单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27279 篇文献，本页显示第 6841 - 6860 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6841 | 2024-10-24 |
Single-cell transcriptomics reveals stage- and side-specificity of gene modules in colorectal cancer
2024-May-24, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4402565/v1
PMID:38826219
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研究论文 | 本研究利用网络理论方法分析结直肠癌（CRC）的单细胞转录组数据，以更好地描述其进展和侧向性 | 本研究首次通过单细胞转录组数据分析，揭示了结直肠癌在不同阶段和侧向的基因模块特异性 | 本研究仅使用了单一数据集，未来需要更多数据集验证结果 | 旨在通过网络理论方法分析结直肠癌的单细胞转录组数据，以更好地理解其发展和进展机制 | 结直肠癌的单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | 加权基因共表达网络分析（WGCNA） | 基因表达数据 | 使用了GEO-GSE178341数据集中的细胞X基因数据 |
| 6842 | 2024-10-24 |
Cell type-specific network analysis in Diversity Outbred mice identifies genes potentially responsible for human bone mineral density GWAS associations
2024-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.20.594981
PMID:38826475
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研究论文 | 利用单细胞转录组学数据分析多样性杂交小鼠的细胞类型特异性网络，识别可能与人类骨密度全基因组关联研究相关的基因 | 通过单细胞转录组学数据，将疾病相关变异与基因联系起来，并提供细胞类型背景，从而为骨密度全基因组关联研究提供新的功能性解释 | NA | 利用单细胞转录组学数据，为骨密度全基因组关联研究提供新的功能性解释和细胞类型背景 | 多样性杂交小鼠的骨髓间充质干细胞在成骨条件下的单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 6843 | 2024-10-24 |
CoCo-ST: Comparing and Contrasting Spatial Transcriptomics data sets using graph contrastive learning
2024-May-20, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4359834/v1
PMID:38826463
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研究论文 | 本文提出了一种名为CoCo-ST的图对比特征表示方法，用于比较和对比空间转录组数据集，以识别潜在的生物学模式 | 通过引入代表正常组织的背景数据集，增强了在目标数据集中识别有趣模式的能力，同时减少了背景和目标数据集中共享的常见模式的影响 | NA | 克服传统特征降维方法在空间转录组数据分析中可能忽略低变异模式的问题 | 小鼠肺部癌前组织样本的空间转录组数据 | 数字病理学 | 肺癌 | 图对比学习 | 图对比特征表示方法 | 空间转录组数据 | 小鼠肺部癌前组织样本 |
| 6844 | 2024-10-24 |
Deep Transcriptomics Reveals Cell-Specific Isoforms of Pan-Neuronal Genes
2024-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.16.594572
PMID:38826410
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术研究神经系统中细胞特异性转录本的表达和剪接模式 | 开发了一种算法来识别细胞特异性表达模式，并发现细胞特异性剪接变体和潜在的RNA结合蛋白 | NA | 揭示神经系统中细胞特异性剪接变体的表达模式 | 神经系统中的单个神经元 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 由CeNGEN联盟生成的具有生物学重复的细胞特异性转录组数据 |
| 6845 | 2024-10-24 |
scAI-SNP: a method for inferring ancestry from single-cell data
2024-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.14.594208
PMID:38798590
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研究论文 | 介绍了一种从单细胞数据中推断祖先的工具scAI-SNP | 开发了一种新的工具scAI-SNP，能够直接从单细胞基因组数据中推断出供体的祖先信息 | 未提及 | 确保单细胞图谱能够代表人类遗传多样性，推断单细胞数据供体的祖先 | 单细胞基因组数据 | 基因组学 | NA | 单核苷酸多态性（SNP）分析 | NA | 基因组数据 | 450万个体，来自1000 Genomes Project数据集的3201个个体，涵盖26个种群 |
| 6846 | 2024-10-24 |
Tendon-associated gene expression precedes osteogenesis in mid-palatal suture establishment
2024-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.11.590129
PMID:38798531
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研究论文 | 研究探讨了中腭缝形成过程中肌腱相关基因表达在骨生成前的关键作用 | 首次揭示了中腭缝形成过程中肌腱相关基因在时空调控信号环境中的重要作用，并发现了与颅缝形成相似的基因表达模式 | 研究主要集中在胚胎晚期到出生早期的时间点，未来需要进一步扩展到更长时间段的研究 | 探讨中腭缝形成机制及其与颅缝形成的共同生物学原理 | 中腭缝的形成过程及其相关基因表达 | NA | NA | 多模态转录组学 | NA | scRNA-seq | NA |
| 6847 | 2024-10-24 |
Endothelial deletion of p53 generates transitional endothelial cells and improves lung development during neonatal hyperoxia
2024-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.07.593014
PMID:38766251
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研究论文 | 研究探讨了p53在新生儿高氧环境下对肺发育和内皮细胞类型的影响 | 首次揭示了p53在内皮细胞类型转换中的作用，并展示了内皮特异性p53缺失对高氧环境下血管和肺泡简化的改善效果 | NA | 探讨p53在新生儿高氧环境下对肺发育和内皮细胞类型的影响 | 内皮细胞、肺血管和肺泡 | NA | 肺病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 6848 | 2024-10-24 |
Disentangling associations between complex traits and cell types with seismic
2024-May-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.04.592534
PMID:38765980
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研究论文 | 本文开发了一种新框架，通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和全基因组关联研究（GWAS），揭示复杂性状和疾病相关的细胞类型 | 提出了一个新的特异性评分来表征细胞类型，并展示了该框架在识别与性状相关的细胞组方面的优势 | 未提及 | 揭示复杂性状和疾病相关的细胞类型特异性生物过程 | 复杂性状和细胞类型 | 基因组学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），全基因组关联研究（GWAS） | NA | 基因表达数据 | 超过1,000种细胞类型特征化和28种性状 |
| 6849 | 2024-10-24 |
Host-derived Interleukin 1α induces an immunosuppressive tumor microenvironment via regulating monocyte-to-macrophage differentiation
2024-May-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.03.592354
PMID:38746389
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研究论文 | 研究探讨了IL-1α在调节单核细胞向巨噬细胞分化过程中对免疫抑制性肿瘤微环境的影响 | 首次揭示了IL-1α在调节巨噬细胞分化和活性中的关键作用，并提出其作为乳腺癌治疗潜在靶点的可能性 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 探讨IL-1α在肿瘤微环境中对巨噬细胞分化的调控机制及其对免疫抑制性微环境的影响 | IL-1α、巨噬细胞、肿瘤微环境 | 免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞测序分析 | NA | 基因表达数据 | 使用乳腺癌小鼠模型进行研究 |
| 6850 | 2024-10-24 |
Reproducible single cell annotation of programs underlying T-cell subsets, activation states, and functions
2024-May-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.03.592310
PMID:38746317
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为T-CellAnnoTator（TCAT）的管道，用于同时量化预定义的基因表达程序（GEP），以捕捉T细胞的激活状态和细胞亚群 | TCAT管道能够从1,700,000个T细胞中识别出46个可重复的GEP，反映了T细胞的核心功能，并应用于描述Covid-19和癌症中的T细胞激活和衰竭 | NA | 推进T细胞的特征化，识别T细胞的激活状态和功能 | T细胞的基因表达程序和功能 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 基因表达数据 | 1,700,000个T细胞，来自700个个体，涉及38种组织和五种不同的疾病背景 |
| 6851 | 2024-10-24 |
Unveiling Novel Double-Negative Prostate Cancer Subtypes Through Single-Cell RNA Sequencing Analysis
2024-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.11.553009
PMID:38746150
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了前列腺癌中的新型双阴性亚型 | 发现了两种新型双阴性前列腺癌亚型：KRT7细胞和祖细胞样细胞，并开发了用于可视化基因表达的网络应用程序 | NA | 揭示前列腺癌中的新型亚型，并为临床诊断和治疗策略提供新见解 | 前列腺癌的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个研究中的公开队列和本研究团队生成的数据 |
| 6852 | 2024-10-24 |
Single-cell transcriptomics reveals evolutionary reconfiguration of embryonic cell fate specification in the sea urchin Heliocidaris erythrogramma
2024-May-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.30.591752
PMID:38746376
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研究论文 | 研究通过单细胞转录组学分析揭示了海胆Heliocidaris erythrogramma胚胎细胞命运指定在进化过程中的重配置 | 利用单细胞转录组学分析多个物种的发育转录组，揭示了胚胎模式形成中的进化变化 | 需要进一步实验验证候选调控相互作用 | 揭示进化过程中胚胎发育机制的变化 | 海胆Heliocidaris erythrogramma的胚胎细胞命运指定 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个物种的发育时间序列样本 |
| 6853 | 2024-10-24 |
Characterizing Spatially Continuous Variations in Tissue Microenvironment through Niche Trajectory Analysis
2024-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.23.590827
PMID:38712255
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研究论文 | 本文介绍了一种基于图神经网络的建模框架ONTraC，用于分析组织微环境中空间连续变化 | 提出了ONTraC方法，通过图神经网络构建微环境轨迹，相比现有方法在重建空间轨迹方面表现更优 | NA | 开发一种新的计算方法来分析组织微环境中的空间连续变化 | 组织微环境中的空间连续变化 | 计算机视觉 | NA | 图神经网络 | 图神经网络 | 空间转录组数据 | NA |
| 6854 | 2024-10-24 |
PROSTATE CELL HETEROGENEITY AND CXCL17 UPREGULATION IN MOUSE STEROID HORMONE IMBALANCE
2024-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.24.590980
PMID:38712029
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研究论文 | 研究了在小鼠激素失衡模型中前列腺细胞异质性和CXCL17上调的现象 | 首次在小鼠激素失衡模型中识别出特定的泡沫细胞亚群，并确认了CXCL17在驱动巨噬细胞迁移和腔内定位中的潜在病理作用 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证结果 | 进一步表征激素失衡模型中前列腺的细胞异质性，并识别招募的泡沫细胞的特定转录组特征 | 小鼠前列腺中的巨噬细胞和泡沫细胞 | 数字病理学 | 前列腺疾病 | scRNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | C57BL/6J雄性小鼠，植入睾酮和雌二醇缓释颗粒（T+E2），两周后采集前列腺样本 |
| 6855 | 2024-10-24 |
Tissue and cellular spatiotemporal dynamics in colon aging
2024-Apr-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.22.590125
PMID:38712088
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研究论文 | 研究构建了结肠在不同解剖区域和年龄组的细胞和空间图谱，并开发了一种新的计算框架cSplotch，用于分析空间转录组学和单核RNA测序数据，以揭示结肠衰老过程中的细胞和分子动态变化 | 开发了新的计算框架cSplotch，利用层次贝叶斯模型分析空间解析的细胞表达，结合组织学特征跨样本和数据模式共享信息 | NA | 揭示结肠衰老过程中的细胞和分子动态变化 | 结肠组织在不同解剖区域和年龄组的细胞和分子表达 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学，单核RNA测序 | 层次贝叶斯模型 | 空间转录组数据，单核RNA测序数据 | 约1500个鼠类肠道组织样本，约400,000个单核RNA测序样本 |
| 6856 | 2024-10-24 |
Therapeutic Activity of Resolvin D1 (RvD1) in Murine MASH
2024-Apr-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.22.590633
PMID:38712196
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研究论文 | 研究了Resolvin D1 (RvD1)在实验性代谢相关脂肪性肝炎（MASH）小鼠模型中的治疗作用及其机制 | 揭示了RvD1通过抑制Stat1-Cxcl10信号通路减少炎症、缓解内质网应激介导的细胞凋亡以及促进MMP介导的纤维化逆转 | NA | 确定RvD1保护MASH进展的机制 | 实验性MASH小鼠模型中的RvD1治疗效果 | NA | 代谢相关脂肪性肝炎 | bulk和单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括骨髓来源的巨噬细胞（BMDMs）、Kupffer细胞、T细胞和原代肝细胞 |
| 6857 | 2024-10-24 |
Long-Term Follow-Up Defines the Population That Benefits from Early Interception in a High-Risk Smoldering Multiple Myeloma Clinical Trial Using the Combination of Ixazomib, Lenalidomide, and Dexamethasone
2024-Apr-19, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2024.04.19.24306082
PMID:38699307
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研究论文 | 本研究探讨了伊沙佐米、来那度胺和地塞米松联合治疗高风险冒烟型多发性骨髓瘤（HR-SMM）的长期随访结果，并分析了深度反应对长期预后的影响 | 首次研究了深度反应对HR-SMM患者长期预后的影响，并探讨了基因组改变和20/2/20模型在定义早期治疗受益人群中的作用 | 研究样本量较小，且未探讨所有可能的基因组改变对预后的影响 | 评估伊沙佐米、来那度胺和地塞米松联合治疗HR-SMM的长期疗效和安全性，并探讨深度反应对预后的影响 | 高风险冒烟型多发性骨髓瘤患者 | NA | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序、全基因组测序 | NA | 基因组数据、单细胞数据 | 55名患者 |
| 6858 | 2024-10-24 |
Single-molecule RNA-FISH analysis reveals stochasticity in reactivation of latent HIV-1 regulated by Nuclear Orphan Receptors NR4A and cMYC
2024-Apr-19, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4166090/v1
PMID:38699331
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研究论文 | 研究使用单分子RNA荧光原位杂交（smRNA-FISH）和FISH-Quant分析，揭示了HIV-1潜伏细胞再激活的高度变异性和随机性，并发现NR4A3和cMYC作为与随机再激活相关的外源因子 | 首次揭示了HIV-1潜伏细胞再激活的随机性和爆发性，并识别了NR4A3和cMYC作为潜在的调节因子 | 研究主要集中在细胞系和无病毒患者样本，未涵盖所有HIV-1感染情况 | 探讨HIV-1潜伏细胞再激活的机制及其潜在的药物靶点 | HIV-1潜伏细胞及其再激活过程 | 生物医学 | HIV感染 | 单分子RNA荧光原位杂交（smRNA-FISH）、RNA测序（RNA-seq） | NA | RNA | 包括潜伏细胞系和无病毒患者的CD4 T细胞 |
| 6859 | 2024-10-24 |
Precision and Accuracy of Single-Cell/Nuclei RNA Sequencing Data
2024-Apr-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.12.589216
PMID:38659857
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研究论文 | 评估单细胞/核RNA测序数据的精度和准确性 | 首次系统评估了18个单细胞/核RNA测序数据集的精度和准确性，并强调了细胞数量和RNA质量对表达精度和准确性的关键影响 | 研究仅限于人类脑部研究数据和培养的单核吞噬细胞数据，未涵盖其他组织或细胞类型 | 评估单细胞/核RNA测序数据的精度和准确性，以提高下游分析的可靠性 | 18个单细胞/核RNA测序数据集的精度和准确性 | 生物信息学 | NA | 单细胞/核RNA测序 (sc/snRNA-Seq) | NA | RNA测序数据 | 3,483,905个细胞来自297个个体 |
| 6860 | 2024-10-24 |
Recessive variants in MYO1C as a potential novel cause of proteinuric kidney disease
2024-Apr-11, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4183332/v1
PMID:38659911
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研究论文 | 本文通过全外显子测序和同源性映射，识别了MYO1C基因中的隐性变异作为儿童肾病综合征的新潜在原因 | 首次识别MYO1C基因中的隐性变异作为儿童肾病综合征的新潜在原因 | 研究样本仅限于1649名患有肾病综合征的儿童，可能存在样本偏倚 | 揭示肾病综合征的新的单基因原因 | MYO1C基因中的隐性变异 | NA | 肾病 | 全外显子测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 1649名患有肾病综合征的儿童 |