单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
661	2025-04-23	Endoplasmic reticulum stress related super-enhancers suppress cuproptosis via glycolysis reprogramming in lung adenocarcinoma 2025-Apr-19, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07613-0 PMID:40253387	研究论文	本研究探讨了内质网应激相关的超级增强子通过糖酵解重编程抑制铜死亡在肺腺癌中的作用	揭示了XBP1s通过形成超级增强子影响铜死亡的新机制，并提出了铜离子载体和XBP1s作为治疗响应的潜在生物标志物的临床价值	研究主要基于小鼠异种移植模型，尚未在人体临床试验中验证	探究肺腺癌中铜死亡的分子机制及其调控途径	肺腺癌细胞和小鼠异种移植模型	分子生物学	肺腺癌	单细胞RNA测序、CUT&Tag-seq、染色体构象捕获(3C)实验	小鼠异种移植模型	基因表达数据、蛋白质水平数据	未明确说明样本数量，但涉及肺腺癌细胞和小鼠模型
662	2025-04-23	An organ-wide spatiotemporal transcriptomic and cellular atlas of the regenerating zebrafish heart 2025-Apr-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59070-0 PMID:40253397	research paper	该研究通过整合空间转录组学（Stereo-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，构建了斑马鱼心脏再生过程中的时空分子和细胞图谱	首次生成了斑马鱼心脏再生过程的时空分子和细胞图谱，揭示了心肌细胞状态级联变化及tpm4a在心肌细胞再分化中的潜在作用，并发现了再生心脏特有的ifrd1和atp6ap2基因激活特征	研究主要针对斑马鱼模型，其发现对人类心脏再生的直接应用可能存在限制	理解脊椎动物心脏再生的分子和细胞机制	斑马鱼再生心脏	digital pathology	cardiovascular disease	Stereo-seq, scRNA-seq	NA	spatial transcriptomic data, single-cell RNA sequencing data	569,896个细胞/位点（来自36个scRNA-seq文库和224个Stereo-seq切片）
663	2025-04-23	Single-cell RNA sequencing reveals key signaling pathways and biological functions in giant cell tumors of bone 2025-Apr-19, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02353-1 PMID:40253574	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了骨巨细胞瘤的关键信号通路和生物学功能	首次应用单细胞RNA测序技术解析骨巨细胞瘤的分子机制，并发现SPP1信号通路在肿瘤微环境中的重要作用	研究结果可能受限于样本数量和肿瘤异质性，且功能验证实验不足	探究骨巨细胞瘤的分子机制以改进治疗方案	骨巨细胞瘤（GCTB）及其微环境中的多种细胞类型	digital pathology	骨巨细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
664	2025-04-23	Single cell transcriptome profiling of immune tissues from germ-free and specific pathogen-free piglet 2025-Apr-18, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-04957-2 PMID:40251240	research paper	利用单细胞RNA测序技术分析无菌和特定病原体自由猪仔免疫组织的转录组图谱	首次提供了无菌和特定病原体自由猪仔免疫组织的单细胞转录组数据集，为微生物-宿主免疫调控研究提供了宝贵资源	研究仅针对猪仔模型，结果可能不完全适用于人类	探究共生微生物对宿主免疫系统发育和功能的影响	无菌(GF)和特定病原体自由(SPF)猪仔的免疫组织细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	57,720个细胞(来自派尔集合淋巴结、肠系膜淋巴结和脾脏)
665	2025-04-23	Single cell RNA sequencing after moderate traumatic brain injury: effects of therapeutic hypothermia 2025-Apr-18, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03430-6 PMID:40251570	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了中度创伤性脑损伤后治疗性低温对多种细胞类型特异性转录反应的影响	首次在创伤性脑损伤模型中应用单细胞RNA测序技术，揭示了治疗性低温对神经胶质细胞和血管细胞亚型的特异性调控作用	研究仅观察了损伤后24小时内的早期反应，未评估长期治疗效果	探究治疗性低温对创伤性脑损伤后细胞特异性转录反应的影响	C57BL/6小鼠的脑皮质组织	数字病理学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	实验组和对照组的C57BL/6小鼠脑组织样本
666	2025-04-23	RNA methylation: A new perspective in osteoarthritis research 2025-Apr-18, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149518 PMID:40254081	综述	本文系统总结了RNA修饰在骨关节炎(OA)中的作用，重点关注RNA甲基化及其调控机制	首次系统梳理了不同类型RNA修饰在OA发病机制中的作用，并提出了利用单细胞测序等新技术探索RNA修饰动态变化的研究方向	未涉及RNA修饰在OA治疗中的具体临床应用	探讨RNA修饰在骨关节炎发病机制中的作用及其潜在诊疗价值	骨关节炎患者的软骨细胞和关节组织	表观遗传学	骨关节炎	单细胞测序	NA	NA	NA
667	2025-04-23	Single-cell eQTL mapping reveals cell-type-specific genes associated with the risk of gastric cancer 2025-Apr-09, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100812 PMID:40112817	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，分析了203名中国个体的399,683个胃细胞，揭示了胃细胞类型特异性基因与胃癌风险的关联	首次在单细胞水平上进行了eQTL分析，揭示了81%的eQTL具有细胞类型特异性效应，并鉴定了15个与胃癌风险相关的基因	研究样本仅来自中国人群，可能限制了结果在其他人群中的普适性	探究胃细胞类型特异性基因表达调控与胃癌风险的关联	203名中国个体的399,683个胃细胞	digital pathology	gastric cancer	scRNA-seq	NA	RNA-seq data	399,683 cells from 203 individuals
668	2025-04-23	A comprehensive bioinformatics analysis identifies mitophagy biomarkers and potential Molecular mechanisms in hypertensive nephropathy 2025-Apr, Journal of biomolecular structure & dynamics IF:2.7Q2 DOI:10.1080/07391102.2024.2311344 PMID:38334110	研究论文	通过生物信息学分析识别高血压肾病中线粒体自噬的生物标志物及其潜在分子机制	首次系统地研究了高血压肾病中线粒体自噬相关基因的作用，并识别了七个关键基因，同时探讨了这些基因与免疫细胞及炎症因子的相关性	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探索高血压肾病中线粒体自噬的作用机制及其潜在的诊断和治疗标志物	高血压肾病患者的转录组数据	生物信息学	高血压肾病	转录组分析、机器学习、单细胞RNA测序	机器学习模型	基因表达数据	来自Gene Expression Omnibus数据库的转录组数据集
669	2025-04-23	Computer-assisted interpretation, in-depth exploration and single cell type annotation of RNA sequence data using k-means clustering algorithm 2025-Apr, Computer methods in biomechanics and biomedical engineering IF:1.7Q3 DOI:10.1080/10255842.2023.2300685 PMID:38235728	研究论文	本文提出了一种基于k-means聚类算法的计算机辅助方法，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型注释和深入分析	采用计算机辅助方法替代传统手动注释，结合k-means聚类和轮廓验证，实现了细胞分子、表型和功能属性的自动分析	方法依赖于已知数据库的基因谱匹配，可能受限于数据库的覆盖范围和准确性	开发自动化的单细胞RNA测序数据分析方法，提高细胞类型注释的准确性和效率	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	scRNA-seq	k-means聚类	基因表达数据	NA
670	2025-04-23	An In-Silico Study to Identify Relevant Biomarkers in Sepsis Applying Integrated Bulk RNA Sequencing and Single-Cell RNA Sequencing Analyses 2025-Apr, Global challenges (Hoboken, NJ) DOI:10.1002/gch2.202400321 PMID:40255236	研究论文	通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序分析，识别与脓毒症相关的生物标志物	结合单细胞RNA测序和代谢相关基因分析，识别出6个脓毒症枢纽基因，并揭示了单核细胞亚群间的通讯机制	研究依赖于公共数据库数据，未进行实验验证	发现脓毒症相关生物标志物以促进疾病诊断和治疗	单细胞RNA测序数据和代谢相关基因	生物信息学	脓毒症	单细胞RNA测序(sc-RNA)、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、单样本基因集富集分析(ssGSEA)	NA	RNA测序数据	NA
671	2025-04-23	Genetic and genomic insights into male reproductive tract development 2025-Mar-31, Fertility and sterility IF:6.6Q1 DOI:10.1016/j.fertnstert.2025.03.024 PMID:40174856	综述	本文综述了男性生殖道（MRT）发育的遗传和基因组学见解，重点介绍了单细胞测序技术带来的新发现	利用单细胞测序技术揭示了MRT发育过程中的细胞类型和细胞过程，并系统性地回顾了与MRT发育相关的表型术语和基因	人类和小鼠数据之间存在差异，表明知识整合的必要性	理解MRT发育的遗传基础及其缺陷与成年后医疗结果的关系	男性生殖道发育相关的基因和表型	基因组学	男性生殖系统疾病	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	涉及269个独特基因和35个表型术语
672	2025-04-23	SCANER: robust and sensitive identification of malignant cells from the scRNA-seq profiled tumor ecosystem 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf175 PMID:40253692	research paper	本文介绍了一种名为SCANER的无标记方法，用于从单细胞RNA测序数据中识别恶性细胞	SCANER是一种基于种子聚类的无标记方法，能够通过基因组不稳定性引起的显著基因表达变异来识别恶性细胞，克服了传统方法对已知细胞类型标记的依赖	虽然SCANER在多种癌症类型中表现出色，但未明确提及在液体肿瘤或特定罕见癌症类型中的适用性	开发一种准确且稳健的方法，用于从肿瘤生态系统的单细胞RNA测序数据中识别恶性细胞	单细胞RNA测序数据中的恶性细胞	digital pathology	cancer	scRNA-seq, whole exome sequencing	NA	RNA-seq data	多种癌症类型的单细胞RNA测序数据（具体样本量未明确说明）
673	2025-04-23	Single-cell transcriptomic profiling of heart reveals ANGPTL4 linking fibroblasts and angiogenesis in heart failure with preserved ejection fraction 2025-Feb, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.02.006 PMID:38346487	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序揭示了保留射血分数心力衰竭（HFpEF）中心脏成纤维细胞与血管生成之间的联系，并发现ANGPTL4可能是潜在的药物靶点	首次在单细胞分辨率下揭示了HFpEF心脏中成纤维细胞通过分泌ANGPTL4与内皮细胞系相互作用，导致血管生成异常的潜在机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探究HFpEF的细胞异质性和潜在机制	HFpEF小鼠模型的心脏细胞	单细胞转录组学	心血管疾病	单细胞测序、免疫组织化学、免疫荧光染色、bulk RNA测序	HFpEF小鼠模型	单细胞转录组数据	NA
674	2025-04-23	A panoramic view of cell population dynamics in mammalian aging 2025-01-17, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adn3949 PMID:39607904	research paper	该研究通过单细胞转录组图谱PanSci，揭示了哺乳动物衰老过程中细胞群体动力学的全景视图	提出了PanSci单细胞转录组图谱，分析了超过2000万细胞，揭示了3000多种细胞状态和200多个与衰老相关的细胞群体，发现了器官、谱系和性别特异性的细胞动力学变化	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明与衰老相关的细胞群体动力学	623个小鼠组织中的细胞	单细胞组学	衰老相关疾病	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	超过2000万细胞，来自623个小鼠组织
675	2025-04-23	Distinct myeloid-derived suppressor cell populations in human glioblastoma 2025-01-17, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.abm5214 PMID:39818911	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，鉴定了人类胶质母细胞瘤中两种不同的髓源性抑制细胞（MDSC）群体，并揭示了它们与肿瘤细胞之间的相互作用	首次在IDT-WT胶质母细胞瘤中鉴定出两种不同的MDSC群体（E-MDSC和M-MDSC），并揭示了E-MDSCs与代谢干细胞样肿瘤细胞之间的空间共定位和信号交流	样本量相对较小（33例胶质瘤），且仅针对IDT-WT胶质母细胞瘤进行研究	探究胶质瘤相关髓系细胞在肿瘤生长和免疫逃逸中的作用	人类胶质母细胞瘤中的髓源性抑制细胞（MDSC）群体	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	33例胶质瘤样本
676	2025-04-23	Evolutionary convergence of sensory circuits in the pallium of amniotes 2025-01-02, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adp3411 PMID:39946453	研究论文	研究探讨了羊膜动物大脑皮层中感觉回路的进化趋同性	揭示了不同物种间感觉回路神经元在发育时间和转录组进程上的差异	仅研究了鸟类、蜥蜴和哺乳动物中的少数物种	比较羊膜动物大脑皮层感觉回路的发育和进化关系	鸟类（鸡）、蜥蜴（壁虎）和哺乳动物（小鼠）的大脑皮层感觉回路	神经科学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学、数学模型	NA	基因表达数据	三种物种（鸡、壁虎、小鼠）的大脑皮层样本
677	2025-04-23	Keeping an Eye Out for Autophagy in the Cornea: Sample Preparation for Single-Cell RNA-Sequencing 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/7651_2023_502 PMID:37930627	研究论文	本文描述了如何利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术研究角膜缘上皮干细胞群以及自噬对其功能的影响	开发了一种用于分离角膜缘/角膜组织活单细胞悬液的协议，并分析了scRNA-seq数据	研究仅使用了Beclin1杂合小鼠模型，可能不适用于其他自噬缺陷模型	研究自噬对角膜缘上皮干细胞功能的影响	角膜缘上皮干细胞	单细胞测序	角膜疾病	scRNA-seq	Beclin1杂合小鼠模型	基因表达数据	NA
678	2025-04-23	Identification and Characterization of Prognostic Macrophage Subpopulations for Human Esophageal Carcinoma 2025, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673284207240108105724 PMID:38362682	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了食管癌组织中巨噬细胞的多样性、分布和分化轨迹，并鉴定了一个与预后相关的巨噬细胞亚型（HSPA6+巨噬细胞）	首次在单细胞水平上分析了食管癌组织中巨噬细胞的多样性、分化轨迹及细胞间通讯，并鉴定了一个新的预后相关巨噬细胞亚型HSPA6+	研究仅基于公开数据库GSE154763的单细胞RNA测序数据，缺乏实验验证	探究巨噬细胞在食管癌进展中的作用及其作为治疗靶点的潜力	食管癌组织和癌旁组织中的巨噬细胞	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Seurat R包, Monocle2, Cell Chat	单细胞RNA测序数据	GSE154763数据集中的食管癌组织和癌旁组织样本
679	2025-04-23	Characterizing macrophage diversity in colorectal malignancies through single-cell genomics 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1526668 PMID:40191203	综述	本文综述了单细胞基因组学在结直肠恶性肿瘤中巨噬细胞多样性研究中的应用	通过单细胞RNA测序技术重新定义巨噬细胞亚型，深化对肿瘤相关巨噬细胞多样性的理解	缺乏对巨噬细胞多样性命名和分子特征的统一解释	探讨结直肠恶性肿瘤中巨噬细胞的多样性和功能	结直肠癌中的肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)	单细胞基因组学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	NA
680	2025-04-23	Molecular biology of the deadliest cancer - glioblastoma: what do we know? 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1530305 PMID:40191211	review	本文综述了胶质母细胞瘤的分子生物学特性及其微环境，强调了其生物学特性和分子通讯模式	利用单细胞RNA测序技术揭示了胶质母细胞瘤的新见解，强调了个性化多免疫疗法的重要性	NA	总结当前关于胶质母细胞瘤及其微环境的知识，探索个性化治疗策略	胶质母细胞瘤细胞及其微环境	分子生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA