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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 681 | 2026-05-20 |
Single-Cell and Bulk RNA Sequencing Reveal Tumor Cell Characteristics and Communication Features of Primary and Lymphatic Metastatic Hypopharyngeal Squamous Cell Carcinoma
2025-10, Head & neck
DOI:10.1002/hed.28195
PMID:40395022
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研究论文 | 通过单细胞和 bulk RNA 测序揭示原发性和淋巴转移性下咽鳞状细胞癌的肿瘤细胞特征及通讯特点 | 首次系统比较原发灶与淋巴转移灶中恶性上皮细胞的基因表达差异和细胞通讯特征,并基于配体-受体对构建预后预测模型,有效区分淋巴结转移状态 | 未明确提及样本大小和外部验证队列,可能影响模型泛化性 | 探究下咽鳞癌淋巴结转移的关键驱动因素和潜在治疗靶点,建立预后预测工具 | 下咽鳞状细胞癌原发肿瘤和淋巴转移样本中的恶性上皮细胞 | RNA测序 | 下咽鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序、bulk RNA测序 | 配体-受体对模型(4-LRs模型) | 单细胞RNA测序数据、bulk RNA测序数据 | 训练集、测试集和整个队列,具体样本数未明确 | NA | 单细胞RNA测序、bulk RNA测序 | NA | NA |
| 682 | 2026-05-20 |
Single-cell sequencing insights into the transcriptional landscape of cerebral cavernous malformations
2025-09-30, Angiogenesis
IF:9.2Q1
DOI:10.1007/s10456-025-10011-x
PMID:41028361
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综述 | 综述单细胞测序在脑海绵状血管畸形转录景观中的应用,探讨多种细胞类型的转录特征及治疗策略 | 首次系统综述单细胞RNA测序技术在脑海绵状血管畸形模型中的应用,聚焦内皮细胞、周细胞、成纤维细胞、星形胶质细胞和免疫细胞的转录景观及其对疾病进展的贡献 | 未提及具体局限性 | 总结单细胞RNA测序技术在脑海绵状血管畸形研究中的最新进展,并识别针对不同细胞群的潜在治疗策略 | 脑海绵状血管畸形相关细胞类型,包括内皮细胞、周细胞、成纤维细胞、星形胶质细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 脑部血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 683 | 2026-05-20 |
KC1036, a multi-kinase inhibitor with anti-angiogenic activity, can effectively suppress the tumor growth of Ewing sarcoma
2025-09-18, Angiogenesis
IF:9.2Q1
DOI:10.1007/s10456-025-10008-6
PMID:40965696
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研究论文 | 论文研究了多激酶抑制剂KC1036通过抗血管生成活性抑制尤文肉瘤肿瘤生长的有效性 | 首次通过单细胞RNA测序解析尤文肉瘤肿瘤微环境中的细胞间通讯网络,并基于此网络推断出多激酶抗血管生成抑制剂对尤文肉瘤的治疗潜力,进一步验证了新型多激酶抑制剂KC1036优于现有药物 | 研究仅限于临床前模型(CDX和PDX模型),未涉及人体临床试验 | 探索新型多激酶抑制剂KC1036对尤文肉瘤的治疗效果及其潜在机制 | 尤文肉瘤细胞系、CDX小鼠模型和PDX小鼠模型 | 机器学习 | 尤文肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 涉及多种尤文肉瘤细胞系和两种动物模型(CDX和PDX),未提供具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 未提及具体平台详细信息 |
| 684 | 2026-05-20 |
Benchmarking sketching methods on spatial transcriptomics data
2025-Sep-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.26.672376
PMID:40909701
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研究论文 | 系统比较了空间转录组学中不同草图采样方法的性能 | 首次针对空间转录组数据系统评估草图采样方法,提出结合空间信息和表达信息的平滑加权策略以平衡组织覆盖与转录组异质性 | 未在更多多样化组织类型或更高分辨率平台上验证,且模拟数据可能不完全反映真实空间异质性 | 探索现有草图采样方法在空间转录组分析中的适用性及空间偏差影响 | 真实空间转录组数据集(小鼠卵巢、MERFISH脑组织、人乳腺癌、肺)及模拟数据 | 机器学学习 | 乳腺癌、肺癌 | 空间转录组测序 | 随机化SVD、空间加权矩阵 | 空间转录组表达数据及空间坐标 | 四个真实数据集(含小鼠卵巢、人乳腺癌等)及模拟数据 | NA | 空间转录组学 | MERFISH | MERFISH脑组织数据,其他数据集平台未明确 |
| 685 | 2026-05-20 |
Regulation of Collecting Lymphatic Vessel Contractile Function by TRPV4 Channels
2025-Sep, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.124.322100
PMID:40371469
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和功能实验,揭示了TRPV4通道在收集淋巴管收缩功能调控中的作用机制,包括TRPV4+髓系细胞与淋巴肌细胞或淋巴内皮细胞之间的相互作用 | 首次系统研究了TRPV4通道在收集淋巴管中的表达模式和功能角色,揭示了TRPV4+髓系细胞通过分泌前列腺素激活TXA2受体导致淋巴管收缩失调的新机制 | 未提及明显的局限性 | 探究TRPV4通道在收集淋巴管中的表达和功能角色及其与淋巴系统疾病的关系 | 小鼠收集淋巴管和乳腺癌相关淋巴水肿患者的活检样本 | 数字病理学 | 淋巴系统疾病, 乳腺癌相关淋巴水肿 | 单细胞RNA测序, 共聚焦显微镜, 功能实验 | NA | 基因表达数据, 图像数据, 功能测量数据 | 小鼠收集淋巴管和乳腺癌相关淋巴水肿患者的活检样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 686 | 2026-05-20 |
In Vivo and In Vitro Analysis of Cathepsin D in Bone Homeostasis and Osteoporosis
2025-09-01, Journal of musculoskeletal & neuronal interactions
IF:1.7Q4
PMID:40889199
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research paper | 通过体内与体外分析,探究组织蛋白酶D在骨稳态与骨质疏松中的作用 | 首次利用单细胞测序数据鉴定CTSD在骨质疏松与非骨质疏松状态下的差异表达,并结合体外与体内实验验证其对成骨分化和骨矿物质密度的影响 | 未详细提及具体局限性 | 探索组织蛋白酶D作为骨质疏松潜在生物标志物和治疗靶点的作用 | 人类股骨头组织、人间充质干细胞、小鼠 | machine learning | geriatric disease | single-cell sequencing, RT-qPCR, western blot, immunofluorescence staining, alizarin red staining | NA | single-cell sequencing data, gene expression data, histological staining data | 人类股骨头组织样本(来自GEO数据库),人间充质干细胞(体外实验),卵巢切除小鼠(体内实验) | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 687 | 2026-05-20 |
Identification of High-Risk Cells in Single-Cell Spatially Resolved Transcriptomics Data Using DEGAS Spatial Smoothing
2025-Aug-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.30.635803
PMID:39975321
|
研究论文 | 利用DEGAS空间平滑方法在单细胞空间转录组数据中识别高风险细胞 | 通过潜在表示和域自适应技术将疾病属性从患者转移到单细胞RNA测序数据中的单个细胞,解决现有方法无法关联单个细胞与疾病特征的问题 | 未明确说明具体局限性 | 评估DEGAS方法在多种单细胞空间转录组平台数据中的适用性,并识别组织样本中的高风险细胞和区域 | 肝细胞癌和皮肤黑色素瘤组织样本,以及新生成的II型糖尿病Xenium数据集 | 机器学习 | 肝细胞癌, 皮肤黑色素瘤, II型糖尿病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 潜在表示模型, 域自适应模型 | 基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Xenium | 10x Xenium平台用于II型糖尿病数据集生成 |
| 688 | 2025-10-06 |
Bridging the gap of late-gestation nephrogenesis using a non-human primate model
2025-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.18.670897
PMID:40894529
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研究论文 | 本研究利用非人灵长类动物模型探索晚期妊娠肾单位生成机制 | 首次在恒河猴中发现晚期妊娠特有的分化肾单位祖细胞谱系分支,揭示了WNT和SEMA信号通路成分在侧支肾单位生成期间的组成变化 | 研究样本量有限,且依赖于公共数据库的人类数据整合 | 阐明晚期妊娠肾单位生成的分子机制 | 恒河猴胎儿肾脏细胞和人类胎儿肾脏细胞 | 发育生物学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序, RNAScope验证 | NA | 单细胞转录组数据 | 9个恒河猴胎儿肾脏样本和8个人类胎儿肾脏样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 689 | 2026-05-20 |
Molecular characterization of benign intracranial glioependymal and arachnoid cysts suggest heterogeneous mechanisms of action
2025-Jul-01, Journal of neuropathology and experimental neurology
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/jnen/nlaf029
PMID:40197611
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研究论文 | 该研究对良性颅内胶质室管膜囊肿和蛛网膜囊肿进行分子表征,提出异质性作用机制 | 首次通过单细胞测序和RNA表达分析揭示两种囊肿的细胞组成差异,发现胶质室管膜囊肿中钠转运蛋白和水通道蛋白表达上调,提示主动液体分泌机制 | 样本量较小(仅16例患者),且未进一步验证囊肿形成的分子机制 | 阐明良性颅内囊肿形成和生长的异质性机制 | 16例接受手术治疗的良性颅内囊肿患者的囊壁病理样本(8例)和囊液(4例) | 数字病理学 | 颅内囊肿 | H&E染色、免疫荧光染色、单细胞测序、RNA表达谱分析 | NA | 图像、文本 | 16例患者,其中8例囊壁样本,4例囊液样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 690 | 2026-05-20 |
High-throughput differentiation of human blood vessel organoids reveals overlapping and distinct functions of the cerebral cavernous malformation proteins
2025-06-06, Angiogenesis
IF:9.2Q1
DOI:10.1007/s10456-025-09985-5
PMID:40478324
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研究论文 | 通过高通量分化人血管类器官,揭示了脑海绵状畸形蛋白CCM1、CCM2和CCM3在功能上的重叠与差异 | 结合高通量血管类器官分化、CRISPR敲除、单细胞RNA测序和高内涵成像,系统比较了三种CCM基因敲除在细胞类型特异性表达模式和增殖行为上的差异 | NA | 阐明CCM1、CCM2和CCM3突变导致不同临床表型(尤其是CCM3更严重)的分子和细胞机制 | 人诱导多能干细胞分化而来的血管类器官及其中的成纤维细胞、神经细胞、间充质细胞和内皮细胞 | 数字病理学 | 脑海绵状畸形 | 单细胞RNA测序、高内涵成像、CRISPR基因敲除 | NA | 图像、基因表达数据 | 96孔板格式中多次分化的血管类器官;涉及CCM1、CCM2和CCM3敲除及野生型对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 691 | 2026-05-20 |
Dissecting the immune landscape in pediatric high-grade glioma reveals cell state changes under therapeutic pressure
2025-May-20, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102095
PMID:40315846
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术,解析儿童高级别胶质瘤的免疫景观,揭示治疗压力下细胞状态的变化 | 首次全面分析儿童高级别胶质瘤的免疫微环境,比较成人与儿童之间的差异,并探索化疗/放疗和免疫检查点抑制治疗后的免疫微环境变化 | 未提供具体局限性信息 | 分析儿童高级别胶质瘤的免疫景观,探究治疗压力下免疫细胞状态变化 | 儿童弥漫性高级别胶质瘤或高级别室管膜瘤患者的恶性细胞、髓系细胞和T细胞 | 数字病理学 | 儿童高级别胶质瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 来自儿童弥漫性高级别胶质瘤或高级别室管膜瘤患者的配对样本 | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium单细胞3'测序, 空间转录组学分析 |
| 692 | 2026-05-20 |
Low-Strength Type I Interferon Signaling Promotes CAR T-Cell Treatment Efficacy
2025-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.13.653878
PMID:40463198
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示I型干扰素信号强度对CAR T细胞治疗效果的影响,并提出低强度IFN-I信号增强治疗的新策略 | 首次发现低强度I型干扰素信号可增强CAR T细胞细胞毒性和体内疗效,且与共刺激域类型无关,具有临床转化可行性 | 研究样本量较小(8例患者),且未在其他淋巴瘤亚型或实体瘤中进行验证 | 探索影响CAR T细胞治疗弥漫大B细胞淋巴瘤疗效的分子决定因素,并开发增强策略 | 8例复发/难治性弥漫大B细胞淋巴瘤患者的CAR T细胞输注产品 | 数字病理学 | 弥漫大B细胞淋巴瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 8例患者的输注产品 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3'测序平台 |
| 693 | 2026-05-20 |
Loss of Kmt2c / d promotes gastric cancer initiation and confers vulnerability to mTORC1 inhibition and anti-PD1 immunotherapy
2025-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.27.645747
PMID:40236091
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research paper | 基于Kmt2c/d缺失促进胃癌起始并增强对mTORC1抑制和抗PD1免疫治疗敏感性的研究 | 首次揭示Kmt2c/d缺失在胃癌起始中的功能,发现其丧失会增强对mTORC1抑制剂的敏感性并提高MHC-I分子表达及抗原呈递,为Kmt2c/d缺陷型胃癌提供潜在的治疗策略 | NA | 探索Kmt2c/d缺失在胃癌起始中的作用及其对治疗策略的潜在影响 | 胃上皮细胞中的Kmt2c和Kmt2d基因 | machine learning | gastric cancer | 单细胞RNA测序、组织学染色、Cre介导的基因敲除 | NA | 单细胞RNA测序数据、组织学图像 | 使用基因工程小鼠模型,包含多个时间点和处理组 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 694 | 2024-11-07 |
Metabolic reprogramming landscape of pan-cancer by single-cell transcriptome data integration
2025-03-30, Science bulletin
IF:18.8Q1
DOI:10.1016/j.scib.2024.10.026
PMID:39500689
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 695 | 2026-05-20 |
A tissue-scale strategy for sensing threats in barrier organs
2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.19.644134
PMID:40166266
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研究论文 | 通过分析肺部流感感染,发现屏障器官采用一种组织尺度的分层威胁感知策略 | 首次揭示屏障器官采用组织尺度分层威胁感知策略,即从最外层上皮到内层基质,检测和响应感染的概率逐渐升高 | 未阐明该策略在其他屏障器官(如肠道、皮肤)中的具体实现机制 | 探究屏障器官如何感知威胁并调整免疫反应以平衡宿主保护与组织损伤 | 小鼠肺部组织 | 数字病理学 | 流感感染 | 单分子成像、空间转录组学 | NA | 图像、转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 696 | 2026-05-20 |
Metabolic stress and age drive inflammation and cognitive decline in mice and humans
2025-03, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
DOI:10.1002/alz.70060
PMID:40110679
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研究论文 | 通过小鼠和人类脑部空间转录组学及单细胞RNA测序,揭示代谢应激和年龄如何驱动炎症及认知衰退 | 首次整合小鼠高脂饮食模型与人脑组织空间转录组及单细胞测序,发现代谢应激诱导的认知损伤与微胶质细胞SPP1促炎机制相关,并验证跨物种一致性 | 未明确SPP1在认知障碍中的具体信号通路,且小鼠模型可能无法完全模拟人类长期代谢应激的复杂性 | 探究代谢应激(如肥胖、糖尿病)通过炎症机制导致认知障碍的分子机制,尤其关注微胶质细胞作用 | 高脂饮食小鼠及阿尔茨海默病(AD)合并2型糖尿病(T2D)患者死后脑组织 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病,2型糖尿病 | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,图像 | 小鼠模型及AD/T2D患者死后脑组织(具体数量未提供) | 10x Genomics | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | 10x Visium, 10x Chromium | 10x Visium用于空间转录组分析,10x Chromium用于单细胞RNA测序 |
| 697 | 2026-05-20 |
Cxcl9 modulates aging associated microvascular metabolic and angiogenic dysfunctions in subcutaneous adipose tissue
2025-02-11, Angiogenesis
IF:9.2Q1
DOI:10.1007/s10456-025-09970-y
PMID:39934436
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研究论文 | 本研究揭示了Cxcl9在皮下脂肪组织微血管衰老中调节代谢和血管生成功能的作用 | 首次发现Cxcl9与衰老内皮细胞氧化磷酸化损伤密切相关,并识别出Aplnr信号通路受抑制是导致能量代谢和血管生成障碍的关键机制,提出Cxcl9作为微血管衰老的生物标志物 | 具体机制需进一步验证,动物模型向人类转化的可靠性待评估 | 探究衰老对微血管网络各段内皮细胞的影响及其分子机制 | 老龄小鼠皮下脂肪组织中的微血管内皮细胞 | 计算机视觉 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像 | 老龄小鼠皮下脂肪组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3 |
| 698 | 2026-05-20 |
Sex-dependent molecular landscape of Alzheimer's disease revealed by large-scale single-cell transcriptomics
2025-02, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
DOI:10.1002/alz.14476
PMID:39737748
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research paper | 通过大规模单细胞转录组学揭示阿尔茨海默病的性别依赖性分子特征 | 首次利用大规模单细胞转录组图谱系统揭示阿尔茨海默病中性别特异性基因表达模式、通路改变及细胞间通讯变化,并识别出男性星形胶质细胞中RPTOR关键调控因子及女性中Wnt信号与细胞周期调节差异 | 研究仅关注前额叶皮层区域,未覆盖其他脑区;基于转录组层面的分析可能未完全反映蛋白质功能或表观遗传修饰的影响 | 探究阿尔茨海默病中性别差异的分子机制,为性别特异性治疗策略提供依据 | 人类前额叶皮层单细胞转录组图谱中的细胞类型(包括星形胶质细胞、兴奋性神经元等) | machine learning | 阿尔茨海默病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 大规模人类前额叶皮层组织样本(具体数量未提供) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 699 | 2026-05-20 |
Distinct myeloid-derived suppressor cell populations in human glioblastoma
2025-Jan-17, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.abm5214
PMID:39818911
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序技术分析了33例神经胶质瘤的免疫细胞和肿瘤细胞,在IDH野生型胶质母细胞瘤中鉴定出两种不同的髓系来源抑制细胞群体 | 首次在人类胶质母细胞瘤中鉴定出早期祖细胞髓系来源抑制细胞和单核细胞髓系来源抑制细胞两个亚群,并揭示了它们与代谢干细胞样肿瘤细胞在假栅栏区的空间共定位及配体-受体互作机制 | 该研究主要基于转录组分析,缺乏功能验证实验和体内模型数据支持 | 阐明胶质瘤相关髓系细胞在肿瘤生长和免疫逃逸中的作用机制 | 33例胶质瘤患者的免疫细胞和肿瘤细胞 | 机器学习 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | 33例胶质瘤样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium Single Cell 3' 和 10x Visium 空间转录组平台 |
| 700 | 2026-05-20 |
Experimental and Computational Methods for Allelic Imbalance Analysis from Single-Nucleus RNA-seq Data
2025-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.13.607784
PMID:39185246
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研究论文 | 本研究开发了用于单细胞核RNA-seq数据等位基因失衡分析的实验和计算方法 | 首次证明单细胞核RNA-seq比单细胞RNA-seq更适合等位基因特异性表达分析,并开发了一套完整的计算工具 | 未提及具体局限性 | 优化等位基因失衡分析的实验和计算选择,提升分析效能 | 人脑组织样本(帕金森病队列) | 机器学习 | 帕金森病 | snRNA-seq, scRNA-seq, 等位基因特异性表达分析, eQTL分析 | NA | 基因表达数据 | 94例帕金森病患者样本 | NA | 单细胞核RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |