单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6981	2024-10-21	Computational identification of surface markers for isolating distinct subpopulations from heterogeneous cancer cell populations 2024-Oct-17, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-024-00441-6 PMID:39420005	研究论文	本文介绍了一种名为clusterCleaver的计算工具，用于识别和分离异质性癌细胞群体中的不同亚群	开发了一种新的计算工具clusterCleaver，用于识别单细胞RNA测序数据中的表面标记物，以分离癌细胞亚群	NA	开发一种计算工具，用于识别和分离癌细胞群体中的不同亚群，以提高治疗效果和理解肿瘤进展	癌细胞亚群的表面标记物	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	MDA-MB-231和MDA-MB-436细胞
6982	2024-10-21	Tregs ST2 deficiency enhances the abscopal anti-tumor response induced by microwave ablation 2024-Oct-17, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113330 PMID:39423663	研究论文	研究探讨了微波消融（MWA）对肿瘤微环境中Treg细胞ST2表达的影响及其在抗肿瘤反应中的作用	首次研究了Treg细胞中ST2缺乏对微波消融诱导的远端抗肿瘤反应的增强作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在临床试验中验证	探索微波消融对肿瘤微环境中Treg细胞ST2表达的影响及其在抗肿瘤反应中的机制	Treg细胞、肿瘤微环境、微波消融	数字病理学	NA	流式细胞术、单细胞转录组测序	NA	细胞	Foxp3Cre和Foxp3CreIl1rl1fl/fl小鼠的双侧背部肿瘤模型
6983	2024-10-21	Single-cell transcriptome sequencing reveals that Wolbachia induces gene expression changes in Drosophila ovary cells to favor its own maternal transmission 2024-Oct-16, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.01473-24 PMID:39194189	研究论文	本文通过单细胞转录组测序研究了Wolbachia在果蝇卵巢细胞中的基因表达变化，揭示了Wolbachia如何通过改变宿主基因表达来促进其母系传播	首次系统地分析了Wolbachia感染对果蝇卵巢细胞基因表达的影响，揭示了Wolbachia通过调节宿主基因表达来促进其在宿主卵巢细胞中的传播	研究仅限于特定Wolbachia菌株（Mel）和果蝇卵巢细胞，未来需要进一步研究其他菌株和宿主物种	探讨Wolbachia在果蝇卵巢细胞中的基因表达变化及其对母系传播的影响	Wolbachia感染的果蝇卵巢细胞和未感染的卵巢细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	感染和未感染Wolbachia的果蝇卵巢细胞
6984	2024-10-21	Spatial transcriptomics of a parasitic flatworm provides a molecular map of drug targets and drug resistance genes 2024-Oct-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53215-3 PMID:39414795	研究论文	本文展示了寄生扁虫肝片吸虫的空间转录组学，并提供了药物靶点和药物抗性基因的分子图谱	首次提供了肝片吸虫的空间转录组数据，并识别了八个不同组织的基因表达谱和标记基因	NA	揭示寄生扁虫肝片吸虫的基因表达空间组织，识别药物靶点和药物抗性基因	肝片吸虫的基因表达和组织特异性功能	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	一个肝片吸虫样本
6985	2024-10-21	DGSIST: Clustering spatial transcriptome data based on deep graph structure Infomax 2024-Oct-15, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2024.10.002 PMID:39413889	研究论文	提出了一种基于深度图结构互信息最大化（DGSI）模型的空间转录组数据聚类方法DGSIST	DGSIST模型结合了图卷积神经网络和无监督学习方法，能够有效捕捉节点及其邻居的局部信息，并将其整合到整体图结构中	NA	旨在充分利用空间转录组数据，提高细胞类型识别的准确性	空间转录组数据中的细胞类型	生物信息学	癌症	图卷积神经网络	DGSI	空间转录组数据	多种组织类型和技术平台的数据
6986	2024-10-21	A self-training interpretable cell type annotation framework using specific marker gene 2024-Oct-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae569 PMID:39312689	研究论文	本文介绍了一种基于自训练和伪标签技术的可解释细胞类型注释框架sICTA	结合了自训练策略和Transformer的非线性关联捕捉能力，并利用注意力机制融入基因和通路的生物学先验知识，增强了模型的透明度	未提及	开发一种新的细胞类型注释方法，以提高单细胞RNA测序分析的准确性和可解释性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	Transformer	基因表达数据	11个公开的单细胞数据集
6987	2024-10-21	Comprehensive transcriptome and scRNA-seq analyses uncover the expression and underlying mechanism of SYNJ2 in papillary thyroid carcinoma 2024-Oct, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.12099 PMID:39370684	研究论文	研究探讨了SYNJ2在甲状腺乳头状癌中的表达及其潜在机制	首次揭示了SYNJ2在甲状腺乳头状癌中的高表达及其与临床特征的关联，并探讨了其在肿瘤进展中的作用	研究主要基于现有数据和分析，缺乏体内实验验证	探讨SYNJ2在甲状腺乳头状癌中的表达及其潜在机制	SYNJ2在甲状腺乳头状癌中的表达及其与临床特征的关联	数字病理学	甲状腺癌	免疫组化、mRNA芯片、RNA测序、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及多个甲状腺乳头状癌样本
6988	2024-10-21	Functional plasticity shapes neutrophil response to Leishmania major infection in susceptible and resistant strains of mice 2024-Oct, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1012592 PMID:39378227	研究论文	研究了不同品系小鼠在利什曼原虫感染下中性粒细胞的功能可塑性及其对感染反应的影响	揭示了易感小鼠和抗性小鼠中性粒细胞在利什曼原虫感染下NETs形成和吞噬作用的差异，并探讨了中性粒细胞弹性蛋白酶在吞噬作用调节中的作用	研究仅限于特定品系的小鼠，未涉及其他物种或人类	探讨中性粒细胞在利什曼原虫感染中的功能可塑性及其对感染易感性和抗性的影响	BALB/c和C57BL/6小鼠的中性粒细胞	免疫学	利什曼病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	BALB/c和C57BL/6小鼠各一组
6989	2024-10-21	Single-cell characterization of differentiation trajectories and drug resistance features in gastric cancer with peritoneal metastasis 2024-Oct, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70054 PMID:39422697	研究论文	研究胃癌腹膜转移患者的单细胞分化轨迹和药物耐药特征	揭示了MUC1+癌细胞在胃癌腹膜转移中的驱动作用，以及C1Q+巨噬细胞与GZMA+ T淋巴细胞在治疗失败中的相关性	样本量相对较小，且仅限于胃癌腹膜转移患者	阐明胃癌腹膜转移微环境中的细胞分化轨迹和关键药物耐药特征	胃癌腹膜转移患者的原发肿瘤、腹膜转移和化疗/免疫治疗前后的恶性腹水样本	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序、多重免疫荧光和空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据、免疫荧光图像和空间转录组数据	48名患者，包括30个单细胞RNA测序样本、30个多重免疫荧光样本和3个空间转录组样本
6990	2024-10-21	Resilience of A Learned Motor Behavior After Chronic Disruption of Inhibitory Circuits 2024-Aug-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.05.17.541057 PMID:37292888	研究论文	研究了斑胸草雀在抑制性神经回路慢性破坏后学习到的鸣叫行为的恢复机制	发现成年斑胸草雀在抑制性神经元长期沉默后，能够恢复其鸣叫行为，尽管神经活动发生了永久性改变	研究主要集中在斑胸草雀的鸣叫行为恢复机制，未涉及其他物种或行为	探讨抑制性神经回路慢性破坏后学习行为的恢复机制	斑胸草雀的鸣叫行为及其神经回路	神经科学	NA	细胞特异性病毒载体、单细胞RNA测序、慢性及急性电生理记录	NA	RNA序列、电生理数据	成年斑胸草雀
6991	2024-10-21	Downregulation of N4-acetylcytidine modification in myeloid cells attenuates immunotherapy and exacerbates hepatocellular carcinoma progression 2024-02, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-023-02510-9 PMID:38040817	研究论文	研究了N4-乙酰胞苷修饰在髓系细胞中下调对肝细胞癌进展和免疫治疗的影响	首次探讨了N4-乙酰胞苷修饰在肝细胞癌发展和免疫治疗中的作用	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人体中验证	探讨N4-乙酰胞苷修饰在肝细胞癌发展和免疫治疗中的作用	髓系细胞和肝细胞癌	数字病理学	肝癌	流式细胞术、单细胞RNA测序、RNA测序、RNA免疫沉淀测序、酪胺信号放大分析	NA	RNA	小鼠模型和肝细胞癌患者的组织样本
6992	2024-10-21	Modulation of canonical Wnt signaling regulates peribiliary mesenchymal identity during homeostasis and injury 2024-02-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000368 PMID:38251878	研究论文	研究了Wnt信号通路在调节外周胆管周围间充质细胞身份中的作用，特别是在稳态和损伤情况下的变化	首次采用完全体内方法结合转录组分析，揭示了Wnt4、Wnt5a和Wnt7b在调节外周胆管周围间充质细胞身份中的关键作用	研究主要集中在体内实验，未涉及体外实验验证	探讨外周胆管周围间充质细胞身份的分子驱动因素及其在损伤情况下的变化	外周胆管周围间充质细胞（PMCs）及其在损伤情况下的变化	NA	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	NA
6993	2024-10-21	Molecular Insights From Multiomics Studies of Physical Activity 2024-02-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/dbi23-0004 PMID:38241506	研究论文	本文探讨了多组学技术在理解身体活动分子效应中的应用	利用多组学技术（包括代谢组学、蛋白质组学、磷酸蛋白质组学、脂质组学、单细胞RNA测序和表观基因组学）系统地研究身体活动引起的分子变化	NA	探讨多组学技术如何提供关于身体活动系统效应的新见解	身体活动的分子效应及其在器官间的整合响应	NA	NA	多组学技术（代谢组学、蛋白质组学、磷酸蛋白质组学、脂质组学、单细胞RNA测序、表观基因组学）	NA	NA	NA
6994	2024-10-21	Single-cell landscape identifies the immunophenotypes and microenvironments of HBV-positive and HBV-negative liver cancer 2024-02-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000364 PMID:38251896	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析HBV阳性和阴性肝癌的免疫表型和微环境	首次系统地比较了HBV阳性和阴性肝癌的肿瘤微环境，揭示了HBV感染对免疫治疗反应的影响	研究仅限于单细胞RNA测序数据，未涉及其他类型的数据或技术	深入理解HBV感染对肝细胞癌免疫微环境的影响，并设计更有效的免疫治疗策略	HBV阳性和阴性肝细胞癌的肿瘤微环境和免疫表型	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括HBV阳性和阴性肝细胞癌的多个样本
6995	2024-10-21	Emerging applications of single-cell profiling in precision medicine of atherosclerosis 2024-01-23, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-023-04629-y PMID:38263066	综述	本文综述了单细胞测序技术在动脉粥样硬化精准医学中的新兴应用	介绍了单细胞测序技术在揭示动脉粥样硬化斑块、血液、肝脏和肠道特征方面的创新见解	NA	探讨单细胞测序技术在动脉粥样硬化精准医学中的应用潜力	动脉粥样硬化斑块、血液、肝脏和肠道	数字病理学	心血管疾病	单细胞测序	NA	细胞	NA
6996	2024-10-21	TEM1/endosialin/CD248 promotes pathologic scarring and TGF-β activity through its receptor stability in dermal fibroblasts 2024-Jan-23, Journal of biomedical science IF:9.0Q1 DOI:10.1186/s12929-024-01001-0 PMID:38254097	研究论文	研究TEM1蛋白在病理性瘢痕形成中的作用及其通过稳定TGF-β受体促进瘢痕形成的机制	首次揭示了TEM1蛋白在病理性瘢痕形成中的作用，并提出了通过靶向TEM1作为治疗病理性瘢痕的新方法	研究主要集中在体外细胞实验和体内小鼠模型，尚未在人体上进行验证	探讨TEM1蛋白在病理性瘢痕形成中的作用及其机制	TEM1蛋白、病理性瘢痕、TGF-β信号通路	NA	NA	免疫荧光染色、Western blotting、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	蛋白质、RNA	包括正常皮肤、肥厚性瘢痕和瘢痕疙瘩的样本，以及小鼠模型
6997	2024-10-21	Schizophrenia endothelial cells exhibit higher permeability and altered angiogenesis patterns in patient-derived organoids 2024-Jan-23, Translational psychiatry IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41398-024-02740-2 PMID:38263175	研究论文	研究使用患者来源的诱导多能干细胞（iPSCs）生成3D大脑类器官，以模拟精神分裂症（SCZ）在早期大脑发育关键时期的神经病理学特征	首次揭示了精神分裂症患者来源的类器官中内皮细胞的高渗透性和血管生成模式的改变	研究仅基于23个捐赠者的数据，样本量有限	探讨精神分裂症患者大脑发育过程中内皮细胞和血管功能障碍的作用	精神分裂症患者来源的诱导多能干细胞（iPSCs）生成的大脑类器官	NA	精神分裂症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	23个捐赠者的数据
6998	2024-10-21	SURGE: uncovering context-specific genetic-regulation of gene expression from single-cell RNA sequencing using latent-factor models 2024-01-22, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03152-z PMID:38254214	研究论文	开发了一种名为SURGE的方法，用于从单细胞转录组数据中发现特定上下文下的表达数量性状位点（eQTLs）	SURGE方法能够在没有先验知识的情况下，发现调节遗传调控的上下文或细胞类型	NA	研究基因表达的遗传调控在不同细胞上下文中的变化	单细胞转录组数据中的表达数量性状位点（eQTLs）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	潜在因子模型	转录组数据	外周血单细胞eQTL数据
6999	2024-10-21	A predisposed motor bias shapes individuality in vocal learning 2024-Jan-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2308837121 PMID:38198530	研究论文	研究探讨了鸣禽通过发声学习发展个体独特性的发育和分子机制	首次结合实验控制的系统发声训练、无偏差判别分析和单细胞转录组学，揭示了遗传倾向的发声运动偏差在发声学习个体变异中的初始起源	研究仅限于F杂交鸣禽，未来研究需要扩展到其他物种以验证结果的普遍性	探究发声学习中个体独特性的发育和分子机制	F杂交鸣禽的发声学习过程	NA	NA	单细胞转录组学	NA	声音特征数据	F杂交鸣禽个体
7000	2024-10-21	A spatial cell atlas of neuroblastoma reveals developmental, epigenetic and spatial axis of tumor heterogeneity 2024-Jan-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.07.574538 PMID:38260392	研究论文	本文构建了一个全面的神经母细胞瘤细胞图谱，揭示了肿瘤异质性的发育、表观遗传和空间轴	首次整合了单细胞/核RNA测序、批量RNA测序、全外显子测序、DNA甲基化分析、空间转录组学和两种空间蛋白质组学方法，全面分析了神经母细胞瘤的复杂异质性	NA	揭示神经母细胞瘤的发育、表观遗传和空间异质性	55例神经母细胞瘤患者肿瘤样本	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞/核RNA测序、批量RNA测序、全外显子测序、DNA甲基化分析、空间转录组学、空间蛋白质组学	NA	基因表达数据、DNA甲基化数据、蛋白质组数据	55例神经母细胞瘤患者肿瘤样本