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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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6961 | 2025-10-06 |
Targeted Perturb-seq enables genome-scale genetic screens in single cells
2020-06, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-020-0837-5
PMID:32483332
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研究论文 | 介绍了一种称为靶向Perturb-seq(TAP-seq)的新方法,用于提高单细胞遗传筛选的灵敏度和规模 | 开发了平台无关的靶向单细胞RNA测序方法,可将遗传筛选灵敏度提高数个数量级,测序需求降低高达50倍 | NA | 克服单细胞转录组学遗传筛选中的实验和统计限制 | 人类基因组增强子及其靶基因 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序,CRISPR筛选 | NA | 单细胞转录组数据 | 1,778个增强子,覆盖2.5%人类基因组 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 靶向Perturb-seq(TAP-seq)方法 |
6962 | 2025-10-06 |
Molecular design of hypothalamus development
2020-06, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2266-0
PMID:32499648
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序等技术揭示了小鼠下丘脑发育的分子蓝图,鉴定出多种神经元和胶质细胞亚型及其调控网络 | 首次系统描绘下丘脑发育的分子架构,发现GABA和 dopamine神经元分化依赖准稳定中间状态,并揭示SLIT-ROBO信号在下丘脑神经元生成和定位中的新功能 | 研究仅基于小鼠模型,样本数量相对有限,且主要关注胚胎中期发育阶段 | 解析下丘脑发育过程中神经元和胶质细胞多样性的分子调控机制 | 小鼠下丘脑的神经元和胶质细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 基因调控网络分析, 全基因组关联研究, 遗传谱系重建 | NA | 单细胞转录组数据, 基因组数据 | 51,199个小鼠外胚层来源细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6963 | 2025-10-06 |
Souporcell: robust clustering of single-cell RNA-seq data by genotype without reference genotypes
2020-06, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-020-0820-1
PMID:32366989
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研究论文 | 开发了一种名为souporcell的新方法,通过单细胞RNA测序数据中的基因型变异对细胞进行聚类分析 | 无需参考基因型即可通过scRNA-seq数据中的遗传变异对细胞进行稳健聚类,并能检测跨基因型双细胞和估计环境RNA | NA | 开发单细胞RNA测序数据的解卷积方法,用于混合基因型样本的分析 | 单细胞RNA测序数据 | 单细胞测序分析 | NA | 单细胞RNA测序 | 聚类算法 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6964 | 2025-10-06 |
An in vitro model of early anteroposterior organization during human development
2020-06, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2383-9
PMID:32528178
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研究论文 | 本研究利用人类胚胎干细胞开发了可模拟早期发育过程中前后轴组织的人类胃泌样体模型 | 首次使用人类胚胎干细胞创建三维胃泌样体,该模型可在无额外胚胎外组织的情况下形成具有时空组织性的三胚层衍生物 | 模型系统仍处于体外实验阶段,可能无法完全模拟体内真实发育环境 | 揭示和检验人类早期发育过程中轴向组织特有的调控过程 | 人类胚胎干细胞衍生的胃泌样体 | 发育生物学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
6965 | 2025-10-06 |
Notch signalling drives synovial fibroblast identity and arthritis pathology
2020-06, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2222-z
PMID:32499639
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研究论文 | 本研究揭示了NOTCH3信号在滑膜成纤维细胞分化和类风湿关节炎病理中的关键作用 | 首次发现NOTCH3信号通过从血管内皮细胞向外形成转录和空间梯度来调控滑膜成纤维细胞的位置身份 | NA | 探究滑膜成纤维细胞在类风湿关节炎中分化和扩张的分子机制 | 滑膜成纤维细胞、血管内皮细胞、小鼠关节炎模型 | 分子生物学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序、滑膜组织类器官 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6966 | 2025-10-06 |
Differentiation of transplanted haematopoietic stem cells tracked by single-cell transcriptomic analysis
2020-06, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-020-0512-1
PMID:32367048
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术追踪移植后造血干细胞在受辐照宿主体内的早期分化行为 | 首次揭示移植后造血干细胞在宿主体内第一周内的动力学特征和命运选择,突破了以往技术限制 | 研究仅关注移植后第一周内的短期变化,未涉及长期追踪 | 探究移植后造血干细胞在预处置宿主体内的早期行为模式 | 造血干细胞及其分化产物 | 单细胞组学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 28种造血细胞类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6967 | 2025-10-06 |
Single-cell and spatial transcriptomics reveal somitogenesis in gastruloids
2020-06, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2024-3
PMID:32076263
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组技术揭示了类原肠胚中体节发生的机制 | 首次在类原肠胚中识别出多种未知的胚胎细胞类型,并证明体节发生关键调控因子的表达模式与胚胎相似 | 仅使用小鼠模型进行研究,未在其他物种中验证 | 探索类原肠胚作为胚胎发育模型的可行性和体节发生机制 | 小鼠类原肠胚和小鼠胚胎 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 活体成像 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据, 影像数据 | 未明确指定样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
6968 | 2025-10-06 |
SARS-CoV-2 Receptor ACE2 Is an Interferon-Stimulated Gene in Human Airway Epithelial Cells and Is Detected in Specific Cell Subsets across Tissues
2020-05-28, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.04.035
PMID:32413319
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了ACE2作为干扰素刺激基因的特性及其在特定细胞亚群中的表达模式 | 首次发现ACE2是人类干扰素刺激基因,并确定其在肺II型肺泡细胞、回肠吸收性肠细胞和鼻杯状分泌细胞中与TMPRSS2共表达 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据,需要进一步实验验证ACE2作为ISG的功能意义 | 阐明SARS-CoV-2在宿主组织中的靶向细胞亚群及ACE2表达的调控机制 | 人类、非人类灵长类和小鼠的组织驻留细胞亚群 | 单细胞基因组学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 多物种组织单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6969 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals a Dynamic Stromal Niche That Supports Tumor Growth
2020-05-19, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.107628
PMID:32433953
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示支持肿瘤生长的动态基质微环境 | 首次在黑色素瘤发展过程中系统描述基质区室的动态变化,发现三个时间特异性基质群体并鉴定C3-C3aR轴在免疫调节中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限 | 探究肿瘤微环境中基质细胞的动态变化及其对肿瘤生长的支持机制 | 小鼠黑色素瘤和引流淋巴结中的基质细胞 | 单细胞组学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠黑色素瘤和引流淋巴结在不同时间点的样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6970 | 2025-10-06 |
Iterative Single-Cell Analyses Define the Transcriptome of the First Functional Hematopoietic Stem Cells
2020-05-12, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.107627
PMID:32402290
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研究论文 | 通过迭代单细胞分析确定小鼠胚胎中首批功能性造血干细胞的转录组特征 | 使用Gata2表达为基础的细胞分选方法,结合迭代单细胞转录组学分析,首次精确识别主动脉造血簇中仅含1-2个细胞的功能性造血干细胞 | 研究仅聚焦于小鼠胚胎模型,尚未在其它物种或发育阶段验证 | 解析功能性造血干细胞在胚胎发育过程中的分子特征和身份确立机制 | 小鼠胚胎主动脉造血簇细胞 | 单细胞生物学 | 血液系统疾病 | 单细胞转录组测序,索引分选,功能分析 | NA | 单细胞基因表达数据 | 数百个小鼠胚胎主动脉细胞,最终定位到含1-2个细胞的主动脉簇 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6971 | 2025-10-06 |
Single-Cell Analyses Reveal Megakaryocyte-Biased Hematopoiesis in Myelofibrosis and Identify Mutant Clone-Specific Targets
2020-05-07, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2020.04.008
PMID:32386542
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研究论文 | 通过单细胞多组学分析揭示骨髓纤维化中巨核细胞偏向的造血过程并识别突变克隆特异性靶点 | 首次在单细胞水平系统揭示骨髓纤维化中造血干细胞向巨核细胞分化的早期偏向性,并发现G6B作为潜在免疫治疗靶点 | 样本量相对有限,需要进一步功能验证和临床前研究 | 探究骨髓纤维化中异常巨核细胞生成的细胞和分子机制 | 135,929个CD34+谱系造血干细胞和祖细胞 | 单细胞生物学 | 骨髓纤维化 | 单细胞转录组测序, 单细胞蛋白质组学, 单细胞基因组学, 功能分析 | NA | 单细胞多组学数据 | 135,929个细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞多组学 | NA | NA |
6972 | 2025-10-06 |
Interstitial Cell Remodeling Promotes Aberrant Adipogenesis in Dystrophic Muscles
2020-05-05, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.107597
PMID:32375047
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示间质细胞在肌肉营养不良症中促进异常脂肪形成的机制 | 首次识别出CD142阳性间质细胞群通过分泌GDF10抑制脂肪生成,并发现该细胞群在肌肉营养不良中几乎完全缺失 | NA | 探究肌肉营养不良中异常脂肪沉积的细胞机制 | 健康和营养不良骨骼肌中的间质细胞 | 单细胞生物学 | 肌肉营养不良症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠和人类骨骼肌样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6973 | 2025-10-06 |
Regenerative potential of prostate luminal cells revealed by single-cell analysis
2020-05-01, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aay0267
PMID:32355025
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研究论文 | 通过单细胞分析揭示前列腺管腔细胞的再生潜力 | 发现前列腺再生主要由几乎所有存留的管腔细胞驱动,而非仅由罕见干细胞驱动 | 研究主要基于小鼠模型,人类组织验证相对有限 | 探究前列腺再生机制和细胞来源 | 小鼠和人类前列腺组织 | 单细胞分析 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6974 | 2025-10-06 |
Profiling peripheral nerve macrophages reveals two macrophage subsets with distinct localization, transcriptome and response to injury
2020-05, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-020-0618-6
PMID:32284604
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研究论文 | 本研究通过谱系追踪、转录组学和空间定位分析揭示了坐骨神经巨噬细胞的两个不同亚群及其对神经损伤的差异反应 | 首次系统表征外周神经系统巨噬细胞,发现两个空间分离且转录组不同的巨噬细胞亚群,并证明其与中枢神经系统小胶质细胞在起源和特征上的显著差异 | 研究主要聚焦于坐骨神经,其他外周神经的巨噬细胞特征可能未被完全涵盖 | 探索外周神经系统巨噬细胞的起源、转录特征和空间分布 | 坐骨神经巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 神经损伤 | 单细胞转录组测序, 谱系追踪, 空间定位分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6975 | 2025-10-06 |
CellCoal: Coalescent Simulation of Single-Cell Sequencing Samples
2020-05-01, Molecular biology and evolution
IF:11.0Q1
DOI:10.1093/molbev/msaa025
PMID:32027371
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研究论文 | 介绍用于单细胞测序基因型溯祖模拟的软件工具CellCoal | 开发了首个专门用于单细胞测序数据的溯祖模拟工具,能够模拟多种突变模型、测序读长计数和基因型似然 | 未在实际数据集上进行验证,主要侧重于模拟方法的开发 | 开发用于单细胞测序数据模拟和分析基准测试的计算工具 | 体细胞群体的单细胞样本 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 溯祖模型 | 基因型数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
6976 | 2025-10-06 |
Defining the Design Principles of Skin Epidermis Postnatal Growth
2020-04-30, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.03.015
PMID:32259486
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研究论文 | 本研究通过多种技术手段揭示了皮肤表皮出生后生长的细胞动力学机制和设计原则 | 发现发育祖细胞通过固定的命运不平衡和不断降低的增殖率实现和谐生长,并揭示细胞分裂方向受胶原纤维取向局部调控 | NA | 阐明器官出生后生长的细胞动力学机制和设计原则 | 小鼠皮肤表皮 | 发育生物学 | NA | 体内克隆谱系追踪, 增殖动力学分析, 单细胞转录组测序, 体外微图案实验 | NA | 基因表达数据, 细胞谱系数据, 细胞增殖数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6977 | 2025-10-06 |
Stromal Cells Covering Omental Fat-Associated Lymphoid Clusters Trigger Formation of Neutrophil Aggregates to Capture Peritoneal Contaminants
2020-04-14, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2020.03.011
PMID:32294409
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研究论文 | 本研究揭示了网膜脂肪相关淋巴簇表面覆盖的特殊间皮细胞通过协调中性粒细胞聚集捕获腹腔污染物的机制 | 首次发现FALC覆盖细胞通过分泌CXCL1介导中性粒细胞聚集形成胞外诱捕网捕获污染物 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证仅限于急性阑尾炎病例 | 探究腹腔污染物捕获的分子机制 | 网膜脂肪相关淋巴簇和中性粒细胞 | 免疫学 | 腹膜炎 | 单细胞RNA测序, 空间分析 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | 小鼠模型和急性阑尾炎患者样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
6978 | 2025-10-06 |
Diversity of peripheral blood human NK cells identified by single-cell RNA sequencing
2020-04-14, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2019000699
PMID:32271902
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序识别外周血人类NK细胞的多样性 | 发现了三种新型人类血液NK细胞群体:CD56neg的I型干扰素应答NK细胞、细胞因子诱导记忆样表型NK细胞、以及具有低核糖体表达特征的小型活化NK细胞群体 | 研究主要基于健康CMV阴性供体,CMV阳性样本分析相对有限 | 探索外周血人类NK细胞的异质性和功能亚群分类 | 人类外周血自然杀伤细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 健康巨细胞病毒阴性和阳性供体的NK细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6979 | 2025-10-06 |
Integrating GWAS with bulk and single-cell RNA-sequencing reveals a role for LY86 in the anti-Candida host response
2020-04, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1008408
PMID:32251450
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研究论文 | 通过整合GWAS与bulk及单细胞RNA测序技术,揭示LY86基因在抗念珠菌宿主免疫应答中的作用机制 | 首次整合GWAS、bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据,发现NK细胞在抗念珠菌免疫中的重要作用,并鉴定出27个念珠菌应答QTLs | 研究主要聚焦于免疫细胞,未涉及其他可能参与抗真菌应答的细胞类型 | 深入理解宿主对白色念珠菌的免疫应答机制 | 经白色念珠菌刺激的免疫细胞 | 系统遗传学 | 念珠菌血症 | GWAS, bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 系统遗传学方法 | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
6980 | 2025-10-06 |
Astrocyte layers in the mammalian cerebral cortex revealed by a single-cell in situ transcriptomic map
2020-04, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-020-0602-1
PMID:32203496
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研究论文 | 本研究通过开发大区域空间转录组图谱技术,揭示了哺乳动物大脑皮层中星形胶质细胞的分层结构 | 首次发现星形胶质细胞在哺乳动物大脑皮层中存在与神经元不同的浅层、中层和深层梯度分层模式 | 研究主要聚焦于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究大脑皮层中胶质细胞是否存在与神经元类似的分层组织结构 | 小鼠和人类大脑皮层中的星形胶质细胞 | 空间转录组学 | NA | 单细胞原位转录组图谱、单细胞RNA测序、空间重建分析 | NA | 基因表达数据、空间定位数据 | 46个候选基因在小鼠大脑皮层中的筛选 | NA | 单细胞空间转录组学 | LaST(大区域空间转录组图谱) | 能够原位定量单细胞基因表达的高通量技术平台 |