单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 6861 - 6880 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6861 | 2024-10-24 |
INSPIRE: interpretable, flexible and spatially-aware integration of multiple spatial transcriptomics datasets from diverse sources
2024-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.23.614539
PMID:39386646
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研究论文 | 本文介绍了一种名为INSPIRE的深度学习方法，用于整合来自不同来源的多个空间转录组数据集 | INSPIRE结合了图神经网络和对抗学习机制，实现了对不同来源数据的空间感知和适应性整合，并通过非负矩阵分解揭示了可解释的空间因子及其相关基因程序 | NA | 解决来自不同样本、技术和发育阶段的空间转录组数据的有效整合和解释问题 | 人类皮质切片、小鼠脑切片、小鼠海马体和胚胎切片以及包含五十万个空间点的时空器官发生图谱 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 图神经网络、对抗学习机制 | 空间转录组数据 | 人类皮质切片、小鼠脑切片、小鼠海马体和胚胎切片以及包含五十万个空间点的时空器官发生图谱 |
| 6862 | 2024-10-24 |
A Paradoxical Tumor Antigen Specific Response in the Liver
2024-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.19.614002
PMID:39372792
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研究论文 | 研究肝脏中肿瘤特异性CD8+ T细胞的反应及其在肿瘤免疫中的作用 | 发现肝脏中肿瘤特异性CD8+ T细胞数量较多但表现出耗竭表型，并揭示了外源性肿瘤通过促进中间细胞群体抑制CD8+ T细胞功能的机制 | 研究主要基于小鼠模型和患者数据，需进一步验证在人类中的适用性 | 探讨肝脏中肿瘤特异性CD8+ T细胞的反应及其在肿瘤免疫中的作用 | 肝脏中的肿瘤特异性CD8+ T细胞及其在肿瘤免疫中的作用 | 免疫学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序、多组学分析 | NA | RNA | 小鼠肿瘤模型和患者数据 |
| 6863 | 2024-10-24 |
Deconvolving organogenesis in space and time via spatial transcriptomics in thick tissues
2024-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.24.614640
PMID:39386671
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研究论文 | 本文开发了一种名为3DEEP的组织清除和空间转录组学策略，用于分析厚度达400 µm的组织块，并成功捕捉了12小时龄小鼠皮肤中371个处于不同发育阶段的毛囊的转录组数据 | 本文首次通过空间转录组学技术，对毛囊发育过程中的时空景观进行了四维分析，揭示了毛囊发育的分子阶段和结构出现的顺序 | 研究仅基于单个时间点的数据，未来需要更多时间点的数据以全面理解毛囊发育的动态过程 | 通过空间转录组学技术解析毛囊发育的时空景观 | 小鼠皮肤中的毛囊 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 12小时龄小鼠皮肤中的371个毛囊，包含6百万个转录本和81个基因 |
| 6864 | 2024-10-24 |
Craters on the melanoma surface facilitate tumor-immune interactions and demonstrate pathologic response to checkpoint blockade in humans
2024-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.18.613595
PMID:39345527
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研究论文 | 研究通过长期体内成像和高分辨率空间转录组学分析，揭示了黑色素瘤表面的火山口状结构在免疫治疗中的作用 | 首次发现黑色素瘤表面的火山口状结构富含β2微球蛋白和抗原识别分子，这些结构在免疫治疗中起到关键作用，并可能成为预测免疫治疗效果的新诊断工具 | 研究主要基于斑马鱼和人类黑色素瘤样本，可能需要进一步验证在其他癌症类型中的适用性 | 探讨黑色素瘤表面的火山口状结构在免疫治疗中的作用及其作为新诊断工具的潜力 | 斑马鱼和人类黑色素瘤样本 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 高分辨率空间转录组学 | NA | 图像 | 斑马鱼和人类黑色素瘤样本 |
| 6865 | 2024-10-24 |
Epigenomic, transcriptomic and proteomic characterizations of reference samples
2024-Sep-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.09.612110
PMID:39314461
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研究论文 | 本文通过多种下一代测序技术对参考样本进行了表观基因组、转录组和蛋白质组的全面分析 | 本文首次提供了包含表观基因组和蛋白质组数据的全面参考材料，并揭示了CG富集区域与开放染色质、低甲基化和基因及蛋白质高表达之间的关系 | 本文主要集中在两个细胞系的研究，未来需要扩展到更多类型的细胞和组织 | 提供高质量的参考材料，用于验证和基准测试各种组学分析方法和生物信息学方法 | 乳腺癌细胞系和B细胞系 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 下一代测序技术（NGS），包括ATAC-seq、Methyl-seq、RNA-seq和蛋白质组分析 | NA | 基因组数据、表观基因组数据、转录组数据和蛋白质组数据 | 两个细胞系，包括乳腺癌细胞系和B细胞系 |
| 6866 | 2024-10-24 |
Subcellular Level Spatial Transcriptomics with PHOTON
2024-Sep-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.10.612328
PMID:39314454
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研究论文 | 本文介绍了一种名为PHOTON的方法，用于在亚细胞水平上进行空间转录组学分析 | PHOTON方法结合了高分辨率成像和高通量测序技术，能够在亚细胞分辨率下进行空间转录组分析 | NA | 研究RNA在亚细胞水平的空间分布及其功能和调控 | 卵巢中的颗粒细胞以及核仁和应激颗粒等亚细胞区室的RNA含量 | 数字病理学 | NA | 高分辨率成像和高通量测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 6867 | 2024-10-24 |
Epigenetic adaptation drives monocyte differentiation into microglia-like cells upon engraftment into the retina
2024-Sep-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.09.612126
PMID:39314467
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研究论文 | 研究探讨了移植到视网膜中的单核细胞如何通过表观遗传适应分化为类似小胶质细胞的细胞 | 首次展示了移植到视网膜中的单核细胞通过表观遗传和转录变化表达出类似小胶质细胞的特征 | 研究主要集中在视网膜环境中的单核细胞，未来研究需要扩展到其他中枢神经系统病理情况 | 探讨单核细胞在中枢神经系统中的分化和功能 | 单核细胞和小胶质细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序、ATAC-seq、流式细胞术、免疫组化 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 6868 | 2024-10-24 |
Hyperedge Representations with Hypergraph Wavelets: Applications to Spatial Transcriptomics
2024-Sep-14, ArXiv
PMID:39314512
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研究论文 | 本文介绍了超图扩散小波及其在空间转录组学中的应用 | 引入了超图扩散小波，并展示了其在捕捉复杂交互中的优势 | NA | 探索超图在空间转录组学中的应用 | 超图扩散小波在阿尔茨海默病相关细胞微环境中的表示 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | NA | NA | 转录组数据 | NA |
| 6869 | 2024-10-24 |
Inferring cell differentiation maps from lineage tracing data
2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.09.611835
PMID:39314473
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研究论文 | 本文介绍了一种基于潜能概念的细胞分化图谱数学框架，并开发了一种算法，用于从单细胞谱系追踪数据中推断出最优的细胞分化图谱 | 本文提出的算法能够更准确地推断细胞分化图谱，并在模拟数据和真实数据中表现优于现有方法 | NA | 推断细胞分化图谱 | 单细胞谱系追踪数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 数据 | NA |
| 6870 | 2024-10-24 |
Novel Role of Endothelial CD45 in Regulating Endothelial-to-Mesenchymal Transition in Atherosclerosis
2024-Sep-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.03.610974
PMID:39282400
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研究论文 | 研究探讨了内皮细胞中CD45在调节动脉粥样硬化中的内皮间质转化（EndoMT）的作用 | 首次揭示了内皮细胞中CD45缺失通过增加KLF2表达抑制TGFβ信号传导和EndoMT标记物表达，从而保护动脉粥样硬化 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中验证 | 探讨内皮细胞中CD45在动脉粥样硬化中的作用及其分子机制 | 内皮细胞、动脉粥样硬化小鼠模型 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 内皮细胞特异性CD45缺失小鼠（EC-iCD45KO）和ApoE-/-小鼠模型 |
| 6871 | 2024-10-24 |
The Cardioprotective Role of Neutrophil-Specific STING in Myocardial Ischemia/Reperfusion Injury
2024-Sep-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.06.611551
PMID:39314411
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研究论文 | 研究中性粒细胞特异性STING在心肌缺血/再灌注损伤中的心脏保护作用 | 首次探讨了中性粒细胞中富含I型干扰素信号的亚群及其在心肌缺血/再灌注损伤中的作用 | 研究仅限于小鼠模型，结果的临床相关性需要进一步验证 | 研究中性粒细胞在心肌缺血/再灌注损伤中的异质性及其对心脏损伤的影响 | 中性粒细胞及其STING信号在心肌缺血/再灌注损伤中的作用 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | 基因表达数据、细胞数据 | 小鼠模型 |
| 6872 | 2024-10-24 |
Lipid-siRNA conjugate accesses perivascular transport and achieves durable knockdown throughout the central nervous system
2024-Sep-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.09.598079
PMID:38915549
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研究论文 | 本文描述了一种白蛋白结合脂质-siRNA偶联物，通过脑脊液途径运输，实现中枢神经系统广泛分布的持久基因敲低 | 开发了一种新的白蛋白结合脂质-siRNA偶联物，能够在中枢神经系统中实现长达五个月的持久基因敲低，且无明显毒性 | NA | 研究一种新的siRNA递送系统，以实现中枢神经系统中持久且广泛的基因抑制 | 白蛋白结合脂质-siRNA偶联物在中枢神经系统中的运输和基因敲低效果 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 6873 | 2024-10-24 |
Construction of thyroid cancer classification and iodine metabolism related diagnostic model using thyroid differentiation score and bioinformation
2024-Sep-06, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000039464
PMID:39252309
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研究论文 | 构建了一个与甲状腺癌亚型碘代谢相关的诊断模型，利用甲状腺分化评分和生物信息 | 通过GSVA获取与甲状腺分化评分相关的基因，构建了一个具有准确预测能力的诊断模型 | NA | 提高不同亚型甲状腺癌患者的诊断和治疗准确性 | 甲状腺癌亚型及其碘代谢 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序 | 逻辑回归模型 | 基因表达数据 | 104个交叉基因，5个关键基因 |
| 6874 | 2024-10-24 |
A conserved cell-type gradient across the human mediodorsal and paraventricular thalamus
2024-Sep-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.03.611112
PMID:39282422
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研究论文 | 研究了人类内侧背核和室旁核的细胞类型梯度，并探讨了其与认知和精神疾病的关系 | 通过单核和空间转录组学技术，发现了人类内侧背核中保守的兴奋性神经元梯度，并揭示了其与精神疾病遗传风险的关联 | 研究主要集中在人类和鼠类的内侧背核，未涵盖其他物种或脑区 | 探讨人类内侧背核和室旁核的细胞组成及其与认知和精神疾病的关系 | 人类和鼠类的内侧背核和室旁核的细胞类型 | 神经科学 | 精神疾病 | 单核和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 人类和鼠类的内侧背核和室旁核样本 |
| 6875 | 2024-10-24 |
Biological sex affects functional variation across the human genome
2024-Sep-05, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2024.09.03.24313025
PMID:39281750
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研究论文 | 研究探讨了生物性别对人类基因组功能变异的影响 | 开发了一种两步回归方法来识别性别偏倚表达数量性状位点（sb-eQTL），并发现这些sb-eQTL在多种疾病中富集 | NA | 揭示生物性别对基因组功能变异的影响及其在疾病中的作用 | 人类基因组中的性别偏倚基因和表达数量性状位点 | 基因组学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 480个淋巴母细胞系 |
| 6876 | 2024-10-24 |
Spatially clustered type I interferon responses at injury borderzones
2024-Sep, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07806-1
PMID:39198639
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研究论文 | 研究心肌梗死后心肌细胞在梗死边缘区启动的I型干扰素反应 | 揭示了心肌细胞在心肌梗死边缘区启动的I型干扰素反应，并发现这种反应与心肌破裂和生存率有关 | 仅在啮齿动物模型中进行了研究，尚未在人类中验证 | 探讨心肌梗死后心肌细胞在边缘区的免疫反应及其对心脏功能的影响 | 心肌细胞、成纤维细胞、巨噬细胞、中性粒细胞和内皮细胞 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 空间转录组学分析 | NA | 转录组数据 | 小鼠和人类样本 |
| 6877 | 2024-10-24 |
PoweREST: Statistical Power Estimation for Spatial Transcriptomics Experiments to Detect Differentially Expressed Genes Between Two Conditions
2024-Sep-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.30.610564
PMID:39257799
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研究论文 | 本文介绍了一种名为PoweREST的统计功效估计工具，用于空间转录组学实验中检测两种条件下差异表达基因的统计功效 | PoweREST是首个专门为10X Genomics Visium数据设计的差异表达基因检测统计功效估计工具，支持实验前和初步数据收集后的功效估计 | NA | 开发一种工具，用于估计空间转录组学实验中差异表达基因检测的统计功效 | 空间转录组学数据中的差异表达基因 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 6878 | 2024-10-24 |
Chronic social defeat stress induces meningeal neutrophilia via type I interferon signaling
2024-Aug-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.30.610447
PMID:39257811
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研究论文 | 研究慢性社会挫败压力通过I型干扰素信号通路诱导脑膜中性粒细胞增多 | 首次揭示了慢性社会挫败压力通过I型干扰素信号通路诱导脑膜中性粒细胞增多的机制 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨慢性社会挫败压力对脑膜免疫反应的影响及其机制 | 小鼠脑膜中性粒细胞 | NA | NA | 流式细胞术、免疫组化、全组织清除、单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠样本 |
| 6879 | 2024-10-24 |
Variational inference of single cell time series
2024-Aug-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.29.610389
PMID:39257806
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研究论文 | 提出了一种名为SNOW的深度学习算法，用于将单细胞时间序列数据分解为时间依赖和时间独立成分 | SNOW算法能够基于时间独立维度进行细胞类型注释，区分生物学时间变异和批次效应，并能在单细胞水平上生成时间序列 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中时间与细胞身份共同影响基因表达分析的挑战 | 单细胞时间序列RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习 | 时间序列数据 | 三个不同的时间序列单细胞RNA测序研究数据 |
| 6880 | 2024-10-24 |
Targeting Liver Epsins Ameliorates Dyslipidemia in Atherosclerosis
2024-Aug-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.26.609742
PMID:39253478
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研究论文 | 研究肝脏epsins在促进PCSK9介导的LDLR降解和阻碍LDL-C清除中的作用，以推动动脉粥样硬化的发展 | 首次揭示了肝脏epsins通过调节LDLR的内吞和降解促进动脉粥样硬化的机制，并提出了靶向肝脏epsins作为治疗动脉粥样硬化的新策略 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中验证其有效性和安全性 | 探讨肝脏epsins在PCSK9介导的LDLR降解和LDL-C清除中的作用，以揭示其对动脉粥样硬化的影响 | 肝脏epsins、LDLR、PCSK9、动脉粥样硬化 | 心血管疾病 | 动脉粥样硬化 | scRNA-seq分析、MEBOCOST算法 | NA | 基因表达数据 | ApoE-/-和ApoE-/-/Liver-DKO小鼠 |