10-20	Potential crosstalk between Naïve CD4+ T cells and SPP1+ Macrophages is associated with clinical outcome and therapeutic response in hepatocellular carcinoma 2024-Dec-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113231 PMID:39332093	研究论文	研究探讨了肝细胞癌中幼稚CD4+ T细胞与SPP1+巨噬细胞之间的潜在交叉对话及其对临床结果和治疗反应的影响	建立了基于幼稚CD4+ T细胞和SPP1+巨噬细胞交叉对话的机器学习模型TMPS，用于预测预后和治疗反应	NA	研究肝细胞癌中肿瘤微环境内细胞间交叉对话及其对临床结果和治疗反应的影响	幼稚CD4+ T细胞和SPP1+巨噬细胞的交叉对话	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）和批量RNA测序（RNA-seq）	机器学习模型	RNA测序数据	4个独立队列
7016	2024-10-20	Decoding the mosaic of inflammatory bowel disease: Illuminating insights with single-cell RNA technology 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.07.011 PMID:39421242	综述	本文综述了单细胞RNA技术在炎症性肠病（IBD）研究中的应用，涵盖了发病机制、诊断、治疗和预后	单细胞RNA测序（scRNA-seq）作为一种强大的工具，能够克服传统批量RNA测序的局限，提供IBD患者中各种细胞类型的全面转录组谱	需要纵向研究、整合多种单细胞和空间转录组技术，以及探索肠道微生物在IBD中的作用	增强对炎症性肠病（IBD）的理解，包括发病机制、诊断、治疗和预后	炎症性肠病（IBD），包括溃疡性结肠炎（UC）和克罗恩病（CD）	数字病理学	炎症性肠病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
7017	2024-10-20	Multi-omic analysis revealed the immunological patterns and diagnostic value of exhausted T cell-derived PTTG1 in patients with psoriasis 2024-Nov-19, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.150740 PMID:39342798	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了银屑病患者中耗竭T细胞来源的PTTG1的免疫学模式及其诊断价值	本研究首次揭示了耗竭T细胞来源的PTTG1在银屑病中的诊断价值，并验证了leptomycin B作为靶向PTTG1治疗银屑病的潜在药物	本研究主要基于单细胞RNA测序和机器学习方法，未涉及临床试验验证PTTG1作为诊断标志物的实际应用效果	探索银屑病的发病机制及其诊断标志物	银屑病患者的临床样本和耗竭T细胞来源的PTTG1	数字病理学	银屑病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、机器学习、分子对接	机器学习	基因数据	银屑病患者的临床样本
7018	2024-10-20	Characterization of mitochondrial metabolism related molecular subtypes and immune infiltration in colorectal adenocarcinoma 2024-10-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-75482-2 PMID:39414905	研究论文	研究了结直肠腺癌中与线粒体代谢相关的分子亚型及其免疫浸润特征	通过无监督共识聚类分析筛选出与结直肠腺癌预后相关的线粒体代谢相关基因，并构建了预测模型，同时发现了新的潜在治疗靶点SEC11A	NA	探索结直肠腺癌的预后因素及其可能的机制	结直肠腺癌中的线粒体代谢相关基因及其分子亚型	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序分析	LASSO-单变量Cox分析	基因表达数据	NA
7019	2024-10-20	Key genes and immune pathways in T-cell mediated rejection post-liver transplantation identified via integrated RNA-seq and machine learning 2024-10-16, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-74874-8 PMID:39414868	研究论文	本研究通过整合RNA测序和机器学习方法，识别了肝移植后T细胞介导的排斥反应中的关键基因及其潜在的生物学过程和机制	本研究首次通过综合分析RNA测序数据和机器学习算法，识别了与T细胞介导的排斥反应相关的关键基因，并揭示了其生物学意义和潜在的治疗靶点	本研究主要基于GSE145780数据集和单细胞RNA测序数据，样本量有限，可能影响结果的普适性	识别肝移植后T细胞介导的排斥反应中的关键基因及其生物学过程和机制	肝移植后T细胞介导的排斥反应中的关键基因及其生物学过程和机制	机器学习	NA	RNA测序	机器学习算法	RNA测序数据	GSE145780数据集和来自患者的单细胞RNA测序数据及肝活检组织
7020	2024-10-20	Network dynamics-based subtyping of Alzheimer's disease with microglial genetic risk factors 2024-Oct-16, Alzheimer's research & therapy DOI:10.1186/s13195-024-01583-9 PMID:39415193	研究论文	本文利用系统生物学方法，通过构建患者特异性的小胶质细胞分子调控网络模型，对阿尔茨海默病进行亚型分类，并识别潜在的治疗靶点	本文创新性地结合大规模计算机模拟和动态网络分析，对阿尔茨海默病进行亚型分类，并识别出多个亚型共有的治疗靶点	本文的局限性在于依赖于现有的文献和单细胞RNA测序数据，可能存在数据偏差	本文旨在通过系统生物学方法对阿尔茨海默病进行亚型分类，并识别潜在的治疗靶点	本文的研究对象是阿尔茨海默病患者的小胶质细胞及其分子调控网络	系统生物学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	分子调控网络模型	基因组数据	NA