单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27474 篇文献，本页显示第 6781 - 6800 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6781 | 2024-10-29 |
Machine learning-based gene expression biomarkers to distinguish Zika and Dengue virus infections: implications for diagnosis
2024-Sep, Virusdisease
DOI:10.1007/s13337-024-00885-8
PMID:39464736
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研究论文 | 本研究利用机器学习算法和生物信息学分析，识别用于区分寨卡病毒和登革病毒感染的基因生物标志物 | 本研究首次使用机器学习算法和生物信息学分析，识别出10个基因生物标志物，用于区分寨卡病毒和登革病毒感染 | 本研究的结果需要进一步的实验验证 | 识别用于区分寨卡病毒和登革病毒感染的基因生物标志物，以改进诊断方法 | 寨卡病毒和登革病毒感染 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 逻辑回归、支持向量机、随机森林、决策树 | 基因表达数据 | GSE110496数据集中的24小时时间点的单细胞RNA测序数据 |
| 6782 | 2024-10-30 |
A review on advancements in feature selection and feature extraction for high-dimensional NGS data analysis
2024-Aug-19, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-024-01415-x
PMID:39158621
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综述 | 本文综述了用于高维NGS数据分析的特征选择和特征提取技术的最新进展 | 本文系统比较了各种统计学、机器学习和深度学习方法在NGS和微阵列数据解释中的应用 | 本文主要关注技术综述，未提供具体实验验证 | 探讨如何通过特征选择和特征提取技术提高高维NGS数据的分析效率和模型性能 | NGS和微阵列数据 | 机器学习 | NA | NGS | NA | 基因组学、转录组学、蛋白质组学和宏基因组学数据 | NA |
| 6783 | 2024-10-30 |
Precision oncology in neurofibromatosis type 1: quantification of differential sensitivity to selumetinib in plexiform neurofibromas using single-cell RNA sequencing
2024-Aug, Journal of neuro-oncology
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s11060-024-04711-5
PMID:38739187
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术量化了神经纤维瘤1型中丛状神经纤维瘤对selumetinib的差异敏感性 | 首次使用单细胞RNA测序技术在单细胞水平上量化药物反应，揭示了selumetinib在神经纤维瘤1型中的差异敏感性 | 样本量较小，仅包括七个丛状神经纤维瘤 | 验证单细胞RNA测序技术在量化神经纤维瘤1型中丛状神经纤维瘤对selumetinib敏感性方面的应用 | 神经纤维瘤1型中的丛状神经纤维瘤 | 数字病理学 | 神经纤维瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 七个丛状神经纤维瘤，共658个Schwann细胞（中位数） |
| 6784 | 2024-10-30 |
EmptyDropsMultiome discriminates real cells from background in single-cell multiomics assays
2024-05-13, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03259-x
PMID:38741206
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研究论文 | 本文开发了一种名为EmptyDropsMultiome的方法，用于区分单细胞多组学测序中的真实细胞和背景 | EmptyDropsMultiome在统计能力和准确性上优于现有的方法，如CellRanger-arc和EmptyDrops | NA | 开发一种新的方法来提高单细胞多组学测序中真实细胞的识别率 | 单细胞多组学测序中的真实细胞和背景 | 数字病理学 | NA | scATAC-seq和scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 6785 | 2024-10-30 |
scLENS: data-driven signal detection for unbiased scRNA-seq data analysis
2024-Apr-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-47884-3
PMID:38678050
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研究论文 | 本文开发了一种名为scLENS的降维工具，用于无偏差的单细胞RNA测序数据分析 | scLENS通过L2归一化解决了对数归一化过程中的信号失真问题，并利用随机矩阵理论和信号鲁棒性测试实现了数据驱动的信号维度确定 | NA | 解决单细胞RNA测序数据分析中的信号失真和用户偏差问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 6786 | 2024-10-30 |
Proneural-mesenchymal antagonism dominates the patterns of phenotypic heterogeneity in glioblastoma
2024-Mar-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.109184
PMID:38433919
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研究论文 | 研究探讨了胶质母细胞瘤（GBM）表型异质性的分子亚型及其相互关系 | 通过基因和基因签名的成对相关性分析，揭示了GBM中proneural和mesenchymal亚型之间的主要对抗关系，并提出了重新思考GBM表型特征化的建议 | NA | 探讨胶质母细胞瘤表型异质性的分子亚型及其相互关系 | 胶质母细胞瘤（GBM）的表型异质性及其分子亚型 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 超过100个单细胞和bulk转录组数据集 |
| 6787 | 2024-10-30 |
A mouse model of Zhu-Tokita-Takenouchi-Kim syndrome reveals indispensable SON functions in organ development and hematopoiesis
2024-Mar-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.175053
PMID:38290089
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研究论文 | 本文开发了一种Zhu-Tokita-Takenouchi-Kim综合征的小鼠模型，揭示了SON基因在器官发育和造血中的不可或缺的作用 | 首次建立了Zhu-Tokita-Takenouchi-Kim综合征的小鼠模型，并揭示了SON基因在器官发育和造血中的关键作用 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证 | 研究SON基因在器官发育和造血中的作用，并开发一种罕见疾病的研究工具 | Zhu-Tokita-Takenouchi-Kim综合征的小鼠模型及其在器官发育和造血中的作用 | NA | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据 | Son+/−小鼠 |
| 6788 | 2024-10-30 |
Unraveling the role of M1 macrophage and CXCL9 in predicting immune checkpoint inhibitor efficacy through multicohort analysis and single-cell RNA sequencing
2024-Mar, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.471
PMID:38434763
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研究论文 | 研究探讨了M1巨噬细胞和CXCL9在预测免疫检查点抑制剂疗效中的作用，通过多队列分析和单细胞RNA测序进行了综合分析 | 开发了一种基于M1巨噬细胞、CXCL9和APOBEC3G相关基因的多层次注意力图神经网络模型，用于预测免疫检查点抑制剂的疗效 | NA | 探讨M1巨噬细胞和CXCL9在预测免疫检查点抑制剂疗效中的作用 | M1巨噬细胞、CXCL9和APOBEC3G在免疫检查点抑制剂疗效预测中的作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 多层次注意力图神经网络 | 基因表达数据 | 多队列样本 |
| 6789 | 2024-10-30 |
Defining and targeting macrophage heterogeneity in the mammary gland and breast cancer
2024-Feb, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.7053
PMID:38426622
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综述 | 本文综述了乳腺组织和乳腺癌中巨噬细胞的异质性及其在正常乳腺发育和癌症进展中的作用 | 利用单细胞RNA测序技术揭示了巨噬细胞在正常乳腺和乳腺癌组织中的细微异质性 | NA | 探讨巨噬细胞在乳腺发育和乳腺癌中的异质性及其潜在的治疗靶点 | 乳腺组织中的常驻巨噬细胞和乳腺癌中的肿瘤相关巨噬细胞 | NA | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 6790 | 2024-10-30 |
SAW: an efficient and accurate data analysis workflow for Stereo-seq spatial transcriptomics
2024, GigaByte (Hong Kong, China)
DOI:10.46471/gigabyte.111
PMID:38434930
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研究论文 | 本文介绍了一种高效且准确的空间转录组数据分析工作流程SAW，用于处理Stereo-seq技术生成的大规模数据 | 开发了名为Stereo-seq分析工作流程（SAW）的高性能和准确的空间转录组数据分析工具，显著提高了处理速度和效率 | NA | 提高空间转录组数据分析的效率和准确性 | 空间转录组数据分析中的基因表达信息 | 生物信息学 | NA | 空间转录组技术（Stereo-seq） | NA | 转录组数据 | 1 GB reads 1 × 1 cm芯片测试数据 |
| 6791 | 2024-10-30 |
Acyloxyacyl Hydrolase Protects against Kidney Injury via Inhibition of Tubular CD74-Macrophage Crosstalk
2024, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.91237
PMID:38904010
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研究论文 | 研究了乙酰氧乙酰水解酶（AOAH）通过抑制肾小管上皮细胞CD74信号通路来保护肾脏免受损伤和纤维化的作用 | 首次揭示了AOAH在肾脏损伤中的保护作用，并提出了通过靶向肾脏AOAH来预防肾纤维化进展的策略 | 研究主要基于动物模型，尚未在人体中验证AOAH的作用 | 探讨AOAH在肾脏损伤和纤维化中的作用及其机制 | 乙酰氧乙酰水解酶（AOAH）、肾小管上皮细胞（PTECs）、巨噬细胞 | NA | 慢性肾脏疾病 | 单细胞RNA测序（ScRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 使用了野生型（WT）和AOAH缺失的小鼠模型 |
| 6792 | 2024-10-30 |
CD8 T cells induce the peritubular capillary rarefaction during AKI to CKD transition
2024, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.96812
PMID:38904017
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研究论文 | 研究探讨了CD8 T细胞在急性肾损伤（AKI）向慢性肾病（CKD）转变过程中诱导肾小管周围毛细血管稀疏的作用 | 首次揭示了CD8 T细胞通过CXCL16-CXCR6途径介导的巨噬细胞招募，诱导内皮细胞凋亡，从而在AKI向CKD转变过程中导致肾小管周围毛细血管稀疏 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证其机制 | 探讨AKI向CKD转变过程中CD8 T细胞的作用机制 | CD8 T细胞在AKI向CKD转变中的作用及其机制 | NA | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型中的单细胞RNA测序数据 |
| 6793 | 2024-10-30 |
Single-cell RNA-Seq analysis of molecular changes during radiation-induced skin injury: the involvement of Nur77
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.100417
PMID:39346541
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了辐射诱导皮肤损伤过程中分子变化和细胞间通讯，并探讨了Nur77在其中的作用 | 首次在单细胞水平上揭示了辐射诱导皮肤损伤过程中的分子变化和细胞间通讯，并发现了Nur77作为潜在的治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型和辐射事故患者的皮肤样本，结果的外推性可能有限 | 阐明辐射诱导皮肤损伤过程中单细胞水平的分子变化和细胞间通讯 | 辐射诱导皮肤损伤过程中单细胞水平的分子变化和细胞间通讯 | 数字病理学 | 辐射损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 人类皮肤样本11个细胞群，大鼠皮肤样本13个细胞群 |
| 6794 | 2024-10-30 |
Seeing or believing in hyperplexed spatial proteomics via antibodies: New and old biases for an image-based technology
2024, Biological imaging
DOI:10.1017/S2633903X24000138
PMID:39464237
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研究论文 | 本文重新评估了通过抗体免疫检测进行超复用空间蛋白质组学（即>15个标记）的各个步骤，发现人眼在图像分割、信号阈值设定、抗体验证和图标渲染等过程中存在局限性 | 本文提出了BRAQUE工具，能够在标记无关的方式下从低信噪比的标记中提取粒度信息，并发现现有抗体在超复用免疫染色中的非预期染色结果，强调了更新抗体特异性定义的必要性 | 人眼在区分灰度和亮度水平方面存在局限性，且仅选择包含可见信号的图像进行分析 | 重新评估超复用空间蛋白质组学中的各个步骤，探讨人眼在其中的作用及其局限性 | 超复用空间蛋白质组学中的图像分割、信号阈值设定、抗体验证和图标渲染等步骤 | 数字病理学 | NA | 抗体免疫检测 | NA | 图像 | 公共人类淋巴结数据集 |
| 6795 | 2024-10-30 |
Integrating anoikis and ErbB signaling insights with machine learning and single-cell analysis for predicting prognosis and immune-targeted therapy outcomes in hepatocellular carcinoma
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1446961
PMID:39464883
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研究论文 | 本研究通过整合凋亡和ErbB信号通路，利用机器学习和单细胞分析技术，预测肝细胞癌的预后和免疫靶向治疗效果 | 开发了Anoikis-ErbB相关签名（AERS）模型，用于预测肝细胞癌的预后和免疫靶向治疗效果 | NA | 预测肝细胞癌的预后和免疫靶向治疗效果 | 肝细胞癌患者的预后和免疫靶向治疗效果 | 机器学习 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO + RSF | 基因表达数据 | 包括TCGA、ICGC和三个独立验证队列以及内部队列的数据 |
| 6796 | 2024-10-30 |
Gastrointestinal stromal tumors regulate macrophage M2 polarization through the MIF/CXCR4 axis to immune escape
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1431535
PMID:39464891
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研究论文 | 研究胃肠道间质瘤（GIST）中免疫细胞的浸润及其在肿瘤进展中的作用 | 发现MIF/CXCR4轴是巨噬细胞与肿瘤细胞之间最常见的配体-受体相互作用，并揭示了GIST细胞通过该轴调节巨噬细胞M2极化的机制 | 仅限于体外实验和80个GIST样本的免疫组化分析，缺乏更大规模和更全面的体内研究 | 探讨GIST中浸润免疫细胞的类型及其与肿瘤进展的关系 | 胃肠道间质瘤（GIST）中的免疫细胞浸润及其作用 | 数字病理学 | 胃肠道间质瘤 | 单细胞RNA测序、免疫组化、流式细胞术、实时PCR | NA | RNA | 80个GIST样本 |
| 6797 | 2024-10-30 |
Single-cell RNA-seq analysis revealed the stemness of a specific cluster of B cells in acute lymphoblastic leukemia progression
2024, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.18296
PMID:39465162
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了急性淋巴细胞白血病进展中B细胞的干细胞特性 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了急性淋巴细胞白血病中B细胞的干细胞特性及其在疾病进展中的关键作用 | 研究样本仅来自GEO数据库，可能存在数据偏差；未涉及临床试验验证 | 探讨急性淋巴细胞白血病中B细胞在调节免疫微环境中的关键作用 | 急性淋巴细胞白血病中的B细胞 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 急性淋巴细胞白血病和健康样本的单细胞RNA测序数据 |
| 6798 | 2024-10-30 |
Integration of ubiquitination-related genes in predictive signatures for prognosis and immunotherapy response in sarcoma
2024, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2024.1446522
PMID:39469643
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研究论文 | 研究分析了泛素化相关基因在肉瘤中的表达模式、预后意义及其机制，并构建了预测模型 | 首次系统分析了泛素化相关基因在肉瘤中的表达模式及其预后意义，并构建了预测模型 | 研究主要基于公共数据库和临床样本，缺乏大规模前瞻性临床试验验证 | 探讨泛素化相关基因在肉瘤中的表达模式及其预后意义，并构建预测模型 | 泛素化相关基因在肉瘤中的表达及其预后意义 | 数字病理学 | 肉瘤 | RT-qPCR | LASSO-Cox回归 | 基因表达数据 | TCGA-SARC数据库中的样本及GEO数据库和临床组织样本 |
| 6799 | 2024-10-30 |
Unraveling Vulnerabilities in Endocrine Therapy-Resistant HER2+/ER+ Breast Cancer
2023-Nov-02, Endocrinology
IF:3.8Q2
DOI:10.1210/endocr/bqad159
PMID:37897495
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研究论文 | 本研究开发并表征了两种内分泌治疗耐药的HER2+/ER+乳腺癌体外模型，以识别可能的治疗脆弱性 | 本研究首次开发了两种长期雌激素剥夺的细胞系，并结合全基因组测序和单细胞RNA测序，揭示了HER2+/ER+乳腺癌内分泌治疗耐药的分子机制和代谢重塑 | 本研究仅限于体外模型，尚未在临床环境中验证其发现 | 识别HER2+/ER+乳腺癌内分泌治疗耐药的潜在治疗靶点 | HER2+/ER+乳腺癌细胞系及其内分泌治疗耐药变异体 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 全基因组测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 两种HER2+/ER+乳腺癌细胞系及其长期雌激素剥夺变异体 |
| 6800 | 2024-10-30 |
A hybrid machine learning and regression method for cell type deconvolution of spatial barcoding-based transcriptomic data
2023-Aug-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.24.554722
PMID:37662370
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研究论文 | 本文介绍了一种混合机器学习和回归方法SDePER，用于空间条形码转录组数据的细胞类型反卷积 | SDePER方法通过机器学习去除ST和scRNA-seq数据之间的系统差异（平台效应），并考虑了细胞类型的稀疏性和空间相关性 | NA | 开发一种新的方法来提高空间条形码转录组数据的细胞类型反卷积的准确性和鲁棒性 | 空间条形码转录组数据和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 混合机器学习和回归模型 | 转录组数据 | 四个真实数据集和模拟数据 |