单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
681	2025-07-22	The bone marrow of mouse-rat chimeras contains progenitors of multiple pulmonary cell lineages 2024, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2024.1394098 PMID:38694819	研究论文	本研究通过创建小鼠-大鼠嵌合体，探索了骨髓移植在辐射诱导的肺损伤后肺修复中的作用	利用大鼠作为“生物反应器”创建了富含呼吸祖细胞的小鼠骨髓细胞移植，首次发现供体骨髓细胞对肺内皮细胞和基质细胞的贡献	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索骨髓移植在辐射诱导肺损伤后肺修复中的作用	小鼠-大鼠嵌合体的骨髓细胞	生物医学	辐射诱导的肺损伤	单细胞RNA测序(scRNAseq)、流式细胞术(FACS)、免疫染色	小鼠-大鼠嵌合体模型	基因表达数据、细胞表型数据	未明确说明具体样本数量，但涉及小鼠-大鼠嵌合体及其骨髓细胞
682	2025-07-22	Regulation of Bacteroides acidifaciens by the aryl hydrocarbon receptor in IL-22-producing immune cells has sex-dependent consequential impact on colitis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1444045 PMID:39229279	研究论文	本研究探讨了芳香烃受体（AhR）在IL-22产生免疫细胞中对Bacteroides acidifaciens的调控作用及其在结肠炎中的性别依赖性影响	揭示了AhR在IL-22信号通路中的细胞和性别特异性作用，特别是对Bacteroides acidifaciens的调控及其在结肠炎中的性别差异影响	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究AhR在IL-22产生免疫细胞中的调控作用及其对结肠炎的影响	野生型小鼠、AhR ΔRorc小鼠和同窝对照小鼠	免疫学	结肠炎	单细胞RNA测序（scRNAseq）、16S rRNA微生物组分析	小鼠模型	基因表达数据、微生物组数据	野生型小鼠、AhR ΔRorc小鼠和同窝对照小鼠
683	2025-07-22	Approaches for Benchmarking Single-Cell Gene Regulatory Network Methods 2024, Bioinformatics and biology insights IF:2.3Q3 DOI:10.1177/11779322241287120 PMID:39502448	review	本文综述了单细胞基因调控网络方法的基准测试方法，并讨论了相关术语、金标准研究和数据集、性能指标以及不同基准测试方法的优缺点	提供了关于单细胞基因调控网络方法基准测试的全面讨论，提出了替代的真实数据集和额外的考虑因素	未涉及具体实验验证，主要基于理论和方法论的讨论	探讨单细胞基因调控网络方法的基准测试策略	单细胞基因调控网络的计算方法和基准测试方法	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
684	2025-07-22	Dendritic cell effector mechanisms and tumor immune microenvironment infiltration define TLR8 modulation and PD-1 blockade 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1440530 PMID:39697344	研究论文	本研究探讨了TLR8激动剂与PD-1阻断联合治疗在头颈部鳞状细胞癌患者中的作用机制	首次在人类中揭示了TLR8激动剂与PD-1阻断联合治疗的机制，并利用单细胞RNA测序和多重染色技术进行纵向采样分析	样本量较小，仅涉及三名患者	解析TLR8激动剂与PD-1阻断联合治疗的作用机制	头颈部鳞状细胞癌患者	肿瘤免疫学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序，多重染色	NA	RNA测序数据，图像数据	三名头颈部鳞状细胞癌患者的匹配治疗前后肿瘤活检样本
685	2025-07-22	A Self-Renewing Biomimetic Skeletal Muscle Construct Engineered using Induced Myogenic Progenitor Cells 2024-Jan, Advanced functional materials IF:18.5Q1 DOI:10.1002/adfm.202300571 PMID:40677964	research paper	该研究开发了一种能够自我更新的仿生骨骼肌构建体，使用诱导肌源性祖细胞（iMPCs）实现	利用iMPCs和电纺技术创建了能够自我更新并产生排列整齐肌管的仿生肌肉构建体，首次在体外模拟了骨骼肌的分化和再生过程	研究尚未在体内环境中验证构建体的长期功能和整合能力	开发模拟骨骼肌再生和排列的体外系统，用于基础研究和再生医学	诱导肌源性祖细胞（iMPCs）和仿生骨骼肌构建体	再生医学	肌肉疾病	电纺技术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	体外仿生模型	基因表达数据	NA
686	2025-07-22	Apoptosis recognition receptors regulate skin tissue repair in mice 2023-Dec-21, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.86269 PMID:38127424	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了凋亡细胞识别和清除在小鼠皮肤伤口早期炎症中的细胞动态变化及其对组织修复的调控机制	发现Axl信号通路在伤口修复中的必要性，并揭示了Timd4受体在凋亡细胞清除和组织修复中的独特作用	研究主要基于小鼠模型，人类糖尿病足伤口的数据仅涉及mRNA水平分析	探究凋亡细胞识别受体在皮肤组织修复中的调控机制	小鼠皮肤伤口和人类糖尿病足伤口	分子生物学	糖尿病足溃疡	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
687	2025-07-22	Retrospective pharmacogenetic study of psoriasis highlights the role of KLK7 in tumour necrosis factor signalling 2023-12-20, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljad332 PMID:37672660	研究论文	本研究通过回顾性药物遗传学分析，探讨了银屑病治疗反应相关的遗传通路，并揭示了KLK7在肿瘤坏死因子信号传导中的作用	发现了两个与治疗反应相关的新标记物，并首次证实KLK7在银屑病表皮中的表达增加及其对TNF抑制剂的反应性	研究基于回顾性数据，可能存在选择偏倚；样本量虽大但仅限于基因型数据	探索银屑病治疗反应相关的遗传标记物和生物学机制	1942例基因分型的银屑病患者	药物遗传学	银屑病	基因分型、线性回归、免疫组织化学、单细胞RNA测序	线性回归模型	基因型数据、表达数据、临床数据	1942例银屑病患者
688	2025-07-22	Complement C1q essential for aeroallergen sensitization via CSF1R+ conventional dendritic cells type 2 2023-11, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2023.07.016 PMID:37562753	研究论文	本研究揭示了补体C1q通过CSF1R+常规2型树突状细胞在气源性过敏原致敏中的关键作用	首次发现C1q在CSF1R+cDC2s中的选择性富集及其通过C1q-LRP1轴介导过敏反应的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需扩大	阐明CSF1R+cDC2s识别吸入过敏原的分子机制	小鼠肺树突状细胞和人类支气管肺泡灌洗样本	免疫学	过敏性肺部炎症	单细胞RNA测序、基因敲除模型、过敏原激发试验	基因敲除小鼠模型	转录组数据、蛋白质检测数据	小鼠模型和人类BAL样本（具体数量未明确说明）
689	2025-07-22	Bulk brain tissue cell-type deconvolution with bias correction for single-nuclei RNA sequencing data using DeTREM 2023-Sep-19, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-023-05476-w PMID:37726653	research paper	提出了一种名为DeTREM的新方法，用于改进基于单核RNA测序数据的脑组织细胞类型去卷积分析	DeTREM通过补偿细胞类型特征与批量RNA测序数据集之间的测序差异，提高了预测细胞类型比例的准确性	主要针对脑组织数据，其他组织类型的适用性未经验证	改进脑组织细胞类型定量分析的准确性	人类脑组织RNA测序数据	生物信息学	NA	单核RNA测序(snRNA-seq), 批量RNA测序	DeTREM, MuSiC, SCDC, CIBERSORTx	RNA测序数据	模拟和真实人类脑组织数据集
690	2025-07-22	CTLA-4 tail fusion enhances CAR-T antitumor immunity 2023-09, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-023-01571-5 PMID:37500885	研究论文	本研究通过融合CTLA-4细胞质尾部（CCT）到CAR-T细胞的CAR末端，显著增强了CAR-T细胞的抗肿瘤效果	利用CTLA-4细胞质尾部的内吞特性重新编程CAR功能，显著提高CAR-T细胞在体内的疗效	研究主要针对白血病模型，未在其他类型癌症中验证	提高CAR-T细胞的抗肿瘤免疫效果	CAR-T细胞	免疫治疗	白血病	单细胞RNA测序、流式细胞术	CAR-T细胞模型	基因表达数据、流式细胞数据	未明确提及具体样本数量
691	2025-07-22	Disease-associated astrocytes and microglia markers are upregulated in mice fed high fat diet 2023-08-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-39890-0 PMID:37558676	研究论文	探讨高脂饮食（HFD）如何通过上调疾病相关星形胶质细胞（DAA）和小胶质细胞标记物，增加阿尔茨海默病（AD）和2型糖尿病的风险	首次发现C4b作为星形胶质细胞特异性标记物，在高脂饮食和AD中均上调，并揭示了DAA与GABA能神经元之间的潜在相互作用	研究主要基于小鼠模型和有限的人类AD数据，可能不完全反映人类疾病的全貌	探索高脂饮食、糖尿病和阿尔茨海默病之间的分子联系	高脂饮食喂养的小鼠和人类AD患者的大脑组织	神经科学	阿尔茨海默病	RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，涉及高脂饮食小鼠和人类AD患者的大脑样本
692	2025-07-22	An Atlas of the Developing Drosophila Visual System Glia and Subcellular mRNA Localization of Transcripts in Single Cells 2023-Aug-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.08.06.552169 PMID:37609218	研究论文	本研究通过单细胞mRNA测序图谱全面注释了果蝇视觉系统中胶质细胞，并研究了它们从幼虫到成虫阶段的发育轨迹	发现了胶质细胞体与断裂过程的转录组差异，并鉴定了特定mRNA在细胞体或细胞过程中的定位	研究仅针对果蝇视觉系统，可能不适用于其他生物或神经系统	理解胶质细胞的发育和功能	果蝇视觉系统中的胶质细胞	神经科学	NA	scRNA-seq	NA	mRNA测序数据	发育中的果蝇视觉系统胶质细胞（幼虫到成虫阶段）
693	2025-07-22	CONSTRUCTION OF SEPSIS DIAGNOSTIC MODELS AND IDENTIFICATION OF MACROPHAGE SUBPOPULATIONS BASED ON PYROPTOSIS-RELATED GENES 2023-07-01, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002137 PMID:37179249	研究论文	本研究基于焦亡相关基因构建了脓毒症诊断模型，并鉴定了与预后相关的巨噬细胞亚群	首次基于焦亡相关基因构建脓毒症诊断风险评分模型，并发现与预后相关的巨噬细胞亚群	研究依赖于公共数据库数据，缺乏独立队列验证	探索焦亡在脓毒症中的潜在预后和诊断价值	脓毒症患者	生物信息学	脓毒症	bulk RNA测序, scRNA-seq	逻辑回归分析, LASSO回归分析	RNA测序数据	来自Gene Expression Omnibus数据库的测序数据
694	2025-07-22	Single-Cell Transcriptome Analysis Identifies Subclusters with Inflammatory Fibroblast Responses in Localized Scleroderma 2023-Jun-06, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms24129796 PMID:37372943	研究论文	通过单细胞转录组分析，识别了局限性硬皮病中具有炎症性成纤维细胞反应的亚群	首次在局限性硬皮病中利用单细胞RNA测序技术识别了12个成纤维细胞亚群，并发现了一个独特的CXCL2/IRF1炎症性成纤维细胞亚群	样本量相对较小（14例患者和14例对照），且主要关注皮肤组织	探究局限性硬皮病的成纤维细胞亚群及其基因表达特征	局限性硬皮病患者的皮肤组织	数字病理学	局限性硬皮病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	14例局限性硬皮病患者（包括儿童和成人）和14例健康对照
695	2025-07-22	CX3CR1+ Macrophage Facilitates the Resolution of Allergic Lung Inflammation via Interacting CCL26 2023-06-01, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202209-1670OC PMID:36790376	research paper	本研究探讨了CX3CR1+巨噬细胞通过与CCL26相互作用促进过敏性肺部炎症消退的机制	揭示了CCL26-CXCR通路在嗜酸性过敏性肺部炎症消退中的关键作用，并发现CXCR巨噬细胞通过分泌C1q促进嗜酸性粒细胞清除	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，结果在人类中的普适性需要进一步验证	探究组织驻留巨噬细胞在嗜酸性肺部炎症消退过程中的细胞机制	人类和小鼠的肺泡巨噬细胞(AM)亚群	免疫学	过敏性肺部疾病	质谱流式细胞技术、单细胞RNA测序、生物物理和免疫学分析	条件性CCL26敲除转基因小鼠模型	单细胞RNA测序数据、质谱流式数据	人类支气管肺泡灌洗液样本和小鼠模型
696	2025-07-22	Hallmarks of transcriptional intratumour heterogeneity across a thousand tumours 2023-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06130-4 PMID:37258682	研究论文	该研究通过整合77项不同研究的数据，分析了1,163个肿瘤样本中的转录组瘤内异质性（ITH），识别出41个共识元程序，并映射到11个转录ITH的标志中	整合了大量单细胞RNA测序数据，首次系统性地描述了跨多种肿瘤类型的转录组瘤内异质性，并识别出共识元程序和转录ITH的标志	研究依赖于已有数据集，可能受到原始数据质量和样本选择的限制	系统性地描述和分析跨多种肿瘤类型的转录组瘤内异质性	1,163个肿瘤样本，涵盖24种肿瘤类型	癌症基因组学	多种癌症	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	1,163个肿瘤样本
697	2025-07-22	A single-cell gene expression atlas of human follicular aspirates: Identification of leukocyte subpopulations and their paracrine factors 2023-04, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202201746RR PMID:36934419	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析人类卵泡抽吸物中的基因表达图谱，识别白细胞亚群及其旁分泌因子	首次在人类排卵卵泡中识别出13种细胞群，包括10种白细胞亚群，并揭示了这些白细胞亚群通过分泌因子影响颗粒细胞功能的新机制	样本量较小（仅4名IVF患者），且仅针对特定人群（IVF患者）进行研究	探究人类排卵卵泡中白细胞亚群的组成及其与卵泡细胞的相互作用机制	人类卵泡抽吸物中的细胞群	单细胞转录组学	生殖系统疾病	scRNA-seq	NA	单细胞基因表达数据	4名IVF患者的卵泡抽吸物
698	2025-07-22	Phospho-seq: Integrated, multi-modal profiling of intracellular protein dynamics in single cells 2023-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.27.534442 PMID:37034703	研究论文	介绍了一种名为Phospho-seq的集成方法，用于量化单细胞中磷酸化蛋白的动态变化，并将其与转录调控元件和目标联系起来	开发了一种简化的抗体偶联方法，创建大规模定制抗体面板，实现蛋白质和scATAC-seq的同时分析，并通过桥接整合与scRNA-seq数据集结合	未提及具体的技术限制或样本量限制	研究细胞内蛋白质动态变化及其与转录调控的关系	细胞系、诱导多能干细胞和3个月大的脑类器官	单细胞测序技术	NA	Phospho-seq, scATAC-seq, scRNA-seq, 抗体偶联	NA	单细胞蛋白质组、表观基因组和转录组数据	细胞系、诱导多能干细胞和脑类器官
699	2025-07-22	CPA-Perturb-seq: Multiplexed single-cell characterization of alternative polyadenylation regulators 2023-Feb-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.09.527751 PMID:36798324	research paper	介绍了一种名为CPA-Perturb-seq的多重扰动筛选数据集，用于研究42种已知的CPA调控因子如何影响多聚腺苷酸化位点的选择	开发了CPA-Perturb-seq数据集和APARENT-Perturb多任务深度神经网络，用于预测扰动响应性并揭示不同调控复合物之间的相互作用	NA	理解蛋白质如何调控多聚腺苷酸化位点的选择	42种已知的CPA调控因子	生物信息学	NA	3' scRNA-seq	multi-task deep neural network (APARENT-Perturb)	scRNA-seq数据	NA
700	2025-07-22	Losartan controls immune checkpoint blocker-induced edema and improves survival in glioblastoma mouse models 2023-02-07, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2219199120 PMID:36724255	研究论文	研究发现免疫检查点抑制剂(ICBs)在胶质母细胞瘤患者和小鼠模型中引发脑水肿，并证明血管紧张素受体阻滞剂洛沙坦能预防这种水肿并改善治疗效果	首次揭示ICBs引发脑水肿的机制，并发现洛沙坦能预防水肿并重编程肿瘤微环境，提高生存率	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果需进一步验证	探索ICBs在胶质母细胞瘤治疗中的副作用机制及解决方案	胶质母细胞瘤小鼠模型及部分患者	肿瘤免疫治疗	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、活体成像、CD8 T细胞阻断研究	小鼠肿瘤模型	基因表达数据、影像数据	未明确说明具体样本量，涉及小鼠模型和部分患者数据