单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
681	2025-04-23	Comprehensive multiomics analysis identifies PYCARD as a key pyroptosis-related gene in osteoarthritis synovial macrophages 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1558139 PMID:40196125	research paper	通过多组学分析确定PYCARD作为骨关节炎滑膜巨噬细胞中焦亡相关关键基因	首次通过多组学分析确定PYCARD在骨关节炎滑膜巨噬细胞焦亡中的核心作用，并预测了57种潜在治疗化合物	研究主要基于RNA测序数据，缺乏实验验证PYCARD在焦亡中的具体机制	探索焦亡在骨关节炎发病机制中的作用，并寻找潜在治疗靶点	骨关节炎患者的滑膜组织和巨噬细胞	生物信息学	骨关节炎	bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, LASSO-Cox回归模型, 蛋白互作网络分析	LASSO-Cox回归模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量
682	2025-04-23	Two chemotherapeutic agents expand stem-like CD62L+CD8+ T cells in antitumor immune responses 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1533857 PMID:40236705	research paper	研究两种化疗药物DAC和5-FU如何扩增干细胞样CD62L+CD8+ T细胞以增强抗肿瘤免疫反应	揭示了DAC和5-FU能够扩增干细胞样CD8+ TTSM细胞和CD62L+CD8+ Tpex细胞，并增强CX3CR1+ Texint细胞的效应功能	Eomes条件性敲除仅部分影响DAC的作用，对5-FU无影响，机制尚未完全阐明	探索化疗药物对干细胞样CD8+ T细胞亚群的影响及其在抗肿瘤免疫中的作用	人类结直肠肿瘤样本和小鼠CT26、B16肿瘤模型	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞测序、流式细胞术	小鼠肿瘤模型	测序数据、流式数据	人类结直肠肿瘤样本和小鼠模型
683	2025-04-23	Repertoire-based mapping and time-tracking of T helper cell subsets in scRNA-Seq 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1536302 PMID:40255395	研究论文	本文介绍了一种名为TCR-Track的方法，利用免疫组库数据将表型分类的Th细胞亚群映射到scRNA-Seq图谱上	提出TCR-Track方法，能够准确映射Th细胞亚群，并揭示了Th克隆在外周血中的内在程序稳定性	研究样本数量有限，仅涉及122名捐赠者	研究CD4+ T辅助细胞亚群在scRNA-Seq中的映射关系及其功能程序	CD4+ T辅助细胞亚群	免疫学	COVID-19	scRNA-Seq, CITE-Seq	TCR-Track	单细胞RNA测序数据	122名捐赠者
684	2025-04-23	Single-cell and spatial transcriptomic insights into glioma cellular heterogeneity and metabolic adaptations 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1561388 PMID:40255400	综述	本文综述了单细胞RNA测序和空间转录组学在揭示胶质母细胞瘤细胞异质性和代谢重编程方面的最新进展	整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示胶质母细胞瘤细胞亚群的代谢适应性和空间分布特征	代谢冗余和时空动态变化等当前挑战尚未完全解决	解码胶质母细胞瘤的代谢景观并探索新的治疗策略	胶质母细胞瘤的细胞亚群及其代谢活动	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
685	2025-04-23	Longitudinal Changes in Peripheral and Alveolar Monocyte and Inflammatory Biomarkers are Distinct in Hypercapnia Patients Following Pulmonary Sepsis-Induced ARDS 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S508311 PMID:40255660	research paper	该研究比较了肺炎败血症诱发的ARDS患者中高碳酸血症与非高碳酸血症患者的细胞组成和炎症生物标志物的初始值和纵向变化	提供了关于单核细胞中心簇和相关生物标志物的新视角，这些在驱动肺炎败血症诱发的ARDS后高碳酸血症中起关键作用	样本量较小（61例严重肺炎患者），且研究时间较短（2022年12月至2023年4月）	探究高碳酸血症在ARDS中的免疫学机制	肺炎败血症诱发的ARDS患者（包括高碳酸血症和非高碳酸血症患者）以及非败血症肺炎患者作为对照	NA	ARDS（急性呼吸窘迫综合征）	单细胞RNA测序（ScRNA-seq）、流式细胞术、细胞因子面板分析	NA	临床数据、呼吸参数、外周血单个核细胞（PBMCs）、支气管肺泡灌洗液（BALF）	61例严重肺炎患者（11例非败血症肺炎患者作为对照，50例肺炎败血症患者中26例发展为高碳酸血症）
686	2025-04-23	Integrated multi-omics analysis reveals the functional and prognostic significance of lactylation-related gene PRDX1 in breast cancer 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1580622 PMID:40256656	研究论文	本研究通过整合多组学数据，揭示了乳酰化相关基因PRDX1在乳腺癌中的功能和预后意义	首次全面分析了PRDX1在乳腺癌中的表达模式、细胞间通讯网络和空间异质性，并构建了基于PRDX1阳性单核细胞基因表达谱的预后模型	未来研究需要将PRDX1与其他生物标志物整合以提高个性化医疗的精确性	探究乳酰化相关基因PRDX1在乳腺癌中的调控机制及其预后意义	乳腺癌患者	生物信息学	乳腺癌	GWAS、单细胞RNA测序、空间转录组学、批量RNA测序、SMR分析、Cox回归、LASSO回归	预后预测模型	基因组数据、转录组数据	来自TCGA和GEO数据库的多组学数据
687	2025-04-23	Immune Landscape Variation in Antineutrophil Cytoplasmic Antibody-Associated Vasculitis Circulation Before and After Plasmapheresis by Single-Cell Transcriptome 2025, Mediators of inflammation IF:4.4Q2 DOI:10.1155/mi/5531382 PMID:40256686	研究论文	通过单细胞转录组研究血浆置换前后抗中性粒细胞胞浆抗体相关血管炎循环中的免疫景观变化	提出了一种新的单核细胞分类方法，并发现特定单核细胞簇与疾病活动性的相关性	研究样本量未明确提及，可能影响结果的普遍性	探索血浆置换对AAV患者免疫细胞的影响及其机制	抗中性粒细胞胞浆抗体相关血管炎(AAV)患者	生物医学研究	血管炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞术	NA	基因表达数据	NA
688	2025-04-23	Comprehensive evaluation of methods for identifying tissues or cell types of origin of the plasma cell-free transcriptome 2025, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.19241 PMID:40256737	研究论文	本文全面评估了用于识别血浆游离RNA（cfRNA）来源组织或细胞类型的方法	首次系统比较了七种解卷积方法在cfRNA来源分析中的性能，并利用单细胞RNA测序数据作为参考进行深入评估	未提及具体样本量限制或方法适用范围限制	评估和比较不同方法在识别血浆cfRNA来源方面的准确性和稳健性	血浆游离RNA（cfRNA）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	七种解卷积方法（未具体说明）	RNA测序数据	NA
689	2025-04-23	FaStaNMF: A Fast and Stable Non-Negative Matrix Factorization for Gene Expression 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2023.3296979 PMID:37467096	研究论文	介绍了一种名为FaStaNMF的快速稳定非负矩阵分解方法，用于基因表达数据的解卷积分析	FaStaNMF在保证NMF结果全局稳定性的同时，兼顾了准确性和速度，解决了传统NMF方法无法保证全局唯一解的问题	未明确说明方法在更复杂数据集上的表现或计算资源需求	开发一种快速稳定的非负矩阵分解方法用于基因表达数据的解卷积分析	基因表达数据（特别是混合细胞类型的样本）	生物信息学	NA	非负矩阵分解（NMF）	FaStaNMF（基于NMF的改进方法）	基因表达数据	四个已知真实值的数据集（基于公开数据或RNAGinesis模拟生成）
690	2025-04-23	Human Umbilical Cord Mesenchymal Stromal Cell-Derived Extracellular Vesicles Induce Fetal Wound Healing Features Revealed by Single-Cell RNA Sequencing 2024-05-28, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.4c01401 PMID:38751164	research paper	该研究利用单细胞RNA测序技术探究了人脐带间充质干细胞来源的细胞外囊泡对小鼠皮肤伤口微环境的影响	揭示了hucMSC-EVs诱导的造血成纤维细胞和MMP13+成纤维细胞的出现，并发现了一条独特的PIEZO1-钙-HIF1α-VEGF-MMP13通路	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究hucMSC-EVs在伤口愈合中的作用机制	小鼠皮肤伤口微环境中的成纤维细胞和角质形成细胞	单细胞测序	伤口愈合	scRNA-seq	小鼠模型	单细胞转录组数据	未明确说明小鼠数量
691	2025-04-23	A Panoramic View of Cell Population Dynamics in Mammalian Aging 2024-Mar-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.01.583001 PMID:38496474	research paper	该研究通过单细胞转录组图谱PanSci，分析了623个小鼠组织样本中的2000多万个细胞，揭示了哺乳动物衰老过程中细胞群体动态的全景视图	创建了一个全面的单细胞转录组图谱，识别了3000多个独特的细胞状态和200多个与衰老相关的细胞群体，揭示了细胞动态的时间结构和器官特异性变化	研究仅基于小鼠模型，可能不完全适用于人类衰老过程	阐明衰老过程中全身细胞群体动态的变化	小鼠组织样本中的细胞群体	生物信息学	衰老相关疾病	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	623个小鼠组织样本，超过2000万个细胞
692	2025-04-23	Multiplex generation and single cell analysis of structural variants in a mammalian genome 2024-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.22.576756 PMID:38405830	研究论文	开发了一种名为'的方法，用于在哺乳动物基因组中多重生成和定位结构变异（SVs）	提出了一种基于'混洗盒'的新方法，能够同时生成多种SVs，并通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据进行识别和定位	诱导的SVs在细胞群体中随时间迅速减少，可能是由于Cre介导的毒性或对重排本身的负选择	系统探索SVs对基因表达、染色质景观和3D核结构的功能影响	小鼠胚胎干细胞（mESCs）	基因组学	NA	Cre-loxP位点特异性重组、T7介导的转录、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据、单细胞转录组数据	数千个基因组SVs在小鼠胚胎干细胞中诱导和定位
693	2025-04-23	Screening of four lysosome-related genes in sepsis based on RNA sequencing technology 2023-12-06, BMC immunology IF:2.9Q3 DOI:10.1186/s12865-023-00588-7 PMID:38057716	研究论文	通过RNA测序技术筛选与脓毒症相关的溶酶体相关基因，为溶酶体靶向治疗提供方向	首次筛选出与脓毒症预后密切相关的四个溶酶体相关基因（GNLY、GZMB、PRF1和RASGRP1），并明确了它们在T细胞和NK细胞中的高表达	样本量较小（22例脓毒症患者和10例正常对照），可能影响结果的普遍性	筛选脓毒症患者中与溶酶体相关的基因，探索溶酶体靶向治疗的潜在靶点	脓毒症患者和正常对照者的外周血样本	基因表达分析	脓毒症	RNA测序、单细胞RNA测序、PPI分析、GO分析、KEGG分析	NA	RNA测序数据	22例脓毒症患者和10例正常对照者
694	2025-04-22	Single-cell transcriptomic reveals network topology changes of cancer at the individual level 2025-Aug, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108401 PMID:40037020	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了癌症在个体水平上的网络拓扑结构变化	首次在个体水平上分析细胞类型特异性网络的拓扑特征在不同病理状态下的变化	研究依赖于公开的scRNA-seq数据集，样本量有限	探索不同病理状态下细胞类型特异性网络的拓扑特征变化	癌症和溃疡性结肠炎患者的单细胞RNA测序数据	生物信息学	癌症	scRNA-seq	PPI网络和共表达网络	单细胞RNA测序数据	四个公开的scRNA-seq数据集
695	2025-04-22	Multiple omics-based machine learning reveals specific macrophage sub-clusters in renal ischemia-reperfusion injury and constructs predictive models for transplant outcomes 2025-Aug, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108421 PMID:40086342	研究论文	本研究通过多组学机器学习方法揭示了肾缺血再灌注损伤中特定的巨噬细胞亚群，并构建了移植结果的预测模型	创新性地将基因表达矩阵转化为独特的图形像素模块，并应用先进的计算机视觉处理算法构建DGF预测模型，同时使用10种机器学习算法的111种组合开发移植存活的预测特征	研究主要基于GEO数据库的scRNA-Seq数据，可能受到数据来源的限制	分析巨噬细胞在IRI中的发育和分化特征，识别IRI的特定分子亚型，并建立DGF和移植存活的稳健预测策略	肾缺血再灌注损伤(IRI)中的巨噬细胞亚群	数字病理学	肾脏疾病	scRNA-Seq, bulk RNA-Seq, qRT-PCR, WB, IHC	深度学习算法, 随机生存森林算法	基因表达数据, 图像数据	GEO数据库的scRNA-Seq数据和小鼠IRI模型
696	2025-04-22	scRCA: A Siamese network-based pipeline for annotating cell types using noisy single-cell RNA-seq reference data 2025-May, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110068 PMID:40158457	research paper	该研究开发了一个基于Siamese网络的管道scRCA，用于在存在噪声的单细胞RNA-seq参考数据中准确注释细胞类型	提出了一种新的Siamese网络管道scRCA，能够在存在噪声的参考数据中进行细胞类型注释，并开发了解释器以评估预测的可靠性	未明确说明scRCA在处理极大规模数据集时的计算效率问题	开发一个能够在噪声参考数据中准确注释细胞类型的计算管道	单细胞RNA测序数据和细胞类型注释	生物信息学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Siamese network	基因表达数据	14个数据集和4名多发性骨髓瘤患者的独立数据集
697	2025-04-22	Involvement of ryanodine receptors in the contraction of small pulmonary veins 2025-May-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00375.2024 PMID:40183687	研究论文	研究兰尼碱受体（RyRs）在小肺静脉收缩中的作用及其在钙离子调控中的机制	首次在小肺静脉平滑肌细胞中证实RyRs的表达，并揭示RyR2、RyR1和RyR3在不同刺激下的差异性参与机制	研究主要基于外植体肺切片模型，可能无法完全反映体内生理环境	阐明兰尼碱受体在小肺静脉收缩中的具体作用机制	人类和大鼠肺组织中的小肺静脉平滑肌细胞	生理学	肺部疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、外植体精准肺切片（PCLS）模型	NA	基因表达数据、功能实验数据	人类和大鼠肺组织样本（具体数量未明确说明）
698	2025-04-22	Single-Cell Atlas of the Peripheral Immune Response in Patients With Chronic Hepatitis B 2025-May, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.70360 PMID:40255189	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析了慢性乙型肝炎(CHB)患者外周血单个核细胞的免疫细胞组成和转录差异，揭示了HBV感染后淋巴和骨髓区室的表型变化	发现了一群具有免疫抑制和抗炎表型的新型CD14+CD163+VSIG4+ M2样巨噬细胞，并揭示了其在严重CHB和肝衰竭患者中的富集	研究仅基于外周血样本，未直接分析肝脏组织中的免疫反应	阐明慢性HBV感染的免疫病理特征，为免疫介导的疾病和未解决的慢性HBV感染提供新的治疗策略	慢性乙型肝炎患者和健康捐赠者的外周血单个核细胞	digital pathology	hepatitis B	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq data	慢性乙型肝炎患者和健康捐赠者的外周血单个核细胞样本
699	2025-04-22	Deciphering the complex clonal heterogeneity of polycythemia vera and the response to interferon alfa 2025-Apr-22, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024012600 PMID:39874500	research paper	该研究通过整合集落形成实验、单细胞RNA测序和基因分型技术，探究了干扰素α（IFN-α）在红细胞分化过程中如何靶向治疗真性红细胞增多症（PV）的病变克隆	揭示了IFN-α通过诱导凋亡或促进分化减少循环突变细胞的长期治疗效果，并强调了核糖体基因和克隆先决条件在IFN-α治疗机制中的重要性	研究中未明确所有导致分子响应的克隆因素，且样本量可能限制了某些亚组分析的统计效力	探究IFN-α在PV治疗中的作用机制及其对不同克隆的影响	真性红细胞增多症（PV）患者和健康对照（HCs）的细胞	NA	真性红细胞增多症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基因分型、集落形成实验	NA	单细胞转录组数据、基因型数据	PV患者和健康对照的细胞样本
700	2025-04-22	Targeting FGFR Attenuates Tumor Growth in an Anal Squamous Cell Carcinoma Patient Derived Xenograft Model 2025-Apr-21, Molecular carcinogenesis IF:3.0Q2 DOI:10.1002/mc.23919 PMID:40256931	研究论文	本研究通过建立肛门鳞状细胞癌（ASCC）患者来源的异种移植（PDX）模型，利用单细胞RNA测序技术识别了FGFR作为潜在治疗靶点，并验证了FGFR抑制剂AZD4547对肿瘤生长的抑制作用	首次在ASCC PDX模型中验证了FGFR抑制剂的治疗效果，并通过单细胞RNA测序揭示了肿瘤细胞的异质性	研究仅基于单个患者样本的PDX模型，结果可能需要更大样本量验证	探索肛门鳞状细胞癌的有效治疗靶点	肛门鳞状细胞癌患者来源的肿瘤样本	精准医学	肛门鳞状细胞癌	单细胞RNA测序, 傅里叶变换红外光谱(FTIR)	PDX模型	基因表达数据, 光谱数据	1例转移性ASCC患者样本