单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
661	2025-05-01	Orthologous marker groups reveal broad cell identity conservation across plant single-cell transcriptomes 2025-01-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55755-0 PMID:39747890	research paper	提出了一种名为Orthologous Marker Gene Groups (OMGs)的新计算方法，用于识别植物单细胞转录组中的细胞类型，并促进跨物种细胞类型的快速比较	开发了OMGs方法，无需跨物种数据整合即可准确确定物种间细胞相似性，并推出了用户友好的OMG浏览器工具	依赖于已发表的单细胞数据，可能受限于数据质量和注释的准确性	提高植物单细胞RNA测序中细胞类型识别的准确性并研究细胞类型的保守性	植物单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	15种不同植物物种的100万个细胞，268个细胞簇
662	2025-05-01	Physiological premature aging of ovarian blood vessels leads to decline in fertility in middle-aged mice 2025-01-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55509-y PMID:39747922	研究论文	该研究通过全器官成像和单细胞测序技术，揭示了中年小鼠卵巢血管过早老化导致生育能力下降的机制	首次发现卵巢血管内皮细胞老化是导致卵巢血管密度下降的主要原因，而非VEGFA不足，并验证了红景天苷对改善卵巢血管功能和生育能力的潜在治疗作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究中年女性生育能力下降的机制并寻找潜在干预策略	中年雌性小鼠的卵巢血管系统	生殖生物学	生殖衰老	全器官成像、单细胞测序、基因修饰小鼠模型	NA	图像数据、单细胞测序数据	未明确说明数量的小鼠样本
663	2025-05-01	Single-nuclei RNA-sequencing fails to detect molecular dysregulation in the preeclamptic placenta 2025-Jan, Placenta IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.placenta.2024.12.011 PMID:39733647	research paper	该研究通过单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单核RNA测序(snRNA-seq)比较了两种方法在检测胎盘分子失调方面的效果	揭示了在早发型子痫前期(EPE)中，scRNA-seq在检测基因、分子和成熟转录本方面的优势，以及snRNA-seq在采样成熟合体滋养层细胞方面的效率	snRNA-seq在所有胎盘细胞类别中都存在环境滋养层污染，且对绒毛外滋养层、基质、血管系统和免疫细胞的转录本分析不够全面	比较scRNA-seq和snRNA-seq在胎盘转录组学研究中的敏感性和细胞类型检测能力	早发型子痫前期(EPE)和早期特发性对照(ECT)的胎盘样本	基因组学	子痫前期	scRNA-seq, snRNA-seq	NA	RNA-seq数据	45,836个细胞和27,078个核，来自10例EPE和3例ECT（细胞数据），7例EPE和2例ECT（核数据）
664	2025-05-01	Dissecting tumor transcriptional heterogeneity from single-cell RNA-seq data by generalized binary covariance decomposition 2025-Jan, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01997-z PMID:39747597	research paper	该研究提出了一种名为广义二元协方差分解（GBCD）的统计方法，用于从单细胞RNA测序数据中解析肿瘤转录异质性	GBCD方法能够将转录异质性分解为可解释的组分，包括患者特异性、数据集特异性以及与疾病亚型相关的共享组分，且在存在强烈肿瘤间异质性的情况下，比现有方法产生更可解释的结果	NA	解析肿瘤转录异质性，识别与癌症进展相关的转录变异模式	胰腺导管腺癌的单细胞RNA测序数据	生物信息学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	广义二元协方差分解（GBCD）	单细胞RNA测序数据	NA
665	2025-05-01	Decoding the role of SLC25A5 in osteosarcoma drug resistance and CD8+ T cell exhaustion: The therapeutic potential of phyllanthin 2025-Jan, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2024.156291 PMID:39752785	research paper	该研究通过单细胞RNA测序数据集全面分析肿瘤免疫微环境（TIME），探讨SLC25A5在骨肉瘤耐药性和CD8+ T细胞耗竭中的作用，并评估phyllanthin的治疗潜力	首次揭示了SLC25A5在骨肉瘤中的致病作用及其通过改变TIME和促进CD8+ T细胞耗竭影响化疗敏感性的机制，并提出phyllanthin作为新型治疗剂	研究主要基于单细胞RNA测序数据和体外实验，缺乏体内实验验证	探究骨肉瘤的发病机制及耐药性，寻找新的治疗策略	骨肉瘤细胞及其肿瘤免疫微环境	digital pathology	osteosarcoma	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	多个单细胞RNA测序数据集
666	2025-05-01	Refining breast cancer genetic risk and biology through multi-ancestry fine-mapping analyses of 192 risk regions 2025-Jan, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-02031-y PMID:39753771	research paper	通过多祖先精细定位分析192个风险区域，优化乳腺癌遗传风险和生物学理解	识别了332个独立的乳腺癌风险关联信号，包括131个先前未报告的信号，并将50个信号的因果变异缩小到单个变异	因果变异和目标基因大部分仍未知	优化乳腺癌遗传风险和生物学理解	172,737名女性乳腺癌病例和242,009名对照（非洲、亚洲和欧洲血统）	genetics	breast cancer	genome-wide association study, single-cell RNA sequencing, in vitro experiments	NA	genomic data	172,737 cases and 242,009 controls
667	2025-05-01	Blood DNA virome associates with autoimmune diseases and COVID-19 2025-Jan, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-02022-z PMID:39753770	研究论文	该研究通过分析日本人群的全基因组测序数据，探讨了血液DNA病毒组与自身免疫疾病及COVID-19的关联	首次在人群规模上系统量化了血液DNA病毒组的两个成分（内源性HHV-6和anellovirus），并揭示了它们与自身免疫疾病及COVID-19的关联	研究主要基于日本人群，结果在其他人群中的普适性有待验证	探索人类病毒组与自身免疫及感染性疾病的关系	6,321名日本个体，包括自身免疫疾病患者（银屑病、类风湿性关节炎、系统性红斑狼疮等）、COVID-19患者及健康对照	基因组学	自身免疫疾病, COVID-19	全基因组测序, 长读长测序, 单细胞RNA测序	GWAS	基因组数据	6,321名日本个体
668	2025-05-01	Linking tumor immune infiltration to enhanced longevity in recurrence-free breast cancer 2025-Jan, ESMO open IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.esmoop.2024.104109 PMID:39765189	研究论文	本研究探讨了B细胞/免疫球蛋白(IGG)特征与乳腺癌患者死亡率风险的关系，发现高IGG特征表达与死亡风险显著降低相关	揭示了IGG特征与乳腺癌患者长期生存的显著关联，特别是在无复发情况下，并识别出与B细胞和T细胞克隆性相关的关键基因子集	研究主要基于回顾性数据分析，需要前瞻性研究验证	探索肿瘤免疫浸润与乳腺癌患者长期生存的关系	9638名乳腺癌患者	肿瘤免疫学	乳腺癌	空间GeoMx分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	9638名乳腺癌患者(来自三个数据集)
669	2025-05-01	Exploring the therapeutic potential of fibroadipogenic progenitors in muscle disease 2025 Jan-Feb, Journal of neuromuscular diseases IF:3.2Q2 DOI:10.1177/22143602241298545 PMID:39973455	review	探讨纤维脂肪生成祖细胞（FAPs）在肌肉疾病中的治疗潜力	利用单细胞RNA测序等新技术深入分析FAPs的功能和特化，揭示其在健康和疾病中的作用	NA	探索FAPs在肌肉疾病中的作用及潜在治疗干预	纤维脂肪生成祖细胞（FAPs）	肌肉生物学	肌病和肌营养不良	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
670	2025-05-01	Intercellular Communication Network of CellChat Uncovers Mechanisms of Kidney Fibrosis Based on Single-Cell RNA Sequencing 2025, Kidney & blood pressure research IF:2.3Q2 DOI:10.1159/000545209 PMID:40112793	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析细胞间通讯网络，探讨了Empagliflozin在非糖尿病慢性肾病模型中减缓肾纤维化的潜在机制	利用单细胞RNA测序技术揭示Empagliflozin通过调节TGF-β信号通路和MIF途径中的细胞间通讯，减少M2巨噬细胞数量，从而减缓肾纤维化的新机制	研究仅基于大鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究Empagliflozin在非糖尿病慢性肾病中减缓肾纤维化的作用机制	5/6肾切除大鼠模型	数字病理学	慢性肾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	三组大鼠：假手术组、5/6肾切除安慰剂组和5/6肾切除Empagliflozin治疗组
671	2025-05-01	Multi-omics Analysis of Histone-related Genes in Osteosarcoma: A Multidimensional Integrated Study Revealing Drug Sensitivity and Immune Microenvironment Characteristics 2025 Jan-Dec, Technology in cancer research & treatment IF:2.7Q3 DOI:10.1177/15330338251336275 PMID:40241525	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序数据和大规模临床信息，系统分析了骨肉瘤中组蛋白修饰的空间异质性及其临床意义	首次系统揭示了骨肉瘤中组蛋白修饰的空间异质性及其临床意义，提出了'表观遗传-免疫'调控网络假说，并开发了基于组蛋白修饰的预后模型	NA	探索骨肉瘤中组蛋白修饰的空间异质性及其临床意义，开发预后模型并提出精准治疗策略	骨肉瘤微环境中的细胞类型及其组蛋白修饰特征	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	LASSO Cox回归	RNA测序数据、临床信息	NA
672	2025-05-01	A novel Wnt/β-catenin signaling gene signature for progression and metastasis of gastric cancer 2025, Oncology research IF:2.0Q3 DOI:10.32604/or.2024.054366 PMID:40296906	研究论文	本研究通过分析Wnt/β-catenin信号通路相关基因，开发了一个用于预测胃癌进展和转移的五基因特征	发现AEBP1和TCF3在细胞核内的协同作用可增强Wnt信号通路相关基因的表达，促进胃癌的侵袭、迁移和恶性转移	研究未涉及大规模临床验证，且基因特征的普适性有待进一步验证	开发预测胃癌预后的基因特征并探索其分子机制	胃癌细胞及相关基因	癌症研究	胃癌	LASSO回归、单细胞RNA测序、双荧光素酶报告基因检测	基因特征模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
673	2025-05-01	Ginkgo biloba extract EGb 761® ameliorates cognitive impairment and alleviates TNFα response in 5xFAD Alzheimer's disease model mice 2025-Jan, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2024.156327 PMID:39778487	research paper	研究银杏叶提取物EGb 761®在5xFAD阿尔茨海默病模型小鼠中改善认知障碍和减轻TNFα反应的药理作用	揭示了EGb 761®通过多模式活性改善认知缺陷，包括性别特异性和非性别特异性机制，特别是对疾病相关小胶质细胞阶段2（DAM2）的影响	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探究EGb 761®在阿尔茨海默病中的药理作用及其分子机制	5xFAD阿尔茨海默病模型小鼠	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	5xFAD小鼠模型	基因表达数据、行为测试数据	8周大的5xFAD和野生型小鼠
674	2025-05-01	Computational Approaches in Spatial Transcriptomics for the Study of Mammalian Spermatogenesis 2025, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-3-031-82990-1_8 PMID:40301257	review	本文综述了用于研究哺乳动物精子发生的空间转录组学计算方法	介绍了空间转录组学技术如何将男性生育研究从单细胞水平扩展到二维空间坐标系统，并探讨了新的计算方法以提取生物学见解	NA	研究哺乳动物精子发生的转录动态及其在原生组织环境中的基因表达模式	啮齿动物和人类睾丸中的精子发生过程	computational biology	male infertility	spatial transcriptomics (ST), single-cell RNA sequencing	NA	spatial gene expression data	NA
675	2025-05-01	Cytokines reprogram airway sensory neurons in asthma 2024-12-24, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115045 PMID:39661516	研究论文	本研究探讨了过敏反应中气道伤害感受神经元的分子变化及其重编程机制	发现了一类特定的炎症性迷走神经伤害感受神经元，并揭示了IL-1β、IL-13和BDNF在神经元重编程中的作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究过敏反应中伤害感受神经元获得促炎特性的机制	气道伤害感受神经元	神经免疫学	哮喘	逆行追踪、谱系报告、单细胞RNA测序	卵清蛋白诱导的小鼠过敏性气道炎症模型	基因表达数据、免疫细胞数据	小鼠模型
676	2025-05-01	Cellular heterogeneity and dynamics of the human uterus in healthy premenopausal women 2024-Nov-05, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2404775121 PMID:39471215	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，构建了健康绝经前女性子宫的细胞图谱，揭示了子宫细胞的异质性和动态变化	首次构建了包含超过167K细胞的正常子宫细胞图谱，提出了39种子类型的共识注释系统，并鉴定了多种潜在祖细胞	样本量相对较小（5个新样本+15个已发表样本），且仅针对健康绝经前女性	研究健康绝经前女性子宫的细胞异质性和动态变化	人类子宫（子宫内膜和肌层）细胞	单细胞生物学	妇科疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	20名健康绝经前女性（5个新样本+15个已发表样本）的50,000多个子宫细胞
677	2025-05-01	Cytokines reprogram airway sensory neurons in asthma 2024-Sep-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.26.525731 PMID:39345572	研究论文	研究探讨了在过敏性气道炎症中，气道伤害感受神经元如何通过细胞因子重编程获得促炎表型	发现了一类独特的炎症性迷走神经伤害感受神经元，并揭示了IL-1β、IL-13和BDNF在神经元重编程中的作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究过敏性气道炎症中伤害感受神经元获得促炎特性的分子机制	气道伤害感受神经元	神经免疫学	哮喘	逆行追踪、谱系报告、单细胞RNA测序	卵清蛋白小鼠模型	基因表达数据	哮喘小鼠模型
678	2025-05-01	Dissecting tumor transcriptional heterogeneity from single-cell RNA-seq data by generalized binary covariance decomposition 2024-May-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.08.15.553436 PMID:37645713	research paper	该论文介绍了一种新的统计方法GBCD，用于从单细胞RNA测序数据中解析肿瘤转录异质性，以识别与癌症进展相关的共享转录模式	提出了一种新的统计方法GBCD，能够将转录异质性分解为可解释的组分，包括患者特异性、数据集特异性和与疾病亚型相关的共享组分	方法在存在强烈的肿瘤间异质性时表现更优，但在其他情况下可能效果有限	解析肿瘤转录异质性，识别与癌症进展相关的共享转录模式	胰腺癌腺癌（PDAC）的单细胞RNA测序数据	生物信息学	胰腺癌	scRNA-seq	GBCD	RNA测序数据	来自三项研究的数据
679	2025-05-01	Restoration of neuronal progenitors by partial reprogramming in the aged neurogenic niche 2024-Apr, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-024-00594-3 PMID:38553564	研究论文	本文研究了部分重编程对老年小鼠脑部神经源性生态位的影响，发现其能恢复神经母细胞比例并改善衰老相关的分子特征	首次系统性地研究了部分重编程对老年脑部神经源性生态位的影响，并发现其具有细胞自主性的抗衰老效果	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索部分重编程对老年脑部神经再生的影响	老年小鼠的脑部神经源性生态位和神经干细胞	神经生物学	衰老相关脑功能衰退	单细胞转录组学	小鼠模型	转录组数据	老年小鼠的脑组织样本和神经干细胞培养物
680	2025-05-01	Preservation of scRNA-Seq Libraries Using Existing Inactivation Protocols 2024-Feb-13, Pathogens (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/pathogens13020167 PMID:38392905	研究论文	本文探讨了在高防护级别实验室中使用现有核酸提取灭活方案保存单细胞RNA测序文库的可行性	验证了现有灭活方案（Trizol、RLT缓冲液或AVL缓冲液）不影响单细胞测序文库质量，为高防护级别实验室中的单细胞RNA测序提供了解决方案	仅测试了三种灭活方案，未涵盖所有可能的灭活方法	解决高防护级别实验室中进行单细胞RNA测序时样本灭活与保存的技术难题	单细胞RNA测序文库	基因组学	病毒性疾病（埃博拉病毒、马尔堡病毒、拉沙病毒等）	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA序列数据	未明确说明具体样本数量