单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27279 篇文献，本页显示第 6861 - 6880 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6861 | 2024-10-24 |
Regional analysis to delineate intrasample heterogeneity with RegionalST
2024-03-29, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae186
PMID:38579257
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研究论文 | 本文介绍了一种名为RegionalST的计算方法，用于量化细胞类型混合和相互作用，识别感兴趣的子区域，并首次进行跨区域的细胞类型特异性差异分析 | 首次提出了一种能够利用跨区域信息并提高空间分辨率的计算方法RegionalST | NA | 解决当前技术在利用跨区域信息和空间分辨率方面的不足，以更好地阐明组织异质性 | 空间转录组数据中的细胞类型混合、相互作用和组织异质性 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 6862 | 2024-10-24 |
Designing Oligonucleotide-Based FISH Probe Sets with PaintSHOP
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3766-1_12
PMID:38502486
|
研究论文 | 本文介绍了使用PaintSHOP平台设计基于寡核苷酸的FISH探针集的方法 | PaintSHOP平台提供了用户友好的网页界面，用于设计基于寡核苷酸的FISH探针集，并包含大量预先发现的探针序列和功能序列 | NA | 介绍如何使用PaintSHOP平台设计基于寡核苷酸的FISH探针集 | 基于寡核苷酸的FISH探针集的设计 | 生物信息学 | NA | 荧光原位杂交 (FISH) | NA | 序列数据 | NA |
| 6863 | 2024-10-24 |
Transcriptome meta-analysis of Kawasaki disease in humans and mice
2024, Frontiers in pediatrics
IF:2.1Q2
DOI:10.3389/fped.2024.1423958
PMID:39350793
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meta-analysis | 本研究对川崎病（KD）在人类和小鼠中的转录组数据进行了元分析，以探索KD的转录组特征并评估动物模型 | 本研究首次对人类和小鼠的KD转录组数据进行了全面的元分析，揭示了关键的差异表达基因和通路，并验证了KD动物模型在识别治疗靶点方面的有效性 | 本研究主要依赖于bulk和单细胞RNA-seq数据，未来需要更全面的单细胞测序来详细描述不同血液细胞群体中的基因表达 | 探索川崎病的转录组特征并评估动物模型 | 川崎病患者的血液和冠状动脉样本，以及川崎病小鼠模型的心脏和大动脉样本 | 数字病理学 | 儿童疾病 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括来自KD患者的血液和冠状动脉样本，以及KD小鼠模型的心脏和大动脉样本 |
| 6864 | 2024-10-24 |
[Molecular pathogenesis of adult T-cell leukemia/lymphoma]
2024, [Rinsho ketsueki] The Japanese journal of clinical hematology
DOI:10.11406/rinketsu.65.1019
PMID:39358256
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研究论文 | 本文总结了成人T细胞白血病/淋巴瘤（ATLL）的分子发病机制，重点关注遗传、表观遗传和单细胞分析的最新进展 | 本文通过遗传、表观遗传和单细胞分析揭示了ATLL的分子发病机制，特别是T细胞受体/NF-κB通路和免疫相关分子的频繁改变 | NA | 探讨成人T细胞白血病/淋巴瘤（ATLL）的分子发病机制 | 成人T细胞白血病/淋巴瘤（ATLL）的分子发病机制 | NA | 白血病 | 单细胞转录组分析 | NA | 基因数据 | NA |
| 6865 | 2024-10-24 |
[Immune microenvironment and immunotherapy resistance in multiple myeloma]
2024, [Rinsho ketsueki] The Japanese journal of clinical hematology
DOI:10.11406/rinketsu.65.1058
PMID:39358261
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研究论文 | 本文探讨了多发性骨髓瘤（MM）的免疫微环境及其对免疫治疗抵抗的影响 | 利用单细胞RNA测序和飞行时间流式细胞术分析了MM患者骨髓中MM细胞与免疫细胞之间的时空相互作用 | 未提及具体的研究局限性 | 研究MM的免疫微环境及其对免疫治疗抵抗的机制，为开发长期完全缓解和治愈的免疫治疗策略提供依据 | 多发性骨髓瘤（MM）患者的免疫微环境 | NA | 血液肿瘤 | 单细胞RNA测序、飞行时间流式细胞术 | NA | RNA | 未提及具体样本数量 |
| 6866 | 2024-10-24 |
Discovery of plasma biomarkers related to blood-brain barrier dysregulation in Alzheimer's disease
2024, Frontiers in bioinformatics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fbinf.2024.1463001
PMID:39429696
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研究论文 | 本研究旨在通过整合公开的组学数据集，识别与阿尔茨海默病（AD）相关的血浆生物标志物，特别是与血脑屏障功能障碍相关的蛋白质 | 本研究首次通过整合血浆和脑蛋白质组数据，识别出五个符合生物标志物标准的蛋白质，并验证了其在AD中的生物学有效性 | 研究尚未深入探讨蛋白质通过血脑屏障泄漏的机制 | 识别与阿尔茨海默病相关的血浆生物标志物 | 血浆和脑蛋白质组数据 | NA | 阿尔茨海默病 | 蛋白质组学分析 | NA | 蛋白质组数据 | NA |
| 6867 | 2024-10-24 |
Single-cell sequencing decodes the secrets of the RAP phenomenon of corticotomy
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1397727
PMID:39430747
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序揭示了皮质切开术后铁代谢相关基因的显著增加，并探讨了Atf3+巨噬细胞在加速牙齿移动中的关键作用 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了皮质切开术后巨噬细胞的转录组异质性，并发现Atf3+巨噬细胞在加速牙齿移动中的新作用 | 研究主要集中在巨噬细胞和铁代谢上，未全面探讨其他细胞类型和分子机制 | 探讨皮质切开术后加速牙齿移动的分子机制 | 皮质切开术后的巨噬细胞和铁代谢 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 皮质切开术后的巨噬细胞样本 |
| 6868 | 2024-10-24 |
Unraveling the ecological landscape of mast cells in esophageal cancer through single-cell RNA sequencing
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1470449
PMID:39430754
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了食管癌中肥大细胞的生态景观，并构建了预测模型 | 首次应用单细胞RNA测序技术全面分析食管癌中的免疫微环境，并发现了肥大细胞的特定亚型及其在肿瘤发展中的作用 | 研究主要基于体外实验和数据分析，缺乏体内实验验证 | 揭示食管癌肿瘤微环境中肥大细胞的作用，并探索潜在的治疗策略 | 食管癌中的肥大细胞及其在肿瘤微环境中的作用 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 5001个肥大细胞样本 |
| 6869 | 2024-10-24 |
Integrating genomics and AI to uncover molecular targets for mRNA vaccine development in lupus nephritis
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1381445
PMID:39430760
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和机器学习技术，分析了狼疮性肾炎患者的基因表达数据，以揭示mRNA疫苗开发的潜在分子靶点 | 本研究首次将单细胞基因组学与非负矩阵分解和机器学习相结合，揭示了狼疮性肾炎中不同的白细胞元程序，并识别了潜在的mRNA疫苗靶点 | 本研究仅限于狼疮性肾炎患者，结果可能不适用于其他自身免疫性疾病 | 本研究旨在通过整合基因组学和人工智能技术，揭示狼疮性肾炎中mRNA疫苗开发的潜在分子靶点 | 本研究主要研究对象为狼疮性肾炎患者和健康对照组的单细胞RNA测序数据 | 基因组学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解 | 基因表达数据 | 24名狼疮性肾炎患者和10名健康对照组 |
| 6870 | 2024-10-24 |
Spatial transcriptomic sequencing reveals immune microenvironment features of Mycobacterium tuberculosis granulomas in lung and omentum
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.99038
PMID:39431015
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析了结核分枝杆菌感染的肺和网膜组织中肉芽肿的免疫微环境特征 | 首次通过空间转录组学技术揭示了结核分枝杆菌感染的肺和网膜组织中肉芽肿的细胞组成和空间分布特征，并发现了关键差异表达基因和细胞类型在肉芽肿形成中的作用 | 研究样本量较小，仅包括四个临床活检样本，可能影响结果的普适性 | 分析基于空间位置的细胞群体转录组特征，理解肉芽肿形成和发展的核心转录组特征 | 结核分枝杆菌感染的肺和网膜组织中的肉芽肿 | 数字病理学 | 肺结核 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 四个临床活检样本，包括两个结核分枝杆菌感染的肺和网膜组织，以及两个非结核患者的肺和网膜组织 |
| 6871 | 2024-10-24 |
Targeting exercise-related genes and placental growth factor for therapeutic development in head and neck squamous cell carcinoma
2024, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2024.1476076
PMID:39431157
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研究论文 | 本研究通过综合生物信息学分析，识别与头颈鳞状细胞癌（HNSCC）预后相关的运动相关基因，并特别关注胎盘生长因子（PIGF）的治疗潜力 | 本研究首次识别了与HNSCC预后相关的运动相关基因，并探讨了PIGF作为治疗靶点的潜力 | 本研究主要基于生物信息学分析和体外实验，尚未进行体内实验验证 | 识别与HNSCC预后相关的运动相关基因，并探讨PIGF的治疗潜力 | 头颈鳞状细胞癌（HNSCC）及其相关基因和胎盘生长因子（PIGF） | NA | 头颈鳞状细胞癌 | 转录组数据分析、基因集富集分析（GSEA）、基因本体论（GO）、京都基因与基因组百科全书（KEGG） | NA | 转录组数据 | 来自TCGA数据库的HNSCC转录组数据 |
| 6872 | 2024-10-24 |
RUNX2 as a novel biomarker for early identification of patients progressing to advanced-stage mycosis fungoides
2024, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2024.1421443
PMID:39435287
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研究论文 | 本文研究了RUNX2作为早期识别进展到晚期蕈样霉菌病患者的潜在生物标志物 | 首次证明RUNX2在识别进展到晚期蕈样霉菌病患者中的潜力，并展示了空间转录组学与单细胞RNA测序分析结合的分析优势 | 样本量较小，仅包括15名患者 | 寻找早期区分蕈样霉菌病进展到晚期阶段的生物标志物 | 蕈样霉菌病患者的皮肤样本 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | NA | RNA基因表达数据 | 15名蕈样霉菌病患者 |
| 6873 | 2024-10-24 |
DETECTING MULTIPLE REPLICATING SIGNALS USING ADAPTIVE FILTERING PROCEDURES
2022-Aug, Annals of statistics
IF:3.2Q1
DOI:10.1214/21-aos2139
PMID:39421244
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研究论文 | 本文介绍了一种新的多重测试程序AdaFilter，用于检测多个研究中重复出现的信号 | AdaFilter通过自适应过滤不可能是PC零假设的候选者来提高检测能力，并证明在研究间数据独立的情况下可以控制FWER和FDR | 仅在研究间数据独立的情况下有效 | 开发一种新的多重测试方法，以提高在多个研究中检测重复信号的能力 | 在不同实验室、不同人群、不同时间等条件下重复出现的信号 | 生物信息学 | NA | 多重测试 | AdaFilter | 基因数据 | 涉及多个微阵列研究、单细胞RNA测序和GWAS研究 |
| 6874 | 2024-10-22 |
Advantages of Cell Proliferation and Immune Regulation in CD146+NESTIN+ HUMSCs: Insights from Single-Cell RNA Sequencing
2024-Oct-21, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1093/stmcls/sxae063
PMID:39428975
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序分析了不同胎龄的人脐带间充质干细胞（HUMSCs）中CD146+Nestin+亚群的细胞增殖和免疫调节特性 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了早产HUMSCs中CD146+Nestin+亚群在细胞增殖、抗菌活性、免疫调节和低分化方面的优势 | 研究仅限于三个不同胎龄的HUMSCs样本，样本量较小，可能影响结果的普适性 | 探讨不同胎龄HUMSCs中CD146+Nestin+亚群的生物学功能差异及其在临床应用中的潜力 | 人脐带间充质干细胞（HUMSCs）中的CD146+Nestin+亚群 | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 三个不同胎龄的HUMSCs样本（22+5周、28周、39周） |
| 6875 | 2024-10-22 |
Graph attention automatic encoder based on contrastive learning for domain recognition of spatial transcriptomics
2024-Oct-18, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-07037-0
PMID:39424696
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研究论文 | 本文介绍了一种基于对比学习的图注意力自动编码器方法，用于空间转录组学的领域识别 | 提出了一种新的深度学习方法GAAEST，结合空间位置信息和基因表达数据，通过图注意力网络和对比学习优化嵌入表示，显著提升了空间域识别的准确性 | 未提及 | 开发一种能够准确识别空间转录组学中空间域的深度学习方法 | 空间转录组学中的基因表达数据和空间位置信息 | 机器学习 | NA | 图注意力网络、对比学习 | 自动编码器 | 基因表达数据 | 多个数据集 |
| 6876 | 2024-10-22 |
Insights into the molecular characteristics of embryonic cranial neural crest cells and their derived mesenchymal cell pools
2024-Oct-18, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-07056-x
PMID:39424998
|
研究论文 | 研究探讨了胚胎期颅神经嵴细胞及其衍生的间充质细胞池的分子特征 | 通过单细胞RNA测序和全基因组DNA甲基化分析，揭示了鹿角再生和牙齿间充质细胞之间的共同基因表达谱和甲基化特征 | NA | 揭示颅神经嵴细胞衍生的间充质细胞的发育生物学和再生潜力 | 胚胎期颅神经嵴细胞及其衍生的间充质细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序，全基因组DNA甲基化分析 | NA | 基因表达数据，DNA甲基化数据 | NA |
| 6877 | 2024-10-22 |
Multi-scalar data integration decoding risk genes for chronic kidney disease
2024-Oct-18, BMC nephrology
IF:2.2Q2
DOI:10.1186/s12882-024-03798-2
PMID:39425076
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研究论文 | 本研究通过整合全基因组关联研究、RNA测序和单细胞RNA测序数据，探索与慢性肾脏疾病相关的基因和细胞类型 | 本研究首次整合了多种尺度的数据，包括全基因组关联研究、RNA测序和单细胞RNA测序，以揭示慢性肾脏疾病的基因和细胞类型 | 本研究主要基于现有数据库中的数据，未进行新的实验验证 | 探索与慢性肾脏疾病相关的基因、通路和细胞类型，为进一步的机制研究奠定基础 | 慢性肾脏疾病的基因和细胞类型 | 基因组学 | 肾脏疾病 | 全基因组关联研究、RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 779个SNPs，涉及681个基因 |
| 6878 | 2024-10-22 |
Scalable identification of lineage-specific gene regulatory networks from metacells with NetID
2024-Oct-18, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03418-0
PMID:39425176
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研究论文 | 本文介绍了一种名为NetID的方法，用于从单细胞RNA测序数据中识别基因调控网络，特别是针对细胞谱系特异性网络 | NetID通过利用同质性metacells并避免虚假的基因-基因相关性，克服了数据稀疏性和高维度的挑战，相比基于插补的方法表现出更优越的性能 | NA | 旨在开发一种可扩展的方法来识别细胞谱系特异性的基因调控网络 | 单细胞RNA测序数据中的基因调控网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 大规模单细胞转录组数据 |
| 6879 | 2024-10-22 |
MEF2C is a Potential Prognostic Biomarker and is Correlated with Immune Infiltrates in Lung Adenocarcinoma
2024-Oct-18, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
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研究论文 | 研究探讨了MEF2C在肺腺癌中的表达及其作为预后生物标志物的潜力，并分析了其与免疫浸润的关系 | 首次系统分析了MEF2C在肺腺癌中的表达及其与临床特征、预后指标和免疫系统相互作用的关系 | 研究主要基于TCGA数据和部分实验验证，缺乏大规模临床验证 | 探讨MEF2C在肺腺癌中的作用及其作为预后生物标志物的潜力 | MEF2C在肺腺癌中的表达及其与临床特征、预后指标和免疫系统相互作用的关系 | 数字病理学 | 肺癌 | 生物信息学分析、定量实时PCR | NA | 基因表达数据 | 使用TCGA数据集，涉及多种癌症类型，重点研究肺腺癌 |
| 6880 | 2024-10-22 |
Revealing Fibrosis Genes as Biomarkers of Ulcerative Colitis: A Bioinformatics Study Based on ScRNA and Bulk RNA Datasets
2024-Oct-18, Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets
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研究论文 | 本研究旨在通过分析单细胞和批量RNA测序数据，揭示与纤维化相关的基因作为溃疡性结肠炎的生物标志物，并预测对TNFα抑制剂的敏感性 | 本研究首次结合单细胞和批量RNA测序数据，利用多种机器学习算法识别与纤维化相关的基因，并开发了用于诊断溃疡性结肠炎的模型 | 本研究仅基于有限的UC患者数据，且未在其他疾病或健康人群中验证模型的普适性 | 揭示与纤维化相关的基因作为溃疡性结肠炎的生物标志物，并预测对TNFα抑制剂的敏感性 | 溃疡性结肠炎患者及其纤维化相关基因 | 生物信息学 | 消化系统疾病 | RNA测序 | 随机森林、支持向量机、Xgboost、多层感知器、逻辑回归 | RNA数据 | 8个批量RNA测序数据集和1个单细胞RNA测序数据集，来自溃疡性结肠炎患者 |