单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
661	2025-09-01	Multi-condition and multi-modal temporal profile inference during mouse embryonic development 2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.03.583179 PMID:38496477	研究论文	提出Sunbear联合建模框架，用于整合多条件和多模态单细胞时间序列数据	开发能够同时处理多条件（如性别、批次）和多模态（如scRNA-seq、scATAC-seq）数据的时序建模方法，实现单细胞时序谱的插补、对齐和外推	NA	推断小鼠胚胎发育过程中的多条件和多模态时序谱	小鼠胚胎单细胞	计算生物学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	联合建模框架（Sunbear）	单细胞多模态时序数据	NA
662	2025-09-01	Monocyte Single-Cell Multimodal Profiling in Cardiovascular Disease Risk States 2024-Aug-30, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.324457 PMID:39105287	研究论文	通过单细胞多模态分析揭示心血管疾病风险状态下单核细胞的异质性和功能亚群	首次结合CITE-seq和scRNA-seq技术对超过43万单核细胞进行高维多模态分析，识别出多个功能独特的亚群并验证其存在	NA	解析单核细胞在心血管疾病风险状态下的转录组和表型景观	人类和小鼠模型的单核细胞	单细胞组学	心血管疾病	CITE-seq, 单细胞RNA测序, 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据, 表型数据	437,126个单核细胞
663	2025-09-01	Cytomulate: accurate and efficient simulation of CyTOF data 2023-11-16, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03099-1 PMID:37974276	研究论文	开发了一种名为Cytomulate的CyTOF数据模拟算法，用于支持细胞计数方法的评估与开发	能够准确捕捉CyTOF数据的多种特征，并在学习整体数据分布方面优于单细胞RNA-seq方法及生成模型	NA	提供可重现且准确的CyTOF数据模拟，为方法开发和评估奠定基础	CyTOF数据	计算生物学	NA	CyTOF（飞行时间质谱流式细胞术）	生成模型	细胞计数数据	NA
664	2025-08-31	Integrated multidimensional bioinformatics analysis of the molecular mechanisms of ulcerative colitis-associated colorectal cancer and MMP1 as a potential therapeutic target 2025-Sep, Cancer gene therapy IF:4.8Q1 DOI:10.1038/s41417-025-00917-5 PMID:40681672	研究论文	通过整合多组学分析探索溃疡性结肠炎相关结直肠癌的分子机制并识别MMP1作为潜在治疗靶点	首次结合孟德尔随机化分析与单细胞RNA测序揭示MMP1通过免疫微环境调节发挥保护作用，并预测ilomastat作为新型抑制剂	研究依赖于公共数据库数据，需实验验证MMP1机制和ilomastat疗效	解析UC相关CRC的分子机制并寻找治疗靶点	溃疡性结肠炎和结直肠癌的分子数据与基因表达谱	生物信息学	结直肠癌	多组学分析、孟德尔随机化、单细胞RNA测序、分子对接	生物网络分析	基因组、转录组、蛋白质组数据	来自GEO、TCGA和GWAS数据库的多组学数据集
665	2025-08-31	Immune signaling mediates stromal changes to support epithelial reprogramming in celiac duodenum 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116039 PMID:40694474	研究论文	通过单细胞RNA测序分析乳糜泻十二指肠中免疫信号介导的基质变化以支持上皮重编程	构建了迄今最全面的乳糜泻单细胞RNA测序数据集，揭示了成纤维细胞通过IL-1β和IFN-γ介导支持上皮干细胞重编程的新机制	NA	研究乳糜泻中细胞间通信机制及组织水平细胞动态响应	乳糜泻患者和对照组的十二指肠组织样本	单细胞测序分析	乳糜泻	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	21例活动性乳糜泻和11例对照十二指肠样本，共203,555个细胞
666	2025-08-31	A STAT3/integrin axis accelerates pancreatic cancer initiation and progression 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116010 PMID:40701148	研究论文	本研究揭示了STAT3通过调控ITGB3表达加速胰腺癌发生发展的新机制	发现STAT3通过染色质可及性调控ITGB3表达的塑性调控机制，并建立了一个18基因特征用于生存分层	NA	探究STAT3信号通路在胰腺导管腺癌进展中的调控机制	胰腺导管腺癌细胞	癌症生物学	胰腺癌	ChIP-seq, 单细胞转录组学	NA	基因组数据, 转录组数据	NA
667	2025-08-31	Cancer-associated fibroblast-derived fibulin-5 promotes radioresistance in non-small-cell lung cancer 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116018 PMID:40711881	研究论文	本研究探讨癌症相关成纤维细胞（CAFs）来源的Fibulin-5通过抑制铁死亡促进非小细胞肺癌放疗抵抗的机制	首次揭示CAFs通过分泌Fibulin-5激活整合素αVβ5/Src-STAT3通路并抑制ACSL4表达，从而削弱放疗诱导的铁死亡过程	NA	鉴定预测放疗疗效的CAF表达分子并阐明非小细胞肺癌放疗抵抗机制	非小细胞肺癌患者组织样本、癌症相关成纤维细胞及癌细胞系	肿瘤生物学	肺癌	空间转录组学、单细胞RNA测序、基因敲低、临床组织分析	NA	基因表达数据、临床数据	复发患者组织样本（具体数量未明确说明）
668	2025-08-31	A basophil-fibroblast pro-inflammatory axis fuels type 2 skin inflammation 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116114 PMID:40782349	研究论文	本研究通过单细胞时空图谱揭示了嗜碱性粒细胞与成纤维细胞之间的促炎轴在2型皮肤炎症中的关键作用	首次发现嗜碱性粒细胞通过分泌OSM和IL-4协同激活促炎性成纤维细胞，形成正向反馈循环驱动免疫细胞招募	研究基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	解析2型皮肤炎症的细胞机制并识别治疗靶点	小鼠皮肤炎症模型（MC903和oxazolone诱导的皮炎）	免疫学	特应性皮炎	MERFISH, scRNA-seq	NA	单细胞空间转录组数据	约430,000个细胞
669	2025-08-31	Gut commensal microbiota drive tailored macrophage responses 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116157 PMID:40828655	研究论文	通过单细胞RNA测序分析人类巨噬细胞对多种共生菌的响应，揭示其异质性和菌种特异性	首次大规模使用单细胞RNA测序（74,476个细胞）研究人类巨噬细胞对15种共生菌的响应，发现菌种特异性和Gram状态影响的转录簇	研究使用单核细胞衍生的巨噬细胞，可能不完全代表体内原生巨噬细胞行为	探究人类巨噬细胞对不同共生菌的异质性免疫响应机制	人类单核细胞衍生的巨噬细胞和15种主要共生细菌	免疫学	肠道疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	74,476个单核细胞衍生的巨噬细胞，暴露于15种细菌
670	2025-08-31	Colorectal cancer heterogeneity co-evolves with tumor architecture to determine disease outcome 2025-Aug-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.11.669722 PMID:40832253	研究论文	利用深度学习分析结直肠癌组织架构和细胞核形态，揭示肿瘤异质性与组织结构的协同演化关系及其对患者预后的预测价值	开发了亚细胞分辨率的高通量图像分析范式，结合空间转录组学等技术首次发现组织结构与细胞状态间的动态协同演化反馈环路	NA	探究结直肠癌异质性演化机制及其与临床预后的关系	结直肠癌患者组织样本和类器官	数字病理学	结直肠癌	深度学习、空间转录组学、多重免疫组化、患者来源类器官	深度学习	图像、转录组数据	NA
671	2025-08-31	Biallelic BRF2 mutations disrupt redox homeostasis as etiological factors in syndromic immunodeficiency and developmental disorders 2025-Aug-07, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.08.006 PMID:40781771	研究论文	本研究通过鉴定双等位基因BRF2突变，揭示了其通过破坏RNA Pol III转录导致氧化还原稳态失衡，进而引发综合征性免疫缺陷和发育异常的分子机制	首次建立BRF2功能缺陷与氧化还原稳态破坏之间的致病性联系，并发现其对GPX1和GPX4等关键氧化还原调节基因的特异性影响	研究基于单个家族病例，样本规模有限，且分子机制的深入验证仍需进一步实验	阐明BRF2突变相关遗传疾病的分子发病机制及其与多系统异常、恶性肿瘤和原发性免疫缺陷的关联	携带复合杂合BRF2变异的家族病例，表现为多系统异常、恶性肿瘤和原发性免疫缺陷	遗传学与分子病理学	免疫缺陷疾病	全外显子组测序，单细胞RNA测序	NA	基因组数据，转录组数据	1个家族病例（包含先证者及其家系成员）
672	2025-08-31	Deciphering the tumor immune microenvironment: single-cell and spatial transcriptomic insights into cervical cancer fibroblasts 2025-Jul-05, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03432-5 PMID:40616092	研究论文	本研究整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，解析宫颈癌肿瘤免疫微环境中癌症相关成纤维细胞的异质性及其功能作用	首次在宫颈癌中系统鉴定出六种成纤维细胞亚型，并揭示C0 MYH11⁺成纤维细胞通过MDK-SDC1信号轴在肿瘤进展中的关键作用	研究结果仅部分揭示了CAFs的免疫调节功能，需要进一步验证MDK-SDC1通路的治疗潜力	解析宫颈癌肿瘤免疫微环境中成纤维细胞的异质性并探索免疫治疗新靶点	宫颈癌患者的肿瘤组织和细胞系	数字病理学	宫颈癌	scRNA-seq, 空间转录组学, 反卷积分析, FACS, 多重免疫荧光	预后预测模型	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, bulk RNA-seq数据	人类宫颈癌组织样本和培养细胞系
673	2025-08-31	A human-specific enhancer fine-tunes radial glia potency and corticogenesis 2025-Jul, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09002-1 PMID:40369080	研究论文	本研究揭示了人类特异性增强子HARE5通过调控神经祖细胞增殖和神经发生能力，精细调节皮层发育和连接性	首次通过基因组编辑的小鼠和灵长类模型证明人类特异性HARE5增强子通过放大WNT信号通路促进神经祖细胞增殖，从而驱动人类大脑皮层扩张	NA	探究人类加速区域（HARs）在物种特异性皮层发育中的功能贡献	基因组编辑的小鼠模型、灵长类模型、人类和黑猩猩神经祖细胞及皮层类器官	发育生物学	NA	基因组编辑、单细胞RNA测序、固定和活体成像、谱系分析	NA	基因组数据、转录组数据、成像数据	多种转基因动物模型和体外细胞模型
674	2025-08-31	Setdb1 ablation in macrophages attenuates fibrosis in heart allografts 2025-Jul, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2424534122 PMID:40553495	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示Setdb1在巨噬细胞中通过组蛋白甲基化调控纤维化过程，并验证其缺失可延长心脏移植物存活并抑制肿瘤组织纤维化	首次发现巨噬细胞中Setdb1介导的组蛋白甲基化重编程是心脏移植物和肿瘤组织纤维化的关键机制，并鉴定CCR2-Creb/Setdb1轴-FN1-受体通路	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证尚不充分；机制细节如特异性受体相互作用需进一步探索	探究巨噬细胞中Setdb1在纤维化形成中的作用及其治疗潜力	人和小鼠的心脏移植物及肿瘤组织中的巨噬细胞和成纤维细胞	免疫学与纤维化疾病机制	心血管疾病与肿瘤	单细胞转录组测序（scRNA-seq）、基因敲除	NA	单细胞转录组数据	人和小鼠的心脏移植物及肿瘤组织样本（具体数量未明确说明）
675	2025-08-31	Oncogenic and tumor-suppressive forces converge on a progenitor-orchestrated niche to shape early tumorigenesis 2025-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.10.656791 PMID:40661354	研究论文	本研究整合谱系追踪、单细胞和空间转录组学技术，揭示胰腺导管腺癌（PDAC）小鼠模型中恶性转化的分子和细胞机制	发现了一个离散的祖细胞样群体作为致癌和抑癌程序的汇聚点，并揭示了其在肿瘤微环境重塑中的核心作用	研究基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	解析良性向恶性生长转变的分子机制和微环境动态	胰腺导管腺癌（PDAC）小鼠模型	癌症生物学	胰腺癌	谱系追踪、单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据、空间表达数据	小鼠模型样本（具体数量未明确说明）
676	2025-08-31	Conserved spatial subtypes and cellular neighborhoods of cancer-associated fibroblasts revealed by single-cell spatial multi-omics 2025-May-12, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.004 PMID:40154487	研究论文	通过单细胞空间多组学分析揭示癌症相关成纤维细胞（CAFs）的保守空间亚型及其在肿瘤微环境中的细胞邻域结构	首次在10种癌症类型中鉴定出四种跨癌种保守的CAF空间亚型，并阐明其空间组织模式与微环境特征关联	NA	解析CAFs在肿瘤微环境中的空间异质性及其对免疫调节和临床预后的影响	超过1400万个细胞（来自10种癌症类型）	空间转录组学	癌症	空间转录组学、空间蛋白质组学、单细胞多组学整合分析	NA	空间多组学数据	10种癌症类型，7个空间组学平台，超1400万个细胞
677	2025-08-31	Long-read sequencing transcriptome quantification with lr-kallisto 2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.19.604364 PMID:39071335	研究论文	提出lr-kallisto方法，用于长读长测序数据的转录本定量分析	将kallisto方法适配到长读长测序技术，实现快速准确的转录本异构体定量	NA	开发适用于长读长测序数据的转录本定量工具	RNA转录本	生物信息学	NA	ONT长读长测序、外显子组捕获	kallisto算法适配	长读长测序数据	NA
678	2025-08-31	METI: deep profiling of tumor ecosystems by integrating cell morphology and spatial transcriptomics 2024-Aug-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51708-9 PMID:39181865	研究论文	提出一种整合细胞形态和空间转录组学的端到端框架METI，用于深度分析肿瘤生态系统	首次将空间转录组学、细胞形态学和基因特征整合，无需匹配单细胞RNA测序数据即可分析肿瘤微环境	NA	开发能够增强对肿瘤微环境中分子景观和细胞相互作用理解的分析工具	胃癌、肺癌、膀胱癌等肿瘤组织及癌前组织	数字病理学	肿瘤	空间转录组学	端到端框架	空间转录组数据、细胞形态数据	多种肿瘤组织样本（包括胃癌、肺癌、膀胱癌及癌前组织）
679	2025-08-31	Dimension-agnostic and granularity-based spatially variable gene identification using BSP 2023-11-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43256-5 PMID:37963892	研究论文	提出一种名为BSP的非参数模型，用于从二维或三维空间转录组数据中识别空间可变基因	通过比较两个空间粒度的基因表达模式，实现维度无关且快速鲁棒的空间可变基因识别	NA	开发能够有效处理二维和三维空间转录组数据的空间可变基因识别方法	空间转录组数据中的基因表达模式	生物信息学	癌症、神经系统疾病、类风湿关节炎、肾脏疾病	空间转录组技术	非参数模型BSP	空间转录组数据	经过大量模拟测试并在多个疾病领域的实际数据中得到验证
680	2025-08-31	Single-cell Mayo Map (scMayoMap): an easy-to-use tool for cell type annotation in single-cell RNA-sequencing data analysis 2023-10-20, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-023-01728-6 PMID:37858214	研究论文	开发了一个名为scMayoMap的易用工具及其配套数据库scMayoMapDatabase，用于单细胞RNA测序数据分析中的细胞类型注释	提供了一个无需标记训练数据集或预定义标记基因集的用户友好型细胞注释工具，并通过跨平台和组织类型的48个独立数据集验证了其有效性	NA	开发一个快速准确的单细胞RNA测序细胞类型注释工具	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	48个独立scRNA-seq数据集