单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
661	2025-07-20	The role of KPNA2 as a monotonically changing differentially expressed gene in the diagnosis, risk stratification, and chemotherapy sensitivity of chronic hepatitis B-liver cirrhosis-hepatocellular carcinoma 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05213-z PMID:37526663	研究论文	本研究探讨了KPNA2基因在慢性乙型肝炎-肝硬化-肝细胞癌（CLH）诊断、风险分层和化疗敏感性中的作用	首次将KPNA2作为血清生物标志物用于CLH不同阶段的诊断和动态监测，并发现其与化疗药物敏感性的相关性	研究样本量未明确说明，且未进行多中心验证	探索CLH演变过程中的早期诊断生物标志物和治疗靶点	慢性乙型肝炎患者、肝硬化患者和肝细胞癌患者	生物信息学	肝细胞癌	ELISA、单细胞RNA-seq、批量RNA-seq	列线图模型	基因表达数据	NA
662	2025-07-20	Multi-omics analysis of expression profile and prognostic values of connexin family in LUAD 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05075-5 PMID:37458803	研究论文	本研究首次探讨了Cx基因在泛癌中的表达差异和预后意义，并聚焦于LUAD，旨在全面分析Connexin基因家族在LUAD中的表达谱、预后意义、遗传变异、潜在生物学功能及药物敏感性	首次在泛癌中探讨Cx基因的表达差异和预后意义，并针对LUAD开发了一个结合风险评分和临床特征的综合预后模型	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	分析Connexin基因家族在LUAD中的表达谱、预后意义、遗传变异、潜在生物学功能及药物敏感性	Connexin基因家族在LUAD中的表达和功能	生物信息学	肺癌	单细胞测序	综合预后模型	基因表达数据	NA
663	2025-07-20	Integrated single-cell and bulk sequencing analyses with experimental validation identify the prognostic and immunological implications of CD226 in pan-cancer 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05268-y PMID:37580402	研究论文	本研究通过单细胞和批量测序分析，结合实验验证，探讨了CD226在泛癌中的预后和免疫学意义	首次全面分析了CD226在泛癌中的表达谱及其与免疫治疗反应的关系，并验证了其在肿瘤浸润免疫细胞中的功能	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于小鼠B16F10黑色素瘤模型	探究CD226的生物学功能、在肿瘤免疫中的作用及其预测预后和免疫治疗反应的潜力	泛癌样本和小鼠B16F10黑色素瘤模型	肿瘤免疫学	泛癌	单细胞测序、批量测序、基因集富集分析(GSEA)、流式细胞术	小鼠B16F10黑色素瘤模型	测序数据、流式细胞数据	多种癌症类型的样本和小鼠模型
664	2025-07-20	Selenium metabolism heterogeneity in pan-cancer: insights from bulk and single-cell RNA sequencing 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05333-6 PMID:37648807	研究论文	本研究通过批量RNA测序和单细胞RNA测序揭示了硒代谢在泛癌中的异质性及其与免疫反应和癌症生物学的关联	首次系统描绘了硒代谢在泛癌中的景观，并揭示了其与免疫反应、癌症标志物的相关性，以及通过机器学习预测免疫检查点抑制剂治疗反应的潜力	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平和功能实验验证	探索硒代谢在癌症发生发展和免疫反应中的作用	多种癌症类型（泛癌）	生物信息学	泛癌	RNA测序（批量RNA测序和单细胞RNA测序），GSEA，机器学习	机器学习模型（具体类型未说明）	RNA测序数据	TCGA、GTEx、CCLE数据库及整合的泛癌单细胞数据集
665	2025-07-20	Identification an innovative classification and nomogram for predicting the prognosis of thyroid carcinoma patients and providing therapeutic schedules 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05252-6 PMID:37596371	研究论文	本研究探讨了程序性细胞死亡（PCD）模式与甲状腺癌预后的关联，并开发了基于PCD基因的预后指数	利用六种机器学习算法创建了程序性细胞死亡特征（PCDS），并通过SVM模型确定了最佳模型，同时发现了两种具有不同生物学过程和药物敏感性的THCA分子亚型	研究依赖于TCGA和GEO数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探究PCD与甲状腺癌预后的关系，并开发预后预测模型	甲状腺癌患者	机器学习	甲状腺癌	机器学习算法（SVM等），非负矩阵分解（NMF）	SVM	基因表达数据，临床数据	568名甲状腺癌患者
666	2025-07-20	Integration of scRNA-seq and bulk RNA-seq constructs a stemness-related signature for predicting prognosis and immunotherapy responses in hepatocellular carcinoma 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05202-2 PMID:37535162	研究论文	通过整合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据，构建了一个与干性相关的特征模型，用于预测肝细胞癌的预后和免疫治疗反应	首次结合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据构建干性相关特征模型，并通过多种算法验证其在预测肝细胞癌预后和免疫治疗反应中的有效性	研究仅基于现有数据集，需要进一步实验验证	开发一个能够预测肝细胞癌预后和免疫治疗反应的干性相关特征模型	肝细胞癌患者	生物信息学	肝细胞癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, WGCNA, CytoTRACE, LASSO	预后预测模型	RNA-seq数据	四个数据集中的肝细胞癌患者样本
667	2025-07-20	A comprehensive analysis of the potential role of necroptosis in hepatocellular carcinoma using single-cell RNA Seq and bulk RNA Seq 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05208-w PMID:37535163	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序，全面分析了坏死性凋亡在肝细胞癌（HCC）中的潜在作用，并构建了一个基于坏死性凋亡相关基因（NAGs）的预后预测模型	构建了一个5基因预后模型，揭示了HCC中两种不同的坏死性凋亡亚型，并发现CD5L、CETP和MARCO表达的巨噬细胞亚群对坏死性凋亡高度敏感	研究主要基于TCGA数据库的数据，可能需要更多独立队列验证模型的普适性	探究坏死性凋亡在HCC发展和进展中的作用，并构建预后预测模型	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序，批量RNA测序，CIBERSORT算法	预后预测模型	基因表达数据，临床数据	TCGA数据库中的HCC患者数据
668	2025-07-20	Comprehensive analysis of anoikis-related genes in prognosis and immune infiltration of gastric cancer based on bulk and single-cell RNA sequencing data 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05157-4 PMID:37474682	研究论文	基于批量及单细胞RNA测序数据，全面分析失巢凋亡相关基因在胃癌预后及免疫浸润中的作用	首次构建基于失巢凋亡相关基因的胃癌预后风险模型，并探索其在免疫浸润及治疗反应中的预测价值	研究结果需要进一步实验验证，且样本量可能限制模型的泛化能力	探索失巢凋亡相关基因在胃癌预后评估及治疗指导中的潜在应用	胃癌患者及其相关基因表达数据	生物信息学	胃癌	批量RNA测序、单细胞RNA测序	Cox回归风险模型	RNA测序数据	多个数据集中的胃癌样本
669	2025-07-20	Combinatorial Immunotherapy with Agonistic CD40 Activates Dendritic Cells to Express IL12 and Overcomes PD-1 Resistance 2023-10-04, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-22-0699 PMID:37478171	研究论文	该研究探讨了通过组合免疫疗法激活树突状细胞表达IL12以克服PD-1抗性的机制	发现了一种新型CCL22+CCL5+ IL12分泌型树突状细胞亚群在克服PD-1抗性中的关键作用，并验证了IL12 mRNA疗法单独使用的有效性	研究主要基于小鼠模型，人类患者数据验证有限	探索克服PD-1抗性的新型免疫治疗策略	小鼠黑色素瘤模型和人类患者样本	免疫治疗	黑色素瘤	单细胞细胞因子分泌分析、单细胞RNA测序	小鼠黑色素瘤模型	基因表达数据、细胞因子分泌数据	多数小鼠显示完全肿瘤消退，人类患者数据有限
670	2025-07-20	MuDCoD: multi-subject community detection in personalized dynamic gene networks from single-cell RNA sequencing 2023-10-03, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad592 PMID:37740957	研究论文	开发了一种名为MuDCoD的方法，用于从单细胞RNA测序数据中检测多主体动态基因网络中的社区	首次提出同时考虑多个主体和多个时间点的网络社区检测方法，填补了现有研究的空白	未明确说明方法在极端数据稀疏情况下的表现	开发能够分析多主体动态基因共表达网络的社区检测方法	人类诱导多能干细胞在分化为多巴胺能神经元过程中的基因网络，以及CD4+ T细胞激活过程中的基因网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	基于谱聚类的框架	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多主体和多时间点的数据
671	2025-07-20	Single-cell sequencing and bulk RNA data reveal the tumor microenvironment infiltration characteristics of disulfidptosis related genes in breast cancer 2023-Oct, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05109-y PMID:37428249	研究论文	通过单细胞测序和大块RNA数据分析乳腺癌中双硫死亡相关基因的肿瘤微环境浸润特征及其对免疫治疗的潜在影响	首次构建基于双硫死亡相关基因的风险特征模型，用于预测乳腺癌患者的总体生存和免疫治疗反应，并发现TNFRSF14作为关键调控基因	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探究双硫死亡相关基因在乳腺癌中的预后价值及其在免疫微环境中的作用	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序, 大块RNA测序, hdWGCNA, WGCNA, LASSO分析	风险特征模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
672	2025-07-20	Investigation and verification of GIMAP6 as a robust biomarker for prognosis and tumor immunity in lung adenocarcinoma 2023-Oct, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04980-z PMID:37338641	研究论文	本研究探讨了GIMAP6作为肺腺癌预后和肿瘤免疫的稳健生物标志物的作用	首次验证GIMAP6在肺腺癌中的预后价值及其与肿瘤免疫微环境的关联	研究主要基于数据库分析和体外实验，需要更多临床样本验证	探究GIMAP6在肺腺癌发展和肿瘤免疫中的作用	肺腺癌患者和细胞系	肿瘤免疫学	肺腺癌	RT-qPCR, western blotting, CCK-8, 集落形成实验, Transwell实验, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据, 临床数据, 单细胞测序数据	TCGA和GTEx数据库中的数据集, 实验验证使用的细胞系
673	2025-07-20	Comprehensive landscape of the miRNA-regulated prognostic marker LAYN with immune infiltration and stemness in pan-cancer 2023-Oct, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04986-7 PMID:37335337	研究论文	本研究通过生物信息学方法全面分析了LAYN基因在泛癌中的表达、免疫浸润、干细胞特性及其预后标志物潜力	首次从泛癌角度系统研究LAYN基因的功能机制，揭示了其在肿瘤免疫逃逸、干细胞特性和预后中的新作用，并预测了其作为mRNA疫苗和分子治疗新靶点的潜力	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证LAYN的具体功能机制	探究LAYN基因在泛癌中的表达特征、功能机制及其作为预后标志物的潜力	LAYN基因及其在多种癌症类型中的表达和功能	生物信息学	泛癌(包括HNSC、MESO、OV等多种癌症类型)	生物信息学分析、单细胞测序、机器学习	机器学习预后模型	基因表达数据、单细胞测序数据	来自GTEx和TCGA数据库的健康和癌症患者样本
674	2025-07-20	LncRNAs associated with vascular mimicry establish a novel molecular subtype and prognostic model for pancreatic cancer 2023-Oct, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05015-3 PMID:37400573	研究论文	本研究通过识别与血管拟态相关的长链非编码RNA，建立了胰腺癌的新型分子亚型和预后模型	首次开发了基于血管拟态相关lncRNA的胰腺癌分子亚型，并构建了新的预后风险模型	研究基于生物信息学分析，需要进一步实验验证	探索血管拟态在胰腺癌中的作用并建立相关预后模型	胰腺癌患者	数字病理学	胰腺癌	scRNA-seq, NMF算法, lasso回归	预后风险模型	RNA-seq数据	未明确说明样本数量
675	2025-07-20	Integrated single-cell RNA sequencing analysis reveals a mesenchymal stem cell-associated signature for estimating prognosis and drug sensitivity in gastric cancer 2023-Oct, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05058-6 PMID:37410142	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了间充质干细胞相关特征在胃癌预后和药物敏感性评估中的价值	开发了一个基于间充质干细胞标记基因的风险特征模型，用于预测胃癌患者的预后和抗肿瘤治疗效果	研究依赖于公开数据库的数据，可能需要进一步实验验证	评估间充质干细胞相关特征在胃癌中的预后价值和药物敏感性	胃癌患者	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), qRT-PCR	风险特征模型	RNA测序数据	TCGA-STAD和GEO数据库中的胃癌患者数据
676	2025-07-20	Identification and validation of cancer-associated fibroblast-related subtypes and the prognosis model of biochemical recurrence in prostate cancer based on single-cell and bulk RNA sequencing 2023-Oct, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05011-7 PMID:37369799	研究论文	本研究通过单细胞和批量RNA测序技术，识别并验证了前列腺癌中与癌症相关成纤维细胞（CAFs）相关的亚型，并建立了一个与生化复发（BCR）相关的CAF特征模型，用于预测前列腺癌患者的预后	利用非负矩阵分解（NMF）聚类识别了两种与CAFs相关的前列腺癌亚型，并构建了一个新的BCR相关CAF特征模型，该模型能够独立预测前列腺癌患者的生化复发风险和免疫治疗反应	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到样本选择和数据处理方法的限制，且未在独立队列中进行外部验证	研究前列腺癌中CAFs的特征，并开发一个预测前列腺癌患者预后的BCR相关CAF特征模型	前列腺癌患者及其肿瘤和癌旁组织	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NMF聚类，Lasso回归分析，COX回归分析	RNA测序数据，临床数据	来自TCGA和GEO数据库的前列腺癌患者数据，包括四对肿瘤和癌旁组织的scRNA-seq数据
677	2025-07-20	Identification a unique disulfidptosis classification regarding prognosis and immune landscapes in thyroid carcinoma and providing therapeutic strategies 2023-Oct, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05006-4 PMID:37347261	研究论文	本研究探讨了二硫键凋亡与甲状腺癌预后的关联，并基于二硫键凋亡基因开发了一个预后指数	首次将二硫键凋亡与甲状腺癌预后联系起来，并开发了新的分类系统和预后模型	二硫键凋亡的机制和功能仍不完全清楚，研究主要基于生物信息学分析	研究二硫键凋亡与甲状腺癌预后的关联，并开发预后预测模型	甲状腺癌患者	数字病理学	甲状腺癌	基因表达分析、单细胞转录组测序	NMF、Enet模型、列线图模型	基因表达数据、体细胞突变信息、拷贝数变异数据、临床数据	来自TCGA数据库的甲状腺癌患者数据和GEO数据库的GSE184362单细胞转录组数据
678	2025-07-20	Lung tumor-infiltrating Treg have divergent transcriptional profiles and function linked to checkpoint blockade response 2023-09-15, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adg1487 PMID:37713507	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和T细胞受体测序技术，探讨了调节性T细胞在非小细胞肺癌中对免疫检查点阻断治疗反应的调控作用	发现了调节性T细胞在肿瘤微环境中存在多种转录亚群，其中OX40GITR亚群与PD-1阻断治疗抵抗相关，并首次报道了TAA特异性T细胞在肿瘤内会发展为T1样表型	研究主要基于体外实验和小鼠模型，人类样本的临床验证仍需进一步研究	阐明调节性T细胞在免疫检查点阻断治疗反应中的作用机制	非小细胞肺癌患者的肿瘤浸润T细胞和小鼠肿瘤模型中的TAA特异性T细胞	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、T细胞受体测序(TCRseq)	NA	单细胞转录组数据	超过73,000个肿瘤浸润T细胞样本(来自抗PD-1治疗和未治疗的NSCLC患者)
679	2025-07-20	A unified pipeline for FISH spatial transcriptomics 2023-Sep-13, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2023.100384 PMID:37719153	研究论文	本文介绍了一个名为PIPEFISH的半自动化和通用化流程，用于处理基于荧光原位杂交(FISH)的空间转录组学数据	扩展并改进了starfish库，创建了一个标准化且通用的分析流程PIPEFISH，解决了当前空间转录组学数据分析工具缺乏标准化的问题	流程是半自动化的，可能需要一定的人工干预	开发一个标准化的分析流程来处理FISH空间转录组学数据	FISH空间转录组学数据	数字病理学	NA	MERFISH, seqFISH, 靶向测序(ISS)	NA	图像	三个真实数据集
680	2025-07-20	An ovarian phenotype of alpha 7 nicotinic receptor knockout mice 2023-09-01, Reproduction (Cambridge, England) DOI:10.1530/REP-23-0123 PMID:37432973	research paper	本研究探讨了α7烟碱型乙酰胆碱受体（nAChRa7）在小鼠卵巢中的表达及其对卵巢功能的调控作用	首次揭示了nAChRa7在卵巢中的表达及其对原始卵泡数量和卵巢基质细胞的调控作用	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类或其他哺乳动物	探究nAChRa7在卵巢功能中的潜在作用	成年Chrna7基因敲除（KO）小鼠和野生型（WT）小鼠的卵巢	分子生物学	NA	qPCR、原位杂交、单细胞测序、免疫组化、蛋白质组学分析	NA	分子数据、形态学数据	成年Chrna7敲除小鼠和野生型小鼠（3个月大，动情间期）