单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
661	2025-06-02	Integration of Single-Cell and Bulk Transcriptome to Reveal an Endothelial Transition Signature Predicting Bladder Cancer Prognosis 2025-Apr-28, Biology DOI:10.3390/biology14050486 PMID:40427675	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量转录组数据，揭示了预测膀胱癌预后的内皮细胞过渡特征	发现了一种新的内皮细胞过渡特征，并构建了一个优于现有模型的膀胱癌预后预测模型	研究主要基于TCGA数据，可能需要在更多独立队列中进行验证	揭示内皮细胞过渡特征及其在膀胱癌预后预测中的应用	内皮细胞（特别是tip-to-capillary ECs亚群）和膀胱癌患者	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序，机器学习	多种机器学习技术整合模型	转录组数据	TCGA-BLCA、GSE32894、GSE32548和GSE70691队列数据
662	2025-06-02	FPCAM: A Weighted Dictionary-Driven Model for Single-Cell Annotation in Pulmonary Fibrosis 2025-Apr-26, Biology DOI:10.3390/biology14050479 PMID:40427668	研究论文	本文介绍了一种名为FPCAM的全自动肺纤维化细胞类型注释模型，旨在解决现有注释工具在参考数据集依赖、标记基因异质性和人工干预引入的主观偏差等方面的局限性	FPCAM利用上调标记基因矩阵和针对肺纤维化手动整理的基因-细胞关联词典，通过相似性矩阵构建和优化匹配算法，实现了准确高效的细胞类型注释	NA	开发一种高效、灵活且准确的细胞类型识别解决方案，用于肺纤维化及其他相关疾病的scRNA-seq研究	肺纤维化细胞类型注释	数字病理学	肺纤维化	scRNA-seq	FPCAM	基因表达数据	外部验证数据集GSE135893
663	2025-06-02	Lifting the curse from high-dimensional data: automated projection pursuit clustering for a variety of biological data modalities 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaf052 PMID:40440093	research paper	本文提出了一种名为自动投影追踪（APP）的无监督聚类方法，用于处理高维生物数据	通过将高维数据顺序投影到低维表示中，减轻了维度诅咒的影响	NA	开发一种新的聚类方法以更有效地分析高维生物数据	高维生物数据，包括转录组学、蛋白质组学和单细胞组学数据	machine learning	NA	unsupervised clustering, projection pursuit	APP	high-dimensional biological data	多种生物数据模态，包括流式和质谱细胞仪数据、scRNA-seq、多重成像数据和T细胞受体库数据
664	2025-06-02	A glutamine metabolism gene signature with prognostic and predictive value for colorectal cancer survival and immunotherapy response 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1599141 PMID:40443528	research paper	该研究构建了一个基于谷氨酰胺代谢基因的评分系统GLMscore，用于预测结直肠癌患者的生存预后和免疫治疗反应	创新性地构建了GLMscore评分系统，整合多组学数据揭示了谷氨酰胺代谢在结直肠癌中的生物学特征及其与免疫微环境和微生物组的关联	研究结果需要在更大规模的前瞻性队列中进行验证	探索谷氨酰胺代谢在结直肠癌进展和治疗反应中的作用，并开发预测工具	结直肠癌患者	digital pathology	colorectal cancer	transcriptome sequencing, 16S rRNA gene sequencing, scRNA-seq	NA	transcriptomic data, microbiome data, pathological images	多个队列的结直肠癌患者数据
665	2025-06-02	Single-cell RNA-seq uncovers lineage-specific regulatory alterations of fibroblasts and endothelial cells in ligamentum flavum hypertrophy 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1569296 PMID:40443657	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究韧带黄韧带肥大中成纤维细胞和内皮细胞的谱系特异性调控变化	首次在韧带黄韧带肥大中鉴定出五种不同的成纤维细胞亚群，并揭示了间充质成纤维细胞亚群与疾病发病机制的密切关联	未明确说明样本量是否足够大以覆盖所有可能的细胞亚群变异	建立韧带黄韧带的单细胞图谱，为腰椎管狭窄症的药物治疗确定高优先级靶点	韧带黄韧带肥大中的成纤维细胞和内皮细胞	数字病理学	腰椎管狭窄症	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	未明确说明
666	2025-06-02	TSPAN4+ fibroblasts coordinate metastatic niche assembly through migrasome-driven metabolic reprogramming and stromal-immune crosstalk in pancreatic adenocarcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1594879 PMID:40443671	research paper	该研究探讨了TSPAN4+成纤维细胞在胰腺癌转移中的关键作用，通过迁移体驱动的代谢重编程和基质-免疫细胞互作协调转移微环境的组装	首次揭示TSPAN4+成纤维细胞通过迁移体介导的机制调控胰腺癌转移微环境，并阐明其与免疫细胞的互作网络	研究主要基于单细胞和空间转录组数据，需要更多体内实验验证TSPAN4靶向治疗的实际效果	探索胰腺癌转移微环境中的关键调控细胞及其作用机制	胰腺癌组织中的TSPAN4+成纤维细胞及其与免疫细胞的互作	digital pathology	pancreatic cancer	scRNA-seq, 空间转录组, siRNA转染, qRT-PCR	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	整合GEO和TCGA数据库数据，具体样本量未明确说明
667	2025-06-02	Single cell atlas of canine natural killer cells identifies distinct circulating and tissue resident gene profiles 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1571085 PMID:40443661	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究犬类自然杀伤细胞（NK细胞）在不同组织中的基因表达特征，并与人类NK细胞进行比较	首次构建了犬类NK细胞在不同组织中的单细胞图谱，并揭示了与人类NK细胞的跨物种同源性	研究仅限于犬类和人类NK细胞的比较，未涉及其他物种	深入理解犬类NK细胞的异质性，为优化跨物种NK免疫治疗提供依据	犬类和人类的自然杀伤细胞（NK细胞）	免疫学	癌症	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	来自血液、肺、肝、脾和胎盘的犬类NK细胞，以及来自相同组织的人类NK细胞
668	2025-06-02	Optimizing single cell RNA sequencing of stem cells. A streamlined workflow for enhanced sensitivity and reproducibility in hematopoietic studies. The use of human umbilical cord blood-derived hematopoietic stem and progenitor cells 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1590889 PMID:40443736	研究论文	本文优化了造血干细胞和祖细胞（HSPCs）的单细胞RNA测序（scRNA-seq）工作流程，以提高灵敏度和可重复性	优化了scRNA-seq协议，并提出了将CD34+和CD133+ HSPCs数据集合并为“伪批量”分析的创新方法	研究样本数量有限，可能影响结果的普遍性	在分子水平上比较CD34+和CD133+ HSPCs的转录组差异	人脐带血来源的造血干细胞和祖细胞（HSPCs）	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞分选（FACS）	UMAP（均匀流形逼近与投影）	RNA测序数据	有限数量的人脐带血细胞
669	2025-06-02	Integrated single-cell and transcriptome sequencing data reveal the value of IL1RAP in gastric cancer microenvironment and prognosis 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1584619 PMID:40444099	研究论文	通过整合单细胞和转录组测序数据，揭示了IL1RAP在胃癌微环境和预后中的价值	首次通过机器学习和单细胞数据分析，揭示了IL1RAP在胃癌微环境中的关键作用及其作为免疫治疗疗效预测因子的潜力	研究依赖于公共数据集，缺乏实验验证	探究IL1RAP在胃癌微环境中的作用及其对预后的影响	胃癌患者	数字病理学	胃癌	单细胞测序、转录组测序、机器学习	机器学习算法（未指定具体模型）	转录组数据、单细胞数据	胃癌患者的公共数据集（未明确样本数量）
670	2025-06-02	Multifactoral immune modulation potentiates durable remission in multiple models of aggressive malignancy 2024-May-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202302675R PMID:38738472	研究论文	研究报道了一种独特的免疫调节和细胞抑制剂组合，能够重塑肿瘤微环境并消除多种复杂和/或预后不良的肿瘤类型	提出了一种针对多种肿瘤模型的多因素免疫调节策略，显示出持久的抗肿瘤效果	研究结果主要基于动物模型，尚未在临床试验中得到验证	探索多因素免疫调节策略在治疗多种恶性肿瘤中的效果	非免疫原性4T-1三阴性乳腺癌模型、侵袭性MOC-2头颈鳞癌模型和高风险MYCN扩增神经母细胞瘤模型	肿瘤免疫治疗	三阴性乳腺癌、头颈鳞癌、神经母细胞瘤	scRNA-seq	NA	基因表达数据	多种肿瘤模型动物
671	2025-06-02	CoCo-ST: Comparing and Contrasting Spatial Transcriptomics data sets using graph contrastive learning 2024-May-20, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4359834/v1 PMID:38826463	研究论文	提出了一种名为CoCo-ST的图对比学习特征表示方法，用于比较和对比空间转录组数据集，以克服传统特征降维方法的局限性	通过结合代表正常组织的背景数据集，增强了在代表癌前组织的目标数据集中识别有趣模式的能力，同时减少了背景和目标数据集共享的显性共同模式的影响	NA	改进空间转录组数据的特征表示方法，以更好地识别生物相关特征	小鼠癌前肺组织样本的空间转录组数据	生物信息学	肺癌	空间转录组学	图对比学习	空间转录组数据	NA
672	2025-06-02	Caspase-Mediated Regulation and Cellular Heterogeneity of the cGAS/STING Pathway in Kaposi's Sarcoma-Associated Herpesvirus Infection 2022-12-20, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.02446-22 PMID:36255240	research paper	该研究揭示了卡波西肉瘤相关疱疹病毒（KSHV）如何利用caspase活性抑制cGAS DNA传感器，从而阻断I型干扰素（IFN）的抗病毒反应	发现了caspase活性在KSHV裂解复制过程中抑制cGAS的新机制，并通过单细胞RNA测序揭示了极少数IFN-β产生细胞介导的强效抗病毒状态	对caspase如何拮抗KSHV感染期间的IFN信号传导机制理解仍不充分	探究KSHV感染中caspase调节cGAS/STING通路及I型IFN信号的分子机制	卡波西肉瘤相关疱疹病毒（KSHV）感染的细胞	病毒免疫学	卡波西肉瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
673	2025-06-02	Fifty Shades of Microglia 2019-07, Trends in neurosciences IF:14.6Q1 DOI:10.1016/j.tins.2019.03.010 PMID:31005331	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术分析了小鼠不同解剖区域、发育阶段和脑病理类型中的小胶质细胞，并对多发性硬化症患者的小胶质细胞进行了转录组学表征	首次在多发性硬化症患者中进行了小胶质细胞的转录组学表征，并发现了物种间表型保守的小胶质细胞亚群	研究主要基于小鼠模型，人类样本仅涉及多发性硬化症患者	探索小胶质细胞在脑发育和疾病中的时空异质性	小鼠和人类的小胶质细胞	神经科学	多发性硬化症	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
674	2025-06-01	IGFBP7: A novel biomarker involved in a positive feedback loop with TGF-β1 in idiopathic pulmonary fibrosis 2025-Sep, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111867 PMID:40381971	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，鉴定出与特发性肺纤维化(IPF)密切相关的四个枢纽基因，并确认IGFBP7作为一种新型生物标志物，揭示了其与TGF-β1信号通路的正反馈循环在IPF发病机制中的作用	首次发现IGFBP7作为IPF的新型生物标志物，并揭示其与TGF-β1信号通路形成的正反馈循环机制	研究主要基于公共数据集和体外实验，需要进一步临床验证	探索IPF的新型生物标志物以改善诊断和治疗策略	特发性肺纤维化(IPF)患者样本和细胞模型	生物医学研究	肺纤维化	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序, 双免疫荧光染色	NA	RNA测序数据	公共数据集分析（具体数量未明确说明）
675	2025-06-01	New insights into cancer immune checkpoints landscape from single-cell RNA sequencing 2025-Jul, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189298 PMID:40088992	综述	本文综述了单细胞RNA测序在癌症免疫检查点阻断治疗中的应用，揭示了肿瘤微环境的异质性及其对治疗反应的影响	利用单细胞RNA测序技术高分辨率描绘了免疫检查点之间的功能相互作用，识别了新的免疫检查点作为潜在治疗靶点	未提及具体样本量或实验设计的局限性	探讨免疫检查点阻断治疗的疗效差异机制及潜在新靶点	肿瘤微环境中的免疫细胞和肿瘤细胞	肿瘤免疫学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
676	2025-06-01	Snail1 as a key prognostic biomarker of cancer-associated fibroblasts in breast tumors 2025-Jul, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189316 PMID:40222423	综述	本文总结了癌症相关成纤维细胞（CAFs）在乳腺癌中的研究进展，特别是Snail1作为关键预后生物标志物的作用	揭示了Snail1在CAFs中的表达与恶性肿瘤的关联，并发现了一个新的与Snail1相关的基因特征，具有预后潜力	主要基于已有研究和患者样本的总结，缺乏新的实验数据验证	探讨CAFs在乳腺癌中的异质性及其预后价值，特别是Snail1的作用	乳腺癌患者样本和小鼠模型中的CAFs	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
677	2025-06-01	Prediction of Clinically Significant Prostate Cancer by a Specific Collagen-related Transcriptome, Proteome, and Urinome Signature 2025-Jun, European urology oncology IF:8.3Q1 DOI:10.1016/j.euo.2024.05.014 PMID:38851995	研究论文	通过胶原相关转录组、蛋白质组和尿液组特征预测临床显著性前列腺癌	研究发现胶原相关基因和蛋白质在前列腺癌中的差异表达，并建立了基于胶原的机器学习模型，其预测性能优于PSA和年龄，与mpMRI相当	研究的回顾性性质是一个限制	分析胶原相关转录组、蛋白质组和尿液组变化以检测临床显著性前列腺癌	前列腺癌患者	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序, 机器学习	机器学习模型	转录组数据, 蛋白质组数据, 尿液组数据	转录组(n=1393), 蛋白质组(n=104), 尿液组(n=923)
678	2025-06-01	Construction and validation of a regulatory T cells-based classification of renal cell carcinoma: an integrated bioinformatic analysis and clinical cohort study 2025-Jun, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands) DOI:10.1007/s13402-024-01030-9 PMID:39714755	研究论文	通过整合生物信息学分析和临床队列研究，构建并验证了基于调节性T细胞的肾细胞癌分类系统	首次定义了44个与Treg状态相关的预后基因，并构建了RCC-TSC分类系统，揭示了高免疫浸润肾细胞癌亚型的预后和治疗意义	研究主要基于回顾性数据，需要前瞻性研究进一步验证	探索调节性T细胞与肾细胞癌异质性的关系，并建立预后分类系统	肾细胞癌患者	数字病理学	肾细胞癌	单细胞RNA测序、免疫组化染色	monocle2伪时间分析、多变量Cox比例风险回归分析	RNA-seq数据、临床数据	TCGA-KIRC队列的537个RNA-seq样本和新华队列的370例肾肿瘤患者
679	2025-06-01	ENPP1 promotes immune suppression, drug resistance, and adverse outcomes in bladder cancer: Potential for targeted therapy 2025-Jun, Cancer genetics IF:1.4Q4 DOI:10.1016/j.cancergen.2025.03.001 PMID:40058167	research paper	本研究探讨了ENPP1在膀胱癌中的表达及其对肿瘤进展、凋亡和免疫微环境的影响	首次系统研究了ENPP1在膀胱癌中的作用机制，并发现其与免疫抑制、药物耐药性和不良预后的关联	样本量相对较小（36例患者），且主要基于体外细胞实验和生物信息学分析	探索ENPP1在膀胱癌中的作用及其作为治疗靶点的潜力	膀胱癌组织和细胞系	肿瘤学	膀胱癌	RT-qPCR、Western blotting、免疫组化、scRNA-seq	NA	基因表达数据、临床数据、单细胞RNA测序数据	TCGA-BLCA和GEO数据集中的膀胱癌样本，以及36例本地临床膀胱癌患者样本
680	2025-06-01	Characterizing the Cellular Constituents of Proximal Airway Disease in Granulomatosis With Polyangiitis 2025-Jun, Otolaryngology--head and neck surgery : official journal of American Academy of Otolaryngology-Head and Neck Surgery DOI:10.1002/ohn.1197 PMID:40062629	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了肉芽肿性多血管炎(GPA)患者近端气道黏膜的细胞组成，揭示了GPA风险基因在免疫细胞中的定位及其独特的炎症T细胞亚群	首次使用单细胞RNA测序技术全面解析GPA气道疾病的细胞组成，并发现GPA特有的CD4-/CD8-炎症T细胞亚群	研究样本量较小(n=9 GPA患者)，且为单中心研究	阐明GPA近端气道疾病的细胞组成和发病机制	肉芽肿性多血管炎(GPA)患者的近端气道黏膜组织	数字病理学	肉芽肿性多血管炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Monocle 3(用于伪时间分析)	RNA测序数据	GPA患者9例，特发性声门下狭窄(iSGS)7例，插管后近端狭窄(PIPS)5例，对照10例