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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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6861 | 2025-10-06 |
Exploiting Single-Cell Tools in Gene and Cell Therapy
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.702636
PMID:34322133
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综述 | 本文综述了单细胞工具在基因和细胞治疗领域的应用与发展 | 整合单细胞多组学与功能数据,结合空间转录组/蛋白质组学和CRISPR技术推动细胞与基因治疗 | NA | 探讨单细胞技术在基因和细胞治疗中的临床应用 | 单细胞分子特征(基因组、转录组、表观基因组、蛋白质组) | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 空间蛋白质组学, CRISPR技术, 碱基编辑 | NA | 单细胞分子数据, 功能数据, 空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学, 空间转录组学 | NA | NA |
6862 | 2025-10-06 |
Automated methods for cell type annotation on scRNA-seq data
2021, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2021.01.015
PMID:33613863
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序数据中自动细胞类型注释的可用工具和基础方法 | 系统总结和比较了基于标记基因数据库、参考表达数据相关性和监督分类标签转移等不同策略的自动化细胞类型注释方法 | NA | 概述单细胞RNA测序数据中自动细胞类型注释的工具和方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 监督分类 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6863 | 2025-10-06 |
Space-time logic of liver gene expression at sub-lobular scale
2021-01, Nature metabolism
IF:18.9Q1
DOI:10.1038/s42255-020-00323-1
PMID:33432202
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了肝脏基因在亚小叶尺度上的时空表达逻辑 | 首次在单细胞水平分析肝脏分区与昼夜节律的相互作用,发现基因表达具有乘性时空效应 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据,需要进一步实验验证机制 | 探究肝脏基因在空间分区和时间节律维度上的调控机制 | 小鼠肝脏细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序, smFISH | 混合效应模型 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6864 | 2025-10-06 |
Diversification of molecularly defined myenteric neuron classes revealed by single-cell RNA sequencing
2021-01, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-020-00736-x
PMID:33288908
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术揭示了小鼠小肠肌间神经丛中12种神经元类群的分子分类体系 | 发现了神经元多样化的新机制——两个神经元类群通过二元神经源性分支产生,其他身份通过有丝分裂后分化形成 | 研究仅限于小鼠小肠肌间神经丛,人类或其他肠道区域的适用性尚待验证 | 建立肠道神经系统神经元的分子分类体系并解析其发育机制 | 小鼠小肠肌间神经丛神经元 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6865 | 2025-10-06 |
Single-Cell Sequencing of Developing Human Gut Reveals Transcriptional Links to Childhood Crohn's Disease
2020-12-21, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2020.11.010
PMID:33290721
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序绘制了人类肠道发育图谱,并揭示了与儿童克罗恩病的转录关联 | 发现了不同于LGR5表达细胞的循环上皮前体细胞,揭示了胎儿转录因子在克罗恩病中的重新激活 | 研究仅涵盖6-10周孕期的肠道发育阶段,样本时间范围有限 | 解析人类肠道发育过程及其与儿童克罗恩病的关联机制 | 发育中的人类肠道组织(6-10周孕期)和儿童克罗恩病患者上皮组织 | 单细胞生物学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 发育期肠道组织(6-10周孕期)和儿童克罗恩病匹配健康对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6866 | 2025-10-06 |
Generation of a Single-Cell RNAseq Atlas of Murine Salivary Gland Development
2020-Dec-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2020.101838
PMID:33305192
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研究论文 | 构建了小鼠颌下腺发育过程的单细胞RNA测序图谱,揭示了关键发育阶段的细胞异质性 | 首次创建了小鼠唾液腺发育的单细胞转录组图谱,识别了腺泡和导管细胞群的可塑性及与腺泡分化相关的转录因子 | 仅针对小鼠模型进行研究,未涉及人类或其他物种的验证 | 解析器官发育过程中的动态转录景观,为再生治疗提供模板 | 小鼠颌下腺 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 轨迹推断分析 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6867 | 2025-10-06 |
Single-cell atlas of the first intra-mammalian developmental stage of the human parasite Schistosoma mansoni
2020-12-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-20092-5
PMID:33339816
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序构建了曼氏血吸虫早期哺乳动物内发育阶段的细胞类型图谱 | 首次提供了曼氏血吸虫最早哺乳动物内发育阶段(血吸虫体)的单细胞分辨率转录组图谱 | 仅针对两天龄的血吸虫体进行研究,未覆盖其他发育阶段 | 解析血吸虫在哺乳动物宿主内早期发育的细胞类型组成和转录动态 | 曼氏血吸虫两天龄血吸虫体 | 单细胞生物学 | 血吸虫病 | 单细胞RNA测序,原位杂交 | NA | 单细胞转录组数据 | 两天龄曼氏血吸虫血吸虫体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6868 | 2025-10-06 |
Transfer learning efficiently maps bone marrow cell types from mouse to human using single-cell RNA sequencing
2020-12-04, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-020-01463-6
PMID:33277618
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研究论文 | 本研究利用迁移学习技术,通过单细胞RNA测序数据实现小鼠与人类骨髓细胞类型的高效跨物种映射 | 首次将迁移学习应用于跨物种单细胞RNA测序数据分析,证明简单逻辑回归模型能达到与复杂神经网络相当的性能 | 某些人类细胞类型难以准确识别,表明物种间存在重要生物学差异 | 开发跨物种骨髓细胞类型映射方法 | 小鼠和人类骨髓细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 多类逻辑回归, 人工神经网络 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6869 | 2025-10-06 |
Transcriptomic profiling across the nonalcoholic fatty liver disease spectrum reveals gene signatures for steatohepatitis and fibrosis
2020-12-02, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.aba4448
PMID:33268509
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研究论文 | 通过转录组分析揭示非酒精性脂肪性肝病谱系中脂肪性肝炎和纤维化的基因特征 | 首次在大规模多中心研究中系统识别出25个与纤维化进展相关的差异表达基因特征,并通过单细胞RNA测序数据解析了肝内特定细胞群的贡献 | 研究样本量有限,需要进一步验证这些生物标志物在更广泛人群中的临床应用价值 | 探索非酒精性脂肪性肝病进展至肝硬化的分子机制并识别潜在的循环生物标志物 | 非酒精性脂肪性肝病患者肝组织和血清样本 | 转录组学 | 非酒精性脂肪性肝病 | RNA测序,单细胞RNA测序,SomaScan蛋白分析 | 逻辑回归模型 | 转录组数据,蛋白质组数据 | 发现队列206例患者,验证队列175例患者,300多份血清样本 | NA | RNA-seq,单细胞RNA-seq | NA | NA |
6870 | 2025-10-06 |
A Conserved TCRβ Signature Dominates a Highly Polyclonal T-Cell Expansion During the Acute Phase of a Murine Malaria Infection
2020, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2020.587756
PMID:33329568
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研究论文 | 本研究通过分析小鼠疟疾感染急性期脾脏CD4 T细胞受体库,揭示了在高度多克隆扩增中存在保守的TCRβ特征 | 首次描述了疟疾感染急性期T细胞扩增的克隆性和克隆组成,发现TRBV3基因使用在效应T细胞库中持续占主导地位 | 研究仅限于小鼠模型,尚未确定驱动这种保守反应的宿主或寄生虫因素 | 阐明疟疾感染急性期T细胞受体库的克隆组成和特征 | 小鼠脾脏CD4 αβ T细胞 | 免疫学 | 疟疾 | 单细胞RNA测序, RNA-seq分析 | NA | 基因表达数据, T细胞受体序列数据 | 多个重复实验的小鼠脾脏样本 | NA | 单细胞RNA-seq, RNA-seq | NA | NA |
6871 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA Sequencing of Tocilizumab-Treated Peripheral Blood Mononuclear Cells as an in vitro Model of Inflammation
2020, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2020.610682
PMID:33469465
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析托珠单抗处理的外周血单个核细胞,建立体外炎症模型 | 首次在单细胞水平展示托珠单抗对炎症相关基因和生物学通路的抑制作用 | 样本来源于肾移植受者,可能限制结果在COVID-19中的直接适用性 | 研究托珠单抗在炎症条件下的生物学效应 | 托珠单抗处理前后的刺激外周血单个核细胞 | 单细胞测序 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | 体外炎症模型 | 单细胞基因表达数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6872 | 2025-10-06 |
BingleSeq: a user-friendly R package for bulk and single-cell RNA-Seq data analysis
2020, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.10469
PMID:33391870
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研究论文 | 开发了一个用户友好的R软件包BingleSeq,用于批量RNA测序和单细胞RNA测序数据分析 | 提供了同时支持批量RNA测序和单细胞RNA测序分析的灵活工具,集成了三种先进软件包并采用交互式仪表板界面 | 未在摘要中明确说明 | 开发无需编程经验的RNA测序数据分析工具 | RNA测序产生的计数矩阵数据 | 生物信息学 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达计数矩阵 | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
6873 | 2025-10-06 |
Role of Vascular Smooth Muscle Cell Plasticity and Interactions in Vessel Wall Inflammation
2020, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2020.599415
PMID:33324416
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综述 | 本文探讨血管平滑肌细胞可塑性及其在血管壁炎症中的相互作用机制 | 整合新型技术方法揭示VSMC表现型转化的多样性及其在炎症过程中的非专业吞噬功能 | NA | 阐明动脉粥样硬化疾病中血管平滑肌细胞的生物学作用 | 血管平滑肌细胞(VSMC) | NA | 心血管疾病 | 杂交邻近连接分析, CreER-loxP系统细胞命运追踪, 单细胞测序技术 | NA | NA | NA | NA | 单细胞测序, 空间转录组学 | NA | NA |
6874 | 2025-10-06 |
Molecular Genetics of Kappa Opioids in Pain and Itch Sensations
2022, Handbook of experimental pharmacology
DOI:10.1007/164_2020_397
PMID:33145633
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综述 | 本文综述了κ阿片受体及其内源性激动剂强啡肽在调节瘙痒和疼痛感觉中的分子遗传学机制 | 整合了单细胞测序数据重新分析显示这些分子的表达谱,并基于解剖结构系统梳理了κ阿片系统在不同部位的作用 | 仅考虑强啡肽与KOR的相互作用,未深入探讨高剂量下其他肽类对KOR的潜在刺激作用 | 探讨κ阿片受体系统在疼痛和瘙痒感觉调节中的分子遗传机制 | κ阿片受体及其内源性激动剂强啡肽,以及受其影响的细胞和神经回路 | 神经科学 | 疼痛和瘙痒相关疾病 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6875 | 2025-10-06 |
Loss of function of the mitochondrial peptidase PITRM1 induces proteotoxic stress and Alzheimer's disease-like pathology in human cerebral organoids
2021-10, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-020-0807-4
PMID:32632204
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研究论文 | 本研究通过PITRM1基因敲除的人源诱导多能干细胞衍生的脑类器官,揭示了线粒体肽酶功能缺失导致蛋白质毒性应激和阿尔茨海默病样病理的机制 | 首次在人类脑类器官模型中证明PITRM1缺陷通过激活线粒体未折叠蛋白反应和线粒体清除机制,自发诱导阿尔茨海默病病理特征 | 研究主要基于体外类器官模型,未在完整生物体中进行验证 | 探究线粒体前序列加工缺陷的致病机制及其与神经退行性疾病的关系 | PITRM1敲除的人源诱导多能干细胞衍生的皮质神经元和脑类器官 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,基因敲除技术 | 脑类器官模型 | 基因表达数据,蛋白质检测数据 | 未明确指定具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6876 | 2025-10-06 |
A review of computational strategies for denoising and imputation of single-cell transcriptomic data
2021-07-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaa222
PMID:33003202
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综述 | 对单细胞转录组数据去噪和插补的计算方法进行全面分析比较 | 首次对19种单细胞转录组数据去噪和插补方法进行系统性定量评估,涵盖多种实验场景和性能指标 | 未提供定量基准测试标准,仅对现有方法进行比较分析 | 评估单细胞转录组数据去噪和插补计算方法的性能 | 19种单细胞转录组数据去噪和插补计算方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 模拟数据集和真实数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6877 | 2025-10-06 |
Single-cell molecular profiling provides a high-resolution map of basophil and mast cell development
2021-06, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.14633
PMID:33078414
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研究论文 | 本研究通过单细胞分子分析绘制了嗜碱性粒细胞和肥大细胞发育的高分辨率图谱 | 首次在单细胞水平揭示了嗜碱性粒细胞和肥大细胞的分化轨迹,发现了一个先前未表征的腹膜嗜碱性粒细胞-肥大细胞双能祖细胞群 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 绘制嗜碱性粒细胞和肥大细胞的发育分化路径 | 小鼠骨髓和腹膜细胞 | 单细胞生物学 | 过敏性疾病 | 多色流式细胞术,单细胞RNA测序,细胞命运测定 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | 小鼠骨髓和腹膜细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 高覆盖度单细胞RNA测序分析 |
6878 | 2025-10-06 |
Deconvolution of monocyte responses in inflammatory bowel disease reveals an IL-1 cytokine network that regulates IL-23 in genetic and acquired IL-10 resistance
2021-06, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2020-321731
PMID:33037057
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了炎症性肠病中单核细胞IL-23表达的调控机制,发现IL-1和IL-10信号通路是关键调节因子 | 首次在遗传性和获得性IL-10抵抗背景下系统解析单核细胞IL-23表达调控网络,并区分稳态与疾病相关的IL-23产生特征 | 研究主要聚焦单核细胞,其他免疫细胞类型的贡献可能未完全阐明 | 阐明炎症性肠病中单核细胞IL-23表达的调控机制及其在疾病分型和治疗反应预测中的作用 | 健康个体和炎症性肠病患者的单核吞噬细胞及外周血单个核细胞 | 单细胞生物学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, 基因网络相关性分析 | NA | 单细胞转录组数据, 患者活检样本 | 健康个体和IBD患者的单核细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6879 | 2025-10-06 |
Neuronal activity increases translocator protein (TSPO) levels
2021-06, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-020-0745-1
PMID:32398717
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和共聚焦显微镜技术,揭示了神经元活动可增加成年中枢神经系统中转位蛋白(TSPO)的表达水平 | 首次证明神经元活动可直接调控TSPO表达,挑战了TSPO仅作为神经炎症生物标志物的传统认知 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类样本中验证;未探讨TSPO功能改变的具体分子机制 | 探究神经元活动是否影响成年中枢神经系统中TSPO的表达水平 | 成年C57BL6/N小鼠的海马体和大脑皮层区域 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序, 共聚焦激光扫描显微镜 | NA | 基因表达数据, 蛋白质成像数据 | 12周龄C57BL6/N小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6880 | 2025-10-06 |
ILoReg: a tool for high-resolution cell population identification from single-cell RNA-seq data
2021-05-23, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa919
PMID:33151294
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研究论文 | 介绍了一个用于从单细胞RNA-seq数据中高分辨率识别细胞群体的R工具包ILoReg | 提出了一种新的概率特征提取方法,通过迭代聚类投影(ICP)算法结合逻辑回归和聚类相似性比较,能够识别转录组差异细微的细胞亚群 | NA | 开发一种改进的单细胞RNA-seq数据分析方法,提高细胞群体识别的分辨率 | 单细胞RNA-seq数据中的细胞群体 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 逻辑回归, 聚类算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |