单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
661	2025-07-22	Discovery and characterization of dietary antigens in oral tolerance 2024-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.26.593976 PMID:38853977	研究论文	该研究发现了玉米、小麦和大豆中引发免疫耐受的T细胞受体及其对应表位，并揭示了这些特异性T细胞的免疫抑制特性	首次鉴定了玉米、小麦和大豆中引发免疫耐受的T细胞受体及其对应表位，揭示了这些表位来源于种子储存蛋白，并展示了这些特异性T细胞的免疫抑制特性	研究仅限于小鼠模型，未在人类中验证	探索食物抗原如何通过调节性T细胞在肠道中引发免疫耐受	玉米、小麦和大豆中的T细胞表位及其特异性T细胞	免疫学	食物过敏	表达克隆、MHC四聚体技术、RNA测序	NA	分子生物学数据、RNA测序数据	小鼠模型中的T细胞
662	2025-07-22	Batf3+ DCs and the 4-1BB/4-1BBL axis are required at the effector phase in the tumor microenvironment for PD-1/PD-L1 blockade efficacy 2024-05-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114141 PMID:38656869	研究论文	本文揭示了Batf3谱系树突状细胞（DCs）及其4-1BB/4-1BBL轴在肿瘤微环境（TME）中对PD-1/PD-L1阻断疗效的关键作用	首次明确了Batf3谱系DCs在TME中通过4-1BBL提供正向共刺激信号，促进CD8 T细胞功能恢复和肿瘤消退的机制	研究主要基于小鼠模型和有限的人类肿瘤样本，需要更大规模的临床验证	阐明PD-1/PD-L1阻断治疗中TME内T细胞再激活的细胞信号来源	Batf3谱系树突状细胞、CD8 T细胞和4-1BB/4-1BBL轴	肿瘤免疫学	癌症	流式细胞术、基因靶向小鼠、阻断抗体研究、免疫荧光和空间转录组学	NA	流式细胞数据、基因表达数据、空间转录组数据和免疫荧光图像	基因靶向小鼠模型和人类肿瘤样本（具体数量未明确说明）
663	2025-07-22	Nextflow pipeline for Visium and H&E data from patient-derived xenograft samples 2024-May-20, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100759 PMID:38626768	研究论文	设计了一个基于Nextflow DSL2的管道STQ，用于同时处理10x Genomics Visium空间转录组数据和匹配的H&E染色全切片图像，针对患者来源的异种移植(PDX)癌症样本进行了优化	开发了一个能够同时处理空间转录组数据和H&E图像的管道，支持双参考基因组输入和独立图像分析	仅在四个黑色素瘤PDX样本上展示了管道的实用性，样本量较小	优化患者来源的异种移植(PDX)癌症样本的空间转录组和H&E图像数据处理	患者来源的异种移植(PDX)癌症样本	数字病理学	黑色素瘤	10x Genomics Visium空间转录组测序, H&E染色	Nextflow DSL2	空间转录组数据, H&E图像	四个黑色素瘤PDX样本
664	2025-07-22	Determination of permissive and restraining cancer-associated fibroblast (DeCAF) subtypes 2024-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.14.594197 PMID:38798565	研究论文	该研究开发了一个名为DeCAF的单样本分类器，用于分类临床上的限制性和允许性癌症相关成纤维细胞(CAF)亚型，并在多种肿瘤类型中验证其临床相关性	将单细胞RNA测序衍生的CAF亚群特异性标记基因转化为批量RNA测序数据，开发了DeCAF分类器，并在多种肿瘤类型中验证其临床适用性	研究仅验证了四种肿瘤类型(胰腺导管腺癌、间皮瘤、膀胱癌和肾细胞癌)，其他肿瘤类型的适用性尚不明确	开发一个能够分类癌症相关成纤维细胞亚型的工具，并验证其临床相关性	癌症相关成纤维细胞(CAF)亚群	生物信息学	胰腺癌,间皮瘤,膀胱癌,肾细胞癌	单细胞RNA测序(scRNAseq),批量RNA测序(bulk RNAseq)	单样本分类器(DeCAF)	RNA测序数据	19个独立的批量转录组数据集(涵盖四种肿瘤类型)
665	2025-07-22	Genetic and transcriptomic landscape of colonic diverticulosis 2024-05-10, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2023-331267 PMID:38443061	研究论文	本研究通过遗传和转录组学分析，探讨结肠憩室病的遗传和细胞决定因素及其与其他胃肠道疾病的关系	首次通过整合DNA和RNA测序数据，结合单细胞RNA-seq和全基因组关联研究，揭示了结肠憩室病的遗传和转录组学特征	样本量相对有限（404例），且仅针对结肠组织进行分析	揭示结肠憩室病的遗传和细胞机制及其与其他胃肠道疾病的关联	404例结肠憩室病患者（172例）和对照者（232例）的结肠组织	遗传学与转录组学	结肠憩室病	DNA测序、RNA测序、单细胞RNA-seq、全基因组关联研究（GWAS）、孟德尔随机化（MR）	多基因风险评分（PRS）	基因组和转录组数据	404例（172例患者和232例对照）
666	2025-07-22	Single-Cell Analyses Offer Insights into the Different Remodeling Programs of Arteries and Veins 2024-05-07, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13100793 PMID:38786017	研究论文	本研究通过单细胞分析对比了人类外周动脉和静脉在细胞水平上的差异，重点关注具有重塑潜能的细胞群体	首次在单细胞水平上系统比较了动脉和静脉的细胞组成和转录程序差异，揭示了静脉成纤维细胞在血管重塑中的独特作用	样本量相对有限（30名器官捐赠者），且仅研究了上肢血管	探究动脉和静脉在疾病发生和损伤反应中差异的生物学基础	人类外周动脉（肱动脉）和静脉（贵要静脉/头静脉）	单细胞生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序、蛋白质组学、流式细胞术、组织学	NA	单细胞转录组数据、蛋白质组数据、流式细胞数据、组织学图像	30名器官捐赠者的上肢动脉和静脉样本
667	2025-07-22	A Mettl16/m6A/mybl2b/Igf2bp1 axis ensures cell cycle progression of embryonic hematopoietic stem and progenitor cells 2024-May, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-024-00082-9 PMID:38605226	research paper	本研究揭示了METTL16介导的RNA m6A修饰在胚胎造血干细胞和祖细胞（HSPCs）细胞周期进程中的关键作用	首次发现METTL16通过m6A修饰调控mybl2b mRNA稳定性，进而影响HSPCs的G1/S期进程，并证明该轴在人类中保守	研究主要基于斑马鱼模型，人类细胞中的验证数据有限	阐明METTL16介导的RNA m6A修饰在胚胎发育早期HSPCs细胞周期调控中的作用机制	斑马鱼和人类的造血干细胞和祖细胞（HSPCs）	分子生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	斑马鱼基因敲除模型	RNA测序数据	NA
668	2025-07-22	Fine-mapping analysis including over 254,000 East Asian and European descendants identifies 136 putative colorectal cancer susceptibility genes 2024-Apr-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47399-x PMID:38670944	研究论文	本研究通过精细定位分析，结合东亚和欧洲后裔的大规模GWAS数据，鉴定了136个潜在的结直肠癌易感基因	发现了56个之前未报告的结直肠癌易感基因，并揭示了与结直肠癌风险相关的新通路	研究依赖于已有的GWAS数据，可能未覆盖所有潜在的遗传变异	精细定位已知的结直肠癌风险位点，鉴定因果变异和目标基因	100,204例结直肠癌患者和154,587例对照的GWAS数据，以及来自1,299和321个体的结直肠组织特异性转录组和甲基化数据	基因组学	结直肠癌	GWAS, cis-eQTL/mQTL分析, 单细胞RNA-seq, 全外显子组测序	NA	基因组数据, 转录组数据, 甲基化数据	254,791名东亚和欧洲后裔（100,204例患者和154,587例对照），以及1,299和321个体的组织特异性数据
669	2025-07-22	Single cell analysis reveals the roles and regulatory mechanisms of type-I interferons in Parkinson's disease 2024-04-02, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-024-01590-1 PMID:38566100	研究论文	本研究通过单细胞分析揭示了I型干扰素在帕金森病中的角色及其调控机制	首次在单细胞水平上系统描述了I型干扰素在不同细胞类型中的特征及其在帕金森病中的调控机制，并鉴定出转录因子NFATc2作为关键调控因子	样本量相对较小(5例PD患者和6例健康对照)，且主要基于生物信息学分析，部分机制需进一步实验验证	探究I型干扰素在帕金森病神经炎症中的具体作用机制	帕金森病患者和健康对照的单细胞RNA测序数据，MPTP诱导的PD小鼠模型，MPP诱导的BV2细胞模型	生物信息学	帕金森病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，AUCell评分，monocle轨迹分析，SCENIC分析	MPTP诱导的PD小鼠模型，MPP诱导的BV2细胞模型	单细胞RNA测序数据	5例PD患者和6例健康对照的39,024个单细胞RNA测序结果
670	2025-07-22	Regional analysis to delineate intrasample heterogeneity with RegionalST 2024-03-29, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae186 PMID:38579257	research paper	介绍了一种名为RegionalST的计算方法，用于分析空间转录组数据中的样本内异质性	首次提出了一种能够量化细胞类型混合与相互作用、识别感兴趣子区域并进行跨区域细胞类型特异性差异分析的计算方法	未提及具体的技术限制或数据局限性	开发计算工具以解决空间转录组数据分析中的跨区域信息利用问题	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术	NA	空间转录组数据	未提及具体样本数量
671	2025-07-22	Single-Cell RNA-Seq Analysis of Patient Myeloid-Derived Suppressor Cells and the Response to Inhibition of Bruton's Tyrosine Kinase 2024-03-01, Molecular cancer research : MCR IF:4.1Q2 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-22-0572 PMID:38015751	研究论文	通过单细胞RNA测序分析患者髓源性抑制细胞及其对布鲁顿酪氨酸激酶抑制的反应	首次使用单细胞RNA测序技术分析BTK抑制剂ibrutinib对不同癌症患者MDSC基因表达的影响	研究仅针对有限数量的癌症类型（乳腺癌、黑色素瘤、头颈部鳞状细胞癌）	研究BTK抑制剂ibrutinib对MDSC基因表达的影响及其在免疫检查点治疗中的作用	髓源性抑制细胞（MDSC）	生物医学	癌症（乳腺癌、黑色素瘤、头颈部鳞状细胞癌）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	来自乳腺癌、黑色素瘤和头颈部鳞状细胞癌患者的MDSC样本
672	2025-07-22	Diacylglycerols and Lysophosphatidic Acid, Enriched on Lipoprotein(a), Contribute to Monocyte Inflammation 2024-03, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.319937 PMID:38269588	研究论文	研究脂蛋白(a)中的二酰基甘油和溶血磷脂酸对单核细胞炎症的影响	首次发现脂蛋白(a)中的二酰基甘油和溶血磷脂酸在单核细胞炎症中的作用，并揭示了其通过NLRP3炎症小体的部分机制	样本量较小（高Lp(a)组12人，低/正常组13人），且为体外实验，需进一步体内验证	探索脂蛋白(a)中除氧化磷脂外其他促炎介质的致动脉粥样硬化作用	人类单核细胞、动脉粥样硬化斑块	心血管疾病研究	心血管疾病	非靶向脂质组学、RNA测序、ELISA、Western blot、跨内皮迁移实验、免疫荧光染色、单细胞RNA测序	NA	脂质组学数据、基因表达数据、蛋白质数据	25人（高Lp(a)组12人，低/正常组13人）+动脉粥样硬化斑块样本
673	2025-07-22	Bioengineered hydrogels enhance ex vivo preservation of patient-derived tumor explants for drug evaluation 2024-03, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2023.122460 PMID:38246018	研究论文	本文展示了生物工程水凝胶如何通过识别关键基质参数显著提高患者来源肿瘤切片（PDTS）的体外存活率，相较于传统培养系统	利用生物工程水凝胶增强PDTS的存活率，并保持肿瘤微环境中细胞-细胞通信网络，包括免疫检查点配体-受体相互作用	研究主要针对头颈癌患者，可能不适用于其他类型的癌症	提高患者来源肿瘤切片的体外存活率，以更好地评估药物效果	患者来源的肿瘤切片（PDTS）	生物医学工程	头颈癌	单细胞RNA测序、高维流式细胞术	NA	分子读数、细胞群数据	患者来源的肿瘤切片（具体数量未提及）
674	2025-07-22	Exercise mitigates flow recirculation and activates metabolic transducer SCD1 to catalyze vascular protective metabolites 2024-02-16, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adj7481 PMID:38354249	研究论文	该研究探讨了运动如何通过激活代谢转导酶SCD1来促进血管保护性代谢物的产生，从而减轻血管炎症反应	揭示了运动通过增加内皮SCD1表达，催化抗炎脂质代谢物OA和PA，减轻NF-κB介导的炎症反应的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究运动对血管保护的代谢转导机制	野生型小鼠和SCD1缺失小鼠	心血管疾病	心血管疾病	非靶向代谢组学分析、计算机模拟分析、单细胞转录组学	小鼠模型	代谢组数据、转录组数据	未明确说明小鼠数量
675	2025-07-22	Single-cell sequencing reveals Hippo signaling as a driver of fibrosis in hidradenitis suppurativa 2024-Feb-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI169225 PMID:38051587	研究论文	通过单细胞测序揭示Hippo信号通路在化脓性汗腺炎纤维化中的作用	整合单细胞RNA测序、空间转录组学和免疫染色技术，首次全面描述了慢性化脓性汗腺炎的发病机制，并发现Hippo信号通路在促进纤维化中的核心作用	NA	探索化脓性汗腺炎的发病机制，特别是纤维化的分子机制	化脓性汗腺炎患者的组织样本	数字病理学	化脓性汗腺炎	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫染色	NA	RNA测序数据, 图像数据	NA
676	2025-07-22	Myeloid and lymphoid expression of C9orf72 regulates IL-17A signaling in mice 2024-01-31, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adg7895 PMID:38295187	研究论文	研究探讨了C9orf72在髓系和淋巴系细胞中对IL-17A信号通路的调控作用及其在ALS和FTD中的潜在机制	揭示了C9orf72通过调控CD80表达和IL-17A信号通路在神经炎症中的作用，为ALS和FTD的治疗提供了新靶点	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究C9orf72突变在ALS和FTD中引发自身免疫和炎症的分子机制	小鼠造血祖细胞、人类脊髓小胶质细胞	神经免疫学	肌萎缩侧索硬化症(ALS)、额颞叶痴呆(FTD)	条件性突变、质谱流式细胞术、单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	未明确说明具体样本数量，涉及多种细胞类型和小鼠组织
677	2025-07-22	Integrative genotyping of cancer and immune phenotypes by long-read sequencing 2024-01-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44137-7 PMID:38167262	研究论文	开发了一种名为nanoranger的长读长测序工作流程和分析管道，用于检测细胞谱系定义特征，包括单核苷酸变异、融合基因、异构体、嵌合抗原和TCR序列	提出了一种灵活的长读长测序工作流程nanoranger，能够从单细胞cDNA文库中检测多种细胞谱系定义特征，克服了短读长测序的限制	需要进一步验证nanoranger在其他癌症类型和更大样本量中的适用性	改进单细胞肿瘤和免疫细胞共进化的追踪方法	急性髓系白血病(AML)亚克隆和骨髓浸润免疫细胞	基因组学	急性髓系白血病	长读长测序	NA	基因组数据	数千个骨髓浸润免疫细胞
678	2025-07-22	BIOINFORMATICS APPLICATIONS UNDER CONDITION CONTROL: HIGH DIAGNOSTIC VALUE OF DDX47 IN REAL MEDICAL SETTINGS 2024-01-01, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002199 PMID:37553903	研究论文	本研究提出了一种基于真实医疗场景的条件控制方法，用于识别具有诊断价值的差异基因，并验证了DDX47在脓毒症和感染性休克中的诊断价值	提出了一种新的条件控制方法，用于在真实医疗场景中识别差异基因，并发现DDX47在多种场景下具有优越的诊断价值	研究仅基于三个数据集，且部分数据来自公共数据库，可能存在样本选择偏差	探索脓毒症和感染性休克的早期诊断方法	脓毒症和感染性休克患者	生物信息学	脓毒症	基因表达谱分析、单细胞测序	NA	基因表达数据	三个数据集，包括来自Gene Expression Omnibus数据库的两个数据集和四川大学华西医院2020-2021年ICU患者的第三个数据集
679	2025-07-22	Digital spatial profiling of segmental outflow regions in trabecular meshwork reveals a role for ADAM15 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0298802 PMID:38394161	研究论文	本研究利用空间转录组学方法识别与眼小梁网高或低流出区域相关的基因，探讨其对房水流出的潜在影响	首次应用NanoString GeoMx数字空间分析平台定位眼小梁网分段流出区域的基因表达差异，发现ADAM15等基因在调节ECM/整合素活性中的新作用	研究基于体外器官培养模型，可能与体内生理条件存在差异；样本量未明确说明	探究眼小梁网分段流出区域的分子机制	人类眼前节器官培养物中的小梁网组织	数字病理	青光眼	空间转录组学（NanoString GeoMx DSP平台）、免疫标记	NA	空间转录组数据、荧光标记图像	NA（未明确说明样本数量）
680	2025-07-22	SINGLE-CELL TRANSCRIPTOME ANALYSIS IN HEALTH AND DISEASE 2024-01-01, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002274 PMID:37962963	综述	本文提供了单细胞转录组分析在健康和疾病研究中的广泛应用概述	单细胞转录组分析能够揭示组织中的细胞多样性和复杂性，并检测细胞基因表达的随机性	NA	探讨单细胞转录组分析在健康和疾病研究中的应用	单细胞转录组	生物信息学	多种疾病	RNA测序	NA	转录组数据	NA