单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
661	2025-05-02	Single-cell RNA-sequencing and spatial transcriptomic analysis reveal a distinct population of APOE- cells yielding pathological lymph node metastasis in papillary thyroid cancer 2025-Jan, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70172 PMID:39810624	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，揭示了甲状腺乳头状癌中APOE-细胞亚群与淋巴结转移的关联	发现APOE低表达的肿瘤细胞亚群与甲状腺乳头状癌的进展和转移相关，并建立了基于机器学习的预测模型	研究样本可能不足以代表所有甲状腺乳头状癌患者，且模型需要进一步临床验证	探索甲状腺乳头状癌的转移机制和预后标志物	甲状腺乳头状癌组织样本	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序, 空间转录组学	机器学习	RNA-seq数据	未明确提及具体样本数量
662	2025-05-02	Integrated bulk RNA and single-cell analysis with experimental validation reveal oxidative stress-related diagnostic biomarkers for osteoporosis 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0322326 PMID:40299834	研究论文	本研究通过整合批量RNA和单细胞分析结合实验验证，揭示了氧化应激相关的骨质疏松症诊断生物标志物	首次发现CHRM2在成骨分化中的负调控作用，并评估其作为骨质疏松症生物标志物的潜力	研究样本量未明确说明，且机制研究主要基于体外实验	探索骨质疏松症的诊断生物标志物和潜在治疗靶点	骨质疏松症患者和健康对照	数字病理学	骨质疏松症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
663	2025-05-02	Construction of a Prognostic Model for Cervical Cancer Related to lncRNA Based on Differential Co-expression Network and Functional Study of Key Gene EGFR-AS1 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.108429 PMID:40302795	研究论文	本研究基于差异共表达网络构建了与lncRNA相关的宫颈癌预后模型，并研究了关键基因EGFR-AS1的功能	利用多组学数据和单细胞测序数据，通过随机森林算法和共表达网络技术建立了33-lncRNA-CESC模型，并发现EGFR-AS1与FAM83B的相互作用调控EGFR通路	NA	改善宫颈癌患者的个性化治疗	宫颈癌	数字病理学	宫颈癌	多组学数据分析, 单细胞测序, 随机森林算法, 共表达网络技术	随机森林	多组学数据, 单细胞测序数据	NA
664	2025-05-02	Integration of multi-omics and single-cell transcriptome reveals mitochondrial outer membrane protein-2 (MTX-2) as a prognostic biomarker and characterizes ubiquinone metabolism in lung adenocarcinoma 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.106902 PMID:40302794	研究论文	本研究通过整合多组学和单细胞转录组数据，揭示了线粒体外膜蛋白-2（MTX-2）作为肺腺癌预后生物标志物的潜力，并描述了其在泛醌代谢中的作用	首次将MTX-2与肺腺癌的预后和肿瘤微环境中的免疫浸润联系起来，并阐明了其通过调节代谢途径促进肿瘤生长的机制	研究主要基于公共数据库的回顾性数据，需要进一步的前瞻性临床研究验证	探索MTX-2在肺腺癌进展和预后中的作用，并评估其作为治疗靶点的潜力	肺腺癌组织和正常肺组织	肿瘤生物学	肺腺癌	多组学分析、单细胞RNA测序、分子生物学功能实验	NA	转录组数据、临床数据	公共数据库中的肺腺癌患者样本（数量未明确说明）
665	2025-05-02	Identification of the role of MED6 in the development and prognosis of lung adenocarcinoma based on multi-omics profiling 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.110981 PMID:40302793	research paper	本研究通过多组学分析揭示了MED6在肺腺癌发展和预后中的作用	首次发现MED6在肺腺癌中的具体作用及其与肿瘤微环境的相互作用	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	探究MED6在肺腺癌发展中的作用及其临床意义	肺腺癌细胞及患者样本	digital pathology	lung cancer	CRISPR-Cas9, RNA-seq, 单细胞测序	NA	基因组数据、转录组数据、单细胞数据	未明确说明具体样本数量
666	2025-05-02	Identification and Validation of Prognostic Genes Related to Histone Lactylation Modification in Glioblastoma: An Integrated Analysis of Transcriptome and Single-cell RNA Sequencing 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.110646 PMID:40302809	research paper	本研究旨在识别与组蛋白乳酸化修饰(HLM)相关的胶质母细胞瘤(GBM)预后基因，并探索其作用机制	首次整合转录组和单细胞RNA测序数据，构建了HLM相关基因风险预测模型，并识别了潜在的治疗药物	研究主要基于公开数据库和体外实验，需要进一步体内实验验证	探索组蛋白乳酸化修饰在胶质母细胞瘤进展中的作用及其预后价值	胶质母细胞瘤组织和相关基因	digital pathology	glioblastoma	免疫组化染色、Western blotting、RNA-seq、scRNA-seq、WGCNA	LASSO回归模型	转录组数据、单细胞RNA测序数据	TCGA-GBM数据集中的样本及临床组织样本
667	2025-05-02	Bridging the gap: how patient-derived lung cancer organoids are transforming personalized medicine 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1554268 PMID:40302940	综述	本文总结了患者来源的肺癌类器官（PDLCOs）的培养、验证过程及其在个性化治疗、耐药后药物筛选、PDLCOs生物库构建和药物开发中的临床应用	探讨了PDLCOs与肿瘤组装体技术、人工智能、器官芯片、3D生物打印、基因编辑和单细胞RNA测序等前沿技术的整合，极大扩展了其临床潜力	PDLCOs模型的可重复性和标准化仍面临挑战，主要由于标本来源、后续处理技术、培养基配方和Matrigel批次的差异	探索PDLCOs在肺癌精准医学中的应用前景与挑战	患者来源的肺癌类器官（PDLCOs）	数字病理学	肺癌	肿瘤组装体技术、人工智能、器官芯片、3D生物打印、基因编辑、单细胞RNA测序	NA	NA	NA
668	2025-05-02	HDC/histamine Signaling Axis Drives Macrophage Reprogramming to Promote Angiogenesis in Hindlimb-Ischemic Mice 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.105148 PMID:40303294	研究论文	本研究探讨了HDC/组胺信号轴在巨噬细胞重编程中的作用，以促进后肢缺血小鼠的血管生成	首次揭示了HDC在Ly6C巨噬细胞中的高表达及其在血管生成中的关键作用，并开发了HA-DA@组胺水凝胶用于治疗缺血性损伤	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	阐明HDC/组胺信号在血管生成和肌肉再生中的作用	后肢缺血小鼠模型中的巨噬细胞和内皮细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞测序技术	HDC-GFP转基因小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
669	2025-05-02	Macrophage KDM2A promotes atherosclerosis via regulating FYN and inducing inflammatory response 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.102675 PMID:40303308	研究论文	本研究揭示了KDM2A在巨噬细胞炎症反应中的新作用，通过转录调控FYN促进动脉粥样硬化的发展	首次发现KDM2A作为巨噬细胞特异性转录调节因子，通过调控FYN激活炎症反应、氧化应激和脂质积累，从而促进动脉粥样硬化	研究主要基于体外实验和小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩大	探究巨噬细胞在动脉粥样硬化发展中的转录调控机制	巨噬细胞、动脉粥样硬化斑块	分子生物学	心血管疾病	RNA-seq、单细胞RNA-seq、染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)、qPCR、虚拟筛选	机器学习算法	基因表达数据、单细胞数据	人类斑块微阵列数据集、ApoE小鼠模型
670	2025-05-02	NAMPT Impairs Vascular Permeability in Periodontitis by Influencing FASN-mediated Lipogenesis 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.104485 PMID:40303304	研究论文	本研究探讨了NAMPT通过影响FASN介导的脂肪生成来损害牙周炎中血管通透性的机制	揭示了NAMPT在牙周炎中通过调节FASN介导的脂肪生成促进内皮通透性的新机制	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证	探究牙周炎中内皮细胞通透性调控的关键分子及其作用机制	人脐静脉内皮细胞(HUVEC)和牙周炎小鼠模型	分子生物学	牙周炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据、蛋白质表达数据	未明确说明样本数量
671	2025-05-02	Targeting endothelial MYC using siRNA or miR-218 nanoparticles sensitizes chemo- and immuno-therapies by recapitulating the Notch activation-induced tumor vessel normalization 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.112023 PMID:40303332	研究论文	通过靶向内皮细胞MYC基因，使用siRNA或miR-218纳米颗粒，模拟Notch激活诱导的肿瘤血管正常化，从而增强化疗和免疫疗法的敏感性	发现MYC是Notch信号通路中调控肿瘤血管正常化的关键靶点，并开发了靶向MYC的纳米颗粒递送系统	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索Notch信号通路在肿瘤血管正常化中的作用，并开发新的抗血管生成治疗策略	内皮细胞（ECs）和肿瘤内皮细胞（TECs）	肿瘤生物学	癌症	单细胞RNA测序、qRT-PCR、Western blotting、免疫荧光、流式细胞术	基因修饰小鼠模型	基因表达数据、蛋白质表达数据、细胞形态数据	基因修饰小鼠模型中的内皮细胞和肿瘤内皮细胞
672	2025-05-02	Spatially segregated APOE+ macrophages restrict immunotherapy efficacy in clear cell renal cell carcinoma 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.109097 PMID:40303328	research paper	该研究揭示了APOE+巨噬细胞在透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中促进免疫抑制和对免疫检查点阻断(ICB)疗法抵抗的关键作用	发现了APOE+巨噬细胞在ICB抵抗性ccRCC中的空间分布特征及其通过TGF-β信号塑造免疫抑制微环境的机制	研究主要基于单中心队列，需要更大规模的多中心验证	探索ccRCC免疫治疗抵抗的微环境机制	透明细胞肾细胞癌(ccRCC)患者样本和细胞系	肿瘤免疫学	肾癌	单细胞RNA测序，多重免疫荧光，Western blot，流式细胞术	NA	单细胞转录组数据，临床样本数据	超过2000个样本，包括230名接受ICB治疗的晚期ccRCC患者的真实世界队列
673	2025-05-02	Single-nucleus RNA sequencing and spatial transcriptomics reveal an immunosuppressive tumor microenvironment related to metastatic dissemination during pancreatic cancer liver metastasis 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.108925 PMID:40303346	research paper	该研究通过单核RNA测序和空间转录组学揭示了胰腺癌肝转移过程中与转移扩散相关的免疫抑制性肿瘤微环境	首次揭示了转移扩散细胞在肝转移过程中EMT相关基因的显著上调，以及SPP1通路在免疫抑制微环境中的关键作用，并发现CITED4作为PDAC肝转移的关键生物标志物	研究样本量相对有限，且主要关注肝转移，未涉及其他转移途径	探究胰腺导管腺癌(PDAC)肝转移过程中免疫微环境的作用机制	PDAC的原发肿瘤(PT)和肝转移(LM)组织	digital pathology	pancreatic cancer	single-nucleus RNA sequencing, spatial transcriptomics, multiplexed immunofluorescence staining, immunohistochemistry (IHC), transwell assay, scratch wound healing assay	prognostic models	RNA sequencing data, spatial transcriptomics data, immunofluorescence images	62,326个细胞
674	2025-05-02	Modulation of brain immune microenvironment and cellular dynamics in systemic inflammation 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.107061 PMID:40303348	研究论文	本研究探讨了系统性炎症中脑免疫微环境和细胞动力学的调控机制，特别是在脓毒症相关脑病（SAE）中的作用	开发了DeconvCellLink R包来研究神经炎症相关的细胞相互作用网络，并构建了系统性炎症反应期间脑细胞网络的动态变化图谱	人类和动物模型之间的脑细胞变化存在差异，可能影响研究结果的普适性	揭示脓毒症相关脑病的发病机制，特别是脑微环境中细胞通讯网络的作用	人类和小鼠模型中的髓系细胞、胶质细胞及其在脑免疫微环境中的相互作用	神经免疫学	脓毒症相关脑病	批量转录组学和单细胞转录组学	NA	转录组数据	人类和小鼠模型的转录组数据
675	2025-05-02	Magnetic sculpture-like tumor cell vaccines enable targeted in situ immune activation and potent antitumor effects 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.107162 PMID:40303352	研究论文	开发了一种新型的全细胞疫苗平台，结合了免疫原性、结构完整性和肿瘤靶向能力	通过高浓度FeCl处理肿瘤细胞，诱导快速形态固定，赋予细胞磁性，实现定向导航至肿瘤并增强免疫激活	NA	开发一种新型的全细胞疫苗平台，用于靶向、患者特异性的抗肿瘤治疗	肿瘤细胞和黑色素瘤小鼠模型	免疫治疗	黑色素瘤	空间转录组分析	NA	NA	黑色素瘤小鼠模型
676	2025-05-02	PD-1 activation mitigates lupus nephritis by suppressing hyperactive and heterogeneous PD-1+CD8+ T cells 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.107418 PMID:40303350	研究论文	本文研究了PD-1表达的CD8 T细胞在狼疮性肾炎（LN）中的作用，并探索了PD-L1 Fc融合蛋白作为治疗策略的潜力	揭示了PD-1+CD8+ T细胞在LN中的过度活跃和克隆扩增特性，并证明了PD-L1 Fc治疗能有效减轻肾脏病理	研究主要基于小鼠模型，临床转化需要进一步验证	探索PD-1+CD8+ T细胞在LN中的作用及PD-1/PD-L1通路作为治疗靶点的潜力	LN患者和NZB/W F1小鼠	免疫学	狼疮性肾炎	scRNA-seq, RNA-seq, q-PCR, 流式细胞术, Western blot	NA	基因表达数据, 蛋白质数据	LN患者和NZB/W F1小鼠样本
677	2025-05-02	Serine supplementation suppresses hypoxia-induced pathological retinal angiogenesis 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.105299 PMID:40303351	研究论文	探讨丝氨酸补充在抑制缺氧诱导的病理性视网膜血管生成中的作用	首次发现丝氨酸补充通过增强视网膜线粒体代谢和脂质利用，抑制失控的血管生成关键驱动因素	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	研究丝氨酸代谢在抑制缺氧驱动的视网膜新生血管中的作用	氧诱导视网膜病变（OIR）小鼠模型	眼科	视网膜病变	代谢组学、脂质组学、蛋白质组学、单细胞RNA测序	小鼠模型	生物分子数据（代谢物、脂质、蛋白质、RNA）	野生型C57BL/6J OIR幼鼠
678	2025-05-02	Identification of disulfidptosis in esophageal squamous cell carcinoma based on single-cell and bulk RNA-seq data to predict prognosis and treatment response 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1567793 PMID:40303412	research paper	通过单细胞和批量RNA-seq数据识别食管鳞状细胞癌中的二硫键死亡现象，以预测预后和治疗反应	首次在食管鳞状细胞癌中识别与二硫键死亡相关的基因分子亚型，并构建预后模型和潜在治疗靶点	研究依赖于公开数据集，可能受限于样本量和数据质量	识别食管鳞状细胞癌中与二硫键死亡相关的分子亚型，构建预后模型并探索治疗靶点	食管鳞状细胞癌患者	digital pathology	esophageal squamous cell carcinoma	RNA-seq, single-cell sequencing	LASSO-Cox regression	RNA-seq data, single-cell data	GSE53625和TCGA-ESCC队列数据，以及GSE160269单细胞测序数据集
679	2025-05-02	Heterogenous cancer-associated fibroblasts related tumor microenvironment marked by CD10/KLF4/TIAM1 were identified in pancreatic adenocarcinoma by integrated transcriptomics 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1557698 PMID:40303408	研究论文	本研究通过整合转录组学方法，识别了胰腺导管腺癌(PDAC)中与异质性癌症相关成纤维细胞(CAFs)相关的肿瘤微环境(TME)亚型	首次识别了三种不同的CAF相关TME亚型(iCAF-rich、myCAF-rich和PSC-rich)，并发现这些亚型具有独特的基因表达谱和预后相关性	研究主要基于转录组数据，需要进一步实验验证CAF亚型的功能机制	探索PDAC肿瘤微环境中CAF亚型的组成、比例及其临床意义	胰腺导管腺癌(PDAC)的肿瘤微环境和癌症相关成纤维细胞(CAFs)	肿瘤微环境研究	胰腺癌	整合转录组学、多重免疫组化、空间转录组学	NA	转录组数据、空间转录组数据	未明确说明样本数量，但涉及多例PDAC患者样本
680	2025-05-02	Decoding immune cell dynamics in ischemic stroke: insights from single-cell RNA sequencing analysis 2025, Frontiers in aging neuroscience IF:4.1Q2 DOI:10.3389/fnagi.2025.1549518 PMID:40303468	research paper	通过单细胞RNA测序分析解码缺血性中风中的免疫细胞动态	利用单细胞RNA测序技术揭示缺血性中风中的细胞类型和分子生物学过程，并预测细胞命运决定	样本量相对较小，仅分析了5,582个单细胞	研究缺血性中风的病理机制，特别是炎症过程中的吞噬作用	健康对照和缺血性中风患者的单细胞RNA测序数据	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	UMAP, iTALK	基因表达数据	5,582个单细胞（来自健康对照和缺血性中风患者）