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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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6981 | 2025-10-06 |
CellCoal: Coalescent Simulation of Single-Cell Sequencing Samples
2020-05-01, Molecular biology and evolution
IF:11.0Q1
DOI:10.1093/molbev/msaa025
PMID:32027371
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研究论文 | 介绍用于单细胞测序基因型溯祖模拟的软件工具CellCoal | 开发了首个专门用于单细胞测序数据的溯祖模拟工具,能够模拟多种突变模型、测序读长计数和基因型似然 | 未在实际数据集上进行验证,主要侧重于模拟方法的开发 | 开发用于单细胞测序数据模拟和分析基准测试的计算工具 | 体细胞群体的单细胞样本 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 溯祖模型 | 基因型数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
6982 | 2025-10-06 |
Defining the Design Principles of Skin Epidermis Postnatal Growth
2020-04-30, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.03.015
PMID:32259486
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研究论文 | 本研究通过多种技术手段揭示了皮肤表皮出生后生长的细胞动力学机制和设计原则 | 发现发育祖细胞通过固定的命运不平衡和不断降低的增殖率实现和谐生长,并揭示细胞分裂方向受胶原纤维取向局部调控 | NA | 阐明器官出生后生长的细胞动力学机制和设计原则 | 小鼠皮肤表皮 | 发育生物学 | NA | 体内克隆谱系追踪, 增殖动力学分析, 单细胞转录组测序, 体外微图案实验 | NA | 基因表达数据, 细胞谱系数据, 细胞增殖数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6983 | 2025-10-06 |
Stromal Cells Covering Omental Fat-Associated Lymphoid Clusters Trigger Formation of Neutrophil Aggregates to Capture Peritoneal Contaminants
2020-04-14, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2020.03.011
PMID:32294409
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研究论文 | 本研究揭示了网膜脂肪相关淋巴簇表面覆盖的特殊间皮细胞通过协调中性粒细胞聚集捕获腹腔污染物的机制 | 首次发现FALC覆盖细胞通过分泌CXCL1介导中性粒细胞聚集形成胞外诱捕网捕获污染物 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证仅限于急性阑尾炎病例 | 探究腹腔污染物捕获的分子机制 | 网膜脂肪相关淋巴簇和中性粒细胞 | 免疫学 | 腹膜炎 | 单细胞RNA测序, 空间分析 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | 小鼠模型和急性阑尾炎患者样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
6984 | 2025-10-06 |
Diversity of peripheral blood human NK cells identified by single-cell RNA sequencing
2020-04-14, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2019000699
PMID:32271902
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序识别外周血人类NK细胞的多样性 | 发现了三种新型人类血液NK细胞群体:CD56neg的I型干扰素应答NK细胞、细胞因子诱导记忆样表型NK细胞、以及具有低核糖体表达特征的小型活化NK细胞群体 | 研究主要基于健康CMV阴性供体,CMV阳性样本分析相对有限 | 探索外周血人类NK细胞的异质性和功能亚群分类 | 人类外周血自然杀伤细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 健康巨细胞病毒阴性和阳性供体的NK细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6985 | 2025-10-06 |
Integrating GWAS with bulk and single-cell RNA-sequencing reveals a role for LY86 in the anti-Candida host response
2020-04, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1008408
PMID:32251450
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研究论文 | 通过整合GWAS与bulk及单细胞RNA测序技术,揭示LY86基因在抗念珠菌宿主免疫应答中的作用机制 | 首次整合GWAS、bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据,发现NK细胞在抗念珠菌免疫中的重要作用,并鉴定出27个念珠菌应答QTLs | 研究主要聚焦于免疫细胞,未涉及其他可能参与抗真菌应答的细胞类型 | 深入理解宿主对白色念珠菌的免疫应答机制 | 经白色念珠菌刺激的免疫细胞 | 系统遗传学 | 念珠菌血症 | GWAS, bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 系统遗传学方法 | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
6986 | 2025-10-06 |
Astrocyte layers in the mammalian cerebral cortex revealed by a single-cell in situ transcriptomic map
2020-04, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-020-0602-1
PMID:32203496
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研究论文 | 本研究通过开发大区域空间转录组图谱技术,揭示了哺乳动物大脑皮层中星形胶质细胞的分层结构 | 首次发现星形胶质细胞在哺乳动物大脑皮层中存在与神经元不同的浅层、中层和深层梯度分层模式 | 研究主要聚焦于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究大脑皮层中胶质细胞是否存在与神经元类似的分层组织结构 | 小鼠和人类大脑皮层中的星形胶质细胞 | 空间转录组学 | NA | 单细胞原位转录组图谱、单细胞RNA测序、空间重建分析 | NA | 基因表达数据、空间定位数据 | 46个候选基因在小鼠大脑皮层中的筛选 | NA | 单细胞空间转录组学 | LaST(大区域空间转录组图谱) | 能够原位定量单细胞基因表达的高通量技术平台 |
6987 | 2025-10-06 |
Cardelino: computational integration of somatic clonal substructure and single-cell transcriptomes
2020-04, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-020-0766-3
PMID:32203388
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研究论文 | 开发了一种计算整合方法,将体细胞克隆亚结构与单细胞转录组数据相结合 | 首次提出能够整合不完美的克隆树推断和稀疏变异等位基因表达数据的方法,实现单细胞水平克隆起源的表型特征分析 | 方法依赖于体细胞变异检测的准确性,在变异稀疏情况下性能可能受限 | 开发计算工具来表征不同克隆之间的表型变异 | 人类皮肤成纤维细胞系和癌症数据集 | 计算生物学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序, 外显子组测序 | 概率模型 | 基因表达数据, DNA序列数据 | 32个人类皮肤成纤维细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq, 外显子组测序 | NA | NA |
6988 | 2025-10-06 |
Dissecting the early steps of MLL induced leukaemogenic transformation using a mouse model of AML
2020-03-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-15220-0
PMID:32179751
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研究论文 | 利用小鼠AML模型研究MLL诱导白血病转化的早期阶段 | 开发了基于明确克隆关系的MLL-r模型,能够捕获MLL-ENL表达的早期细胞和分子后果 | 人类患者和常规小鼠模型通常无法获取白血病转化的早期阶段 | 解析MLL诱导白血病转化的早期步骤 | 小鼠多能造血祖细胞 | 单细胞组学 | 白血病 | scRNA-seq, ATAC-seq, CRISPR-Cas9筛选 | 小鼠AML模型 | 单细胞转录组数据,表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq | NA | NA |
6989 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals a heterogeneous response to Glucocorticoids in breast cancer cells
2020-03-13, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-020-0837-0
PMID:32170217
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示乳腺癌细胞对糖皮质激素反应的异质性 | 首次在单细胞水平揭示糖皮质激素反应的细胞间异质性,发现超过100个批量RNAseq未能检测到的GR调控基因 | 仅使用单一乳腺癌细胞系进行研究,未涉及体内环境或临床样本 | 研究糖皮质激素在单细胞水平的转录反应异质性 | 人类乳腺癌细胞系 | 单细胞组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6990 | 2025-10-06 |
Interferon lambda promotes immune dysregulation and tissue inflammation in TLR7-induced lupus
2020-03-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1916897117
PMID:32094169
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研究论文 | 本研究揭示了III型干扰素λ在TLR7诱导的狼疮模型中促进免疫失调和组织炎症的非冗余作用 | 首次确定了IFN-λ在自身免疫疾病狼疮中的关键作用,发现其通过激活角质形成细胞和系膜细胞诱导免疫细胞招募,而不影响自身抗体产生 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据仅来自外周血单细胞分析 | 探究III型干扰素在系统性红斑狼疮发病机制中的作用 | TLR7诱导的狼疮小鼠模型、小鼠脾脏细胞、人类外周血细胞 | 免疫学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6991 | 2025-10-06 |
Functional Heterogeneity within the Developing Zebrafish Epicardium
2020-03-09, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2020.01.023
PMID:32084358
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了斑马鱼心脏发育过程中心外膜的细胞异质性和功能多样性 | 首次在斑马鱼发育心脏中发现三个具有特定遗传程序和空间分布的心外膜亚群,并揭示了它们在细胞粘附、迁移和趋化作用中的特定功能 | 研究仅限于斑马鱼发育阶段,尚未在哺乳动物或人类模型中验证 | 探究心外膜细胞异质性及其在心脏发育中的功能多样性 | 发育中的斑马鱼心脏心外膜细胞 | 发育生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6992 | 2025-10-06 |
Identification of region-specific astrocyte subtypes at single cell resolution
2020-03-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-14198-8
PMID:32139688
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术识别了成年小鼠前脑区域中五种转录组学上不同的星形胶质细胞亚型 | 首次在单细胞分辨率下系统识别了大脑区域特异性星形胶质细胞亚型,并揭示了其独特的空间分布模式 | 研究仅针对成年小鼠的皮层和海马区域,未涵盖其他脑区或发育阶段 | 探究前脑区域星形胶质细胞分子多样性的真实程度 | 成年小鼠大脑皮层和海马区域的星形胶质细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 成年小鼠大脑皮层和海马区域星形胶质细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6993 | 2025-10-06 |
Re-evaluation of human BDCA-2+ DC during acute sterile skin inflammation
2020-03-02, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20190811
PMID:31845972
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研究论文 | 重新评估急性无菌性皮肤炎症中人类BDCA-2+树突状细胞的特征和功能 | 发现了一种新型CD123intBDCA-2+CD1a+树突状细胞亚群在皮肤伤口中快速浸润,并揭示了ASDC细胞在皮肤损伤过程中的存在 | 研究主要关注急性无菌炎症模型,在慢性炎症或其他疾病条件下的适用性需进一步验证 | 重新评估人类皮肤炎症过程中BDCA-2+树突状细胞的组成和功能 | 人类皮肤伤口中的树突状细胞亚群 | 免疫学 | 皮肤炎症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
6994 | 2025-10-06 |
Dynamics of human monocytes and airway macrophages during healthy aging and after transplant
2020-03-02, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20191236
PMID:31917836
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析人类不同年龄段和肺移植后单核细胞与气道巨噬细胞的动态变化 | 首次系统描绘人类气道巨噬细胞在健康衰老和肺移植后的来源动态变化 | 样本量相对有限,主要基于观察性数据 | 理解人类肺中气道巨噬细胞的个体发育及其在疾病中的作用 | 健康志愿者和肺移植受者的外周血和气道单核细胞/巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 涵盖婴儿/儿童期(2-12岁)、成年期(20-50岁)和老年期(>50岁)的健康志愿者,以及性别不匹配的肺移植受者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6995 | 2025-10-06 |
Titrating gene expression using libraries of systematically attenuated CRISPR guide RNAs
2020-Mar, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-019-0387-5
PMID:31932729
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研究论文 | 开发了一种使用CRISPR干扰和系统衰减sgRNA文库来精确调控人类基因表达水平的方法 | 利用包含错配的sgRNA系统性地调控基因表达水平,并通过深度学习推导错配sgRNA活性规则 | NA | 建立精确控制基因表达的工具,研究表达水平与表型之间的关系 | 人类基因,特别是约2,400个对细胞生长至关重要的基因 | 基因编辑 | 基因表达失调疾病 | CRISPR干扰,单细胞RNA-seq,深度学习 | 深度学习模型 | 基因表达数据,单细胞RNA测序数据 | 多个细胞模型的大规模测量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6996 | 2025-10-06 |
Bystander IFN-γ activity promotes widespread and sustained cytokine signaling altering the tumor microenvironment
2020-03, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-020-0038-2
PMID:32803171
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研究论文 | 本研究揭示了肿瘤反应性T细胞产生的IFN-γ通过扩散和旁观者活性广泛改变肿瘤微环境的机制 | 首次证明IFN-γ可在肿瘤内远距离扩散,并通过旁观者活性介导持续的STAT1信号传导 | 人类数据主要来自单细胞RNA-seq分析,需要进一步实验验证 | 探究IFN-γ在肿瘤微环境中的时空活动模式及其功能影响 | 肿瘤反应性T细胞、肿瘤细胞、肿瘤微环境 | 肿瘤免疫学 | 黑色素瘤 | 活体成像、单细胞RNA测序、STAT1易位报告系统 | NA | 成像数据、基因表达数据 | 黑色素瘤患者单细胞RNA-seq数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6997 | 2025-10-06 |
Publisher Correction: Single-cell and spatial transcriptomics reveal somitogenesis in gastruloids
2020-03, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2113-3
PMID:32132714
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更正 | 本文是对原论文的出版更正,可通过论文顶部链接访问 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
6998 | 2025-10-06 |
Functionally distinct subgroups of oligodendrocyte precursor cells integrate neural activity and execute myelin formation
2020-03, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-019-0581-2
PMID:32066987
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞技术揭示了少突胶质前体细胞存在功能不同的亚群 | 首次证明少突胶质前体细胞存在功能特化的稳定亚群,而非临时状态 | 研究仅基于斑马鱼脊髓模型,未验证其他物种或脑区 | 探究少突胶质前体细胞的异质性本质和功能分化 | 斑马鱼脊髓中的少突胶质前体细胞 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组测序, 钙成像, 谱系追踪, 神经活动操控 | NA | 基因表达数据, 成像数据, 生理信号数据 | 斑马鱼脊髓少突胶质前体细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6999 | 2025-10-06 |
Single-cell sequencing in hematology
2020-03, Current opinion in oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1097/CCO.0000000000000613
PMID:31895120
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在血液学研究和血液恶性肿瘤研究中的最新应用与进展 | 重点介绍了通过单细胞分辨率研究髓系恶性肿瘤中干细胞/祖细胞获得的生物学新见解 | NA | 探讨单细胞测序技术在血液学研究和血液恶性肿瘤临床管理中的当前及未来应用 | 造血过程和血液恶性肿瘤,特别是髓系恶性肿瘤中的干细胞/祖细胞 | 单细胞组学 | 血液恶性肿瘤 | 单细胞测序 | NA | RNA、DNA、蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,单细胞DNA测序,单细胞蛋白质组学 | NA | NA |
7000 | 2025-10-06 |
Understanding the complexity of retina and pluripotent stem cell derived retinal organoids with single cell RNA sequencing: current progress, remaining challenges and future prospective
2020-03, Current eye research
IF:1.7Q3
DOI:10.1080/02713683.2019.1697453
PMID:31794277
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综述 | 综述单细胞RNA测序技术在视网膜和视网膜类器官研究中的应用进展、挑战与未来展望 | 系统比较视网膜组织与干细胞衍生视网膜类器官的单细胞转录组数据,揭示细胞类型亚群特征和地理差异 | 技术一致性有待提高,尚未完全解析所有视网膜细胞类型的复杂性、功能性和相互作用 | 探讨单细胞测序技术在视网膜研究中的应用价值与发展前景 | 视网膜组织和多能干细胞衍生的视网膜类器官 | 单细胞组学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |