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当前共找到 33643 篇文献，本页显示第 681 - 700 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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| 681 | 2025-11-28 |
A clinically relevant pan-cancer prognostic signature derived from T-cell activation immune genes: Experimental validation across malignancies with emphasis on breast cancer
2025-Nov-20, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2025.108044
PMID:41274393
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研究论文 | 本研究开发了一个基于T细胞活化免疫基因的泛癌预后特征，并通过实验验证其在多种恶性肿瘤中的预后价值，特别关注乳腺癌 | 首次系统构建基于T细胞活化相关免疫应答基因的泛癌预后模型，发现PTGER4在免疫检查点阻断治疗中的关键作用 | 研究主要基于公共数据库数据，需要更多独立队列验证；动物模型结果需进一步临床转化验证 | 系统评估T细胞活化相关免疫基因在多种癌症中的预后价值及其免疫治疗意义 | 多种恶性肿瘤患者数据，特别关注乳腺癌；小鼠模型用于机制验证 | 生物信息学 | 多种癌症 | 转录组分析，单细胞RNA测序，LASSO Cox回归 | 预后特征模型，Cox回归模型 | 转录组数据，单细胞RNA测序数据 | UCSC Xena数据库中的泛癌转录组数据 | NA | 单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 682 | 2025-11-28 |
Integrated bioinformatics and in vitro validation reveal TUBB as a core gene and therapeutic target in NAFLD-related hepatocellular carcinoma
2025-Nov-19, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.149026
PMID:41271048
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研究论文 | 本研究通过整合生物信息学分析和体外实验验证，揭示TUBB基因在NAFLD相关肝细胞癌中的核心作用及治疗靶点价值 | 首次将TUBB确定为NAFLD向HCC转变过程中的关键生物标志物，并通过多数据库整合、机器学习算法和体外实验验证其诊断、预后和治疗潜力 | 研究主要基于公共数据库的转录组数据，需要更多临床样本和体内实验进一步验证 | 探索NAFLD向肝细胞癌转变的分子机制并识别潜在治疗靶点 | NAFLD和HCC的转录组数据及HCC细胞系 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 转录组测序,单细胞RNA测序,分子对接,体外实验 | 加权基因共表达网络分析,机器学习算法 | 基因表达数据 | 来自TCGA、ICGC和GEO数据库的多个数据集 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 683 | 2025-11-28 |
Early female germline development in Xenopus laevis: Stem cells, nurse cells, and germline cysts
2025-Nov-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2522343122
PMID:41213017
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和高分辨率成像技术重建了非洲爪蟾早期雌性生殖系发育过程，揭示了生殖细胞囊肿的极性和功能 | 首次在非哺乳类脊椎动物中识别出具有神经元特异性和转座子沉默基因表达的生殖干细胞群体，并发现由稳定微管组成的不对称fusome样结构 | 研究仅限于非洲爪蟾模型，结果在哺乳动物中的普适性需要进一步验证 | 探究非哺乳类脊椎动物卵巢中生殖细胞囊肿的极性和功能 | 非洲爪蟾的雌性生殖系发育过程，包括生殖干细胞、保育细胞和生殖细胞囊肿 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 高分辨率成像 | NA | 基因表达数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 684 | 2025-11-28 |
The SWI/SNF chromatin-remodeling subunit DPF2 regulates macrophage inflammation in intestinal injury via the CACNA1D-mediated MAPK pathway
2025-Nov-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2518762122
PMID:41223220
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研究论文 | 本研究揭示了DPF2通过调控CACNA1D表达和MAPK通路在巨噬细胞炎症极化及肠道损伤修复中的关键作用 | 首次发现DPF2通过调节CACNA1D介导的钙信号和MAPK通路调控巨噬细胞炎症极化的新机制 | NA | 探究DPF2在肠道损伤中调控巨噬细胞炎症反应的分子机制 | 巨噬细胞、肠道组织、临床炎症性肠病患者样本 | 单细胞生物学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,小鼠遗传学,类器官培养 | NA | 基因表达数据,表观遗传数据,临床样本数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 685 | 2025-11-28 |
Transcriptomic profiling confirms microRNA-140 is more functional in joint development than in disease
2025-Nov-14, Osteoarthritis and cartilage
IF:7.2Q1
DOI:10.1016/j.joca.2025.11.005
PMID:41242538
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研究论文 | 本研究通过转录组分析确认microRNA-140在关节发育中比在骨关节炎疾病中具有更强的功能作用 | 首次通过空间转录组学揭示miR-140-5p在静止软骨细胞和软骨膜中的特异性功能，并系统比较其在发育与疾病中的不同作用 | 研究仅使用小鼠模型，结果向人类转化需谨慎；骨关节炎模型仅采用创伤后模型 | 探究miR-140在骨骼发育和骨关节炎中的不同作用，并识别新的miR-140-5p靶标 | Mir140基因敲除小鼠模型，包括骨骼发育和骨关节炎诱导模型 | 转录组学 | 骨关节炎 | CRISPR-Cas9基因编辑，RNA测序，空间转录组学，组织学分析 | 基因敲除小鼠模型 | 转录组数据，空间基因表达数据，组织学图像 | 7日龄小鼠的肋软骨细胞和下肢生长板组织 | NA | RNA测序，空间转录组学 | NA | NA |
| 686 | 2025-11-28 |
Matrix metalloproteinases are hallmark early biomarkers and therapeutic targets in FSHD
2025-Nov-10, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.195104
PMID:40966415
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研究论文 | 本研究揭示了基质金属蛋白酶(MMPs)在面肩肱型肌营养不良症(FSHD)中作为早期生物标志物和治疗靶点的重要作用 | 首次通过单细胞RNA测序确定FAPs和巨噬细胞是肌营养不良肌肉中MMPs的主要来源，并证明泛MMP抑制剂batimastat可改善肌肉病变 | 研究主要基于动物模型，人类临床验证尚需进一步研究 | 探究MMPs在FSHD疾病进展中的作用机制及治疗潜力 | 面肩肱型肌营养不良症(FSHD)患者活检样本和iDUX4pA FSHD小鼠模型 | 生物医学研究 | 肌营养不良症 | RNA-Seq, 单细胞RNA-Seq | NA | 基因表达数据 | NA | NA | RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 687 | 2025-11-28 |
Platelets impair the resolution of inflammation in atherosclerotic plaques in insulin-resistant mice after lipid lowering
2025-Nov-10, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.193593
PMID:41066197
|
研究论文 | 本研究探讨胰岛素抵抗状态下血小板如何阻碍降脂治疗期间动脉粥样硬化斑块的炎症消退 | 首次揭示血小板通过抑制Fcgr4+巨噬细胞亚群扩增阻碍斑块炎症消退的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床数据有限 | 探究血小板在胰岛素抵抗个体降脂治疗中影响动脉粥样硬化斑块炎症消退的作用机制 | 肥胖胰岛素抵抗小鼠模型及人类临床数据 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据，临床数据 | 小鼠模型及患者队列（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 688 | 2025-11-28 |
Key Considerations on CITE-Seq for Single-Cell Multiomics
2025-Nov, Proteomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1002/pmic.202400011
PMID:39924789
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综述 | 本文聚焦CITE-Seq单细胞多组学技术的工作流程，以微孔板单细胞分析系统为例，提供抗体衍生标签染色、文库制备、测序和数据分析的关键注意事项 | 系统梳理CITE-Seq技术实施要点，首次以微孔板单细胞分析系统为范例提供全流程实用指南 | NA | 为研究人员提供执行CITE-Seq完整工作流程的实用指导 | 单细胞多组学分析技术 | 单细胞多组学 | NA | CITE-Seq, 单细胞mRNA测序, 抗体衍生标签 | NA | 基因表达数据, 蛋白质丰度数据 | NA | NA | 单细胞多组学, CITE-Seq | NA | 微孔板单细胞分析系统 |
| 689 | 2025-11-28 |
Splicing-aware scRNA-Seq resolution reveals execution-ready programs in effector Tregs
2025-Nov, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013682
PMID:41212920
|
研究论文 | 开发了一种名为SANSARA的剪接感知单细胞RNA测序分析方法，用于识别效应Treg细胞中的执行就绪程序 | 首次在单细胞RNA测序降维分析中区分剪接和未剪接mRNA，揭示了传统方法无法检测的细胞功能状态 | 方法验证主要限于外周血调节性T细胞，在其他细胞类型和组织中的普适性需要进一步验证 | 开发剪接感知的单细胞RNA测序分析方法，以更精确地解析细胞功能状态 | 外周血调节性T细胞(Treg)亚群，包括Th1和细胞毒性CD4+ T细胞亚群 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 690 | 2025-11-28 |
Altered Epithelial-Mesenchymal Progenitor States Lead to Matrix Deposition, Tissue Inflammation, and Transitional Epithelial State in Congenital Diaphragmatic Hernia
2025 Nov-Dec, Fetal and pediatric pathology
IF:0.7Q4
DOI:10.1080/15513815.2025.2585371
PMID:41246903
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究先天性膈疝肺组织中上皮-间质祖细胞状态改变及其对细胞外基质沉积和组织炎症的影响 | 首次在先天性膈疝模型中揭示间质祖细胞过早获得间质样特征及远端上皮细胞进入过渡状态 | 研究仅使用大鼠模型，样本量有限，需要进一步验证 | 探究先天性膈疝肺发育异常的分子机制 | 正常和先天性膈疝胎鼠肺组织 | 单细胞生物学 | 先天性膈疝 | 单细胞RNA测序，免疫染色 | Seurat | 单细胞转录组数据，图像数据 | 正常和CDH胎鼠肺组织在E17、E19和E21时间点 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 691 | 2025-11-28 |
Single-cell omics arena: evaluation of large language models for automatic cell-type annotations on single-cell omics data via RNA-seq bridging
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf622
PMID:41283813
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研究论文 | 本文评估大型语言模型在单细胞组学数据中自动细胞类型注释的能力，并提出了跨模态翻译方法 | 首次系统评估8种大型语言模型在1226个细胞类型注释任务中的表现，并提出基于VAE的跨模态翻译模块处理非可解释特征 | 仅评估了11个公开可用的单细胞RNA测序数据集，模型性能可能受限于数据集规模和多样性 | 评估大型语言模型在单细胞组学数据中自动细胞类型注释的能力 | 单细胞组学数据中的细胞类型注释 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 大型语言模型(LLM), VAE | 基因表达数据, 表观遗传标记 | 11个公开单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 692 | 2025-11-28 |
PTGER4 Governs Immune Evasion and Therapy Resistance in Kidney Cancer via Ribosome Biogenesis Dysregulation
2025-Nov, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70956
PMID:41284374
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研究论文 | 本研究通过多组学数据分析揭示了PTGER4通过调控核糖体生物合成影响肾癌免疫逃逸和治疗抵抗的机制 | 首次发现PTGER4作为肾癌中的关键抑癌基因，通过调控核糖体生物合成影响免疫应答和治疗反应 | NA | 探究核糖体生物合成异常在肾透明细胞癌进展和免疫治疗反应中的作用机制 | 肾透明细胞癌(KIRC)患者肿瘤样本 | 机器学习 | 肾癌 | 单细胞RNA测序,基因网络分析(hdWGCNA),机器学习 | NA | 多组学数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 693 | 2025-11-28 |
Development of a PANoptosis-Related Pathomics Prognostic Model in Ovarian Cancer: A Multi-Omics Study
2025-Nov, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70958
PMID:41284376
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研究论文 | 本研究开发了一个基于PANoptosis相关病理组学的卵巢癌预后模型，通过多组学分析揭示了STAT4 T细胞通过特定通路激活上皮细胞PANoptosis的机制 | 首次将PANoptosis这一综合细胞死亡机制引入卵巢癌预后研究，并开发了基于深度学习的病理组学预后模型 | 研究主要基于公共数据库数据，需要进一步实验验证 | 阐明PANoptosis在卵巢癌预后中的作用并开发预后模型 | 卵巢癌患者数据 | 数字病理 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,深度学习 | ResNet-50,深度学习模型 | 基因表达数据,空间数据,病理图像 | TCGA、GTEx和GEO数据库的卵巢癌数据 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 694 | 2025-11-28 |
Scalable inference and identifiability of kinetic parameters for transcriptional bursting from single cell data
2025-Nov-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf581
PMID:41131798
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研究论文 | 开发了一种基于化学主方程模型参考库的计算流程，用于从单细胞RNA测序数据推断转录爆发动力学参数 | 提出了可扩展的动力学参数推断和可识别性分析方法，能够区分实验噪声与模型结构特性对参数不确定性的贡献 | 研究发现对于电报模型，大部分参数空间从单细胞RNA测序数据中实际上不可识别，低实验捕获率会恶化可识别性 | 从单细胞数据推断转录爆发的动力学参数并分析参数可识别性 | 基因表达动力学参数和单细胞RNA测序数据 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 化学主方程模型，随机电报模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 695 | 2025-11-28 |
Exploring microRNAs, One Cell at a Time
2025-Oct-22, Non-coding RNA
IF:3.6Q2
DOI:10.3390/ncrna11060073
PMID:41283328
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研究论文 | 本文探讨了单细胞水平下microRNA的分析工具与计算方法 | 开发了分析细胞特异性miRNA丰度的实验工具和计算方法 | NA | 揭示miRNA生物学的复杂性，增进对生命科学和疾病的理解 | microRNAs（miRNAs） | 生物信息学 | NA | 单细胞测序，生物信息学分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 696 | 2025-11-28 |
Comprehensive profiling of transcription factors for reprogramming human astrocytes to neuronal cells through endogenous CRISPR-based gene activation
2025-Oct-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.11.681828
PMID:41278743
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研究论文 | 本研究建立了基于CRISPR激活的方法，通过高通量筛选鉴定转录因子，将人类星形胶质细胞重编程为神经元细胞 | 首次使用CRISPRa技术对人类所有转录因子编码基因进行系统性筛选，发现单个转录因子即可诱导星形胶质细胞向多种神经元亚型分化 | NA | 鉴定能够将人类星形胶质细胞重编程为神经元细胞的高效转录因子 | 人类原代星形胶质细胞 | 基因编辑与细胞重编程 | 神经退行性疾病 | CRISPR激活(CRISPRa), 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 697 | 2025-11-28 |
scTWAS: A powerful statistical framework for single-cell transcriptome-wide association studies
2025-Sep-30, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6531106/v1
PMID:41256005
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研究论文 | 提出一种用于单细胞转录组范围关联研究的统计方法scTWAS，能够在单细胞水平进行细胞类型特异性分析 | 开发了基于潜变量模型和矩估计的统计框架，专门解决单细胞数据中的强噪声、技术变异和高稀疏性挑战 | NA | 开发能够利用单细胞RNA测序数据进行细胞类型特异性转录组范围关联研究的统计方法 | 血液和脑组织中的不同细胞类型，包括免疫细胞、小胶质细胞和星形胶质细胞 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病,免疫相关疾病 | 单细胞RNA测序 | 潜变量模型,矩估计 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 698 | 2025-11-28 |
Comparative Single-Cell Transcriptome Analysis of c-Met Receptor Expressing and Non-Expressing Projection Neurons in the Developing Frontal and Visual Cortices
2025-Sep-25, Developmental neuroscience
IF:2.3Q3
DOI:10.1159/000548617
PMID:40996948
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析比较发育中前额叶和视觉皮层c-Met受体表达与非表达投射神经元的转录组差异 | 首次在发育阶段系统比较同一投射神经元亚类中Met+和Met-群体的转录组差异，揭示MET信号通路在皮层回路异步成熟中的作用 | 研究仅关注小鼠发育早期阶段，未涵盖其他发育时期或物种 | 探究发育中皮层投射神经元亚类内转录组异质性的分子机制 | 小鼠视觉和前额叶皮层的投射神经元 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序, smFISH | NA | 单细胞转录组数据, 基因表达数据 | 小鼠皮层神经元（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 699 | 2025-11-28 |
ScReNI: Single-cell Regulatory Network Inference Through Integrating scRNA-seq and scATAC-seq Data
2025-Sep-22, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf060
PMID:40591481
|
研究论文 | 开发了一种名为ScReNI的新型算法，通过整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据推断单细胞水平的基因调控网络 | 提出首个能够同时分析配对和非配对scRNA-seq与scATAC-seq数据集的算法，采用改进的随机森林推断非线性调控关系，并具备识别细胞富集调控因子的独特功能 | NA | 开发单细胞特异性调控网络推断方法 | 单细胞基因表达与染色质可及性数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq | 最近邻算法, 改进的随机森林 | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 700 | 2025-11-28 |
Integrating single-cell and single-nucleus datasets improves bulk RNA-seq deconvolution
2025-Aug-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.20.671333
PMID:40894744
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研究论文 | 本研究系统评估了整合单细胞和单核RNA测序数据以改进批量RNA-seq反卷积的方法 | 首次系统比较多种整合策略，发现过滤跨模态差异表达基因和使用条件变分自编码器可显著提升反卷积精度 | 研究仅基于四种组织类型，对于更广泛组织类型的适用性需要进一步验证 | 提高批量RNA测序反卷积的准确性 | 单细胞RNA测序和单核RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 批量RNA测序 | 变分自编码器, 主成分分析 | 基因表达数据 | 四种不同组织类型 | NA | 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |