单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6961	2024-11-27	Neutralization of the autophagy-repressive tissue hormone DBI/ACBP (diazepam binding inhibitor, acyl-CoA binding protein) enhances anticancer immunosurveillance 2024-Dec, Autophagy IF:14.6Q1 DOI:10.1080/15548627.2024.2411854 PMID:39419485	研究论文	研究探讨了组织激素DBI/ACBP对自噬的抑制作用及其在癌症免疫监视中的影响	首次发现DBI/ACBP的中和可以增强抗癌免疫监视，并改善化疗免疫疗法的效果	研究主要基于小鼠实验和临床观察，需要进一步的临床试验验证	探讨DBI/ACBP在癌症发展中的作用及其对免疫疗法的影响	DBI/ACBP、癌症患者、小鼠模型	癌症研究	NA	单细胞RNA测序	NA	基因数据	包括癌症患者和小鼠模型
6962	2024-11-27	Cross-species single-cell RNA sequencing reveals divergent phenotypes and activation states of adaptive immunity in human carotid and experimental murine atherosclerosis 2024-Nov-25, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae154 PMID:39041203	研究论文	通过跨物种单细胞RNA测序揭示人类颈动脉和实验性小鼠动脉粥样硬化中适应性免疫的不同表型和激活状态	首次通过单细胞RNA测序技术比较了人类和小鼠动脉粥样硬化中的免疫细胞组成和激活状态，发现两者存在显著差异	研究仅限于颈动脉样本，未涵盖其他部位的动脉粥样硬化	探讨人类和小鼠动脉粥样硬化中适应性免疫细胞的差异及其对疾病进展的影响	人类颈动脉和小鼠动脉粥样硬化中的免疫细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	43名接受颈动脉内膜切除术的患者和7组小鼠单细胞RNA测序数据集
6963	2024-11-27	Regulation of Ptbp1-controlled alternative splicing of pyruvate kinase muscle by liver kinase B1 governs vascular smooth muscle cell plasticity in vivo 2024-Nov-25, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae187 PMID:39189621	研究论文	研究探讨了Lkb1通过调控Ptbp1依赖的PKM选择性剪接，维持血管平滑肌细胞的收缩状态，抑制其可塑性	首次揭示了Lkb1在调控血管平滑肌细胞可塑性和命运中的关键作用，并发现PKM2激活剂TEPP-46可以挽救Lkb1缺失引起的血管平滑肌细胞转化和动脉扩张	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证Lkb1和PKM剪接在血管疾病中的作用	探讨血管平滑肌细胞可塑性的关键调控因子及其在血管疾病发展中的作用	血管平滑肌细胞、Lkb1、Ptbp1、PKM剪接	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序、基于成像的谱系追踪	NA	RNA	使用tamoxifen诱导的Lkb1flox/flox;Myh11-Cre/ERT2小鼠模型，以及人类动脉瘤组织样本
6964	2024-11-27	Predicting survival in bladder cancer with a novel apoptotic gene-related prognostic model 2024-Nov-24, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01575-z PMID:39580765	研究论文	本文建立了一种基于凋亡基因的新型膀胱癌预后模型，并通过多种分析方法验证了其预测生存率和免疫治疗反应的能力	首次基于凋亡基因建立了膀胱癌的预后模型，并验证了其在预测生存率和免疫治疗反应中的有效性	NA	建立并验证一种基于凋亡基因的膀胱癌预后模型，评估其在预测患者生存率和免疫治疗反应中的作用	膀胱癌患者的生存率和免疫治疗反应	数字病理学	膀胱癌	单细胞测序	Cox回归分析	mRNA表达数据	TCGA和GEO数据库中的数据
6965	2024-11-27	Exploring new mechanisms in cancer molecular pathways and pathogenic cell transformation: PIP4K2A as a prognostic marker and therapeutic target in cutaneous malignant melanoma 2024-Nov-23, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01555-3 PMID:39579298	研究论文	研究探讨了PIP4K2A基因在皮肤恶性黑色素瘤中的作用及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	利用单细胞测序和机器学习技术，研究了PIP4K2A基因在皮肤恶性黑色素瘤中的表达及其对T细胞介导的免疫反应的影响	NA	探讨PIP4K2A基因在皮肤恶性黑色素瘤中的作用及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	PIP4K2A基因在皮肤恶性黑色素瘤中的表达及其对T细胞介导的免疫反应的影响	数字病理学	皮肤癌	单细胞转录组测序	机器学习模型	基因表达数据	来自皮肤黑色素瘤患者的样本
6966	2024-11-27	Integration of the bulk transcriptome and single-cell transcriptome reveals efferocytosis features in lung adenocarcinoma prognosis and immunotherapy by combining deep learning 2024-Nov-23, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03571-3 PMID:39580462	研究论文	本研究整合了大量转录组和单细胞转录组数据，通过深度学习揭示了肺腺癌预后和免疫治疗中的吞噬作用特征	开发了一种新的与吞噬作用相关的基因预后特征，能够准确预测肺腺癌患者的生存预后和治疗效果	NA	研究吞噬作用在肺腺癌预后和免疫治疗中的作用	肺腺癌患者及其相关基因和免疫微环境	数字病理学	肺癌	深度学习	NA	转录组数据	涉及TCGA、GEO和CTRP数据库中的多个样本
6967	2024-11-27	Single-cell RNA sequencing reveals immune microenvironment niche transitions during the invasive and metastatic processes of ground-glass nodules and part-solid nodules in lung adenocarcinoma 2024-Nov-23, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02177-7 PMID:39580469	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了肺腺癌中磨玻璃结节和部分实性结节在侵袭和转移过程中的免疫微环境转变	首次揭示了CXCL9+和TREM2+肿瘤相关巨噬细胞在不同阶段的显著富集变化，并发现GGN-LUAD在侵袭阶段表现出更强的免疫反应	样本量较小，仅包括8例GGN-LUAD和7例PSN-LUAD，可能影响结果的普适性	探索肺腺癌不同放射学表型的异质性及其影响肿瘤演变的关联因素	肺腺癌中的磨玻璃结节和部分实性结节	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	8例GGN-LUAD和7例PSN-LUAD，以及4例邻近正常组织
6968	2024-11-27	Regulation of disease-associated microglia in the optic nerve by lipoxin B4 and ocular hypertension 2024-Nov-20, Molecular neurodegeneration IF:14.9Q1 DOI:10.1186/s13024-024-00775-z PMID:39568070	研究论文	研究了脂氧素B4和眼压对视神经中疾病相关小胶质细胞的调控作用	首次揭示了脂氧素B4在视网膜和视神经中对小胶质细胞的调控作用，并发现其在眼压诱导的神经退行性病变中的神经保护机制	研究主要集中在小鼠模型上，未来需要进一步验证在人类中的适用性	探讨脂氧素B4在眼压诱导的神经退行性病变中对小胶质细胞的调控作用	视网膜和视神经中的小胶质细胞	数字病理学	眼科疾病	单细胞RNA测序、RNA测序、qPCR、免疫组化	NA	基因表达数据	小鼠眼模型
6969	2024-11-27	TARGET-seq: Linking single-cell transcriptomics of human dopaminergic neurons with their target specificity 2024-Nov-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2410331121 PMID:39541349	研究论文	本文介绍了一种名为TARGET-seq的新方法，用于将人类多巴胺能神经元的单细胞转录组与其目标特异性联系起来	开发了TARGET-seq技术，通过AAV介导的逆行富集转录组来标记投射，从而将多巴胺能神经元的转录组与其在大脑前部的特定目标结构联系起来	NA	探讨不同多巴胺能神经元的分子表达谱与其特定功能或经典分类（如mesolimbic和nigrostriatal）之间的关系	人类多巴胺能神经元的单细胞转录组及其目标特异性	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
6970	2024-11-27	Clustering-independent estimation of cell abundances in bulk tissues using single-cell RNA-seq data 2024-Nov-18, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100905 PMID:39561717	研究论文	本文介绍了一种名为ConDecon的聚类无关方法，用于从单细胞RNA测序数据中估计批量组织中的细胞丰度	ConDecon方法在表型分辨率和功能上相对于基于回归的方法有所改进，能够推断单细胞数据集中每个细胞在批量组织中的存在可能性，并应用于神经退行性微胶质炎症途径在儿童室管膜瘤间充质转化中的作用研究	NA	开发一种新的计算方法，用于从单细胞RNA测序数据中推断批量组织中的细胞组成	单细胞RNA测序数据和批量组织数据	生物信息学	儿童室管膜瘤	单细胞RNA测序	ConDecon方法	RNA测序数据	NA
6971	2024-11-27	Non-coding RNAs in oral cancer: Emerging biomarkers and therapeutic frontier 2024-Nov-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e40096 PMID:39583806	研究论文	本文探讨了非编码RNA在口腔癌中的潜在诊断和治疗作用	结合空间转录组学和空间代谢组学与单细胞RNA测序，深入研究肿瘤微环境，提高诊断和治疗的精准度	NA	探讨非编码RNA作为口腔癌诊断和治疗工具的潜力	口腔癌及其相关非编码RNA	数字病理学	口腔癌	空间转录组学、空间代谢组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
6972	2024-11-27	Joint representation and visualization of derailed cell states with Decipher 2024-Nov-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.11.566719 PMID:38014231	研究论文	本文介绍了一种名为Decipher的深度生成模型，用于表征偏离正常状态的细胞状态轨迹	Decipher能够联合建模和可视化正常和扰动单细胞RNA-seq数据中的基因表达和细胞状态，揭示共享和破坏的动力学	NA	开发一种有效的计算工具，用于整合跨条件的单细胞基因组数据并表征从正常到异常细胞状态的转变	正常和扰动单细胞RNA-seq数据中的基因表达和细胞状态	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	深度生成模型	基因表达数据	NA
6973	2024-11-27	A signal-diffusion-based unsupervised contrastive representation learning for spatial transcriptomics analysis 2024-Nov-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae663 PMID:39546378	研究论文	提出了一种基于信号扩散的无监督对比表示学习方法（SDUCL），用于空间转录组学分析	设计了一种信号扩散微环境发现算法，通过模拟生物信号扩散过程，有效捕捉和整合细胞微环境中的交互信息	未提及具体局限性	学习细胞/位点的低维潜在嵌入，以解析组织异质性和分析生物功能	空间转录组学数据，包括正常和肿瘤组织	生物信息学	肿瘤	信号扩散	无监督对比学习	基因表达数据、空间信息、图像数据	涉及多个物种的空间转录组学数据集
6974	2024-11-27	Single-cell transcriptomics unveils skin cell specific antifungal immune responses and IL-1Ra- IL-1R immune evasion strategies of emerging fungal pathogen Candida auris 2024-Nov, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1012699 PMID:39536069	研究论文	研究揭示了新兴真菌病原体白色念珠菌在皮肤组织中的细胞特异性抗真菌免疫反应和IL-1Ra-IL-1R免疫逃避策略	首次通过单细胞转录组学揭示了白色念珠菌在皮肤感染中的细胞特异性免疫反应和免疫逃避机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨白色念珠菌在皮肤组织中的免疫反应和免疫逃避机制	白色念珠菌感染的小鼠皮肤组织中的免疫细胞和非免疫细胞	数字病理学	真菌感染	单细胞转录组学	NA	转录组数据	感染白色念珠菌的小鼠皮肤组织中的多个免疫和非免疫细胞
6975	2024-11-27	Identification and analysis of a cell communication prognostic signature for oral squamous cell carcinoma at bulk and single-cell levels 2024-Nov, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70166 PMID:39580787	研究论文	本文通过单细胞和批量测序数据分析，构建了一个新的免疫相关基因预后模型，用于预测口腔鳞状细胞癌患者的预后和免疫治疗反应	首次整合单细胞和批量测序数据，构建了一个免疫相关基因预后模型，并验证了FCRL4对口腔鳞状细胞癌细胞的影响	需要进一步的临床试验来验证模型的实际应用效果	开发一个能够有效预测口腔鳞状细胞癌患者预后和免疫治疗反应的预后模型	口腔鳞状细胞癌的免疫微环境分析和预后模型构建	数字病理学	口腔癌	单细胞测序、批量测序、WGCNA分析、XGBoost	XGBoost	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
6976	2024-11-27	GnRH-Gonadotropes Interactions Revealed by Pituitary Single-cell Transcriptomics in Zebrafish 2024-Oct-30, Endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1210/endocr/bqae151 PMID:39499852	研究论文	通过单细胞转录组学研究斑马鱼垂体细胞中GnRH与促性腺激素细胞的相互作用	揭示了GnRH3基因在斑马鱼垂体中的直接作用及其对促性腺激素细胞的影响	GnRH3与LH促性腺激素细胞通过Gnrhr2相互作用的最终结果仍未知	阐明GnRH3和其他机制在调节斑马鱼垂体促性腺激素细胞中的作用	野生型和Gnrh3基因敲除的成年雌性斑马鱼的垂体细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	野生型和Gnrh3基因敲除的成年雌性斑马鱼
6977	2024-11-27	Regulation of Diseases-Associated Microglia in the Optic Nerve by Lipoxin B4 and Ocular Hypertension 2024-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.18.585452 PMID:38562864	研究论文	研究了脂氧素B4和眼压升高对视神经中疾病相关小胶质细胞的调控作用	首次揭示了脂氧素B4在视网膜和视神经中对小胶质细胞的调控作用，并发现其在眼压升高诱导的神经退行性变中的神经保护机制	研究主要集中在小鼠模型上，结果的临床相关性需要进一步验证	探讨脂氧素B4在眼压升高诱导的视神经退行性变中的作用及其对小胶质细胞的调控机制	视网膜和视神经中的小胶质细胞	数字病理学	眼科疾病	单细胞RNA测序、RNA测序、qPCR、免疫组化	NA	基因表达数据	小鼠眼内注射硅油诱导持续稳定的眼压升高
6978	2024-11-27	Clustering-independent estimation of cell abundances in bulk tissues using single-cell RNA-seq data 2024-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.06.527318 PMID:36798206	研究论文	本文介绍了一种名为ConDecon的聚类无关方法，用于从单细胞RNA-seq数据中估计批量组织中的细胞丰度	ConDecon方法在表型分辨率和功能上相对于基于回归的方法有所改进，并且能够推断连续细胞过程如细胞分化或免疫细胞激活	NA	开发一种新的计算方法，用于从单细胞RNA-seq数据中推断批量组织中的细胞组成	单细胞RNA-seq数据和批量组织数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
6979	2024-11-27	Dissecting the Implications of Calumenin in Malignancy and Heterogeneity of the Microenvironment of Clear Cell Renal Cell Carcinoma Using Multi-Omics Data 2024-Aug, Phenomics (Cham, Switzerland) DOI:10.1007/s43657-024-00169-7 PMID:39583311	研究论文	研究探讨了Calumenin在透明细胞肾细胞癌中的作用及其对微环境异质性的影响	首次综合多组学数据和分子生物学实验，揭示了Calumenin在透明细胞肾细胞癌中的表达与患者病理分级、预后及化疗敏感性的关系	研究主要基于多组学数据和体外实验，缺乏临床试验验证	探讨Calumenin在透明细胞肾细胞癌中的作用及其对患者预后和化疗敏感性的影响	透明细胞肾细胞癌患者及其肿瘤微环境	数字病理学	肾癌	多组学数据分析	NA	基因组数据	NA
6980	2024-11-27	A multidimensional analysis reveals distinct immune phenotypes and the composition of immune aggregates in pediatric acute myeloid leukemia 2024-Jul-18, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.03.03.23286485 PMID:37961528	研究论文	本文对儿童急性髓系白血病（AML）的肿瘤免疫微环境进行了多维分析，揭示了不同的免疫表型和免疫聚集物的组成	首次在儿童AML中发现近三分之一的病例存在免疫浸润的骨髓，并揭示了T细胞网络和B细胞的共定位情况	研究主要集中在骨髓样本上，未涉及其他组织或器官	了解儿童AML骨髓中T细胞和其他微环境细胞的组成、表型和空间组织，为未来的免疫治疗试验提供信息	儿童急性髓系白血病（AML）的骨髓免疫微环境	数字病理学	血液肿瘤	空间转录组学	NA	转录组数据	儿童AML病例和非白血病对照组