单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 6881 - 6900 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6881 | 2024-10-24 |
SPACE: Spatially variable gene clustering adjusting for cell type effect for improved spatial domain detection
2024-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.23.609477
PMID:39229093
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研究论文 | 提出了一种名为SPACE的框架，通过调整细胞类型效应对空间变异基因进行聚类，以改进空间域检测 | SPACE方法不需要预先知道基因簇数量、空间模式或细胞类型信息，通过调整细胞类型效应来分类空间变异基因，从而提高空间域检测的准确性 | NA | 改进空间变异基因的分类和空间域检测的准确性 | 空间变异基因及其在空间域检测中的应用 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 6882 | 2024-10-24 |
Microenvironment T-Type calcium channels regulate neuronal and glial processes to promote glioblastoma growth
2024-Aug-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.22.609229
PMID:39229003
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研究论文 | 研究探讨了微环境中的T型钙通道在调节神经元和胶质细胞过程中对胶质母细胞瘤生长的影响 | 首次揭示了微环境中的T型钙通道在促进胶质母细胞瘤进展中的作用，并发现抑制该通道可以增强TMZ和辐射的抗肿瘤效果 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类样本中验证结果 | 阐明微环境和内在T型钙通道在调节肿瘤生长和进展中的作用 | 胶质母细胞瘤细胞、Cav3.2敲除小鼠、WT小鼠、神经元和胶质母细胞瘤干细胞 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | Cav3.2敲除小鼠和WT小鼠的肿瘤样本，以及神经元和胶质母细胞瘤干细胞的共培养样本 |
| 6883 | 2024-10-24 |
Tracking clonal evolution of drug resistance in ovarian cancer patients by exploiting structural variants in cfDNA
2024-Aug-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.21.609031
PMID:39229105
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研究论文 | 本文通过利用cfDNA中的结构变异，追踪卵巢癌患者药物耐药性的克隆进化 | 开发了一种基于克隆特异性结构变异的cfDNA混合捕获和深度测序方法，错误率远低于ctDNA中的单核苷酸变异检测 | 研究样本量较小，仅涉及19名患者，且仅限于高级别浆液性卵巢癌 | 探索肿瘤在药物耐药状态下进化的机制，并开发一种新的方法来追踪克隆进化 | 高级别浆液性卵巢癌患者的药物耐药性克隆进化 | 数字病理学 | 卵巢癌 | cfDNA混合捕获和深度测序 | Wright-Fisher模型 | cfDNA和单细胞全基因组测序数据 | 19名患者的基础数据，10名患者的长期监测数据 |
| 6884 | 2024-10-24 |
Description of Bacterial RNA Transcripts Detected in Mycobacterium tuberculosis - Infected Cells from Peripheral Human Granulomas using Single Cell RNA Sequencing
2024-Aug-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.20.608852
PMID:39229107
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研究论文 | 本文描述了在使用单细胞RNA测序技术从外周肉芽肿感染的结核分枝杆菌细胞中检测到的细菌RNA转录本 | 本文首次详细研究了在单细胞RNA测序中检测到的结核分枝杆菌转录本，并发现这些转录本与宿主细胞的独特分子标识符相关，表明宿主细胞被感染 | 研究仅限于来自巴布亚新几内亚的结核病患者样本，且样本量较小 | 研究结核分枝杆菌在感染宿主细胞中的RNA转录本及其变异情况 | 结核分枝杆菌感染的宿主细胞中的RNA转录本 | 数字病理学 | 肺结核 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自巴布亚新几内亚的结核病患者样本 |
| 6885 | 2024-10-24 |
Vaccines combining slow delivery and follicle targeting of antigens increase germinal center B cell clonal diversity and clonal expansion
2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.19.608655
PMID:39229011
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研究论文 | 研究了一种结合缓慢释放和淋巴滤泡靶向抗原的疫苗，分析了其对生发中心B细胞克隆多样性和克隆扩增的影响 | 结合磷酸丝氨酸标记的免疫原和铝盐佐剂与皂苷纳米颗粒佐剂，显著增强了生发中心和抗体反应，并增加了生发中心B细胞克隆的多样性和扩增 | 研究仅在老鼠模型中进行，尚未在人类中验证 | 探讨结合缓慢释放和淋巴滤泡靶向抗原的疫苗对生发中心B细胞反应的影响 | 生发中心B细胞的克隆多样性和克隆扩增 | 免疫学 | NA | scRNA-seq, scBCR-seq | NA | RNA序列, B细胞受体序列 | 老鼠模型 |
| 6886 | 2024-10-24 |
cytoKernel: Robust kernel embeddings for assessing differential expression of single cell data
2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.16.608287
PMID:39229233
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研究论文 | 提出了一种基于核嵌入的单细胞数据差异表达评估方法cytoKernel | cytoKernel能够利用全概率分布模式评估单细胞RNA测序和高维流式或质谱细胞术数据的差异表达，检测包括聚合变化在内的多种模式 | NA | 开发一种新的方法来评估单细胞数据的差异表达 | 单细胞RNA测序和高维流式或质谱细胞术数据 | 生物信息学 | NA | 核嵌入 | NA | 单细胞RNA测序数据和高维流式或质谱细胞术数据 | 包括模拟数据和真实数据集 |
| 6887 | 2024-10-24 |
A Novel Human Extravascular Monocyte Subset with Antiviral Functions Is Crucial for Resolving Lung Tissue Infection
2024-Aug-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.08.583965
PMID:38496468
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研究论文 | 研究揭示了一种新型的人类血管外单核细胞亚群，具有抗病毒功能，对解决肺组织感染至关重要 | 发现了一种新型的人类肺部血管外炎症单核细胞（ExiMO），具有抗病毒功能，并揭示了其在SARS-CoV-2感染解决中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，可能与人类实际情况存在差异 | 探讨人类免疫机制在无预先免疫背景下解决肺部感染的作用 | SARS-CoV-2感染及其解决机制 | 免疫学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞转录组学 | NA | RNA | 小鼠模型与人类免疫系统的联合移植 |
| 6888 | 2024-10-24 |
PURE-seq identifies Egr1 as a Potential Master Regulator in Murine Aging by Sequencing Long-Term Hematopoietic Stem Cells
2024-Aug-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.12.607664
PMID:39185152
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研究论文 | 本文介绍了一种名为PURE-seq的新技术，用于高效测序稀有细胞，并探讨了其在小鼠长期造血干细胞中的应用 | 开发了PURE-seq技术，能够直接从FACS加载细胞到PIP-seq反应中，减少细胞损失并提高稀有细胞的捕获率 | NA | 研究小鼠长期造血干细胞在造血衰老背景下的转录组变化，并识别潜在的主调控因子 | 小鼠长期造血干细胞及其在造血衰老背景下的转录组 | 数字病理学 | NA | PURE-seq | NA | 转录组 | 数十个稀有细胞，稀有度为1/1,000,000 |
| 6889 | 2024-10-24 |
Quantitative comparison of single-cell RNA sequencing versus single-molecule RNA imaging for quantifying transcriptional noise
2024-Aug-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.09.607289
PMID:39149226
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研究论文 | 本文比较了单细胞RNA测序与单分子RNA成像在量化转录噪声方面的效果 | 首次利用小分子扰动（IdU）放大噪声，并比较了多种scRNA-seq算法与smFISH在量化噪声方面的差异 | 所有scRNA-seq算法系统性地低估了噪声，与smFISH相比存在差异 | 探讨量化基因组范围内转录噪声的最佳方法 | 人类和小鼠的单细胞RNA测序数据以及代表性基因的单分子RNA FISH数据 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单分子RNA荧光原位杂交（smFISH） | NA | 基因表达数据 | 人类和小鼠的多个样本 |
| 6890 | 2024-10-24 |
ResSAT: Enhancing Spatial Transcriptomics Prediction from H&E- Stained Histology Images with Interactive Spot Transformer
2024-Aug-09, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4707959/v1
PMID:39149477
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研究论文 | 提出了一种名为ResSAT的框架，通过捕捉组织结构并使用自注意力变压器来增强从H&E染色图像中预测空间基因表达的能力 | 引入了一种新的框架ResSAT，结合残差网络和自注意力变压器，显著提高了从H&E图像中预测空间基因表达的准确性 | NA | 开发一种能够从H&E染色图像中准确预测空间基因表达的新方法 | H&E染色图像和空间基因表达 | 数字病理学 | NA | 自注意力变压器 | 残差网络 | 图像 | 10× Visium数据集 |
| 6891 | 2024-10-24 |
Deciphering tumour microenvironment and elucidating the origin of cancer cells in ovarian clear cell carcinoma
2024-Aug-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.06.606821
PMID:39149248
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研究论文 | 本研究通过高分辨率单细胞RNA测序技术，分析了卵巢透明细胞癌的肿瘤微环境及其与子宫内膜异位症的关系 | 首次构建了卵巢透明细胞癌肿瘤微环境的单细胞RNA测序资源，并比较了其与子宫内膜异位症的细胞类型和细胞间通信差异 | 样本量较小，仅包括7名患者，可能影响结果的普适性 | 揭示卵巢透明细胞癌的肿瘤微环境及其与子宫内膜异位症的关系 | 卵巢透明细胞癌的肿瘤组织及其微环境 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 7名卵巢透明细胞癌患者 |
| 6892 | 2024-10-24 |
Optics-free Spatial Genomics for Mapping Mouse Brain Aging
2024-Aug-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.06.606712
PMID:39149282
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研究论文 | 本文介绍了一种无需光学成像的空间转录组学平台，用于绘制小鼠大脑衰老过程中的基因表达和细胞动态变化 | 本文提出了一种无需预定义捕获阵列或大量成像的光学自由空间转录组学平台，能够快速且成本有效地处理多个组织切片 | NA | 解决当前空间转录组学方法在通量和成本方面的挑战，以进行全面研究 | 小鼠大脑在成年和衰老阶段的基因表达和细胞动态变化 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 30个大脑区域，包括成年和衰老小鼠 |
| 6893 | 2024-10-24 |
Scalable spatial single-cell transcriptomics and translatomics in 3D thick tissue blocks
2024-Aug-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.05.606553
PMID:39149316
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研究论文 | 本文开发了Deep-STARmap和Deep-RIBOmap技术，能够在3D厚组织块中量化数千个基因转录本及其相应的翻译活动 | 本文首次实现了在200μm厚组织块中进行3D空间单细胞转录组和翻译组学分析 | NA | 揭示基因如何在三维组织环境中塑造组织结构和功能 | 基因转录和翻译活动在三维组织中的表达模式 | 数字病理学 | 皮肤癌 | NA | NA | NA | NA |
| 6894 | 2024-10-24 |
Physical modeling of embryonic transcriptomes identifies collective modes of gene expression
2024-Aug-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.26.605398
PMID:39131269
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研究论文 | 本文利用单细胞测序数据和统计物理学的建模与推断技术，研究了早期海胆胚胎的转录组，识别了基因表达的集体模式 | 本文开发了一种稳健且基于生物物理学的方法来识别不同的转录组状态或细胞类型，并揭示了细胞间相互作用的集体模式 | NA | 研究早期胚胎发育过程中细胞间的协调和基因表达的集体模式 | 早期海胆胚胎的单细胞转录组 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 统计物理模型 | 转录组数据 | 早期海胆胚胎的多个样本 |
| 6895 | 2024-10-24 |
Imputing abundance of over 2500 surface proteins from single-cell transcriptomes with context-agnostic zero-shot deep ensembles
2024-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.31.605432
PMID:39131290
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研究论文 | 本文提出了一种名为SPIDER的上下文无关零样本深度集成模型，用于从单细胞转录组中大规模预测细胞表面蛋白的丰度 | SPIDER模型能够更好地泛化到各种上下文，如不同组织或疾病状态，并且能够预测超过2500种细胞表面蛋白的丰度 | NA | 开发一种能够从单细胞转录组数据中大规模预测细胞表面蛋白丰度的计算方法 | 细胞表面蛋白的丰度预测及其在细胞类型注释、生物标志物/靶点识别和细胞间相互作用分析中的应用 | 机器学习 | NA | CITE-seq | 深度集成模型 | 转录组数据 | NA |
| 6896 | 2024-10-24 |
Integrative, high-resolution analysis of single cells across experimental conditions with PARAFAC2
2024-Jul-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.29.605698
PMID:39131377
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研究论文 | 本文介绍了使用PARAFAC2方法对跨实验条件的单细胞数据进行高分辨率分析 | 提出了PARAFAC2方法，能够在不限制假设的情况下，灵活处理跨实验条件的单细胞数据，并有效分离条件间和细胞间的变异 | NA | 开发有效的工具来探索和分析大规模单细胞测量数据 | 单细胞RNA测序数据，特别是外周免疫细胞在药物干扰和系统性红斑狼疮患者样本中的数据 | 生物信息学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序 | PARAFAC2 | 基因表达数据 | 涉及药物干扰和系统性红斑狼疮患者样本的单细胞RNA测序实验 |
| 6897 | 2024-10-24 |
Modulation of Neuronal Excitability and Plasticity by BHLHE41 Conveys Lithium Non-Responsiveness
2024-Jul-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.25.605130
PMID:39372797
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研究论文 | 研究探讨了BHLHE41基因对锂非应答性的影响及其在神经元兴奋性和可塑性中的作用 | 首次揭示了BHLHE41基因在锂非应答性中的关键作用，并通过基因集富集分析和单细胞RNA测序等技术，深入研究了锂在神经元代谢和兴奋性中的细胞特异性作用 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探究锂非应答性的分子机制及其与BHLHE41基因的关系 | 双敲除突变小鼠（DKO）的神经元兴奋性和可塑性 | 神经科学 | 双相情感障碍 | 基因集富集分析、单细胞RNA测序、膜片钳记录 | NA | 基因表达数据、电生理数据 | 双敲除突变小鼠（DKO） |
| 6898 | 2024-10-24 |
Genetic evolution of keratinocytes to cutaneous squamous cell carcinoma
2024-Jul-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.23.604673
PMID:39091884
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研究论文 | 研究了表皮角质形成细胞向皮肤鳞状细胞癌的遗传演变过程 | 通过多组学分析和单细胞突变分析，揭示了皮肤癌变过程中分子转变的关键事件 | NA | 理解皮肤癌变过程中分子层面的转变 | 表皮角质形成细胞、光化性角化病和鳞状细胞癌 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 单细胞突变分析、空间转录组学 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 涉及正常皮肤、光化性角化病和鳞状细胞癌的多个样本 |
| 6899 | 2024-10-24 |
Cell cycle-driven transcriptome maturation confers multilineage competence to cardiopharyngeal progenitors
2024-Jul-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.23.604718
PMID:39091743
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研究论文 | 研究了多能心脏咽部祖细胞在细胞周期驱动下获得多谱系能力的过程 | 首次揭示了转录组成熟过程与细胞周期进展之间的耦合关系，并提出了“行为能力”的概念 | 研究仅限于tunicate Ciona，可能不适用于其他物种 | 探讨多能心脏咽部祖细胞如何通过细胞周期进展获得多谱系能力 | 多能心脏咽部祖细胞及其在细胞周期不同阶段的转录组动态 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 涉及tunicate Ciona的多能心脏咽部祖细胞 |
| 6900 | 2024-10-24 |
The role of polycystic kidney disease-like homologs in planarian nervous system regeneration and function
2024-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.17.603829
PMID:39091889
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研究论文 | 研究了多囊肾病样同源基因在涡虫神经系统再生和功能中的作用 | 首次全面分析了涡虫基因组中所有相关基因的表达和功能，并开发了用于机械感觉刺激获取和分析的自动化设置 | 对数十种神经亚型的功能了解仍然不足 | 探讨多囊肾病样同源基因在涡虫神经系统再生和功能中的作用 | 涡虫的神经系统再生和功能 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及无性和雌雄同体两种涡虫品系 |