单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27279 篇文献，本页显示第 6821 - 6840 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6821 | 2024-10-24 |
Cell Simulation as Cell Segmentation
2024-Jul-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.25.591218
PMID:38712065
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研究论文 | 本文采用从头细胞模拟方法来快速推断形态上合理的细胞边界，以提高单细胞空间转录组学数据的细胞分割精度 | 本文创新性地将从头细胞模拟方法应用于细胞分割，显著提高了分割精度和计算效率 | NA | 提高单细胞空间转录组学数据的细胞分割精度 | 单细胞空间转录组学数据中的细胞分割 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 从头细胞模拟 | NA | 转录组数据 | 来自肾细胞癌患者样本的数据 |
| 6822 | 2024-10-24 |
GeneSurfer Enables Transcriptome-wide Exploration and Functional Annotation of Gene Co-expression Modules in 3D Spatial Transcriptomics Data
2024-Jul-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.05.602230
PMID:39005368
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研究论文 | 本文介绍了一种名为GeneSurfer的交互式界面，用于探索3D空间转录组数据中的局部基因共表达模式 | GeneSurfer提供了一种新的方法来探索大规模数据集中局部基因共表达模式，并支持实时基因本体论术语注释 | NA | 开发一种工具来探索和注释3D空间转录组数据中的基因共表达模块 | 3D空间转录组数据中的基因共表达模式 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 使用了Allen Brain Cell Atlas中的空间转录组和单细胞RNA测序数据 |
| 6823 | 2024-10-24 |
Spatial transcriptomics reveals influence of microenvironment on intrinsic fates in melanoma therapy resistance
2024-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.30.601416
PMID:39005406
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研究论文 | 本文通过空间转录组学和单细胞RNA测序揭示了黑色素瘤治疗抵抗中内在命运与微环境的相互影响 | 本文首次揭示了不同遗传背景下黑色素瘤细胞抵抗命运的共享内在抵抗程序，并展示了这些抵抗程序与肿瘤微环境的密切关联 | 本文主要基于空间转录组学和单细胞RNA测序数据，未涉及其他类型的实验验证 | 研究黑色素瘤治疗抵抗中细胞内在命运与微环境因素的相互作用 | 黑色素瘤细胞及其抵抗命运 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解 | 转录组数据 | 多个细胞系和患者样本 |
| 6824 | 2024-10-24 |
Genomic and single-cell characterization of patient-derived tumor organoid models of head and neck squamous cell carcinoma
2024-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.28.601068
PMID:39005427
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研究论文 | 本研究通过建立头颈部鳞状细胞癌患者的肿瘤类器官模型，探讨了肿瘤异质性和治疗反应的分子机制 | 首次在头颈部鳞状细胞癌中建立了患者来源的肿瘤类器官模型，并揭示了与顺铂耐药相关的分子亚型和异质性程序 | 样本量相对较小，可能影响结果的普适性 | 提高对头颈部鳞状细胞癌生物学特性的理解，并为个性化治疗提供新的靶点 | 头颈部鳞状细胞癌患者的肿瘤类器官模型 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 31名头颈部鳞状细胞癌患者 |
| 6825 | 2024-10-24 |
Global trends of single cell sequence associated in cancer from 2011 to 2024: A bibliometric analysis
2024-Jun-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e32847
PMID:38975217
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meta-analysis | 本文通过文献计量分析探讨了2011年至2024年间与癌症相关的单细胞测序研究的趋势和前沿 | 本文首次通过文献计量分析方法，系统地总结了单细胞测序在癌症研究中的应用趋势和前沿 | 本文主要依赖于文献计量分析，未涉及具体的实验数据或技术细节 | 探索基于单细胞测序的癌症分子和临床病理特征，揭示肿瘤间异质性，并为癌症的早期诊断、治疗和预后分析提供新思路 | 2011年至2024年间发表的与癌症相关的单细胞测序研究 | digital pathology | NA | 单细胞测序 | NA | 文本 | 6189篇文章 |
| 6826 | 2024-10-24 |
Positionally distinct interferon stimulated dermal immune acting fibroblasts promote neutrophil recruitment in Sweet's syndrome
2024-Jun-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.24.600500
PMID:38979312
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研究论文 | 研究探讨了Sweet's综合征中位置特异性的干扰素刺激的真皮免疫作用成纤维细胞促进中性粒细胞招募的机制 | 首次揭示了Sweet's综合征皮肤样本中显著的干扰素特征，并发现这种特征在其他中性粒细胞性皮肤病中减少 | 研究主要基于单核和批量转录组学分析，缺乏对活体组织的直接观察 | 探讨Sweet's综合征中中性粒细胞浸润的机制 | Sweet's综合征患者的皮肤样本和培养的初级人真皮成纤维细胞 | NA | Sweet's综合征 | 单核和批量转录组学、单分子分辨率空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 包括Sweet's综合征患者的皮肤样本和培养的初级人真皮成纤维细胞 |
| 6827 | 2024-10-24 |
Medulloblastoma Spatial Transcriptomics Reveals Tumor Microenvironment Heterogeneity with High-Density Progenitor Cell Regions Correlating with High-Risk Disease
2024-Jun-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.25.600684
PMID:38979174
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析了十六例儿童髓母细胞瘤样本，揭示了肿瘤微环境的异质性及其与高风险疾病的关系 | 首次在空间背景下分析髓母细胞瘤的肿瘤微环境，揭示了高密度静止祖细胞区域与高风险疾病特征的相关性 | 样本量相对较小，且仅限于儿童髓母细胞瘤 | 探讨髓母细胞瘤肿瘤微环境的异质性及其与疾病进展和治疗反应的关系 | 十六例儿童髓母细胞瘤样本及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 神经系统肿瘤 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 十六例儿童髓母细胞瘤样本，包括两对诊断-复发匹配样本 |
| 6828 | 2024-10-24 |
Target-Oriented Reference Construction for supervised cell-type identification in scRNA-seq
2024-Jun-26, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4559348/v1
PMID:38978578
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研究论文 | 本文提出了一种名为TORC的目标导向参考构建方法，用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别 | TORC方法解决了现有监督细胞类型识别工具中参考数据选择和构建的缺失问题，通过减少参考数据与目标数据之间的分布差异和细胞类型组成差异，提高了细胞类型识别的准确性 | NA | 开发一种新的方法来构建高质量的参考数据，以提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性和效率 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | NA |
| 6829 | 2024-10-24 |
B cell-mediated antigen presentation promotes adverse cardiac remodeling in chronic heart failure
2024-Jun-24, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4536350/v1
PMID:38978561
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研究论文 | 研究探讨了B细胞通过MHC II介导的抗原呈递在慢性心力衰竭中促进不良心脏重塑的作用 | 揭示了B细胞通过MHC II介导的抗原呈递在慢性心力衰竭中的新机制，并提出MHC II介导的信号通路作为治疗慢性心力衰竭的新靶点 | 研究主要基于小鼠模型和人类心肌梗死患者的循环B细胞分析，可能需要进一步的人类临床研究来验证其普遍性 | 探讨特定免疫细胞在慢性心力衰竭中的作用机制，特别是B细胞通过MHC II介导的抗原呈递的作用 | 小鼠和人类心肌梗死患者的B细胞 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠和人类心肌梗死患者的B细胞样本 |
| 6830 | 2024-10-24 |
Identify Regulatory eQTLs by Multiome Sequencing in Prostate Single Cells
2024-Jun-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.19.599704
PMID:38948854
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研究论文 | 本文通过多组学单细胞测序技术，研究前列腺癌细胞中调控eQTL及其靶基因的关联 | 首次应用多组学单细胞测序技术在前列腺癌细胞中识别调控eQTL及其靶基因 | 数据稀疏性问题仍然存在，尽管通过靶向测序有所改善 | 验证多组学单细胞测序技术在前列腺癌风险位点识别调控元件及其靶基因的可行性 | 前列腺癌细胞中的调控eQTL及其靶基因 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 多组学测序 | NA | 单细胞数据 | 65,501个高质量单细胞来自8种前列腺细胞系 |
| 6831 | 2024-10-24 |
A prognostic matrix gene expression signature defines functional glioblastoma phenotypes and niches
2024-Jun-21, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4541464/v1
PMID:38947019
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研究论文 | 通过计算基因组学和蛋白质组学方法，分析了胶质母细胞瘤（GBM）中细胞外基质蛋白（CMP）表达的功能和临床相关性 | 识别了一个17基因的CMP表达特征，称为Matrisome 17（M17）特征，该特征进一步细化了CMP基因的预后价值，并可能预测PD1阻断的反应 | NA | 研究胶质母细胞瘤中细胞外基质蛋白的表达及其对患者生存和治疗反应的影响 | 胶质母细胞瘤（GBM）中的细胞外基质蛋白（CMP）表达 | 生物信息学 | 脑肿瘤 | 计算基因组学和蛋白质组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 6832 | 2024-10-24 |
Single-cell analysis of ovarian myeloid cells identifies aging associated changes in macrophages and signaling dynamics
2024-Jun-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.13.598667
PMID:38915572
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析了年轻和老年小鼠卵巢中的髓系细胞，揭示了与年龄相关的巨噬细胞变化及其信号传导动态 | 本文首次全面分析了老年小鼠卵巢中髓系细胞的变化，发现了一个独特的老年小鼠卵巢巨噬细胞亚群，并揭示了ANNEXIN和TGFβ信号通路在老年卵巢髓系细胞中的显著改变 | 研究仅限于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类 | 探讨髓系细胞在卵巢衰老过程中的作用及其分子机制 | 年轻和老年小鼠卵巢中的髓系细胞，包括巨噬细胞、单核细胞、树突状细胞和中性粒细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq）和流式细胞术 | NA | RNA | 3个月和14-17个月的小鼠卵巢样本 |
| 6833 | 2024-10-24 |
Early Developmental Origins of Cortical Disorders Modeled in Human Neural Stem Cells
2024-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.14.598925
PMID:38915580
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研究论文 | 研究探讨了人类神经干细胞在早期大脑发育阶段与皮层疾病发生的关系 | 首次在体外和体内研究了神经干细胞在皮层发育过程中的基因表达动态，并模拟了风险转录因子缺失对不同神经细胞类型的影响 | 研究主要基于体外实验和数据集分析，缺乏体内实验验证 | 探索早期大脑发育阶段与皮层疾病发生的关系 | 人类神经干细胞及其在皮层发育中的基因表达 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 来自自闭症患者的神经干细胞 |
| 6834 | 2024-10-24 |
Identification of a gene expression signature of vascular invasion and recurrence in stage I lung adenocarcinoma via bulk and spatial transcriptomics
2024-Jun-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.07.597993
PMID:38915565
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研究论文 | 通过批量和空间转录组学技术，识别出与血管侵袭和复发相关的基因表达特征，用于预测I期肺腺癌的血管侵袭和复发风险 | 首次通过批量和空间转录组学技术，识别出与血管侵袭和复发相关的基因表达特征，并开发了预测血管侵袭的转录组预测器 | 研究样本量较小，且仅限于I期肺腺癌 | 识别与血管侵袭和复发相关的基因表达特征，并开发预测模型以改善I期肺腺癌的诊断和管理 | I期肺腺癌的血管侵袭和复发风险 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA-seq, 空间转录组学 (stRNA-seq) | 转录组预测器 | 基因表达数据 | 162个切除的I期肿瘤样本，其中15个样本用于高分辨率空间转录组学分析 |
| 6835 | 2024-10-24 |
Spatial Single-cell Analysis Decodes Cortical Layer and Area Specification
2024-Jun-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.05.597673
PMID:38915567
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研究论文 | 本文利用多重错误鲁棒荧光原位杂交（MERFISH）和基于深度学习的细胞分割技术，研究了人类胎儿皮质在空间分辨单细胞水平上的分子、细胞和细胞结构发育 | 本文首次揭示了在妊娠中期之前，皮质层结构的早期建立，并发现了视觉皮质区域之间分子边界的突然转变，挑战了连续形态发生素梯度决定皮质区域化的传统观点 | NA | 研究人类大脑皮质层和区域分子特化的空间关系 | 人类胎儿皮质在不同妊娠阶段的分子、细胞和细胞结构发育 | 数字病理学 | NA | 多重错误鲁棒荧光原位杂交（MERFISH） | 深度学习 | 空间单细胞数据 | 1600万单细胞，涵盖八个皮质区域，跨越妊娠第二和第三孕期的四个时间点 |
| 6836 | 2024-10-24 |
Comprehensive single cell transcriptomics analysis of murine osteosarcoma uncovers Skp2 function in metastasis, genomic instability and immune activation and reveals additional target pathways
2024-Jun-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.04.597347
PMID:38895216
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序分析小鼠骨肉瘤，揭示了Skp2在转移、基因组不稳定性和免疫激活中的作用，并发现了其他潜在的靶向通路 | 本文首次通过单细胞RNA测序技术，系统分析了Skp2在小鼠骨肉瘤中的功能，揭示了其在转移、基因组不稳定性和免疫激活中的作用，并发现了新的治疗靶点 | 本文主要基于小鼠模型进行研究，其结果在人类患者中的适用性需要进一步验证 | 研究Skp2在小鼠骨肉瘤中的功能及其在转移、基因组不稳定性和免疫激活中的作用，并寻找新的治疗靶点 | 小鼠骨肉瘤模型中的Skp2功能及其在肿瘤微环境中的作用 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠骨肉瘤模型中的单细胞样本 |
| 6837 | 2024-10-24 |
Inhibition of the Eukaryotic Initiation Factor-2-α Kinase PERK Decreases Risk of Autoimmune Diabetes in Mice
2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.06.561126
PMID:38895427
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研究论文 | 研究通过抑制eIF2α激酶PERK来减少小鼠自身免疫性糖尿病的风险 | 首次证明抑制PERK可以逆转人类胰岛中mRNA翻译的阻断，延迟糖尿病的发病，减少胰岛炎症并保护β细胞数量 | 研究仅在T1D易感小鼠模型中进行，尚未在人类中验证 | 探讨通过抑制PERK来预防或延迟自身免疫性1型糖尿病的发展 | T1D易感小鼠的胰岛和β细胞 | NA | 糖尿病 | 单细胞RNA测序，空间蛋白质组学 | NA | RNA，蛋白质 | T1D易感小鼠的胰岛样本 |
| 6838 | 2024-10-24 |
Computational identification of surface markers for isolating distinct subpopulations from heterogeneous cancer cell populations
2024-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.28.596337
PMID:38854060
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研究论文 | 本文介绍了一种名为clusterCleaver的计算工具，用于识别和分离异质性癌细胞群体中的不同亚群 | 开发了clusterCleaver工具，利用统计距离度量来识别单细胞RNA测序数据中的候选表面标记物，用于FACS分离 | NA | 研究肿瘤内异质性癌细胞亚群的功能和动态变化 | 乳腺癌细胞系MDA-MB-231和MDA-MB-436中的异质性癌细胞亚群 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | MDA-MB-231和MDA-MB-436乳腺癌细胞系 |
| 6839 | 2024-10-24 |
Aggressive high-grade NF2 mutant meningiomas downregulate oncogenic YAP signaling via the upregulation of VGLL4 and FAT3/4
2024-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.30.596719
PMID:38854109
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研究论文 | 研究了NF2突变型脑膜瘤中YAP信号通路的下调机制 | 发现VGLL4和FAT3/4的上调是高级别NF2突变型脑膜瘤中YAP活性下调的潜在机制 | 研究主要基于体外实验和RNA测序数据，缺乏体内实验验证 | 探讨NF2突变型脑膜瘤中YAP信号通路的调控机制 | NF2突变型脑膜瘤 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 大量人类脑膜瘤样本 |
| 6840 | 2024-10-24 |
Discovery and characterization of dietary antigens in oral tolerance
2024-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.26.593976
PMID:38853977
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研究论文 | 本文研究了食物抗原通过肠道中的调节性T细胞（Tregs）引发免疫耐受的机制 | 首次鉴定了针对玉米、小麦和大豆的特异性T细胞受体，并使用表达克隆技术确定了其对应的表位 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证 | 揭示食物抗原引发免疫耐受的机制及其相关表位 | 玉米、小麦和大豆的种子储存蛋白及其特异性T细胞 | 免疫学 | NA | 表达克隆技术，RNA测序 | NA | RNA | 多个无关的T细胞克隆 |