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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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6941 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics identifies spatially dysregulated expression of GRM3 and USP47 in amyotrophic lateral sclerosis
2020-08, Neuropathology and applied neurobiology
IF:4.0Q1
DOI:10.1111/nan.12597
PMID:31925813
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术识别了肌萎缩侧索硬化症中GRM3和USP47基因的空间表达失调 | 首次在携带C9orf72六核苷酸重复扩展的ALS患者尸检皮质组织中应用空间转录组学技术,并识别出跨sALS、SOD1和C9orf72病例共同失调的GRM3和USP47转录本 | 研究样本量有限,主要基于尸检脑组织,可能受到死后组织变化的影响 | 识别可能导致ALS中不同细胞类型和脑区域差异易感性的失调转录本 | 人类尸检脑组织和脊髓组织,包括C9orf72、散发性ALS和SOD1 ALS病例 | 空间转录组学 | 肌萎缩侧索硬化症 | 空间转录组学,BaseScope原位杂交技术 | NA | 空间转录组数据,原位杂交数据 | 多个尸检脑区域和脊髓组织样本,包括C9orf72、散发性ALS和SOD1 ALS病例队列 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 空间分辨率达100微米的空间转录组学技术 |
6942 | 2025-10-06 |
Prototypical pacemaker neurons interact with the resident microbiota
2020-07-28, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1920469117
PMID:32647059
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研究论文 | 本研究在基础后生动物中鉴定并功能表征了表达ANO/SCN/TRPM离子通道的起搏神经元,揭示了这些神经元通过免疫相关基因与微生物环境相互作用的机制 | 发现原始起搏神经元表达丰富的免疫相关基因,提出了起搏细胞进化起源的新模型——利用先天免疫成分与微生物环境相互作用 | 研究仅针对基础后生动物模型,在更高等生物中的适用性需要进一步验证 | 探究起搏神经元的进化起源及其与微生物的相互作用机制 | 基础后生动物中的起搏神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学,免疫化学,功能实验 | NA | 基因表达数据,免疫染色数据,功能实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6943 | 2025-10-06 |
Multimodal Analysis of Composition and Spatial Architecture in Human Squamous Cell Carcinoma
2020-07-23, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.05.039
PMID:32579974
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研究论文 | 通过多模态分析揭示人类皮肤鳞状细胞癌的细胞组成、空间结构和细胞间通讯网络 | 首次结合单细胞RNA测序、空间转录组学和多重离子束成像技术,发现肿瘤特异性角质形成细胞(TSK)群体及其在纤维血管微环境中的定位 | 研究样本数量有限,主要关注皮肤鳞状细胞癌,结果在其他癌症类型中的普适性需要进一步验证 | 解析皮肤鳞状细胞癌的细胞组成、空间结构和细胞间相互作用网络 | 人类皮肤鳞状细胞癌组织及匹配的正常皮肤组织 | 空间转录组学 | 皮肤鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,多重离子束成像,CRISPR筛选 | NA | 基因表达数据,空间定位数据,成像数据 | 一系列人类cSCC和匹配正常皮肤样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,多重离子束成像 | NA | NA |
6944 | 2025-10-06 |
A Single-Cell Transcriptomics CRISPR-Activation Screen Identifies Epigenetic Regulators of the Zygotic Genome Activation Program
2020-07-22, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2020.06.004
PMID:32634384
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研究论文 | 本研究结合单细胞转录组学和CRISPR激活技术筛选调控合子基因组激活程序的表观遗传因子 | 首次将CRISPR激活筛选与单细胞转录组学结合,在小鼠胚胎干细胞中系统鉴定ZGA调控因子 | 使用胚胎干细胞作为早期胚胎的体外替代模型,可能与真实胚胎环境存在差异 | 鉴定调控合子基因组激活程序的表观遗传调控因子 | 小鼠胚胎干细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序, CRISPR激活 | MOFA+ | 单细胞转录组数据 | 约200,000个单细胞转录组,包含230个CRISPRa扰动 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6945 | 2025-10-06 |
Single-cell analyses identify dysfunctional CD16+ CD8 T cells in smokers
2020-07-21, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2020.100054
PMID:33163982
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研究论文 | 通过单细胞分析识别吸烟者中功能失调的CD16+ CD8 T细胞 | 首次在吸烟者中发现并表征了表达CD16的NK样CD8 T细胞亚群,揭示了吸烟与免疫衰老和T细胞衰老的关联 | 研究样本仅来自外周血,未涉及组织特异性免疫反应 | 识别受吸烟影响的免疫细胞并研究吸烟对免疫系统的影响 | 吸烟者和非吸烟者的外周血免疫细胞 | 单细胞生物学 | 慢性疾病 | 单细胞RNA测序,质谱流式细胞术,假时间分析,DNA甲基化分析 | 假时间分析模型,DNA甲基化模型 | 单细胞转录组数据,蛋白质表达数据,表观遗传数据 | 吸烟者和非吸烟者的外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6946 | 2025-10-06 |
Tumors induce de novo steroid biosynthesis in T cells to evade immunity
2020-07-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-17339-6
PMID:32680985
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研究论文 | 本研究揭示肿瘤通过诱导T细胞从头合成类固醇来逃避免疫攻击的新机制 | 首次发现肿瘤能诱导T细胞从头合成类固醇,并证明这是肿瘤免疫逃逸的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类临床样本中得到验证 | 探究肿瘤诱导免疫逃逸的新机制 | T淋巴细胞和肿瘤微环境 | 免疫学 | 肿瘤 | 单细胞转录组测序 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据 | 转基因类固醇生成报告小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6947 | 2025-10-06 |
RNA Identification of PRIME Cells Predicting Rheumatoid Arthritis Flares
2020-07-16, The New England journal of medicine
DOI:10.1056/NEJMoa2004114
PMID:32668112
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研究论文 | 通过纵向RNA测序识别预测类风湿关节炎发作的PRIME细胞 | 首次发现血液中CD45-CD31-PDPN+ PRIME细胞可作为类风湿关节炎发作的预测标志物 | 样本量有限,仅包含4名主要患者和19名验证患者 | 探索类风湿关节炎发作前的分子机制和预测标志物 | 类风湿关节炎患者血液样本 | 基因组学 | 类风湿关节炎 | RNA测序,流式细胞术,单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 4名主要患者(364个时间点)+ 3名额外患者(235个时间点)+ 19名验证患者 | NA | RNA-seq,单细胞RNA-seq | NA | NA |
6948 | 2025-10-06 |
CD70 expression determines the therapeutic efficacy of expanded human regulatory T cells
2020-07-14, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-020-1097-8
PMID:32665635
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研究论文 | 本研究揭示了CD70表达在扩增的人类调节性T细胞治疗功效中的决定性作用 | 首次发现体外长期刺激后人类Tregs获得稳定CD70表达并伴随功能转变,证明CD70阻断可维持Tregs的调节活性 | 研究主要基于体外实验,需要进一步体内验证 | 探究CD27-CD70受体-配体相互作用在调节性T细胞中的功能作用 | 人类调节性T细胞 | 免疫学 | 免疫相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人类外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 高分辨率靶向单细胞RNA测序 |
6949 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA-Seq Reveals Cellular Hierarchies and Impaired Developmental Trajectories in Pediatric Ependymoma
2020-07-13, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2020.06.004
PMID:32663469
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析儿童室管膜瘤的细胞层次结构和发育轨迹 | 首次在室管膜瘤中揭示从未分化细胞群到神经胶质命运特化的三个谱系的发育层次结构 | NA | 研究室管膜瘤的肿瘤内异质性和发育起源 | 儿童室管膜瘤肿瘤组织 | 单细胞测序分析 | 室管膜瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6950 | 2025-10-06 |
Human CNS barrier-forming organoids with cerebrospinal fluid production
2020-07-10, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aaz5626
PMID:32527923
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研究论文 | 本研究建立了具有选择性屏障和脑脊液分泌功能的人源脉络丛类器官 | 首次开发出能够形成选择性屏障并分泌脑脊液样液体的人源脉络丛类器官,并发现先前未知的特化上皮亚型 | NA | 建立模拟体内脉络丛功能的人类中枢神经系统屏障类器官模型 | 人源脉络丛类器官 | 类器官技术 | 中枢神经系统疾病 | 单细胞转录组学,蛋白质组学 | 类器官模型 | 转录组数据,蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,蛋白质组分析 | NA | NA |
6951 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics of alloreactive CD4+ T cells over time reveals divergent fates during gut graft-versus-host disease
2020-07-09, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.137990
PMID:32484791
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序研究同种异体反应性CD4+ T细胞在肠道移植物抗宿主病中的分化命运 | 首次在单细胞水平揭示GVHD过程中同种异体反应性CD4+ T细胞分化为静止状态和效应状态的异质性分化路径 | 研究基于小鼠模型,临床相关性需进一步验证 | 探究同种异体造血干细胞移植后肠道GVHD中CD4+ T细胞的分化机制 | 同种异体反应性CD4+ T细胞 | 单细胞生物学 | 移植物抗宿主病 | 单细胞RNA测序 | 计算轨迹推断模型 | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6952 | 2025-10-06 |
Analysis of endothelial-to-haematopoietic transition at the single cell level identifies cell cycle regulation as a driver of differentiation
2020-07-01, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02058-4
PMID:32611441
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析揭示了细胞周期调控在内皮-造血转化过程中的关键驱动作用 | 首次在单细胞水平证明细胞周期再进入是内皮细胞获得造血命运的必要条件,并鉴定CDK4/6和CDK1在此过程中的核心作用 | 使用体外hPSC分化系统模拟EHT过程,可能与体内实际发育环境存在差异 | 探索内皮-造血转化过程的分子机制 | 人多能干细胞分化的内皮细胞和早期造血细胞 | 单细胞生物学 | 造血发育疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6953 | 2025-10-06 |
Deciphering Cell Fate Decision by Integrated Single-Cell Sequencing Analysis
2020-07, Annual review of biomedical data science
IF:7.0Q1
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综述 | 本文综述了如何通过整合单细胞测序分析来解析细胞命运决定机制 | 整合多种单细胞测序模态和计算工具,在 unprecedented 分辨率下探索细胞命运特化过程 | NA | 理解发育、再生、稳态和疾病过程中细胞命运选择的调控机制 | 多细胞生物中的细胞分化过程 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 多模态测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞多组学 | NA | NA |
6954 | 2025-10-06 |
PhISCS-BnB: a fast branch and bound algorithm for the perfect tumor phylogeny reconstruction problem
2020-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa464
PMID:32657358
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研究论文 | 提出一种快速分支定界算法PhISCS-BnB,用于从单细胞测序数据重建最可能的完美肿瘤系统发育树 | 开发了比现有方法快10-100倍且保证最优解的分支定界算法 | 未明确说明算法在更复杂数据集上的性能表现 | 解决肿瘤系统发育树重建中的计算效率问题 | 肿瘤单细胞测序数据 | 生物信息学 | 黑色素瘤 | 单细胞测序 | 分支定界算法 | 基因型矩阵 | 20个克隆系的2367个突变 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
6955 | 2025-10-06 |
Single-cell lineage tracing unveils a role for TCF15 in haematopoiesis
2020-07, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2503-6
PMID:32669716
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研究论文 | 本研究通过单细胞谱系追踪技术揭示了转录因子TCF15在造血干细胞功能异质性中的关键作用 | 开发了可表达慢病毒条形码技术,首次实现单个造血干细胞谱系和转录组的同步分析,并发现TCF15是维持干细胞静息状态和自我更新能力的关键因子 | 研究主要聚焦于成年造血干细胞,未涉及其他发育阶段或组织特异性的干细胞群体 | 探索造血干细胞功能异质性的分子机制 | 成年小鼠造血干细胞及其克隆谱系 | 单细胞生物学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序, 可表达慢病毒条形码, CRISPR筛选 | NA | 单细胞转录组数据, 谱系追踪数据 | 单个造血干细胞及其克隆后代 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6956 | 2025-10-06 |
Allergen-specific IgG+ memory B cells are temporally linked to IgE memory responses
2020-07, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2019.11.046
PMID:31883847
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组和抗体基因测序揭示了过敏原特异性IgG+记忆B细胞在黏膜过敏原暴露后快速转换为IgE+浆母细胞的记忆应答机制 | 首次证明人类IgE记忆存在于过敏原特异性IgG+记忆B细胞中,这些细胞能快速转换同种型并扩增为短寿命IgE+浆母细胞 | 样本量相对有限(40名成人),仅针对季节性过敏性鼻炎和草花粉过敏原进行研究 | 研究黏膜过敏原暴露后IgE记忆应答的细胞和克隆起源 | 季节性过敏性鼻炎成人患者的PBMC、分选B细胞和鼻活检样本 | 免疫学 | 过敏性鼻炎 | 重链可变区基因库测序,单细胞转录组测序,单克隆抗体衍生 | NA | RNA序列数据,单细胞转录组数据 | 40名季节性过敏性鼻炎成人患者,在基线、4、8、16、28和52周多个时间点采样 | NA | 单细胞RNA测序,抗体库测序 | NA | NA |
6957 | 2025-10-06 |
An efficient single-cell transcriptomics workflow for microbial eukaryotes benchmarked on Giardia intestinalis cells
2020-Jun-29, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-020-06858-7
PMID:32600266
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研究论文 | 本研究开发了一种用于微生物真核生物的高效单细胞转录组工作流程,并以贾第鞭毛虫细胞为基准进行测试 | 对Smart-seq2协议进行多种修改,建立了适用于原生生物的稳健且更具成本效益的工作流程,发现添加冻融循环可提高转录本回收率 | 减少反应体积导致检测到的基因显著减少,大多数修改未显著改变基因检测效果 | 建立适用于微生物真核生物的高效单细胞转录组测序工作流程 | 贾第鞭毛虫细胞 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞RNA测序,Smart-seq2协议 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | Smart-seq2 | 修改后的Smart-seq2单细胞RNA测序协议 |
6958 | 2025-10-06 |
Rate of replenishment and microenvironment contribute to the sexually dimorphic phenotype and function of peritoneal macrophages
2020-06-19, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abc4466
PMID:32561560
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研究论文 | 本研究探讨性別和年龄对小鼠腹膜巨噬细胞分化、更新和功能的影响 | 发现腹膜巨噬细胞的性别二态性表型由骨髓补充速率和局部微环境共同驱动 | 研究仅限于小鼠模型,人类相关性需进一步验证 | 理解腹膜巨噬细胞行为调控因素及其在疾病易感性中的作用 | 小鼠腹膜巨噬细胞 | 免疫学 | 腹膜炎 | 命运示踪技术、群体RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6959 | 2025-10-06 |
Synthetic Lethal and Resistance Interactions with BET Bromodomain Inhibitors in Triple-Negative Breast Cancer
2020-06-18, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2020.04.027
PMID:32416067
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研究论文 | 通过CRISPR和小分子抑制剂筛选结合分子谱分析,揭示三阴性乳腺癌中BET溴结构域抑制剂的合成致死与耐药机制 | 首次系统鉴定BBDIs的合成致死相互作用和耐药基因,发现BRD2与BRD7功能差异及TEAD-YAP染色质结合在耐药中的作用 | 研究主要基于细胞系模型,尚未进行临床验证 | 探索三阴性乳腺癌中BET溴结构域抑制剂的耐药机制和联合治疗策略 | 三阴性乳腺癌细胞系 | 癌症生物学 | 三阴性乳腺癌 | CRISPR筛选, 小分子抑制剂筛选, 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, 细胞条形码分析 | NA | 基因组数据, 表观基因组数据, 转录组数据 | 敏感和耐药细胞系样本 | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq | NA | NA |
6960 | 2025-10-06 |
Thermogenic adipocytes: lineage, function and therapeutic potential
2020-06-12, The Biochemical journal
DOI:10.1042/BCJ20200298
PMID:32539124
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综述 | 本文综述了产热脂肪细胞的谱系、功能及其治疗潜力 | 整合单细胞RNA测序与谱系追踪技术识别新型脂肪细胞祖细胞,揭示具有治疗潜能的特化脂肪细胞 | 基于初步研究结果,部分发现仍需进一步验证 | 探讨脂肪细胞在能量稳态中的功能及治疗应用前景 | 小鼠和人类脂肪组织 | 单细胞组学 | 代谢综合征 | 单细胞RNA测序, 谱系追踪, 转录组学, 蛋白质组学 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |