单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
681	2025-06-13	Chromosome-contiguous genome for the Haecon-5 strain of Haemonchus contortus reveals marked genetic variability and enables the discovery of essential gene candidates 2024-11, International journal for parasitology IF:3.7Q1 DOI:10.1016/j.ijpara.2024.08.003 PMID:39168434	研究论文	本文报道了澳大利亚Haecon-5株Haemonchus contortus的染色体连续基因组，揭示了显著的遗传变异性并发现了潜在必需基因候选	首次提供了Haecon-5株的高质量染色体连续基因组，并采用跨物种机器学习方法预测了必需单拷贝基因	研究仅针对Haecon-5株，与其他菌株的比较仍需进一步验证	为宿主-寄生虫相互作用、药物发现和群体遗传学研究提供基因组资源	Haemonchus contortus寄生虫的Haecon-5株	基因组学	寄生虫感染	比较基因组分析、机器学习、单细胞RNA-seq	跨物种机器学习模型	基因组序列、转录组数据	1个Haecon-5株基因组（约280 Mb）和19,234个蛋白质编码基因模型
682	2025-06-13	Matrisomics: Beyond the extracellular matrix for unveiling tumor microenvironment 2024-11, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2024.189178 PMID:39241895	research paper	本文探讨了癌症组织中基质组蛋白的多样化模式及其在肿瘤微环境中的作用	利用多种组学方法（包括表观组学、基因组学、转录组学和蛋白质组学）及新技术（如单细胞RNA测序和空间转录组学）研究癌症基质组	癌症基质组的具体机制和临床应用尚未完全阐明	揭示癌症基质组在肿瘤微环境中的调控作用及其临床意义	癌症组织中的基质组蛋白	肿瘤生物学	癌症	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 表观组学, 基因组学, 转录组学, 蛋白质组学	NA	组学数据	NA
683	2025-06-13	Hematopoietic cells emerging from hemogenic endothelium exhibit lineage-specific oxidative stress responses 2024-11, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2024.107815 PMID:39326495	研究论文	研究人类胚胎发生过程中，血源性内皮细胞（HE）在不同缺氧条件下对造血过程的影响及其对氧化应激的响应	揭示了不同HE来源的血细胞谱系在缺氧条件下的转录变化及氧化应激反应的差异，特别是红细胞对氧化应激的易感性和CD45细胞的抗性机制	研究主要基于单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证	探讨缺氧和氧化应激如何影响血源性内皮细胞衍生的造血谱系	人类胚胎中的血源性内皮细胞及其衍生的血细胞谱系	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
684	2025-06-13	Antibody-Fab and -Fc features promote Mycobacterium tuberculosis restriction 2024-Oct-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.07.617070 PMID:39416184	research paper	该研究探讨了抗体Fab和Fc特性在促进结核分枝杆菌限制中的作用	通过Fc交换优化保护性抗体，揭示了Fc效应功能在结核分枝杆菌限制中的关键作用，并发现抗体介导的限制与组织水平免疫反应的重组相关	研究主要基于小鼠模型，未涉及人类临床试验	探究抗体在结核分枝杆菌限制中的机制	结核分枝杆菌和单克隆抗体	免疫学	结核病	单细胞转录组学	NA	NA	NA
685	2025-06-13	The G4 resolvase Dhx36 modulates cardiomyocyte differentiation and ventricular conduction system development 2024-10-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52809-1 PMID:39366945	研究论文	该研究揭示了Dhx36解旋酶在小鼠心肌细胞分化和心室传导系统发育中的关键作用	首次发现Dhx36通过解析启动子G-四链体结构调控关键心脏基因网络，影响心肌细胞分化和传导系统形态发生	研究仅基于小鼠模型，未在人类样本中验证	探索心脏传导系统发育和心肌细胞分化的转录调控机制	小鼠胚胎和新生心脏	心血管发育生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序(snRNA-seq)，单细胞ATAC测序(snATAC-seq)	基因敲除小鼠模型	基因组数据，表观基因组数据	未明确说明数量的基因敲除小鼠样本
686	2025-06-13	The frequency of CD38+ alveolar macrophages correlates with early control of M. tuberculosis in the murine lung 2024-10-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52846-w PMID:39358361	研究论文	本文通过多模态单细胞RNA测序在小鼠模型中展示了不同肺泡巨噬细胞亚群在结核病进展或控制中的不同作用	揭示了CD38阳性和阴性肺泡巨噬细胞在结核病控制中的动态作用及其表观遗传预激活机制	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性有待验证	探究肺泡巨噬细胞亚群在结核病控制中的作用机制	小鼠模型中的肺泡巨噬细胞	免疫学	结核病	多模态单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
687	2025-06-13	The estrogen response in fibroblasts promotes ovarian metastases of gastric cancer 2024-09-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52615-9 PMID:39349474	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了雌激素通过激活ER-MDK-LRP1信号轴促进胃癌卵巢转移的分子机制	首次发现卵巢成纤维细胞在雌激素刺激下分泌MDK，通过MDK-LRP1轴促进胃癌细胞迁移和侵袭	样本量较小（18例患者），且仅关注了雌激素-MDK-LRP1这一条信号通路	探究胃癌卵巢转移的分子机制	胃癌患者的卵巢转移瘤样本	肿瘤生物学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	18例胃癌患者的45个肿瘤样本
688	2025-06-13	CD38+ Alveolar macrophages mediate early control of M. tuberculosis proliferation in the lung 2024-Jul-15, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3934768/v1 PMID:39070650	研究论文	本研究通过多模态单细胞RNA测序分析，揭示了CD38+肺泡巨噬细胞在结核病早期控制结核分枝杆菌增殖中的关键作用	首次鉴定出CD38+单核细胞来源的肺泡巨噬细胞(moAMs)和组织驻留肺泡巨噬细胞(TR-AMs)作为细菌生长的重要控制者，并发现CD38 TR-AMs在感染前具有独特的染色质特征	研究主要关注小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究不同巨噬细胞亚群在结核病感染过程中的动态作用和调控机制	肺泡巨噬细胞亚群	免疫学	结核病	多模态scRNA-seq分析, scATAC-seq分析	NA	单细胞转录组数据, 染色质可及性数据	未明确说明样本数量，但涉及多个感染时间点的巨噬细胞亚群分析
689	2025-06-13	An inducible genetic tool to track and manipulate specific microglial states reveals their plasticity and roles in remyelination 2024-06-11, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.05.005 PMID:38821054	research paper	该研究开发了一种可诱导的遗传工具Clec7a-CreER，用于追踪和操纵特定小胶质细胞状态，揭示了它们的可塑性及其在髓鞘再生中的作用	开发了Clec7a-CreER这一新型遗传工具，首次实现了对PAMs和DAMs的精准追踪和操纵，揭示了小胶质细胞状态的可塑性及其在疾病恢复中的功能	研究主要聚焦于PAMs和DAMs，其他小胶质细胞亚群的功能尚未完全阐明	探究小胶质细胞状态的可塑性及其在中枢神经系统发育和疾病中的功能	增殖区域相关小胶质细胞(PAMs)和疾病相关小胶质细胞(DAMs)	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 可诱导Cre-loxP系统	NA	基因表达数据	多个发育阶段和疾病模型中的小胶质细胞
690	2025-06-13	Loss of function of male-specific lethal 3 (Msl3) does not affect spermatogenesis in rodents 2024-05, Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists IF:2.0Q3 DOI:10.1002/dvdy.669 PMID:37847071	research paper	研究探讨了雄性特异性致死蛋白3（Msl3）在啮齿动物精子发生中的作用	首次在啮齿动物中研究了Msl3在减数分裂进入中的作用，并发现其功能丧失不影响精子发生	研究仅针对啮齿动物，未涉及其他哺乳动物或灵长类	探究Msl3在哺乳动物减数分裂进入中的作用	小鼠精子发生过程	分子生物学	NA	单细胞RNA测序、条件性敲除小鼠模型	条件性敲除小鼠模型	RNA-seq数据	NA
691	2025-06-13	An individualized stemness-related signature to predict prognosis and immunotherapy responses for gastric cancer using single-cell and bulk tissue transcriptomes 2024-01, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.6908 PMID:38168907	研究论文	开发了一种基于胃癌干细胞特性的个体化特征签名，用于预测预后和免疫治疗反应	利用单细胞RNA-Seq数据和批量组织转录组数据，开发了一种能够逐个分析患者个体化特征的签名，克服了批次效应问题	研究依赖于现有的单细胞和批量转录组数据集，可能受到数据质量和样本来源的限制	开发一个个体化的胃癌干细胞相关特征签名，用于预测患者预后和免疫治疗效果	胃癌患者	数字病理学	胃癌	单细胞RNA-Seq, 批量组织转录组分析	NA	转录组数据	多个独立测试数据集中的胃癌样本
692	2025-06-13	Abomasal RNA-seq reveals a strong local cellular response in suckling lambs with resistance against Haemonchus contortus 2023-11, International journal for parasitology IF:3.7Q1 DOI:10.1016/j.ijpara.2023.06.008 PMID:37673202	研究论文	通过RNA测序分析比较了抗性和易感性羊羔对Haemonchus contortus感染的黏膜转录组差异	首次利用单细胞RNA测序数据注释差异表达基因，揭示了抗性羊羔中内皮细胞和簇细胞的显著表达增加及其在抗性机制中的作用	样本量较小（每种羊羔各4只），且研究仅针对特定年龄段的羊羔	探索羊羔对Haemonchus contortus感染的抗性机制	Santa Ines和Ile de France羊羔的皱胃组织	转录组学	寄生虫感染	RNA-seq, scRNA-seq	NA	RNA序列数据	8只羊羔（SI和IF各4只）
693	2025-06-12	3D-printed advanced scaffold armed with exosomes derived from human skeletal stem cell identified by single-cell RNA sequencing enhances osteochondral regeneration 2025-Sep, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.04.028 PMID:40487240	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序鉴定了来自髌下脂肪垫的骨骼干细胞，并利用其外泌体结合3D打印技术开发了一种新型水凝胶支架，用于增强骨软骨缺损的再生	利用单细胞RNA测序鉴定具有高分化潜能的骨骼干细胞，开发了结合外泌体的3D打印水凝胶支架，显著促进骨软骨同步修复	研究仅在大鼠模型中进行，尚未进行临床试验	开发一种新型骨软骨再生策略	骨骼干细胞及其外泌体、骨软骨缺损	组织工程	骨软骨缺损	单细胞RNA测序(ScRNA-seq)、流式细胞术、3D打印技术	NA	RNA测序数据、细胞实验数据	大鼠骨软骨缺损模型
694	2025-06-12	Skeletal site-specific variations in myeloid cells: insights from single-cell RNA sequencing of the mandible and femur 2025-Jul, JBMR plus IF:3.4Q2 DOI:10.1093/jbmrpl/ziaf074 PMID:40486046	research paper	通过单细胞RNA测序研究下颌骨和股骨骨髓中CD11b+髓系细胞的差异，揭示下颌骨来源细胞具有独特的炎症基因特征	首次通过单细胞RNA测序揭示下颌骨与股骨骨髓中CD11b+髓系细胞的转录组差异，并发现KLF4基因在下颌骨来源细胞分化中的特异性作用	研究仅使用2月龄C57BL/6小鼠样本，未涉及其他年龄段或品系	探究不同骨骼部位（下颌骨与股骨）髓系细胞群的生物学差异	2月龄C57BL/6小鼠下颌骨和股骨骨髓中的CD11b+髓系细胞	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），转座酶可及染色质测序（ATAC-seq），定量逆转录PCR（qRT-PCR）	NA	单细胞转录组数据，表观遗传数据	2月龄C57BL/6小鼠的下颌骨和股骨骨髓样本
695	2025-06-12	Acquired resistance to immunotherapy by physical barriers with cancer cell-expressing collagens in non-small cell lung cancer 2025-Jun-17, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2500019122 PMID:40498460	研究论文	本研究探讨了非小细胞肺癌中癌细胞表达的胶原蛋白如何通过形成物理屏障导致对免疫治疗的获得性耐药	揭示了肿瘤细胞通过表达胶原蛋白形成物理屏障的固有机制导致免疫治疗耐药，并提出了通过破坏这些屏障来恢复治疗敏感性的潜在策略	研究主要基于小鼠模型和肿瘤类器官，临床转化需要进一步验证	探究非小细胞肺癌对免疫治疗产生获得性耐药的机制	非小细胞肺癌小鼠模型和肿瘤类器官	肿瘤免疫学	非小细胞肺癌	单细胞RNA测序、电子显微镜检测	小鼠肿瘤模型	基因表达数据、显微图像	未明确说明具体样本数量，使用小鼠模型和肿瘤类器官
696	2025-06-12	l-Cysteine Alleviates Peritoneal Fibrosis by Repressing PKM2 in Peritoneal Mesothelial Cells 2025-Jun-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202500229R PMID:40497367	研究论文	本文探讨了l-半胱氨酸通过抑制PKM2减轻腹膜纤维化的机制	揭示了PKM2通过乙酰化组蛋白H3K9促进SNAI2表达，进而促进腹膜纤维化的分子机制，并发现l-半胱氨酸可阻断这一过程	分子机制研究尚未完全阐明，临床转化效果需进一步验证	探究腹膜纤维化的分子机制及潜在治疗策略	腹膜间皮细胞及腹膜纤维化患者	分子生物学	腹膜纤维化	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫共沉淀、染色质免疫沉淀、基因沉默技术	NA	基因表达数据	长期腹膜透析患者的流出液细胞
697	2025-06-12	Engineering CRISPR System-Based Bacterial Outer Membrane Vesicle Potentiates T Cell Immunity for Enhanced Cancer Immunotherapy 2025-Jun-11, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202501565 PMID:40495695	研究论文	本研究开发了一种基于CRISPR系统的工程化细菌外膜囊泡(OMV)，用于增强T细胞免疫以改善癌症免疫治疗效果	首次将CRISPR系统与OMV结合，实现了多基因的高效包装和递送，显著增强了T细胞的趋化和激活能力	研究仅在鼠模型和人源化小鼠模型中进行，尚未进行临床试验	开发新型癌症基因治疗平台以克服免疫治疗耐药性	膀胱癌和乳腺癌肿瘤模型	基因治疗	膀胱癌, 乳腺癌	CRISPR系统, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	鼠MB49和B16F10肿瘤模型, 人源化小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，涉及两种鼠肿瘤模型和人源化小鼠模型
698	2025-06-12	Filtering for Highly Variable Genes and High-Quality Spots Improves Phylogenetic Analysis of Cancer Spatial Transcriptomics Visium Data 2025-Jun-11, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2024.0614 PMID:40495757	research paper	该研究探讨了在Visium空间转录组数据中进行系统发育分析的预处理和建模方法，以提高重建的拓扑关系和分支长度估计的准确性	提出使用高变基因和考虑组织覆盖斑点中RNA捕获异质性的方法，改进了空间转录组数据的系统发育分析	未提及具体样本量或实验验证的详细结果	改进癌症空间转录组数据的系统发育分析方法	Visium空间转录组数据	digital pathology	cancer	spatial transcriptomics, RNA-seq	NA	spatial transcriptomics data	NA
699	2025-06-12	Single-Cell RNA Sequencing Study on Two Synovial Derived Tumors in the Temporomandibular Joint 2025-Jun-11, Oral diseases IF:2.9Q1 DOI:10.1111/odi.70003 PMID:40495754	research paper	通过单细胞RNA测序研究颞下颌关节中两种滑膜来源肿瘤的细胞组成和分化轨迹	首次使用单细胞RNA测序技术分析SC和D-TSGCT的细胞组成、分化轨迹及细胞间通讯，并验证FLS在SC初期的软骨分化潜能	研究仅针对颞下颌关节的两种特定肿瘤，可能不适用于其他部位的类似肿瘤	探究颞下颌关节滑膜软骨瘤病（SC）和弥漫性腱鞘巨细胞瘤（D-TSGCT）的细胞组成及分化轨迹	滑膜软骨瘤病（SC）和弥漫性腱鞘巨细胞瘤（D-TSGCT）	digital pathology	temporomandibular joint tumors	single-cell RNA sequencing, cell culture, morphological experiments	NA	RNA sequencing data, cell morphology data	未明确提及样本数量
700	2025-06-12	C-C Chemokine Receptor 2 is a Tissue Biomarker for Abdominal Aortic Aneurysmal and Occlusive Disease 2025-Jun-11, Annals of surgery IF:7.5Q1 DOI:10.1097/SLA.0000000000006778 PMID:40495781	研究论文	评估CCR2作为主动脉疾病严重程度的组织生物标志物，特别是在腹主动脉瘤（AAA）患者中的应用	首次提出CCR2作为AAA疾病严重程度的组织生物标志物，并通过单细胞RNA测序数据集验证其在人类AAA组织中的表达	样本量较小（42例），且仅针对特定类型的主动脉疾病进行研究	寻找能够监测AAA进展和预测破裂风险的组织生物标志物	腹主动脉瘤（AAA）、破裂腹主动脉瘤（rAAA）、主动脉髂动脉闭塞性疾病（AOD）及正常腹主动脉（NAA）患者	生物标志物研究	腹主动脉瘤	单细胞RNA测序	NA	组织样本、RNA测序数据	42例主动脉组织样本