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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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6881 | 2025-10-06 |
Ileal Transcriptomic Analysis in Paediatric Crohn's Disease Reveals IL17- and NOD-signalling Expression Signatures in Treatment-naïve Patients and Identifies Epithelial Cells Driving Differentially Expressed Genes
2021-May-04, Journal of Crohn's & colitis
DOI:10.1093/ecco-jcc/jjaa236
PMID:33232439
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研究论文 | 通过回肠转录组分析揭示儿童克罗恩病初治患者的IL17和NOD信号通路表达特征,并识别驱动差异表达基因的上皮细胞 | 首次在儿童克罗恩病初治患者中发现31个基因特征,识别表达抗菌基因转录本的特殊上皮细胞亚群驱动IL17和NOD信号通路上调 | 样本量有限(共70例),部分相关性分析p值未达到显著水平(如复发时间相关性p=0.07) | 确定儿童克罗恩病中激活的信号通路和驱动细胞类型 | 儿童克罗恩病患者和对照组的回肠组织 | 数字病理学 | 克罗恩病 | RNA测序, 单细胞测序, 加权基因共表达网络分析 | WGCNA | 基因表达数据, 单细胞数据 | 27例初治克罗恩病, 26例确诊克罗恩病, 17例对照 | NA | 单细胞RNA测序, 靶向自身免疫RNA测序 | NA | NA |
6882 | 2025-10-06 |
Cellular heterogeneity and microenvironmental control of skin cancer
2021-05, Journal of internal medicine
IF:9.0Q1
DOI:10.1111/joim.13177
PMID:32976658
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综述 | 探讨皮肤组织中细胞异质性及微环境对携带致癌突变细胞的调控机制 | 整合体内功能研究与单细胞转录组分析,揭示表皮干细胞及其微环境在癌症预防与促进中的双重作用 | NA | 阐明微环境如何调控携带突变细胞的恶性进展机制 | 皮肤组织中的表皮干细胞、成纤维细胞和免疫细胞亚群 | 单细胞生物学 | 皮肤癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6883 | 2025-10-06 |
The epigenetic basis of cellular heterogeneity
2021-04, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/s41576-020-00300-0
PMID:33244170
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综述 | 探讨表观遗传机制在细胞异质性形成中的基础作用 | 系统阐述单细胞表观基因组分析技术如何揭示染色质状态对基因表达异质性的贡献机制 | NA | 研究表观遗传特征与细胞异质性之间的关联机制 | 染色质可及性、核小体定位、组蛋白尾修饰和增强子-启动子相互作用等表观遗传特征 | 表观遗传学 | 癌症 | 单细胞测序 | NA | 表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞表观基因组分析 | NA | NA |
6884 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals cell type- and artery type-specific vascular remodelling in male spontaneously hypertensive rats
2021-03-21, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvaa164
PMID:32589721
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示雄性自发性高血压大鼠血管重塑的细胞类型和动脉类型特异性特征 | 首次在高血压动物模型中系统描绘了抵抗性和传导性动脉的细胞图谱,并以无偏倚方式揭示了动脉类型和细胞类型特异性的基因表达失调 | 研究仅使用雄性自发性高血压大鼠,未涉及雌性模型或人类样本 | 系统表征高血压相关的血管重塑机制 | 自发性高血压大鼠的肠系膜动脉和主动脉 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 超过20,000个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6885 | 2025-10-06 |
Congenital heart disease risk loci identified by genome-wide association study in European patients
2021-01-19, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI141837
PMID:33201861
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研究论文 | 通过欧洲患者全基因组关联研究识别先天性心脏病的风险基因位点 | 首次在欧洲人群中通过大规模GWAS识别出与先天性心脏病相关的多个新风险基因位点,并进行了功能验证 | 研究仅限于欧洲白人群体,样本多样性不足 | 识别先天性心脏病的遗传风险因素并进行功能分析 | 4034名白人先天性心脏病患者和8486名健康对照 | 基因组学 | 先天性心脏病 | GWAS, 单细胞RNA测序, 干细胞分化 | NA | 基因组数据, 基因表达数据 | 4034例患者和8486例对照 | NA | 单细胞RNA-seq, 全基因组关联分析 | NA | NA |
6886 | 2025-10-06 |
Glycolytic metabolism of pathogenic T cells enables early detection of GVHD by 13C-MRI
2021-01-07, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2020005770
PMID:32785680
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研究论文 | 本研究通过13C-MRI代谢成像技术无创检测GVHD早期病理变化 | 首次利用超极化13C-丙酮酸磁共振成像技术检测GVHD早期T细胞糖酵解代谢活性变化 | 研究主要基于小鼠模型,临床样本数据仅为初步结果 | 开发GVHD早期无创诊断方法 | 同种异体造血干细胞移植后的GVHD病理过程 | 医学影像 | 移植物抗宿主病 | 13C-MRI,单细胞测序,转录组分析,代谢活性分析 | NA | 影像数据,转录组数据,代谢数据 | 慢性GVHD小鼠模型及AHSCT患者初步样本 | NA | 单细胞RNA测序,代谢成像 | NA | NA |
6887 | 2025-10-06 |
Decoding myofibroblast origins in human kidney fibrosis
2021-01, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2941-1
PMID:33176333
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研究论文 | 通过单细胞测序技术揭示人类肾脏纤维化中肌成纤维细胞的起源和异质性 | 首次在人类肾脏纤维化中高分辨率绘制所有基质产生细胞图谱,鉴定周细胞和成纤维细胞亚群为肌成纤维细胞主要来源 | 研究同时使用小鼠模型数据,人类样本可能存在种属差异 | 解析人类肾脏纤维化中瘢痕形成细胞的起源和分化机制 | 健康与纤维化人类肾脏的近端和非近端小管细胞 | 单细胞生物学 | 慢性肾脏病 | 单细胞RNA测序, ATAC-seq, 空间转录组学, 遗传命运追踪 | NA | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据, 空间基因表达数据 | 健康与纤维化人类肾脏组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
6888 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptomic Analysis of Hematopoietic Cells
2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-0810-4_9
PMID:33165847
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研究论文 | 本文介绍了两种最常用的造血细胞单细胞RNA测序方法:Smart-Seq2和10× Genomics的详细实验方案 | 系统比较了板式与液滴式两种单细胞RNA测序平台在造血细胞研究中的应用 | 未涉及具体实验数据的分析结果 | 为造血细胞的单细胞转录组研究提供实验方法指导 | 造血细胞 | 单细胞组学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Genomics液滴式单细胞RNA测序平台 |
6889 | 2025-10-06 |
Intravenous nanoparticle vaccination generates stem-like TCF1+ neoantigen-specific CD8+ T cells
2021-01, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-020-00810-3
PMID:33139915
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研究论文 | 本研究探讨了静脉注射纳米颗粒疫苗如何通过调节疫苗参数优化抗肿瘤免疫反应 | 发现静脉注射纳米颗粒疫苗能特异性生成干细胞样TCF1+新抗原特异性CD8+ T细胞,优于皮下免疫 | 研究仅在治疗模型中验证,尚未进行临床试验 | 优化癌症疫苗参数以增强抗肿瘤免疫反应 | 新抗原特异性CD8+ T细胞 | 免疫学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6890 | 2025-10-06 |
Cell type prioritization in single-cell data
2021-01, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-020-0605-1
PMID:32690972
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研究论文 | 提出一种名为Augur的方法,用于在单细胞数据中优先识别对生物扰动最敏感的细胞类型 | 采用机器学习框架量化扰动与未扰动细胞在高维空间中的可分离性,相比基于差异基因表达的现有方法表现更优 | NA | 开发优先识别对生物扰动最敏感细胞类型的方法 | 单细胞数据中的细胞类型 | 单细胞分析 | NA | 单细胞RNA测序、染色质可及性分析、成像转录组学 | 机器学习框架 | 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、单细胞ATAC-seq、空间转录组学 | NA | NA |
6891 | 2025-10-06 |
The quiescent fraction of chronic myeloid leukemic stem cells depends on BMPR1B, Stat3 and BMP4-niche signals to persist in patients in remission
2021-01-01, Haematologica
IF:8.2Q1
DOI:10.3324/haematol.2019.232793
PMID:32001529
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研究论文 | 本研究揭示慢性髓系白血病干细胞通过BMPR1B、Stat3和BMP4信号在治疗缓解期维持静息状态的分子机制 | 首次发现BMPR1B+白血病干细胞通过粘附基质细胞获得治疗诱导的静息状态,并证实同时靶向BMPR1B和Jak2/Stat3通路可有效清除残留白血病干细胞 | 研究基于新型持续存在白血病干细胞模型,临床转化效果需进一步验证 | 探究BMP信号在慢性髓系白血病缓解期残留干细胞持续存在中的作用机制 | 慢性髓系白血病患者的CD34+CD38-白血病干细胞和骨髓基质细胞 | 单细胞生物学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6892 | 2025-10-06 |
Spatio-temporal regulation of gene expression defines subpopulations of epidermal stem cells
2020-12-18, Biochemical Society transactions
IF:3.8Q2
DOI:10.1042/BST20200740
PMID:33170265
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综述 | 探讨表皮干细胞亚群中基因表达的时空调控机制及其在再生医学中的意义 | 通过单细胞转录组学揭示表皮干细胞的高度异质性,并利用伪时间推断、RNA速率和细胞熵分析发现表皮干细胞的可塑性特征 | 未明确说明研究样本的具体数量或实验验证的局限性 | 阐明表皮干细胞的异质性特征及其在再生医学中的潜在应用 | 表皮干细胞及其在角质形成细胞中的亚群 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞转录组学,伪时间推断,RNA速率分析,细胞熵计算 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6893 | 2025-10-06 |
Single-cell analyses and machine learning define hematopoietic progenitor and HSC-like cells derived from human PSCs
2020-12-17, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2020006229
PMID:32614947
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研究论文 | 通过单细胞分析和机器学习鉴定人PSCs来源的造血祖细胞和HSC样细胞 | 结合单细胞RNA测序与蛋白质表达分析,利用人工神经网络识别hPSCs衍生的HSPCs表型,包括HSC样细胞群体 | HSC样细胞群体随分化进程减少,且CD43表达筛选的数据集中完全缺失该群体 | 优化体外生产功能性造血干细胞的方法 | 人多能干细胞(hPSCs)衍生的造血干细胞和祖细胞(HSPCs) | 机器学习 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序(scRNAseq), 单细胞蛋白质表达分析 | 人工神经网络(ANN) | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6894 | 2025-10-06 |
Three-Dimensional Human Alveolar Stem Cell Culture Models Reveal Infection Response to SARS-CoV-2
2020-12-03, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2020.10.004
PMID:33142113
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研究论文 | 开发三维人类肺泡干细胞培养模型研究SARS-CoV-2感染反应 | 建立无饲养层长期三维培养系统,首次实现基于原代人类肺组织的肺泡上皮细胞感染动态追踪 | 模型仍需原代人类肺组织来源,未涉及其他呼吸道细胞类型 | 研究SARS-CoV-2在人类肺泡干细胞中的感染机制和免疫反应 | 人类肺泡Ⅱ型细胞(hAT2) | 细胞生物学 | COVID-19 | 单细胞转录组测序,成像分析 | 三维细胞培养模型 | 图像数据,基因表达数据 | 原代人类肺组织来源的hAT2细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6895 | 2025-10-06 |
Single-cell gene profiling and lineage tracing analyses revealed novel mechanisms of endothelial repair by progenitors
2020-Dec, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-020-03480-4
PMID:32166394
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研究论文 | 通过单细胞基因分析和谱系追踪揭示祖细胞修复血管内皮的新机制 | 首次结合单细胞RNA测序和遗传谱系追踪技术揭示c-Kit阳性祖细胞在主动脉内皮更新中的关键作用及代谢重编程机制 | 研究主要基于小鼠模型,在人类血管疾病中的直接适用性需要进一步验证 | 阐明内源性血管祖细胞在大血管内皮修复中的细胞异质性和功能作用 | 小鼠主动脉中的c-Kit阳性干细胞/祖细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 遗传谱系追踪, 假时序分析, 体外细胞实验 | 遗传谱系追踪小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 小鼠主动脉c-Kit细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6896 | 2025-10-06 |
ReactomeGSA - Efficient Multi-Omics Comparative Pathway Analysis
2020-12, Molecular & cellular proteomics : MCP
IF:6.1Q1
DOI:10.1074/mcp.TIR120.002155
PMID:32907876
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研究论文 | 介绍ReactomeGSA资源,用于多组学数据集的比较通路分析 | 开发了支持多组学数据集和跨物种比较的自动化通路分析工具,特别支持单细胞RNA-seq数据 | NA | 降低多组学、跨物种比较通路分析的技术门槛 | 多组学数据集、不同物种数据、B细胞在抗肿瘤免疫中的作用 | 生物信息学 | 肺癌、黑色素瘤 | 单细胞RNA-seq、转录组学、蛋白质组学 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据、单细胞RNA-seq数据 | 来自TCGA的5个转录组研究和CPTAC的2个蛋白质组研究的人类癌症样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组学, 蛋白质组学 | NA | NA |
6897 | 2025-10-06 |
Group 2 Innate Lymphoid Cells Coordinate Damage Response in the Stomach
2020-12, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2020.08.051
PMID:32891625
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研究论文 | 本研究揭示了第2组先天淋巴细胞在胃黏膜损伤修复过程中协调化生反应的关键作用 | 首次发现ILC2细胞通过产生IL-13等细胞因子协调胃损伤后的上皮重编程和化生反应 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究第2组先天淋巴细胞在胃上皮损伤修复中的功能机制 | C57BL/6J野生型和RAG1敲除小鼠,胃腺癌患者的胃组织 | 免疫学 | 胃部疾病 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,定量PCR,免疫细胞化学,免疫组织化学 | NA | 基因表达数据,组织图像数据 | 小鼠模型和人类胃组织微阵列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6898 | 2025-10-06 |
Manipulating niche composition limits damage to haematopoietic stem cells during Plasmodium infection
2020-12, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-020-00601-w
PMID:33230302
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研究论文 | 本研究通过小鼠疟疾模型揭示了感染期间骨髓微环境变化对造血干细胞功能的影响机制 | 首次发现感染通过干扰素影响骨髓微环境组成,特别是成骨细胞大量丢失和内皮细胞功能改变,并证明甲状旁腺激素治疗可逆转感染引发的造血干细胞增殖 | 研究基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 探究骨髓微环境在介导感染对造血干细胞影响中的作用机制 | 小鼠造血干细胞和骨髓微环境细胞 | 单细胞生物学 | 疟疾 | 单细胞RNA测序, 数学建模, 移植实验, 活体显微镜 | NA | 单细胞转录组数据, 影像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6899 | 2025-10-06 |
Downregulation of M Current Is Coupled to Membrane Excitability in Sympathetic Neurons Before the Onset of Hypertension
2020-12, Hypertension (Dallas, Tex. : 1979)
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和电生理技术揭示了自发性高血压大鼠星状神经节神经元在高血压前期即出现异常兴奋性的机制 | 首次发现高血压前期星状神经节神经元M电流下调与膜兴奋性异常的直接关联,并在人类组织中验证了关键离子通道转录本的保守性 | 研究主要基于动物模型,人类组织的验证数据有限,疾病初期阶段的生物物理特性尚未完全阐明 | 探究高血压前期星状神经节神经元异常兴奋性的电生理机制 | 自发性高血压大鼠(SHRs)的星状神经节神经元和人类星状神经节组织 | 神经科学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,分子生物学,穿孔膜片钳技术 | NA | 电生理数据,基因表达数据 | 自发性高血压大鼠星状神经节神经元 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6900 | 2025-10-06 |
Kidney Single-Cell Atlas Reveals Myeloid Heterogeneity in Progression and Regression of Kidney Disease
2020-12, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2020060806
PMID:32978267
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术构建肾脏单细胞图谱,揭示骨髓细胞亚群在肾脏疾病进展和消退过程中的异质性 | 首次在单细胞转录组水平系统揭示肾脏疾病中12种骨髓细胞亚群,发现新型Mmp12+巨噬细胞亚群在修复过程中的作用 | 研究基于小鼠可逆性单侧输尿管梗阻模型,人类疾病中的适用性需要进一步验证 | 解析骨髓细胞亚群在肾脏损伤和修复过程中的作用机制 | 小鼠肾脏组织中的骨髓细胞亚群 | 单细胞生物学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,配对血液交换 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 整合液滴法和板式单细胞RNA测序技术 |