单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新，已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价10元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 6921 - 6940 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6921 | 2024-10-24 |
Identification of a gene expression signature of vascular invasion and recurrence in stage I lung adenocarcinoma via bulk and spatial transcriptomics
2024-Jun-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.07.597993
PMID:38915565
|
研究论文 | 通过批量和空间转录组学技术，识别出与血管侵袭和复发相关的基因表达特征，用于预测I期肺腺癌的血管侵袭和复发风险 | 首次通过批量和空间转录组学技术，识别出与血管侵袭和复发相关的基因表达特征，并开发了预测血管侵袭的转录组预测器 | 研究样本量较小，且仅限于I期肺腺癌 | 识别与血管侵袭和复发相关的基因表达特征，并开发预测模型以改善I期肺腺癌的诊断和管理 | I期肺腺癌的血管侵袭和复发风险 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA-seq, 空间转录组学 (stRNA-seq) | 转录组预测器 | 基因表达数据 | 162个切除的I期肿瘤样本，其中15个样本用于高分辨率空间转录组学分析 |
| 6922 | 2024-10-24 |
Spatial Single-cell Analysis Decodes Cortical Layer and Area Specification
2024-Jun-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.05.597673
PMID:38915567
|
研究论文 | 本文利用多重错误鲁棒荧光原位杂交（MERFISH）和基于深度学习的细胞分割技术，研究了人类胎儿皮质在空间分辨单细胞水平上的分子、细胞和细胞结构发育 | 本文首次揭示了在妊娠中期之前，皮质层结构的早期建立，并发现了视觉皮质区域之间分子边界的突然转变，挑战了连续形态发生素梯度决定皮质区域化的传统观点 | NA | 研究人类大脑皮质层和区域分子特化的空间关系 | 人类胎儿皮质在不同妊娠阶段的分子、细胞和细胞结构发育 | 数字病理学 | NA | 多重错误鲁棒荧光原位杂交（MERFISH） | 深度学习 | 空间单细胞数据 | 1600万单细胞，涵盖八个皮质区域，跨越妊娠第二和第三孕期的四个时间点 |
| 6923 | 2024-10-24 |
Comprehensive single cell transcriptomics analysis of murine osteosarcoma uncovers Skp2 function in metastasis, genomic instability and immune activation and reveals additional target pathways
2024-Jun-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.04.597347
PMID:38895216
|
研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序分析小鼠骨肉瘤，揭示了Skp2在转移、基因组不稳定性和免疫激活中的作用，并发现了其他潜在的靶向通路 | 本文首次通过单细胞RNA测序技术，系统分析了Skp2在小鼠骨肉瘤中的功能，揭示了其在转移、基因组不稳定性和免疫激活中的作用，并发现了新的治疗靶点 | 本文主要基于小鼠模型进行研究，其结果在人类患者中的适用性需要进一步验证 | 研究Skp2在小鼠骨肉瘤中的功能及其在转移、基因组不稳定性和免疫激活中的作用，并寻找新的治疗靶点 | 小鼠骨肉瘤模型中的Skp2功能及其在肿瘤微环境中的作用 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠骨肉瘤模型中的单细胞样本 |
| 6924 | 2024-10-24 |
Inhibition of the Eukaryotic Initiation Factor-2-α Kinase PERK Decreases Risk of Autoimmune Diabetes in Mice
2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.06.561126
PMID:38895427
|
研究论文 | 研究通过抑制eIF2α激酶PERK来减少小鼠自身免疫性糖尿病的风险 | 首次证明抑制PERK可以逆转人类胰岛中mRNA翻译的阻断，延迟糖尿病的发病，减少胰岛炎症并保护β细胞数量 | 研究仅在T1D易感小鼠模型中进行，尚未在人类中验证 | 探讨通过抑制PERK来预防或延迟自身免疫性1型糖尿病的发展 | T1D易感小鼠的胰岛和β细胞 | NA | 糖尿病 | 单细胞RNA测序，空间蛋白质组学 | NA | RNA，蛋白质 | T1D易感小鼠的胰岛样本 |
| 6925 | 2024-10-24 |
Computational identification of surface markers for isolating distinct subpopulations from heterogeneous cancer cell populations
2024-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.28.596337
PMID:38854060
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为clusterCleaver的计算工具，用于识别和分离异质性癌细胞群体中的不同亚群 | 开发了clusterCleaver工具，利用统计距离度量来识别单细胞RNA测序数据中的候选表面标记物，用于FACS分离 | NA | 研究肿瘤内异质性癌细胞亚群的功能和动态变化 | 乳腺癌细胞系MDA-MB-231和MDA-MB-436中的异质性癌细胞亚群 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | MDA-MB-231和MDA-MB-436乳腺癌细胞系 |
| 6926 | 2024-10-24 |
Aggressive high-grade NF2 mutant meningiomas downregulate oncogenic YAP signaling via the upregulation of VGLL4 and FAT3/4
2024-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.30.596719
PMID:38854109
|
研究论文 | 研究了NF2突变型脑膜瘤中YAP信号通路的下调机制 | 发现VGLL4和FAT3/4的上调是高级别NF2突变型脑膜瘤中YAP活性下调的潜在机制 | 研究主要基于体外实验和RNA测序数据，缺乏体内实验验证 | 探讨NF2突变型脑膜瘤中YAP信号通路的调控机制 | NF2突变型脑膜瘤 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 大量人类脑膜瘤样本 |
| 6927 | 2024-10-24 |
Discovery and characterization of dietary antigens in oral tolerance
2024-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.26.593976
PMID:38853977
|
研究论文 | 本文研究了食物抗原通过肠道中的调节性T细胞（Tregs）引发免疫耐受的机制 | 首次鉴定了针对玉米、小麦和大豆的特异性T细胞受体，并使用表达克隆技术确定了其对应的表位 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证 | 揭示食物抗原引发免疫耐受的机制及其相关表位 | 玉米、小麦和大豆的种子储存蛋白及其特异性T细胞 | 免疫学 | NA | 表达克隆技术，RNA测序 | NA | RNA | 多个无关的T细胞克隆 |
| 6928 | 2024-10-24 |
Single-cell transcriptomics reveals stage- and side-specificity of gene modules in colorectal cancer
2024-May-24, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4402565/v1
PMID:38826219
|
研究论文 | 本研究利用网络理论方法分析结直肠癌（CRC）的单细胞转录组数据，以更好地描述其进展和侧向性 | 本研究首次通过单细胞转录组数据分析，揭示了结直肠癌在不同阶段和侧向的基因模块特异性 | 本研究仅使用了单一数据集，未来需要更多数据集验证结果 | 旨在通过网络理论方法分析结直肠癌的单细胞转录组数据，以更好地理解其发展和进展机制 | 结直肠癌的单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | 加权基因共表达网络分析（WGCNA） | 基因表达数据 | 使用了GEO-GSE178341数据集中的细胞X基因数据 |
| 6929 | 2024-10-24 |
Cell type-specific network analysis in Diversity Outbred mice identifies genes potentially responsible for human bone mineral density GWAS associations
2024-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.20.594981
PMID:38826475
|
研究论文 | 利用单细胞转录组学数据分析多样性杂交小鼠的细胞类型特异性网络，识别可能与人类骨密度全基因组关联研究相关的基因 | 通过单细胞转录组学数据，将疾病相关变异与基因联系起来，并提供细胞类型背景，从而为骨密度全基因组关联研究提供新的功能性解释 | NA | 利用单细胞转录组学数据，为骨密度全基因组关联研究提供新的功能性解释和细胞类型背景 | 多样性杂交小鼠的骨髓间充质干细胞在成骨条件下的单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 6930 | 2024-10-24 |
CoCo-ST: Comparing and Contrasting Spatial Transcriptomics data sets using graph contrastive learning
2024-May-20, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4359834/v1
PMID:38826463
|
研究论文 | 本文提出了一种名为CoCo-ST的图对比特征表示方法，用于比较和对比空间转录组数据集，以识别潜在的生物学模式 | 通过引入代表正常组织的背景数据集，增强了在目标数据集中识别有趣模式的能力，同时减少了背景和目标数据集中共享的常见模式的影响 | NA | 克服传统特征降维方法在空间转录组数据分析中可能忽略低变异模式的问题 | 小鼠肺部癌前组织样本的空间转录组数据 | 数字病理学 | 肺癌 | 图对比学习 | 图对比特征表示方法 | 空间转录组数据 | 小鼠肺部癌前组织样本 |
| 6931 | 2024-10-24 |
Deep Transcriptomics Reveals Cell-Specific Isoforms of Pan-Neuronal Genes
2024-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.16.594572
PMID:38826410
|
研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术研究神经系统中细胞特异性转录本的表达和剪接模式 | 开发了一种算法来识别细胞特异性表达模式，并发现细胞特异性剪接变体和潜在的RNA结合蛋白 | NA | 揭示神经系统中细胞特异性剪接变体的表达模式 | 神经系统中的单个神经元 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 由CeNGEN联盟生成的具有生物学重复的细胞特异性转录组数据 |
| 6932 | 2024-10-24 |
scAI-SNP: a method for inferring ancestry from single-cell data
2024-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.14.594208
PMID:38798590
|
研究论文 | 介绍了一种从单细胞数据中推断祖先的工具scAI-SNP | 开发了一种新的工具scAI-SNP，能够直接从单细胞基因组数据中推断出供体的祖先信息 | 未提及 | 确保单细胞图谱能够代表人类遗传多样性，推断单细胞数据供体的祖先 | 单细胞基因组数据 | 基因组学 | NA | 单核苷酸多态性（SNP）分析 | NA | 基因组数据 | 450万个体，来自1000 Genomes Project数据集的3201个个体，涵盖26个种群 |
| 6933 | 2024-10-24 |
Tendon-associated gene expression precedes osteogenesis in mid-palatal suture establishment
2024-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.11.590129
PMID:38798531
|
研究论文 | 研究探讨了中腭缝形成过程中肌腱相关基因表达在骨生成前的关键作用 | 首次揭示了中腭缝形成过程中肌腱相关基因在时空调控信号环境中的重要作用，并发现了与颅缝形成相似的基因表达模式 | 研究主要集中在胚胎晚期到出生早期的时间点，未来需要进一步扩展到更长时间段的研究 | 探讨中腭缝形成机制及其与颅缝形成的共同生物学原理 | 中腭缝的形成过程及其相关基因表达 | NA | NA | 多模态转录组学 | NA | scRNA-seq | NA |
| 6934 | 2024-10-24 |
Endothelial deletion of p53 generates transitional endothelial cells and improves lung development during neonatal hyperoxia
2024-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.07.593014
PMID:38766251
|
研究论文 | 研究探讨了p53在新生儿高氧环境下对肺发育和内皮细胞类型的影响 | 首次揭示了p53在内皮细胞类型转换中的作用，并展示了内皮特异性p53缺失对高氧环境下血管和肺泡简化的改善效果 | NA | 探讨p53在新生儿高氧环境下对肺发育和内皮细胞类型的影响 | 内皮细胞、肺血管和肺泡 | NA | 肺病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 6935 | 2024-10-24 |
Disentangling associations between complex traits and cell types with seismic
2024-May-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.04.592534
PMID:38765980
|
研究论文 | 本文开发了一种新框架，通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和全基因组关联研究（GWAS），揭示复杂性状和疾病相关的细胞类型 | 提出了一个新的特异性评分来表征细胞类型，并展示了该框架在识别与性状相关的细胞组方面的优势 | 未提及 | 揭示复杂性状和疾病相关的细胞类型特异性生物过程 | 复杂性状和细胞类型 | 基因组学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），全基因组关联研究（GWAS） | NA | 基因表达数据 | 超过1,000种细胞类型特征化和28种性状 |
| 6936 | 2024-10-24 |
Host-derived Interleukin 1α induces an immunosuppressive tumor microenvironment via regulating monocyte-to-macrophage differentiation
2024-May-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.03.592354
PMID:38746389
|
研究论文 | 研究探讨了IL-1α在调节单核细胞向巨噬细胞分化过程中对免疫抑制性肿瘤微环境的影响 | 首次揭示了IL-1α在调节巨噬细胞分化和活性中的关键作用，并提出其作为乳腺癌治疗潜在靶点的可能性 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 探讨IL-1α在肿瘤微环境中对巨噬细胞分化的调控机制及其对免疫抑制性微环境的影响 | IL-1α、巨噬细胞、肿瘤微环境 | 免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞测序分析 | NA | 基因表达数据 | 使用乳腺癌小鼠模型进行研究 |
| 6937 | 2024-10-24 |
Reproducible single cell annotation of programs underlying T-cell subsets, activation states, and functions
2024-May-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.03.592310
PMID:38746317
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为T-CellAnnoTator（TCAT）的管道，用于同时量化预定义的基因表达程序（GEP），以捕捉T细胞的激活状态和细胞亚群 | TCAT管道能够从1,700,000个T细胞中识别出46个可重复的GEP，反映了T细胞的核心功能，并应用于描述Covid-19和癌症中的T细胞激活和衰竭 | NA | 推进T细胞的特征化，识别T细胞的激活状态和功能 | T细胞的基因表达程序和功能 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 基因表达数据 | 1,700,000个T细胞，来自700个个体，涉及38种组织和五种不同的疾病背景 |
| 6938 | 2024-10-24 |
Unveiling Novel Double-Negative Prostate Cancer Subtypes Through Single-Cell RNA Sequencing Analysis
2024-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.11.553009
PMID:38746150
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了前列腺癌中的新型双阴性亚型 | 发现了两种新型双阴性前列腺癌亚型：KRT7细胞和祖细胞样细胞，并开发了用于可视化基因表达的网络应用程序 | NA | 揭示前列腺癌中的新型亚型，并为临床诊断和治疗策略提供新见解 | 前列腺癌的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个研究中的公开队列和本研究团队生成的数据 |
| 6939 | 2024-10-24 |
Single-cell transcriptomics reveals evolutionary reconfiguration of embryonic cell fate specification in the sea urchin Heliocidaris erythrogramma
2024-May-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.30.591752
PMID:38746376
|
研究论文 | 研究通过单细胞转录组学分析揭示了海胆Heliocidaris erythrogramma胚胎细胞命运指定在进化过程中的重配置 | 利用单细胞转录组学分析多个物种的发育转录组，揭示了胚胎模式形成中的进化变化 | 需要进一步实验验证候选调控相互作用 | 揭示进化过程中胚胎发育机制的变化 | 海胆Heliocidaris erythrogramma的胚胎细胞命运指定 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个物种的发育时间序列样本 |
| 6940 | 2024-10-24 |
Characterizing Spatially Continuous Variations in Tissue Microenvironment through Niche Trajectory Analysis
2024-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.23.590827
PMID:38712255
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于图神经网络的建模框架ONTraC，用于分析组织微环境中空间连续变化 | 提出了ONTraC方法，通过图神经网络构建微环境轨迹，相比现有方法在重建空间轨迹方面表现更优 | NA | 开发一种新的计算方法来分析组织微环境中的空间连续变化 | 组织微环境中的空间连续变化 | 计算机视觉 | NA | 图神经网络 | 图神经网络 | 空间转录组数据 | NA |