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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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6781 | 2025-10-06 |
Genome-wide CRISPRi/a screens in human neurons link lysosomal failure to ferroptosis
2021-07, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-021-00862-0
PMID:34031600
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研究论文 | 通过人类神经元中的全基因组CRISPRi/a筛选,揭示了溶酶体功能障碍与铁死亡之间的关联机制 | 首次在人类神经元中开展全基因组CRISPR干扰和激活筛选,建立了跨细胞类型系统比较基因功能的CRISPRbrain数据平台 | 研究主要聚焦神经元对慢性氧化应激的反应,其他细胞类型的验证相对有限 | 系统理解细胞类型特异性基因功能,特别是神经元在氧化应激下的响应机制 | 人类神经元细胞 | 功能基因组学 | 神经退行性疾病 | CRISPR干扰, CRISPR激活, 单细胞转录组学 | CRISPRi/a筛选系统 | 基因表达数据, 功能基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6782 | 2025-10-06 |
The co-chaperone Fkbp5 shapes the acute stress response in the paraventricular nucleus of the hypothalamus of male mice
2021-07, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-021-01044-x
PMID:33649453
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研究论文 | 本研究揭示了Fkbp5在下丘脑室旁核中通过细胞类型特异性方式调节HPA轴活性和急性应激反应的关键作用 | 首次阐明Fkbp5在PVN中通过细胞类型特异性机制调节HPA轴活性,特别是在Crh神经元中的特异性表达和作用 | 研究仅针对雄性小鼠,未涉及雌性动物;Crh特异性Fkbp5过表达仅部分重现PVN特异性表型 | 阐明Fkbp5在下丘脑室旁核中调节HPA轴活性和急性应激反应的具体机制 | 雄性小鼠的下丘脑室旁核神经元,特别是Sim1神经元和Crh神经元 | 神经科学 | 应激相关疾病 | 单细胞RNA测序,基因敲除,基因过表达 | NA | 基因表达数据,神经元活动数据 | 未明确说明样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6783 | 2025-10-06 |
Functionally distinct POMC-expressing neuron subpopulations in hypothalamus revealed by intersectional targeting
2021-07, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-021-00854-0
PMID:34002087
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研究论文 | 本研究通过交叉遗传学方法揭示了表达POMC的下丘脑神经元中功能不同的亚群 | 开发了新型小鼠模型,首次实现了对表达瘦素受体和胰高血糖素样肽-1受体的不同POMC神经元亚群进行标记、翻译组分析和功能表征 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类或其他物种中验证 | 探究下丘脑中POMC表达神经元异质性的分子基础和功能后果 | 小鼠下丘脑弓状核中的POMC表达神经元 | 神经科学 | 代谢性疾病 | 电生理记录、单细胞测序、交叉Cre/Dre依赖性重组 | 遗传工程小鼠模型 | 电生理数据、单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6784 | 2025-10-06 |
A single cell atlas of human cornea that defines its development, limbal progenitor cells and their interactions with the immune cells
2021-07, The ocular surface
DOI:10.1016/j.jtos.2021.03.010
PMID:33865984
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和ATAC测序构建了人类角膜从胚胎发育到成年的全面细胞图谱 | 首次在单细胞水平上定义了角膜发育过程、识别了新的角膜缘祖细胞表面标志物GPHA2,并揭示了免疫细胞与角膜缘祖细胞的相互作用 | 样本数量相对有限(4例成人和17例胚胎/胎儿角膜),且主要基于10x Genomics平台的技术分析 | 构建人类角膜发育和成年的单细胞图谱,研究角膜缘祖细胞及其与免疫细胞的相互作用 | 人类角膜和相邻结膜组织,包括成人、胚胎和胎儿样本 | 单细胞组学 | 角膜疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 免疫荧光分析, RNA干扰 | Seurat图聚类, UMAP嵌入, 伪时序分析 | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据, 免疫荧光图像 | 21,343个成人角膜细胞和89,897个胚胎/胎儿角膜细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞测序平台 |
6785 | 2025-10-06 |
Human Dermal Fibroblast Subpopulations Are Conserved across Single-Cell RNA Sequencing Studies
2021-07, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2020.11.028
PMID:33385399
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研究论文 | 通过重新分析13,823个人类成人真皮成纤维细胞的单细胞RNA测序数据,确定了三个主要类型和十个亚型的成纤维细胞分类体系 | 首次整合多个单细胞RNA测序数据集,揭示了人类真皮成纤维细胞的保守亚群分类,提出了包含3个主要类型和10个亚型的统一分类框架 | 研究仅基于已发表的测序数据,未进行新的实验验证;分析局限于成人健康皮肤样本 | 解决单细胞RNA测序研究中成纤维细胞亚群分类不一致的问题,建立统一的分类标准 | 人类成人真皮成纤维细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 13,823个人类成人真皮成纤维细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6786 | 2025-10-06 |
Pooled CRISPR-activation screening coupled with single-cell RNA-seq in mouse embryonic stem cells
2021-06-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100426
PMID:33899013
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研究论文 | 介绍在小鼠胚胎干细胞中使用10x Genomics单细胞RNA测序进行汇集CRISPR激活筛选的实验方案 | 将汇集CRISPR激活筛选与单细胞RNA测序相结合,能够在细胞水平无偏倚地并行评估基因功能 | NA | 开发一种评估基因功能和调控的实验方法 | 小鼠胚胎干细胞 | 基因组学 | NA | CRISPR/Cas9筛选, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
6787 | 2025-10-06 |
Obtaining purified human intestinal epithelia for single-cell analysis and organoid culture
2021-06-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100597
PMID:34169291
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方法论文 | 介绍从人类胎儿和儿童肠道组织中制备高活性上皮单细胞悬液的实验方案 | 开发了适用于人类胎儿和儿童肠道组织的标准化上皮细胞分离方案,支持单细胞分析和类器官培养 | 仅针对肠道上皮细胞,未涉及其他肠道细胞类型;依赖特定组织来源 | 建立人类肠道上皮细胞的单细胞分离和类器官培养技术方案 | 人类胎儿和儿童肠道组织 | 单细胞分析 | NA | 单细胞RNA测序,类器官培养 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 人类胎儿和儿童肠道组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6788 | 2025-10-06 |
Advances and Opportunities in Single-Cell Transcriptomics for Plant Research
2021-06-17, Annual review of plant biology
IF:21.3Q1
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综述 | 本文综述了植物单细胞转录组学的主要进展,并提供了从样本制备到数据分析的实用指南 | 全面总结了植物单细胞转录组学的最新技术进展,并展望了未来发展方向 | 作为综述文章,不包含原始研究数据和实验验证 | 促进植物单细胞转录组学技术的发展和推广应用 | 植物生物系统 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6789 | 2025-10-06 |
Analysis of single-cell RNA sequencing data based on autoencoders
2021-Jun-08, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-021-04150-3
PMID:34103004
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研究论文 | 开发了一个基于自编码器的单细胞RNA测序数据分析工具scAEspy | 整合了四种先进自编码器并开发了两种新型自编码器,提供多种损失函数选择,可与批次效应去除工具结合使用 | 工具仍需用户定义两个参数,且目前主要针对单细胞RNA测序数据 | 改进单细胞RNA测序数据的下游分析,特别是数据降维和数据集整合 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 自编码器(Autoencoders) | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6790 | 2025-10-06 |
Ovarian tumors orchestrate distinct cellular compositions
2021-06-08, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2021.05.014
PMID:34107269
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析卵巢癌微环境中不同细胞群的组成及相互作用 | 首次在单细胞水平系统描绘卵巢癌微环境中肿瘤细胞、免疫细胞和基质细胞间的相互作用网络 | NA | 探究肿瘤T细胞浸润的决定因素及卵巢癌微环境的细胞组成特征 | 卵巢癌微环境中的肿瘤细胞、免疫细胞和基质细胞 | 单细胞组学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6791 | 2025-10-06 |
Urinary EGF and MCP-1 and risk of CKD after cardiac surgery
2021-06-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.147464
PMID:33974569
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研究论文 | 本研究评估尿液EGF和MCP-1作为心脏手术后慢性肾病风险的预测标志物 | 首次将反映细胞完整性的EGF和炎症标志物MCP-1联合用于预测心脏手术后长期肾脏结局,并利用单细胞RNA测序验证其分子机制 | 研究仅纳入两个中心的患者,样本代表性可能有限 | 评估尿液生物标志物对心脏手术后慢性肾病风险的预测价值 | 865名接受心脏手术的成年患者 | 肾脏病学 | 慢性肾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq) | NA | 尿液样本、单细胞转录组数据 | 865名患者,其中266人发生CKD复合结局 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6792 | 2025-10-06 |
Multi-tissue single-cell analysis deconstructs the complex programs of mouse natural killer and type 1 innate lymphoid cells in tissues and circulation
2021-06-08, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2021.03.024
PMID:33945787
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研究论文 | 通过多组织单细胞分析解构小鼠自然杀伤细胞和1型先天淋巴样细胞在组织和循环系统中的复杂程序 | 首次通过多组织单细胞RNA测序系统比较不同组织中NK细胞和ILC1细胞的基因表达程序,并发现肿瘤环境中循环NK细胞程序的重塑 | 研究仅限于小鼠模型,人类样本验证不足 | 解析小鼠不同组织中自然杀伤细胞和1型先天淋巴样细胞的异质性和功能特征 | 小鼠NK1.1NKp46细胞(包括NK细胞和ILC1细胞) | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 来自血液、脾脏、多种组织和实体肿瘤的小鼠NK1.1NKp46细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6793 | 2025-10-06 |
A unique macrophage subpopulation signals directly to progenitor cells to promote regenerative neurogenesis in the zebrafish spinal cord
2021-06-07, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2021.04.031
PMID:34033756
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和细胞特异性操作,揭示了斑马鱼脊髓损伤后特定巨噬细胞亚群直接信号传导至祖细胞促进再生性神经发生的新机制 | 首次发现促再生巨噬细胞通过TNFa-Tnfrsf1a信号轴直接激活祖细胞的AP-1活性,而非通过发育信号通路,这一机制在哺乳动物中不存在 | 研究仅基于斑马鱼模型,尚未在哺乳动物中验证其适用性 | 探究免疫细胞在脊髓再生性神经发生中的直接信号传导机制 | 斑马鱼脊髓损伤模型中的巨噬细胞和神经祖细胞 | 发育生物学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序,细胞类型特异性操作 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6794 | 2025-10-06 |
Naive stem cell blastocyst model captures human embryo lineage segregation
2021-06-03, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2021.04.031
PMID:33957081
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研究论文 | 本研究开发了一种通过自我组织生成的人类胚胎模型(类囊胚),能够模拟人类囊胚的谱系分离过程 | 首次通过短暂诱导滋养外胚层,在3天内形成具有三个组织层的囊胚样结构,实现了高保真度的人类胚胎谱系分离 | NA | 建立可扩展的人类胚胎研究实验模型 | 人类幼稚多能细胞和由此生成的类囊胚结构 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6795 | 2025-10-06 |
Pro-cachectic factors link experimental and human chronic kidney disease to skeletal muscle wasting programs
2021-06-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI135821
PMID:34060483
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研究论文 | 本研究揭示了慢性肾脏病中肾脏与骨骼肌之间的信号交流机制,发现促恶病质因子在肌肉萎缩中的作用 | 首次通过单细胞测序技术识别了肾脏特定细胞群中activin A的表达,并验证了其在慢性肾脏病诱导肌肉萎缩中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证仍需进一步研究 | 探究慢性肾脏病与骨骼肌萎缩之间的分子机制 | 慢性肾脏病患者和实验小鼠模型 | 分子生物学 | 慢性肾脏病 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 多种实验性CKD小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6796 | 2025-10-06 |
Secreted inhibitors drive the loss of regeneration competence in Xenopus limbs
2021-06-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.199158
PMID:34105722
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析和体外再生肢体培养,揭示了非洲爪蟾肢体再生能力丧失的分子机制 | 发现再生能力缺失的蝌蚪中分泌抑制因子(如Noggin)富集是抑制顶端外胚层嵴细胞形成的关键因素 | 研究主要基于非洲爪蟾模型,在高等脊椎动物中的应用效果仍需验证 | 探究非洲爪蟾肢体再生能力丧失的分子机制和细胞调控因子 | 非洲爪蟾蝌蚪的肢体再生过程 | 发育生物学 | 组织再生障碍 | 单细胞转录组测序, 体外器官培养 | NA | 转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
6797 | 2025-10-06 |
Ultra-high-throughput single-cell RNA sequencing and perturbation screening with combinatorial fluidic indexing
2021-06, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-021-01153-z
PMID:34059827
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研究论文 | 开发了一种名为scifi-RNA-seq的超高通量单细胞RNA测序技术,通过组合流体索引实现百万级细胞的成本效益测序 | 结合细胞内组合预索引与微流控技术,可解析过载液滴中的单个转录组,实现数千样本的多重检测 | NA | 开发高通量单细胞测序技术以支持细胞图谱项目和扰动筛选 | 人类和小鼠细胞系、原代人类T细胞 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞RNA测序,CRISPR筛选 | NA | 单细胞转录组数据 | 数百万个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq,微流控技术 | scifi-RNA-seq | 组合流体索引单细胞RNA测序技术,结合细胞内预索引和微流控液滴系统 |
6798 | 2025-10-06 |
Targeted single-cell RNA sequencing of transcription factors enhances the identification of cell types and trajectories
2021-06, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.273961.120
PMID:34011578
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研究论文 | 开发了一种靶向转录因子的单细胞RNA测序方法,可增强细胞类型和发育轨迹的识别能力 | 提出了靶向约1000个转录因子的scCapture-seq方法,显著提高了低表达基因的检测灵敏度 | 仅针对转录因子进行靶向测序,可能忽略其他重要基因的表达信息 | 改进单细胞RNA测序技术,提高对细胞类型和发育轨迹的分辨能力 | iPSC来源的神经元培养物 | 单细胞测序技术 | NA | 靶向单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | scCapture-seq(靶向转录因子单细胞测序) |
6799 | 2025-10-06 |
Clonally expanded EOMES+ Tr1-like cells in primary and metastatic tumors are associated with disease progression
2021-06, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-021-00930-4
PMID:34017124
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研究论文 | 通过单细胞转录组学发现EOMES+ Tr1样细胞在肿瘤中的克隆扩增与疾病进展相关 | 首次鉴定出EOMES+ Tr1样细胞亚群在原发性及转移性肿瘤中克隆扩增,并与疾病进展和免疫治疗反应相关 | 研究仅限于结直肠癌和非小细胞肺癌,未涉及其他肿瘤类型 | 探索肿瘤浸润T细胞的异质性及其在肿瘤免疫中的作用 | 原发性及转移性结直肠癌和非小细胞肺癌的CD4 T细胞 | 单细胞生物学 | 结直肠癌, 非小细胞肺癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6800 | 2025-10-06 |
Evolutionary genetic algorithm identifies IL2RB as a potential predictive biomarker for immune-checkpoint therapy in colorectal cancer
2021-Jun, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqab016
PMID:33928242
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研究论文 | 本研究通过进化遗传算法ACE从TCGA数据中识别出IL2RB作为结直肠癌免疫检查点治疗的潜在预测生物标志物 | 开发了新型进化算法ACE挖掘TCGA数据中的临床关联,首次发现IL2RB与免疫检查点基因在结直肠癌中的广泛联系 | 研究主要基于生物信息学分析和回顾性数据验证,需要进一步前瞻性临床研究确认其临床效用 | 识别结直肠癌免疫检查点治疗的预测生物标志物 | 结直肠癌患者和相关的基因表达数据 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学,基因表达分析 | 进化遗传算法 | 基因表达数据,单细胞RNA测序数据,免疫组织化学图像 | TCGA结肠腺癌数据集和115例MSI-H结肠癌组织微阵列样本 | NA | 单细胞RNA测序,免疫组织化学 | NA | NA |