单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6841	2024-10-24	Albumin reprograms the B cell transcriptional landscape and improves neutrophil antimicrobial function in patients with decompensated cirrhosis 2024-Nov, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2024.101184 PMID:39434891	研究论文	研究探讨了白蛋白在失代偿性肝硬化患者中对B细胞转录组景观的重新编程作用，以及其对中性粒细胞抗菌功能的影响	发现白蛋白能够促进B细胞转录组的重新编程和扩增，并改善中性粒细胞的抗菌功能，从而降低失代偿性肝硬化患者感染的发生率	研究样本量较小，且未进行随机对照临床试验，需要进一步的大规模临床研究验证	探讨白蛋白在失代偿性肝硬化患者中的免疫调节作用及其对感染发生率的影响	失代偿性肝硬化患者和健康志愿者的外周血单核细胞及中性粒细胞	NA	肝硬化	RNA测序、单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	RNA	共涉及20名失代偿性肝硬化患者和34名健康志愿者的外周血单核细胞，以及6名失代偿性肝硬化患者和9名健康志愿者的中性粒细胞
6842	2024-10-24	-RAMP3 promotes hepatocellular carcinoma tumor cell-mediated CCL2 degradation by supporting membrane distribution of ACKR2 2024-Oct-21, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113419 PMID:39437486	研究论文	研究探讨了RAMP3与ACKR2的结合及其在肝细胞癌肿瘤微环境中对CCL2降解的协同调控作用	首次揭示了RAMP3通过支持ACKR2的膜分布促进CCL2在肝细胞癌中的降解	研究主要基于细胞系和生物信息学分析，缺乏临床样本的验证	探索RAMP3与ACKR2在肝细胞癌中的相互作用及其对CCL2降解的影响	RAMP3、ACKR2、CCL2以及肝细胞癌细胞系	数字病理学	肝癌	RNA测序、蛋白质-蛋白质相互作用分析	NA	RNA序列、蛋白质相互作用数据	使用了人肝细胞癌细胞系Huh7和HepG2以及小鼠肝细胞癌细胞系Hepa1-6
6843	2024-10-24	Multiple Machine Learning Models, Molecular Subtyping and Singlecell Analysis Identify PANoptosis-related Core Genes and their Association with Subtypes in Crohn's Disease 2024-Oct-21, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673330894241008060309 PMID:39440782	研究论文	本研究利用多种机器学习模型和单细胞分析技术，识别了与克罗恩病相关的PANoptosis核心基因及其与亚型的关联	首次构建了具有良好识别效果的PANoptosis特征，揭示了PANoptosis在克罗恩病中的潜在作用	NA	探讨PANoptosis与克罗恩病的关系及其在疾病中的作用机制	克罗恩病患者的PANoptosis相关基因及其亚型	机器学习	消化系统疾病	单细胞RNA测序	随机森林、支持向量机、决策树、高斯混合模型	基因表达数据	多个队列的克罗恩病患者样本
6844	2024-10-24	Perioperative chemoimmunotherapy induces strong immune responses and long-term survival in patients with HLA class I-deficient non-small cell lung cancer 2024-Oct-20, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009762 PMID:39428126	研究论文	研究了围手术期化疗免疫疗法在HLA I类缺陷的非小细胞肺癌患者中的疗效和免疫反应机制	首次探讨了围手术期化疗免疫疗法在HLA I类缺陷的非小细胞肺癌患者中的疗效和免疫反应机制	样本量较小，需要进一步的大规模研究验证	探讨围手术期化疗免疫疗法在HLA I类缺陷的非小细胞肺癌患者中的疗效和免疫反应机制	HLA I类缺陷的非小细胞肺癌患者	数字病理学	肺癌	免疫组化、空间转录组学	NA	组织样本	24名非小细胞肺癌患者
6845	2024-10-24	Integrative multi-omics analysis reveals the role of tumor-associated endothelial cells and their signature in prognosis of intrahepatic cholangiocarcinoma 2024-Oct-19, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05750-2 PMID:39427165	研究论文	研究探讨了肿瘤相关内皮细胞（TECs）与肿瘤微环境（TME）中免疫细胞的相互作用及其对肿瘤预后的影响	通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示了TECs在肿瘤血管生成中的作用及其显著异质性，并构建了TEC特征（TEC.Sig），该特征可预测患者对免疫治疗的反应	研究主要基于单细胞RNA测序和空间转录组学分析，可能需要更多临床数据验证TEC.Sig的预测能力	探讨肿瘤相关内皮细胞与免疫细胞在肿瘤微环境中的相互作用及其对肿瘤预后的影响	肿瘤相关内皮细胞（TECs）、免疫细胞、肿瘤微环境（TME）	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学分析	NA	RNA	来自肝内胆管癌（ICC）患者的肿瘤、正常和淋巴结组织样本
6846	2024-10-24	Mapping RANKL- and OPG-expressing cells in bone tissue: the bone surface cells as activators of osteoclastogenesis and promoters of the denosumab rebound effect 2024-Oct-18, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-024-00362-4 PMID:39424806	研究论文	本文研究了骨组织中RANKL和OPG表达细胞的定位，探讨了骨表面细胞在破骨细胞生成和地诺单抗反弹效应中的作用	首次使用原位杂交技术直接识别通过RANKL/OPG途径激活破骨细胞生成的细胞，并分析了OPG:Fc和PTH处理对RANKL和OPG表达的影响	研究主要基于小鼠模型，结果的临床相关性需要进一步验证	揭示地诺单抗停药后反弹性骨吸收的细胞机制	骨组织中的RANKL和OPG表达细胞	NA	NA	原位杂交技术	NA	RNA	小鼠样本，包括OPG:Fc和PTH处理组
6847	2024-10-24	Integrated single-cell and spatial transcriptomics reveal microenvironment disruptions by androgen in mouse ovary 2024-Oct-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111028 PMID:39429789	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了在小鼠卵巢中，雄激素诱导的多囊卵巢综合征（PCOS）样模型中颗粒细胞和膜细胞亚群的功能和数量变化	首次在亚群水平上揭示了雄激素对颗粒细胞和膜细胞的影响，特别是GC5和TC2亚群的炎症和脂质代谢活动增强	研究仅限于小鼠模型，结果是否适用于人类PCOS患者尚需进一步验证	探讨雄激素在多囊卵巢综合征中对卵巢微环境的影响	小鼠卵巢中的颗粒细胞和膜细胞亚群	数字病理学	生殖疾病	单细胞RNA测序和空间转录组学	NA	转录组数据	小鼠PCOS样模型
6848	2024-10-24	Accurate identification of locally aneuploid cells by incorporating cytogenetic information in single cell data analysis 2024-10-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-75226-2 PMID:39406835	研究论文	本文开发了两种方法partCNV和partCNVH，用于快速准确地检测具有局部拷贝数缺失或扩增的非整倍体细胞，并结合细胞遗传信息进行单细胞数据分析	本文提出了两种新方法partCNV和partCNVH，通过结合细胞遗传信息和隐马尔可夫模型，提高了非整倍体细胞检测的准确性和可解释性	NA	开发和评估用于检测血液癌症中单细胞非整倍体细胞的新方法	血液癌症患者的单细胞RNA测序数据	数字病理学	血液癌症	单细胞RNA测序	隐马尔可夫模型	RNA测序数据	三个血液癌症患者的单细胞RNA测序数据集
6849	2024-10-24	Advances in long-read single-cell transcriptomics 2024-Oct, Human genetics IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s00439-024-02678-x PMID:38787419	综述	本文综述了长读长单细胞转录组学（scRNA-Seq）的最新进展，重点介绍了文库制备协议和下游生物信息学分析工具	长读长scRNA-Seq技术克服了传统短读长方法在完整转录本覆盖、解析异构体和识别新转录本方面的局限性	长读长scRNA-Seq技术在早期相比短读长方法准确性较低，但通过改进已逐渐提高	探讨长读长单细胞转录组学技术的发展及其在疾病异质性分析中的应用	长读长单细胞转录组学技术及其在疾病异质性分析中的应用	基因组学	NA	长读长单细胞转录组学（scRNA-Seq）	NA	转录组数据	NA
6850	2024-10-24	Effector Function Characteristics of Exhausted CD8+ T-Cell in Microsatellite Stable and Unstable Gastric Cancer 2024-Oct, Cancer research and treatment IF:4.1Q2 DOI:10.4143/crt.2024.317 PMID:38637967	研究论文	研究了微卫星稳定和不稳定胃癌中耗竭CD8+ T细胞的效应功能特征	发现微卫星不稳定胃癌中的耗竭T细胞保留了IFN-γ信号通路，为胃癌免疫治疗提供了新的视角	样本量较小，仅包括三例微卫星不稳定和三例微卫星稳定胃癌样本	探讨微卫星不稳定胃癌的肿瘤免疫微环境特征	微卫星稳定和不稳定胃癌中的CD8+ T细胞亚型	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序和空间转录组分析	NA	转录组数据	三例微卫星不稳定和三例微卫星稳定胃癌样本
6851	2024-10-24	The crucial prognostic signaling pathways of pancreatic ductal adenocarcinoma were identified by single-cell and bulk RNA sequencing data 2024-Oct, Human genetics IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s00439-024-02663-4 PMID:38526745	研究论文	通过单细胞和批量RNA测序数据识别胰腺导管腺癌的关键预后信号通路	利用单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别出12个独立的胰腺导管腺癌预后因子，并构建了具有良好区分度和校准度的预后模型	研究仅基于特定的数据集，结果的普适性有待进一步验证	探索胰腺导管腺癌的潜在预后信号通路，提高预后预测的准确性	胰腺导管腺癌的预后因子及其相关信号通路	数字病理学	胰腺癌	RNA测序	Cox回归模型，Lasso回归模型	RNA测序数据	一个单细胞RNA测序队列和四个GEO队列的数据
6852	2024-10-24	LTBR acts as a novel immune checkpoint of tumor-associated macrophages for cancer immunotherapy 2024-Oct, iMeta IF:23.7Q1 DOI:10.1002/imt2.233 PMID:39429877	研究论文	研究揭示了淋巴毒素β受体（LTBR）作为肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的新型免疫检查点，并提出了一种新的癌症免疫治疗策略	首次发现LTBR作为TAMs的新型免疫检查点，并提出了一种新的免疫治疗策略，通过靶向LTBR TAMs来克服免疫检查点抑制剂的耐药性	研究主要基于肺腺癌（LUAD）的数据，结果的普适性需要进一步验证	揭示肿瘤相关巨噬细胞在癌症免疫治疗中的作用机制，并寻找新的免疫检查点	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）及其在肺腺癌（LUAD）中的作用	免疫学	肺腺癌	单细胞RNA测序（single-cell RNA-seq）	NA	基因组数据	涉及肺腺癌（LUAD）的免疫多组学数据和单细胞RNA测序数据
6853	2024-10-24	Integrative Analysis by Mendelian Randomization and Large-Scale Single-Cell Transcriptomics Reveals Causal Links between B Cell Subtypes and Diabetic Kidney Disease 2024-Oct, Kidney diseases (Basel, Switzerland) DOI:10.1159/000539689 PMID:39430286	研究论文	本研究通过孟德尔随机化和大规模单细胞转录组学分析，揭示了B细胞亚型与糖尿病肾病之间的因果关系	首次通过孟德尔随机化和单细胞疾病相关评分（scDRS）分析，揭示了B细胞亚型在糖尿病肾病发病中的潜在作用	研究主要集中在B细胞亚型，未全面探讨其他免疫细胞类型对糖尿病肾病的影响	深入理解糖尿病肾病的病理机制，特别是循环免疫细胞的作用	糖尿病肾病患者和B细胞亚型	生物信息学	糖尿病肾病	孟德尔随机化分析、单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	未明确提及具体样本数量
6854	2024-10-24	IL-1 receptor-associated kinase 3 (IRAK3) in lung adenocarcinoma predicts prognosis and immunotherapy resistance: involvement of multiple inflammation-related pathways 2024-Sep-30, Translational lung cancer research IF:4.0Q1 DOI:10.21037/tlcr-24-391 PMID:39430338	研究论文	研究探讨了IL-1受体相关激酶3（IRAK3）在肺腺癌（LUAD）中的表达及其对预后和免疫治疗反应的影响	首次揭示了IRAK3在LUAD中的表达与预后和免疫治疗反应的关系，并探讨了其在多个炎症相关通路中的作用	研究主要基于数据库分析和组织微阵列，缺乏体内实验验证	探讨IRAK3在肺腺癌中的预后价值和免疫治疗反应中的作用	肺腺癌患者及其肿瘤组织	数字病理学	肺癌	基因集富集分析（GSEA）、组织微阵列、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、甲基化数据、蛋白质表达数据	中国国家癌症中心（NCC）的肺腺癌患者队列
6855	2024-10-24	Disulfidptosis-related gene SLC7A11 predicts prognosis and indicates tumor immune infiltration in lung adenocarcinoma 2024-Sep-30, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-1182 PMID:39430814	研究论文	研究探讨了二硫化物应激相关基因SLC7A11在肺腺癌中的预后预测和肿瘤免疫浸润中的作用	首次系统分析了二硫化物应激在肺腺癌中的免疫调节作用，特别是SLC7A11基因的影响	研究结果需要进一步的实验验证	分析二硫化物应激相关基因在肺腺癌中的免疫调节作用	肺腺癌中的二硫化物应激相关基因SLC7A11	数字病理学	肺癌	RNA测序	NA	基因表达数据	使用了来自TCGA的数据，包括批量和单细胞RNA测序数据
6856	2024-10-24	Heterogeneity of tumor microenvironment cell groups in inflammatory and adenomatous polyposis coli mutant colorectal cancer based on single cell sequencing 2024-Sep-30, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-689 PMID:39430845	研究论文	研究了基于单细胞测序的炎症性和APC突变型结直肠癌肿瘤微环境细胞组的异质性	揭示了炎症性CRC和APC突变型CRC的复杂肿瘤微环境，并识别了APOE作为潜在的CRC复发生物标志物	NA	揭示炎症性CRC和APC突变型CRC的肿瘤微环境，并为不同亚型的CRC治疗提供理论基础	炎症性CRC和APC突变型CRC的肿瘤微环境细胞组	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	scRNA-seq数据	8494个结直肠癌细胞
6857	2024-10-24	Zebrafish models of human-duplicated SRGAP2 reveal novel functions in microglia and visual system development 2024-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.11.612570 PMID:39314374	研究论文	研究通过斑马鱼模型揭示了人类SRGAP2基因重复在微胶质细胞和视觉系统发育中的新功能	首次在斑马鱼中研究了人类SRGAP2基因重复的影响，揭示了其在微胶质细胞和视觉系统发育中的新功能	研究主要集中在斑马鱼模型，尚未在其他物种中验证	探讨人类SRGAP2基因重复在微胶质细胞和视觉系统发育中的作用	斑马鱼模型中的SRGAP2基因重复	发育生物学	NA	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	斑马鱼幼体
6858	2024-10-24	Targeted single cell expression profiling identifies integrators of sleep and metabolic state 2024-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.25.614841 PMID:39386468	研究论文	研究使用单细胞测序技术分析LHLK神经元在饥饿状态下的转录组变化，以识别调节睡眠与代谢状态相互作用的基因	首次使用单细胞测序技术研究LHLK神经元在饥饿状态下的转录组变化，并验证了Patch-seq方法的有效性	研究仅限于果蝇模型，且样本量较小	识别调节睡眠与代谢状态相互作用的基因	果蝇的LHLK神经元	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	RNA	果蝇LHLK神经元在喂食和24小时饥饿状态下的样本
6859	2024-10-24	Identification of conserved and tissue-restricted transcriptional profiles for lipid associated macrophages (LAMs) 2024-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.24.614807 PMID:39386558	研究论文	研究利用单细胞RNA测序数据分析了脂质相关巨噬细胞（LAMs）在多种组织和无菌炎症条件下的转录组特征	首次系统地揭示了LAMs在不同组织和炎症条件下共享的保守转录组特征以及组织特异性基因程序	研究主要基于小鼠和人类的数据，可能无法完全代表所有物种的LAMs特征	探讨脂质相关巨噬细胞在代谢和慢性炎症疾病中的作用及其潜在治疗靶点	脂质相关巨噬细胞（LAMs）及其在不同组织和炎症条件下的转录组特征	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	转录组数据	小鼠和人类的多组织样本
6860	2024-10-24	A scalable, high-throughput neural development platform identifies shared impact of ASD genes on cell fate and differentiation 2024-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.25.614184 PMID:39386704	研究论文	本文通过优化Perturb-seq方法，结合单细胞RNA测序和结构主题建模，研究了自闭症谱系障碍（ASD）基因对细胞命运和分化的共同影响	本文提出了一种优化的高通量神经发育平台，结合了CRISPR干扰和单细胞RNA测序，并应用结构主题建模来同时评估细胞命运和发育阶段的影响	本文仅研究了60个高置信度的ASD风险基因，可能无法全面代表所有ASD基因的影响	识别神经发育障碍基因中的收敛通路，揭示高影响的潜在治疗靶点	自闭症谱系障碍（ASD）基因对神经发育的影响	基因组学	神经发育障碍	Perturb-seq, 单细胞RNA测序	结构主题建模	基因表达数据	60个高置信度的ASD风险基因