本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
6781 | 2025-10-06 |
De novo generation of macrophage from placenta-derived hemogenic endothelium
2021-07-26, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2021.06.005
PMID:34197725
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现胎盘来源的内皮细胞具有造血潜能并能产生巨噬细胞 | 首次揭示胎盘内皮细胞具有造血潜能并能产生称为霍夫鲍尔细胞样细胞的胎盘巨噬细胞,并鉴定出两种亚型 | 研究仅限于小鼠模型,人类胎盘造血潜能尚需验证 | 探索胚胎其他部位是否能够产生巨噬细胞 | 小鼠胎儿胎盘造血系统 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序,谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
6782 | 2025-10-06 |
Inhibition of lung tumorigenesis by a small molecule CA170 targeting the immune checkpoint protein VISTA
2021-07-23, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-021-02381-x
PMID:34302042
|
研究论文 | 本研究通过小分子CA170靶向免疫检查点蛋白VISTA抑制肺癌发生 | 首次使用三肽小分子VISTA拮抗剂CA170联合KRAS疫苗实现肺癌发生的几乎完全抑制 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人体验证 | 探索靶向VISTA的小分子拮抗剂在肺癌免疫治疗中的疗效 | 致癌物诱导的小鼠肺癌模型 | 癌症免疫治疗 | 肺癌 | 流式细胞术,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,细胞表型数据 | 小鼠肺癌模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6783 | 2025-10-06 |
Human oral mucosa cell atlas reveals a stromal-neutrophil axis regulating tissue immunity
2021-07-22, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2021.05.013
PMID:34129837
|
研究论文 | 构建人类口腔黏膜单细胞转录组图谱,揭示基质细胞-中性粒细胞轴在组织免疫调控中的作用 | 首次系统揭示口腔黏膜基质细胞通过促进抗菌防御和中性粒细胞招募调控组织免疫平衡的新机制 | NA | 解析口腔黏膜组织特异性病理生理机制 | 健康个体和牙周炎患者的口腔黏膜组织 | 单细胞组学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6784 | 2025-10-06 |
Role of Tim4 in the regulation of ABCA1+ adipose tissue macrophages and post-prandial cholesterol levels
2021-07-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-24684-7
PMID:34290249
|
研究论文 | 本研究探讨Tim4在脂肪组织巨噬细胞调控餐后胆固醇转运中的作用 | 首次发现Tim4通过调节溶酶体功能调控餐后高密度脂蛋白胆固醇释放的新机制 | 研究主要依赖小鼠模型,人类临床相关性尚需验证 | 阐明脂肪组织巨噬细胞调控餐后胆固醇转运的分子机制 | 脂肪组织巨噬细胞和餐后胆固醇代谢 | 免疫代谢 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,骨髓嵌合体模型,细胞清除实验 | NA | 基因表达数据,代谢数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6785 | 2025-10-06 |
Coordinated changes in gene expression kinetics underlie both mouse and human erythroid maturation
2021-07-05, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02414-y
PMID:34225769
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了小鼠和人类红细胞成熟过程中基因表达动力学的协调性阶跃变化 | 发现红细胞成熟过程中存在基因表达动力学的协调性阶跃变化,突破了当前RNA速度分析框架的假设限制 | 当前RNA速度分析工具无法处理表达动力学随时间变化的情况 | 研究红细胞成熟过程中的基因表达动力学特征 | 小鼠胚胎和人类胎儿肝细胞 | 单细胞基因组学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序 | RNA速度分析 | 单细胞转录组数据 | 小鼠胚胎时间序列数据集和Gata1缺失嵌合体胚胎 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6786 | 2025-10-06 |
Genome-wide CRISPRi/a screens in human neurons link lysosomal failure to ferroptosis
2021-07, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-021-00862-0
PMID:34031600
|
研究论文 | 通过人类神经元中的全基因组CRISPRi/a筛选,揭示了溶酶体功能障碍与铁死亡之间的关联机制 | 首次在人类神经元中开展全基因组CRISPR干扰和激活筛选,建立了跨细胞类型系统比较基因功能的CRISPRbrain数据平台 | 研究主要聚焦神经元对慢性氧化应激的反应,其他细胞类型的验证相对有限 | 系统理解细胞类型特异性基因功能,特别是神经元在氧化应激下的响应机制 | 人类神经元细胞 | 功能基因组学 | 神经退行性疾病 | CRISPR干扰, CRISPR激活, 单细胞转录组学 | CRISPRi/a筛选系统 | 基因表达数据, 功能基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6787 | 2025-10-06 |
The co-chaperone Fkbp5 shapes the acute stress response in the paraventricular nucleus of the hypothalamus of male mice
2021-07, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-021-01044-x
PMID:33649453
|
研究论文 | 本研究揭示了Fkbp5在下丘脑室旁核中通过细胞类型特异性方式调节HPA轴活性和急性应激反应的关键作用 | 首次阐明Fkbp5在PVN中通过细胞类型特异性机制调节HPA轴活性,特别是在Crh神经元中的特异性表达和作用 | 研究仅针对雄性小鼠,未涉及雌性动物;Crh特异性Fkbp5过表达仅部分重现PVN特异性表型 | 阐明Fkbp5在下丘脑室旁核中调节HPA轴活性和急性应激反应的具体机制 | 雄性小鼠的下丘脑室旁核神经元,特别是Sim1神经元和Crh神经元 | 神经科学 | 应激相关疾病 | 单细胞RNA测序,基因敲除,基因过表达 | NA | 基因表达数据,神经元活动数据 | 未明确说明样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6788 | 2025-10-06 |
Functionally distinct POMC-expressing neuron subpopulations in hypothalamus revealed by intersectional targeting
2021-07, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-021-00854-0
PMID:34002087
|
研究论文 | 本研究通过交叉遗传学方法揭示了表达POMC的下丘脑神经元中功能不同的亚群 | 开发了新型小鼠模型,首次实现了对表达瘦素受体和胰高血糖素样肽-1受体的不同POMC神经元亚群进行标记、翻译组分析和功能表征 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类或其他物种中验证 | 探究下丘脑中POMC表达神经元异质性的分子基础和功能后果 | 小鼠下丘脑弓状核中的POMC表达神经元 | 神经科学 | 代谢性疾病 | 电生理记录、单细胞测序、交叉Cre/Dre依赖性重组 | 遗传工程小鼠模型 | 电生理数据、单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6789 | 2025-10-06 |
A single cell atlas of human cornea that defines its development, limbal progenitor cells and their interactions with the immune cells
2021-07, The ocular surface
DOI:10.1016/j.jtos.2021.03.010
PMID:33865984
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和ATAC测序构建了人类角膜从胚胎发育到成年的全面细胞图谱 | 首次在单细胞水平上定义了角膜发育过程、识别了新的角膜缘祖细胞表面标志物GPHA2,并揭示了免疫细胞与角膜缘祖细胞的相互作用 | 样本数量相对有限(4例成人和17例胚胎/胎儿角膜),且主要基于10x Genomics平台的技术分析 | 构建人类角膜发育和成年的单细胞图谱,研究角膜缘祖细胞及其与免疫细胞的相互作用 | 人类角膜和相邻结膜组织,包括成人、胚胎和胎儿样本 | 单细胞组学 | 角膜疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 免疫荧光分析, RNA干扰 | Seurat图聚类, UMAP嵌入, 伪时序分析 | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据, 免疫荧光图像 | 21,343个成人角膜细胞和89,897个胚胎/胎儿角膜细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞测序平台 |
6790 | 2025-10-06 |
Human Dermal Fibroblast Subpopulations Are Conserved across Single-Cell RNA Sequencing Studies
2021-07, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2020.11.028
PMID:33385399
|
研究论文 | 通过重新分析13,823个人类成人真皮成纤维细胞的单细胞RNA测序数据,确定了三个主要类型和十个亚型的成纤维细胞分类体系 | 首次整合多个单细胞RNA测序数据集,揭示了人类真皮成纤维细胞的保守亚群分类,提出了包含3个主要类型和10个亚型的统一分类框架 | 研究仅基于已发表的测序数据,未进行新的实验验证;分析局限于成人健康皮肤样本 | 解决单细胞RNA测序研究中成纤维细胞亚群分类不一致的问题,建立统一的分类标准 | 人类成人真皮成纤维细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 13,823个人类成人真皮成纤维细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6791 | 2025-10-06 |
Pooled CRISPR-activation screening coupled with single-cell RNA-seq in mouse embryonic stem cells
2021-06-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100426
PMID:33899013
|
研究论文 | 介绍在小鼠胚胎干细胞中使用10x Genomics单细胞RNA测序进行汇集CRISPR激活筛选的实验方案 | 将汇集CRISPR激活筛选与单细胞RNA测序相结合,能够在细胞水平无偏倚地并行评估基因功能 | NA | 开发一种评估基因功能和调控的实验方法 | 小鼠胚胎干细胞 | 基因组学 | NA | CRISPR/Cas9筛选, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
6792 | 2025-10-06 |
Obtaining purified human intestinal epithelia for single-cell analysis and organoid culture
2021-06-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100597
PMID:34169291
|
方法论文 | 介绍从人类胎儿和儿童肠道组织中制备高活性上皮单细胞悬液的实验方案 | 开发了适用于人类胎儿和儿童肠道组织的标准化上皮细胞分离方案,支持单细胞分析和类器官培养 | 仅针对肠道上皮细胞,未涉及其他肠道细胞类型;依赖特定组织来源 | 建立人类肠道上皮细胞的单细胞分离和类器官培养技术方案 | 人类胎儿和儿童肠道组织 | 单细胞分析 | NA | 单细胞RNA测序,类器官培养 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 人类胎儿和儿童肠道组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6793 | 2025-10-06 |
Advances and Opportunities in Single-Cell Transcriptomics for Plant Research
2021-06-17, Annual review of plant biology
IF:21.3Q1
|
综述 | 本文综述了植物单细胞转录组学的主要进展,并提供了从样本制备到数据分析的实用指南 | 全面总结了植物单细胞转录组学的最新技术进展,并展望了未来发展方向 | 作为综述文章,不包含原始研究数据和实验验证 | 促进植物单细胞转录组学技术的发展和推广应用 | 植物生物系统 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6794 | 2025-10-06 |
Analysis of single-cell RNA sequencing data based on autoencoders
2021-Jun-08, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-021-04150-3
PMID:34103004
|
研究论文 | 开发了一个基于自编码器的单细胞RNA测序数据分析工具scAEspy | 整合了四种先进自编码器并开发了两种新型自编码器,提供多种损失函数选择,可与批次效应去除工具结合使用 | 工具仍需用户定义两个参数,且目前主要针对单细胞RNA测序数据 | 改进单细胞RNA测序数据的下游分析,特别是数据降维和数据集整合 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 自编码器(Autoencoders) | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6795 | 2025-10-06 |
Ovarian tumors orchestrate distinct cellular compositions
2021-06-08, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2021.05.014
PMID:34107269
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析卵巢癌微环境中不同细胞群的组成及相互作用 | 首次在单细胞水平系统描绘卵巢癌微环境中肿瘤细胞、免疫细胞和基质细胞间的相互作用网络 | NA | 探究肿瘤T细胞浸润的决定因素及卵巢癌微环境的细胞组成特征 | 卵巢癌微环境中的肿瘤细胞、免疫细胞和基质细胞 | 单细胞组学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6796 | 2025-10-06 |
Urinary EGF and MCP-1 and risk of CKD after cardiac surgery
2021-06-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.147464
PMID:33974569
|
研究论文 | 本研究评估尿液EGF和MCP-1作为心脏手术后慢性肾病风险的预测标志物 | 首次将反映细胞完整性的EGF和炎症标志物MCP-1联合用于预测心脏手术后长期肾脏结局,并利用单细胞RNA测序验证其分子机制 | 研究仅纳入两个中心的患者,样本代表性可能有限 | 评估尿液生物标志物对心脏手术后慢性肾病风险的预测价值 | 865名接受心脏手术的成年患者 | 肾脏病学 | 慢性肾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq) | NA | 尿液样本、单细胞转录组数据 | 865名患者,其中266人发生CKD复合结局 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6797 | 2025-10-06 |
Multi-tissue single-cell analysis deconstructs the complex programs of mouse natural killer and type 1 innate lymphoid cells in tissues and circulation
2021-06-08, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2021.03.024
PMID:33945787
|
研究论文 | 通过多组织单细胞分析解构小鼠自然杀伤细胞和1型先天淋巴样细胞在组织和循环系统中的复杂程序 | 首次通过多组织单细胞RNA测序系统比较不同组织中NK细胞和ILC1细胞的基因表达程序,并发现肿瘤环境中循环NK细胞程序的重塑 | 研究仅限于小鼠模型,人类样本验证不足 | 解析小鼠不同组织中自然杀伤细胞和1型先天淋巴样细胞的异质性和功能特征 | 小鼠NK1.1NKp46细胞(包括NK细胞和ILC1细胞) | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 来自血液、脾脏、多种组织和实体肿瘤的小鼠NK1.1NKp46细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6798 | 2025-10-06 |
A unique macrophage subpopulation signals directly to progenitor cells to promote regenerative neurogenesis in the zebrafish spinal cord
2021-06-07, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2021.04.031
PMID:34033756
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和细胞特异性操作,揭示了斑马鱼脊髓损伤后特定巨噬细胞亚群直接信号传导至祖细胞促进再生性神经发生的新机制 | 首次发现促再生巨噬细胞通过TNFa-Tnfrsf1a信号轴直接激活祖细胞的AP-1活性,而非通过发育信号通路,这一机制在哺乳动物中不存在 | 研究仅基于斑马鱼模型,尚未在哺乳动物中验证其适用性 | 探究免疫细胞在脊髓再生性神经发生中的直接信号传导机制 | 斑马鱼脊髓损伤模型中的巨噬细胞和神经祖细胞 | 发育生物学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序,细胞类型特异性操作 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6799 | 2025-10-06 |
Naive stem cell blastocyst model captures human embryo lineage segregation
2021-06-03, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2021.04.031
PMID:33957081
|
研究论文 | 本研究开发了一种通过自我组织生成的人类胚胎模型(类囊胚),能够模拟人类囊胚的谱系分离过程 | 首次通过短暂诱导滋养外胚层,在3天内形成具有三个组织层的囊胚样结构,实现了高保真度的人类胚胎谱系分离 | NA | 建立可扩展的人类胚胎研究实验模型 | 人类幼稚多能细胞和由此生成的类囊胚结构 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6800 | 2025-10-06 |
Pro-cachectic factors link experimental and human chronic kidney disease to skeletal muscle wasting programs
2021-06-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI135821
PMID:34060483
|
研究论文 | 本研究揭示了慢性肾脏病中肾脏与骨骼肌之间的信号交流机制,发现促恶病质因子在肌肉萎缩中的作用 | 首次通过单细胞测序技术识别了肾脏特定细胞群中activin A的表达,并验证了其在慢性肾脏病诱导肌肉萎缩中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证仍需进一步研究 | 探究慢性肾脏病与骨骼肌萎缩之间的分子机制 | 慢性肾脏病患者和实验小鼠模型 | 分子生物学 | 慢性肾脏病 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 多种实验性CKD小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |