本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
6741 | 2025-10-06 |
IL-1-driven stromal-neutrophil interactions define a subset of patients with inflammatory bowel disease that does not respond to therapies
2021-11, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-021-01520-5
PMID:34675383
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了炎症性肠病中基质细胞-中性粒细胞相互作用驱动的特定病理亚型与治疗无应答的关联 | 首次在IBD中识别出由IL-1驱动、中性粒细胞浸润和成纤维细胞活化定义的特定病理亚型,并证明其与多种疗法无应答相关 | 样本量相对有限(总计719例),需要进一步验证IL-1信号阻断治疗策略的临床效果 | 解析炎症性肠病治疗无应答的生物学机制并寻找精准治疗靶点 | 炎症性肠病患者组织样本和临床数据 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | bulk转录组测序, 单细胞转录组测序, 定量组织病理学, 原位定位 | NA | 转录组数据, 组织病理图像, 临床数据 | 总计719例IBD患者(发现队列376例,验证队列343例) | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
6742 | 2025-10-06 |
Regulation of intestinal immunity and tissue repair by enteric glia
2021-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-021-04006-z
PMID:34671159
|
研究论文 | 本研究揭示了肠道神经胶质细胞通过IFNγ信号轴在肠道免疫平衡和组织修复中的关键调控作用 | 首次发现肠道神经胶质细胞通过IFNγ-EGC-CXCL10信号轴调控肠道免疫反应和组织修复的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和有限的患者样本,人类临床应用的转化价值需进一步验证 | 探究肠道神经胶质细胞在肠道免疫平衡和组织修复中的功能机制 | 小鼠肠道组织、肠道神经胶质细胞、炎症性肠病患者样本 | 细胞生物学 | 炎症性肠病 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠感染模型和炎症性肠病患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6743 | 2025-10-06 |
Human ALS/FTD brain organoid slice cultures display distinct early astrocyte and targetable neuronal pathology
2021-11, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-021-00923-4
PMID:34675437
|
研究论文 | 本研究开发了源自人类诱导多能干细胞的大脑类器官切片模型,用于模拟C9ORF72 ALS/FTD疾病的早期分子病理 | 首次建立能够重现成熟皮质结构并显示ALS/FTD早期分子病理的人类大脑类器官切片模型 | 无法获取症状前患者的实际样本进行直接验证 | 研究肌萎缩侧索硬化-额颞叶痴呆重叠症(ALS/FTD)的早期细胞病理机制和治疗方法 | 人类诱导多能干细胞(iPSCs)衍生的皮质类器官切片 | 神经科学 | 肌萎缩侧索硬化-额颞叶痴呆 | 单细胞RNA测序,生物学检测 | 类器官切片模型 | 基因表达数据,蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6744 | 2025-10-06 |
Mechanisms of vascular smooth muscle cell investment and phenotypic diversification in vascular diseases
2021-11-01, Biochemical Society transactions
IF:3.8Q2
DOI:10.1042/BST20210138
PMID:34495326
|
综述 | 本文综述了血管平滑肌细胞在血管疾病中的可塑性机制及其表型多样化的研究进展 | 整合了谱系追踪与单细胞转录组学技术,揭示了VSMC在血管病变中的克隆扩增和表型多样性 | NA | 理解血管平滑肌细胞在血管疾病中的投资机制和表型多样化调控 | 血管平滑肌细胞(VSMC) | 生物医学 | 心血管疾病 | 谱系追踪, 单细胞转录组学, 计算分析 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6745 | 2025-10-06 |
Heterogeneity and Cancer-Related Features in Lymphangioleiomyomatosis Cells and Tissue
2021-11, Molecular cancer research : MCR
IF:4.1Q2
DOI:10.1158/1541-7786.MCR-21-0220
PMID:34312290
|
研究论文 | 本研究通过整合基因和蛋白特征及单细胞和批量组织转录组数据,揭示了淋巴管平滑肌瘤病的异质性特征及其与癌症的分子相似性 | 首次系统识别LAM疾病的分子和细胞特征、主要调控因子、与癌症的相似性以及疾病异质性的潜在原因 | NA | 探究淋巴管平滑肌瘤病在分子、细胞和组织水平的异质性及其与癌症特征的关联 | 淋巴管平滑肌瘤病细胞和组织 | 数字病理学 | 淋巴管平滑肌瘤病 | 单细胞转录组测序,批量组织转录组分析 | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据,转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
6746 | 2025-10-06 |
Dysregulation of the Pdx1/Ovol2/Zeb2 axis in dedifferentiated β-cells triggers the induction of genes associated with epithelial-mesenchymal transition in diabetes
2021-11, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2021.101248
PMID:33989778
|
研究论文 | 本研究揭示了miR-7过表达通过Pdx1/Ovol2/Zeb2轴诱导β细胞去分化并触发上皮-间质转化的分子机制 | 首次发现β细胞去分化与EMT基因诱导的关联,并阐明Pdx1/Ovol2/Zeb2信号轴在此过程中的调控作用 | 研究主要基于转基因小鼠模型和细胞系,人类样本验证相对有限 | 探究miR-7介导的β细胞去分化对胰岛基因表达和微环境的影响机制 | β细胞特异性miR-7过表达小鼠、MIN6和EndoC-bH1细胞系、已发表的T2D数据集 | 分子生物学 | 糖尿病 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 功能获得和缺失实验 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 转基因小鼠模型、两种细胞系、已发表的人类和小鼠T2D数据集 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6747 | 2025-10-06 |
A survey of the mouse hindbrain in the fed and fasted states using single-nucleus RNA sequencing
2021-11, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2021.101240
PMID:33962048
|
研究论文 | 通过单核RNA测序技术对小鼠后脑在进食和禁食状态下的细胞组成和基因表达进行详细调查 | 首次在后脑区域进行单细胞水平的转录组学研究,揭示了禁食对少突胶质细胞转录组的特异性影响 | 仅研究了小鼠模型,未涉及其他物种;研究局限于后脑特定区域 | 研究后脑区域在营养信号感知和摄食行为调控中的细胞分子机制 | 小鼠后脑的极后区(AP)和孤束核(NTS)细胞 | 单细胞生物学 | 肥胖症 | 单核RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 16,034个细胞(8,910个神经元和7,124个非神经元细胞) | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
6748 | 2025-10-06 |
LGR6 marks nephron progenitor cells
2021-11, Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists
IF:2.0Q3
DOI:10.1002/dvdy.346
PMID:33848015
|
研究论文 | 本研究鉴定LGR6作为肾脏祖细胞的标志物,并揭示其在肾脏发育过程中的分化轨迹 | 首次发现LGR6可作为肾脏祖细胞的标志物,填补了该领域缺乏MET过程中NPC标志物的空白 | 研究主要基于胚胎外植体和动物模型,人类肾脏发育中的验证仍需进一步研究 | 探索肾脏祖细胞的标志物及其在肾脏发育过程中的分化机制 | 肾脏祖细胞和肾脏发育过程 | 发育生物学 | 肾脏疾病 | 谱系追踪、共聚焦成像、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、成像数据 | 胚胎外植体和体内模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6749 | 2025-10-06 |
Rapid Isolation of Single Cells from Mouse and Human Teeth
2021-10-28, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/63043
PMID:34779437
|
研究论文 | 开发了一种从小鼠和人类牙齿中快速分离单细胞的方案,适用于单细胞转录组测序 | 提出了一种快速、温和的组织处理方法,显著缩短了从动物处死到单细胞分析的时间,减少了基因表达的人为变化 | 未明确说明样本数量和处理时间的具体数据 | 开发适用于富含细胞外基质组织的快速单细胞分离方案 | 小鼠和人类牙齿中的细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6750 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics of suprachiasmatic nuclei reveal a Prokineticin-driven circadian network
2021-10-18, The EMBO journal
DOI:10.15252/embj.2021108614
PMID:34487375
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示视交叉上核中由Prokineticin驱动的昼夜节律网络 | 首次在昼夜节律时间尺度上鉴定出11个不同的神经元亚群,构建了神经肽特异性网络拓扑并发现其时间可塑性 | 研究基于器官型切片模型,可能与在体环境存在差异 | 揭示视交叉上核的细胞组成和网络结构如何调控哺乳动物昼夜节律 | 小鼠视交叉上核的时钟细胞 | 单细胞组学 | 昼夜节律紊乱 | 单细胞RNA测序,实时成像,交叉遗传学 | NA | 单细胞转录组数据,实时成像数据 | 约20,000个时钟细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6751 | 2025-10-06 |
Combined presentation and immunogenicity analysis reveals a recurrent RAS.Q61K neoantigen in melanoma
2021-10-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI129466
PMID:34651586
|
研究论文 | 通过数据驱动方法鉴定出HLA-A*01:01与RAS.Q61K组合衍生的复发性新抗原及其免疫特性 | 首次系统鉴定并验证了RAS.Q61K突变在HLA-A*01:01背景下的内源性呈递和天然免疫原性,发现新抗原特异性T细胞克隆具有跨患者相似性且能交叉识别RAS.Q61R变异 | 样本量有限(10个肿瘤样本的HLA肽组学分析,2例患者的TIL反应验证) | 鉴定复发性新抗原并分析其免疫原性特征 | 黑色素瘤患者肿瘤样本和肿瘤浸润淋巴细胞 | 免疫学 | 黑色素瘤 | HLA肽组学、TCR测序、TCR过表达、功能测定、单细胞转录组学 | NA | 蛋白质组数据、转录组数据、序列数据 | 大规模患者队列分析,10个肿瘤样本的HLA肽组学验证,2例患者的TIL反应确认 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
6752 | 2025-10-06 |
Microbiota triggers STING-type I IFN-dependent monocyte reprogramming of the tumor microenvironment
2021-10-14, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2021.09.019
PMID:34624222
|
研究论文 | 本研究揭示了肠道微生物通过STING-I型干扰素通路调控肿瘤微环境中单核细胞重编程的机制 | 首次发现微生物来源的STING激动剂通过诱导I型干扰素产生调节巨噬细胞极化和NK细胞-DC互作 | 研究主要聚焦于黑色素瘤模型,在其他癌症类型中的普适性需要进一步验证 | 探索微生物组如何调控肿瘤微环境免疫组分及其对癌症治疗的影响 | 肿瘤微环境中的单核吞噬细胞、树突状细胞、NK细胞和巨噬细胞 | 肿瘤免疫学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序,粪便微生物移植 | NA | 单细胞转录组数据 | 黑色素瘤患者和动物模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6753 | 2025-10-06 |
NF-κB activation in cardiac fibroblasts results in the recruitment of inflammatory Ly6Chi monocytes in pressure-overloaded hearts
2021-Oct-12, Science signaling
IF:6.7Q1
DOI:10.1126/scisignal.abe4932
PMID:34637330
|
研究论文 | 本研究揭示了压力超负荷下心脏成纤维细胞通过NF-κB激活招募炎症性Ly6C单核细胞的机制 | 首次发现特定心脏成纤维细胞亚群通过NF-κB通路激活CCL2表达,驱动炎症单核细胞招募 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类心脏组织中验证 | 探索压力超负荷心脏中炎症细胞招募的细胞机制 | 小鼠心脏成纤维细胞和Ly6C单核细胞 | 单细胞测序 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,假时序分析 | NA | 单细胞基因表达数据 | 压力超负荷小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6754 | 2025-10-06 |
Targeting integrated epigenetic and metabolic pathways in lethal childhood PFA ependymomas
2021-Oct-06, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abc0497
PMID:34613815
|
研究论文 | 本研究揭示了儿童PFA室管膜瘤中表观遗传与代谢通路的整合机制,并验证了二甲双胍通过调控EZHIP蛋白和H3K27me3抑制肿瘤生长的治疗潜力 | 首次发现EZHIP过表达通过H3K27ac表观遗传修饰激活糖酵解和TCA循环代谢,并证实二甲双胍可逆转这一过程 | 研究主要基于患者来源细胞和小鼠模型,尚未进行临床试验验证 | 探索儿童PFA室管膜瘤的表观遗传与代谢异常机制及治疗策略 | 儿童后颅窝A组室管膜瘤患者样本、患者来源细胞、小鼠异种移植模型 | 癌症生物学 | 室管膜瘤 | 单细胞RNA测序, 代谢成像, 表观遗传分析 | 小鼠异种移植模型 | 基因组学, 转录组学, 代谢组学 | 患者来源肿瘤样本和细胞系 | NA | 单细胞RNA测序, 代谢成像 | NA | NA |
6755 | 2025-10-06 |
Characterization of human FDCs reveals regulation of T cells and antigen presentation to B cells
2021-10-04, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20210790
PMID:34424268
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和微阵列技术首次定义了人类滤泡树突状细胞的转录组特征 | 首次系统表征人类FDCs的转录组,发现MRC细胞而非FDCs表达BAFF,揭示FDCs表达TLR4并能响应PAMPs调节抗原可用性 | NA | 阐明人类滤泡树突状细胞的分子特征及其在免疫调节中的功能 | 人类滤泡树突状细胞、T细胞、B细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序, 微阵列, 流式细胞术, 显微镜 | NA | 转录组数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6756 | 2025-10-06 |
B-cells are abnormal in psychosocial stress and regulate meningeal myeloid cell activation
2021-10, Brain, behavior, and immunity
DOI:10.1016/j.bbi.2021.08.002
PMID:34371135
|
研究论文 | 本研究揭示心理社会压力下B细胞异常并通过调节脑膜髓系细胞活化影响行为 | 首次发现心理社会压力下脾脏B细胞活化增强并分泌IL-10,同时脑膜B细胞减少而单核细胞增多,通过单细胞RNA测序揭示B细胞先天免疫转录程序诱导 | 研究仅使用小鼠模型,尚未在人类中验证;B细胞影响行为的具体机制仍需进一步探索 | 探究心理社会压力下免疫细胞特别是B细胞对脑功能和行为的影响 | 小鼠的脾脏B细胞、脑膜B细胞和髓系细胞 | 免疫神经学 | 情绪障碍 | 单细胞RNA测序 | Cd19基因缺陷小鼠模型 | 基因表达数据、行为数据 | 未明确说明具体样本数量的小鼠实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6757 | 2025-10-06 |
Prrx1b restricts fibrosis and promotes Nrg1-dependent cardiomyocyte proliferation during zebrafish heart regeneration
2021-10-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.198937
PMID:34486669
|
研究论文 | 本研究揭示了转录因子Prrx1b在斑马鱼心脏再生过程中抑制纤维化并促进心肌细胞增殖的关键作用 | 首次发现Prrx1b通过限制TGFβ配体表达和刺激Nrg1表达来平衡纤维化与再生过程 | 研究主要基于斑马鱼模型,在人类临床应用前需要进一步验证 | 探索斑马鱼心脏无瘢痕再生的分子机制 | 斑马鱼心脏再生过程、心外膜来源细胞 | 发育生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、谱系追踪、体外实验、体内拯救实验 | 动物模型(斑马鱼) | 基因表达数据、细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6758 | 2025-10-06 |
Combining an Alarmin HMGN1 Peptide with PD-L1 Blockade Results in Robust Antitumor Effects with a Concomitant Increase of Stem-Like/Progenitor Exhausted CD8+ T Cells
2021-10, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-21-0265
PMID:34344641
|
研究论文 | 本研究通过联合使用警报素HMGN1肽段与PD-L1阻断剂,在荷瘤小鼠中诱导了持久的肿瘤消退,并揭示了其通过增加成熟树突状细胞和干细胞样/祖细胞耗竭CD8+ T细胞发挥抗肿瘤作用的机制 | 首次鉴定出HMGN1的免疫刺激结构域并开发为治疗性肽段minP1,证明其与PD-L1阻断联合可协同增强肿瘤内Tstem/Tpex细胞数量 | 研究仅限于小鼠肿瘤模型,尚未在人类临床试验中验证 | 探索联合HMGN1肽段与PD-L1阻断在肿瘤免疫治疗中的协同效应及机制 | B16F10、LLC、Colon26和EO771荷瘤小鼠模型 | 免疫学 | 肿瘤 | 高维流式细胞术、转录组分析、单细胞RNA测序 | NA | 流式细胞数据、RNA测序数据 | 多种荷瘤小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6759 | 2025-10-06 |
Interferon-Gamma-Producing CD8+ Tissue Resident Memory T Cells Are a Targetable Hallmark of Immune Checkpoint Inhibitor-Colitis
2021-10, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2021.06.025
PMID:34147519
|
研究论文 | 本研究揭示干扰素-γ产生的CD8+组织驻留记忆T细胞是免疫检查点抑制剂结肠炎的关键病理特征和潜在治疗靶点 | 首次确定CD8+ TRM细胞是ICI结肠炎的主要活化T细胞亚群,并证明其可作为JAK抑制剂治疗的靶点 | 样本量有限,需要更大规模研究验证 | 阐明免疫检查点抑制剂结肠炎的发病机制并确定新的治疗靶点 | ICI结肠炎患者、接受ICI治疗但未发生结肠炎的患者、特发性溃疡性结肠炎患者和健康对照 | 免疫学 | 免疫相关结肠炎 | 多参数流式细胞术、光谱流式细胞术、光谱免疫荧光显微镜、靶向基因panel、bulk RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据、流式细胞术数据、免疫荧光图像 | 多组患者队列(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
6760 | 2025-10-06 |
A harmonized atlas of mouse spinal cord cell types and their spatial organization
2021-09-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25125-1
PMID:34588430
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组数据构建了小鼠脊髓细胞类型的统一图谱,揭示了细胞类型的层次结构和空间分布 | 首次将多个小鼠脊髓单细胞数据集整合到统一参考框架中,开发了细胞类型分类器SeqSeek,验证了神经元细胞类型的组合标记代码和空间分布 | 研究主要基于已发表的单细胞数据集,可能受限于原始数据的技术差异和覆盖范围 | 构建统一的小鼠脊髓细胞类型图谱并解析其分子组织和空间结构 | 小鼠脊髓细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个已发表数据集的整合 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |