单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6941	2024-10-20	Potential crosstalk between Naïve CD4+ T cells and SPP1+ Macrophages is associated with clinical outcome and therapeutic response in hepatocellular carcinoma 2024-Dec-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113231 PMID:39332093	研究论文	研究探讨了肝细胞癌中幼稚CD4+ T细胞与SPP1+巨噬细胞之间的潜在交叉对话及其对临床结果和治疗反应的影响	建立了基于幼稚CD4+ T细胞和SPP1+巨噬细胞交叉对话的机器学习模型TMPS，用于预测预后和治疗反应	NA	研究肝细胞癌中肿瘤微环境内细胞间交叉对话及其对临床结果和治疗反应的影响	幼稚CD4+ T细胞和SPP1+巨噬细胞的交叉对话	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）和批量RNA测序（RNA-seq）	机器学习模型	RNA测序数据	4个独立队列
6942	2024-10-20	Decoding the mosaic of inflammatory bowel disease: Illuminating insights with single-cell RNA technology 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.07.011 PMID:39421242	综述	本文综述了单细胞RNA技术在炎症性肠病（IBD）研究中的应用，涵盖了发病机制、诊断、治疗和预后	单细胞RNA测序（scRNA-seq）作为一种强大的工具，能够克服传统批量RNA测序的局限，提供IBD患者中各种细胞类型的全面转录组谱	需要纵向研究、整合多种单细胞和空间转录组技术，以及探索肠道微生物在IBD中的作用	增强对炎症性肠病（IBD）的理解，包括发病机制、诊断、治疗和预后	炎症性肠病（IBD），包括溃疡性结肠炎（UC）和克罗恩病（CD）	数字病理学	炎症性肠病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
6943	2024-10-20	Multi-omic analysis revealed the immunological patterns and diagnostic value of exhausted T cell-derived PTTG1 in patients with psoriasis 2024-Nov-19, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.150740 PMID:39342798	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了银屑病患者中耗竭T细胞来源的PTTG1的免疫学模式及其诊断价值	本研究首次揭示了耗竭T细胞来源的PTTG1在银屑病中的诊断价值，并验证了leptomycin B作为靶向PTTG1治疗银屑病的潜在药物	本研究主要基于单细胞RNA测序和机器学习方法，未涉及临床试验验证PTTG1作为诊断标志物的实际应用效果	探索银屑病的发病机制及其诊断标志物	银屑病患者的临床样本和耗竭T细胞来源的PTTG1	数字病理学	银屑病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、机器学习、分子对接	机器学习	基因数据	银屑病患者的临床样本
6944	2024-10-20	Characterization of mitochondrial metabolism related molecular subtypes and immune infiltration in colorectal adenocarcinoma 2024-10-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-75482-2 PMID:39414905	研究论文	研究了结直肠腺癌中与线粒体代谢相关的分子亚型及其免疫浸润特征	通过无监督共识聚类分析筛选出与结直肠腺癌预后相关的线粒体代谢相关基因，并构建了预测模型，同时发现了新的潜在治疗靶点SEC11A	NA	探索结直肠腺癌的预后因素及其可能的机制	结直肠腺癌中的线粒体代谢相关基因及其分子亚型	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序分析	LASSO-单变量Cox分析	基因表达数据	NA
6945	2024-10-20	Key genes and immune pathways in T-cell mediated rejection post-liver transplantation identified via integrated RNA-seq and machine learning 2024-10-16, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-74874-8 PMID:39414868	研究论文	本研究通过整合RNA测序和机器学习方法，识别了肝移植后T细胞介导的排斥反应中的关键基因及其潜在的生物学过程和机制	本研究首次通过综合分析RNA测序数据和机器学习算法，识别了与T细胞介导的排斥反应相关的关键基因，并揭示了其生物学意义和潜在的治疗靶点	本研究主要基于GSE145780数据集和单细胞RNA测序数据，样本量有限，可能影响结果的普适性	识别肝移植后T细胞介导的排斥反应中的关键基因及其生物学过程和机制	肝移植后T细胞介导的排斥反应中的关键基因及其生物学过程和机制	机器学习	NA	RNA测序	机器学习算法	RNA测序数据	GSE145780数据集和来自患者的单细胞RNA测序数据及肝活检组织
6946	2024-10-20	Network dynamics-based subtyping of Alzheimer's disease with microglial genetic risk factors 2024-Oct-16, Alzheimer's research & therapy DOI:10.1186/s13195-024-01583-9 PMID:39415193	研究论文	本文利用系统生物学方法，通过构建患者特异性的小胶质细胞分子调控网络模型，对阿尔茨海默病进行亚型分类，并识别潜在的治疗靶点	本文创新性地结合大规模计算机模拟和动态网络分析，对阿尔茨海默病进行亚型分类，并识别出多个亚型共有的治疗靶点	本文的局限性在于依赖于现有的文献和单细胞RNA测序数据，可能存在数据偏差	本文旨在通过系统生物学方法对阿尔茨海默病进行亚型分类，并识别潜在的治疗靶点	本文的研究对象是阿尔茨海默病患者的小胶质细胞及其分子调控网络	系统生物学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	分子调控网络模型	基因组数据	NA
6947	2024-10-20	The molecular anatomy of cashmere goat hair follicle during cytodifferentiation stage 2024-Oct-15, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10820-2 PMID:39407092	研究论文	研究了绒山羊毛囊在细胞分化阶段的分子结构及其对纤维质量的影响	揭示了绒山羊毛囊内层细胞分化过程中的复杂过程和转录动态，识别了九种细胞群体和关键结构，并发现了三种主要内层谱系及其在特化和信号传导中的作用	NA	深入理解绒山羊次级毛囊发育及其对纤维质量的影响，为育种策略提供信息	绒山羊的次级毛囊及其在细胞分化阶段的分子结构	NA	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
6948	2024-10-17	Multimodal Identification of Molecular Factors Linked to Severe Diabetic Foot Ulcers Using Artificial Intelligence 2024-Oct-04, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms251910686 PMID:39409014	研究论文	利用多模态方法和人工智能技术识别与严重糖尿病足溃疡相关的分子因素	本研究通过整合电子健康记录和单细胞转录组学数据，识别出与糖尿病足溃疡严重程度相关的细胞类型特异性和分子因素，并考虑了关键的人口统计学差异	NA	识别与严重糖尿病足溃疡相关的分子因素	糖尿病足溃疡的分子因素	机器学习	糖尿病	RNA测序	NA	文本	数千名患者
6949	2024-10-20	FICTURE: scalable segmentation-free analysis of submicron-resolution spatial transcriptomics 2024-Oct, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02415-2 PMID:39266749	研究论文	本文介绍了一种名为FICTURE的可扩展的无分割空间转录组分析方法	FICTURE是一种无分割的空间因子分解方法，能够处理带有数十亿亚微米分辨率空间坐标的转录组数据，并且比现有方法效率高几个数量级	NA	开发一种能够处理高分辨率空间转录组数据的可扩展分析方法	亚微米分辨率的空间转录组数据	空间转录组学	NA	空间因子分解	多层Dirichlet模型	空间转录组数据	数十亿亚微米分辨率空间坐标的数据
6950	2024-09-15	Analyzing submicron spatial transcriptomics data at their original resolution 2024-Oct, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02416-1 PMID:39271936	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
6951	2024-10-20	Gene signatures for cancer research: A 25-year retrospective and future avenues 2024-Oct, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012512 PMID:39413055	评论	本文回顾了过去25年基因签名在癌症研究中的应用，并探讨了未来的发展方向	提出了多组学数据整合、机器学习技术、开放科学实践和协作努力等未来发展方向	基因签名在不同队列中的重叠和一致性有限，且由于每个患者的转录组独特性，存在可重复性问题	探讨基因签名在疾病转录组研究中的可靠性，并提出标准化实践和先进方法	基因签名在癌症研究中的应用及其未来发展	NA	癌症	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
6952	2024-10-20	Unveiling the Enigmatic Role of SLC35F3 in Lung Adenocarcinoma 2024-Oct, The clinical respiratory journal DOI:10.1111/crj.70023 PMID:39414367	研究论文	研究探讨了SLC35F3在肺腺癌中的作用及其临床相关性	首次系统分析了SLC35F3在肺腺癌中的表达模式及其与免疫浸润、肿瘤突变负荷和药物敏感性的关系	研究主要基于TCGA数据库和细胞系实验，缺乏临床样本的直接验证	揭示SLC35F3在肺腺癌中的作用及其潜在的临床应用	SLC35F3在不同癌症类型中的表达及其在肺腺癌中的临床相关性	数字病理学	肺癌	qRT-PCR	NA	基因表达数据	包括来自TCGA数据库的肺腺癌患者数据和细胞系样本
6953	2024-10-20	Single-cell transcriptome analysis reveals evolving tumour microenvironment induced by immunochemotherapy in nasopharyngeal carcinoma 2024-Oct, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70061 PMID:39415331	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了免疫化疗诱导的鼻咽癌肿瘤微环境的变化	首次在单细胞水平上探讨了免疫化疗对鼻咽癌肿瘤微环境的影响，揭示了不同治疗反应的分子机制	样本量较小，仅包括18个bulk和11个单细胞RNA测序样本	探讨免疫化疗对鼻咽癌肿瘤微环境的影响及其机制	高风险转移性局部晚期鼻咽癌患者治疗前后的肿瘤微环境	数字病理学	鼻咽癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	18个bulk样本和11个单细胞RNA测序样本
6954	2024-10-20	Bioinformatic-Experimental Screening Uncovers Multiple Targets for Increase of MHC-I Expression through Activating the Interferon Response in Breast Cancer 2024-Sep-30, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms251910546 PMID:39408874	研究论文	本研究通过生物信息学和实验筛选，识别出多个可以增加乳腺癌中MHC-I表达的基因靶点	首次通过综合分析MHC-I评分、基因表达相关性、生存预测和Cibersort肿瘤浸润淋巴细胞评分，识别出144个与MHC-I表达和TILs负相关的基因，并通过实验验证了其中多个基因的有效性	研究主要集中在乳腺癌细胞系和患者样本，结果的普适性需要进一步验证	识别并验证可以增加乳腺癌中MHC-I表达的基因靶点	乳腺癌细胞中的MHC-I表达和肿瘤浸润淋巴细胞	生物信息学	乳腺癌	scRNA-seq	NA	基因表达数据	乳腺癌患者样本
6955	2024-10-20	Cerebrospinal Fluid and Peripheral Blood Lymphomonocyte Single-Cell Transcriptomics in a Subject with Multiple Sclerosis Acutely Infected with HIV 2024-Sep-28, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms251910459 PMID:39408789	研究论文	研究了多发性硬化症（MS）急性感染HIV患者的脑脊液和外周血淋巴单核细胞的单细胞转录组特征	首次在多发性硬化症和HIV感染的临床样本中使用单细胞转录组技术，揭示了神经退行性基因表达的特征	无法区分多发性硬化症和HIV感染的具体原因	探讨多发性硬化症急性感染HIV患者的脑脊液和外周血淋巴单核细胞的单细胞转录组特征	多发性硬化症急性感染HIV患者的脑脊液和外周血淋巴单核细胞	数字病理学	多发性硬化症	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	脑脊液中1446个单细胞转录组，外周血单核细胞中4647个单细胞转录组
6956	2024-10-20	Characterization of Endothelial Cell Subclusters in Localized Scleroderma Skin with Single-Cell RNA Sequencing Identifies NOTCH Signaling Pathway 2024-Sep-28, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms251910473 PMID:39408800	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了局限性硬皮病皮肤中的内皮细胞亚群，并识别出NOTCH信号通路	首次使用单细胞RNA测序技术详细研究局限性硬皮病皮肤中的内皮细胞亚群，并识别出与疾病进展相关的信号通路	研究样本仅包括27名局限性硬皮病患者和17名健康对照，样本量有限	探讨局限性硬皮病皮肤中内皮细胞的分子机制	局限性硬皮病患者的皮肤内皮细胞	数字病理学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	27名局限性硬皮病患者和17名健康对照的皮肤细胞
6957	2024-10-20	Unravelling the Complexity of HNSCC Using Single-Cell Transcriptomics 2024-Sep-25, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16193265 PMID:39409886	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNAseq）在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）研究中的应用	scRNAseq技术能够详细描述肿瘤微环境（TME）中的细胞水平特征，为HNSCC的病因、诊断、预后和治疗提供了新的见解	NA	评估scRNAseq在解决HNSCC管理挑战中的效用	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）及其肿瘤微环境（TME）	数字病理学	头颈部癌症	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	转录组数据	NA
6958	2024-10-20	SELF-Former: multi-scale gene filtration transformer for single-cell spatial reconstruction 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae523 PMID:39413798	研究论文	本文介绍了一种基于Transformer的框架SELF-Former，用于单细胞空间重构任务	引入了基因过滤模块，显著提升了空间重构任务的准确性	NA	解决单细胞RNA测序数据到空间转录组数据的空间重构问题	单细胞RNA测序数据和空间转录组数据	生物信息学	NA	Transformer	Transformer	基因表达数据	四个基准数据集
6959	2024-10-20	Isotype-aware inference of B cell clonal lineage trees from single-cell sequencing data 2024-Sep-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100637 PMID:39208795	研究论文	本文介绍了一种名为TRIBAL的算法，用于从单细胞RNA测序数据中推断B细胞克隆系谱树，考虑了体细胞超突变和类别转换重组	TRIBAL算法能够同时考虑体细胞超突变和类别转换重组，相较于现有方法，能够更全面和准确地重建B细胞系谱树	NA	开发一种新的算法，用于从单细胞RNA测序数据中推断B细胞克隆系谱树，考虑体细胞超突变和类别转换重组	B细胞克隆系谱树的推断	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
6960	2024-10-20	An isoform-resolution transcriptomic atlas of colorectal cancer from long-read single-cell sequencing 2024-Sep-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100641 PMID:39216476	研究论文	本研究通过整合短读和长读单细胞RNA测序数据，构建了结直肠癌的isoform分辨率转录组图谱	首次整合短读和长读单细胞RNA测序数据，揭示了结直肠癌中394个失调的转录结构，并开发了一种算法来识别可能用于癌症疫苗开发的复发性新抗原	NA	揭示结直肠癌中的转录异质性和潜在的治疗靶点	结直肠癌样本中的肿瘤上皮细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA