单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27279 篇文献，本页显示第 6721 - 6740 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6721 | 2024-10-25 |
Enhancing spatial domain detection in spatial transcriptomics with EnSDD
2024-Oct-21, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-07001-y
PMID:39433947
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研究论文 | 本文提出了一种名为EnSDD的方法，通过集成学习整合多种空间域检测方法，以提高空间转录组学中空间域的识别准确性 | EnSDD的创新点在于其动态加权机制，优化了每个基础模型的贡献，并提供了一种无需真实标签数据的性能评估指标 | NA | 提高空间转录组学中空间域的识别准确性，揭示组织异质性和区域化特征 | 空间转录组学数据中的空间域、特定空间变异基因和细胞类型的空间分布 | 空间转录组学 | NA | 集成学习 | 集成学习模型 | 空间转录组数据 | 多种组织结构的空间转录组数据集 |
| 6722 | 2024-10-25 |
Spatial-transcriptomic profiling: a new lens for understanding myelofibrosis pathophysiology
2024-Oct-21, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-024-01877-3
PMID:39434124
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研究论文 | 本文探讨了空间转录组学在理解骨髓纤维化病理生理学中的应用 | 引入空间转录组学技术，提供了对骨髓和脾脏中基因表达的高分辨率映射，揭示了驱动疾病进展的分子特征和病理微环境 | NA | 通过空间转录组学技术深入理解骨髓纤维化的病理生理学，识别新的治疗靶点和生物标志物 | 骨髓纤维化的病理生理学、临床表型和治疗干预 | 数字病理学 | 血液病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 6723 | 2024-10-25 |
Single-cell transcriptomics reveals aberrant skin-resident cell populations and identifies fibroblasts as a determinant in rosacea
2024-Oct-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52946-7
PMID:39384741
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研究论文 | 研究通过单细胞转录组学揭示了玫瑰痤疮患者面部皮肤中异常的驻留细胞群体，并确定成纤维细胞在疾病发展中的关键作用 | 首次生成玫瑰痤疮患者和健康个体的面部皮肤单细胞图谱，发现并验证了成纤维细胞在玫瑰痤疮发展中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行大规模验证 | 揭示玫瑰痤疮的细胞和分子机制，并确定关键的致病细胞类型 | 玫瑰痤疮患者和健康个体的面部皮肤细胞 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 女性玫瑰痤疮患者和健康个体的面部皮肤样本 |
| 6724 | 2024-10-25 |
Exploring the impact of ITGB2 on glioma progression and treatment: Insights from non-apoptotic cell death and immunotherapy
2024-Oct, Environmental toxicology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/tox.24231
PMID:38488682
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研究论文 | 研究探讨了整合素β2（ITGB2）在胶质瘤进展和治疗中的作用，特别是其在非凋亡细胞死亡和免疫治疗效果中的关键作用 | 首次揭示了ITGB2在非凋亡细胞死亡和免疫治疗反应中的关键作用，并展示了其在预测免疫活动、突变特征和药物反应中的潜力 | 研究主要基于体外模型和数据分析，未来需要进一步的临床验证 | 探讨ITGB2在胶质瘤进展和治疗中的作用，特别是其在非凋亡细胞死亡和免疫治疗效果中的关键作用 | 胶质瘤细胞和巨噬细胞 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞测序分析（iTalk和ICELLNET） | NA | 数据集 | 10个不同的胶质瘤数据集 |
| 6725 | 2024-10-25 |
Elucidating the role of FOS in modulating the immune microenvironment through fibroblast and myeloid cell regulation in locoregional recurrent HNSCC
2024-Oct, Environmental toxicology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/tox.24262
PMID:38567514
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研究论文 | 本研究探讨了FOS在调节头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）局部复发中的免疫微环境中的作用，特别是其对成纤维细胞和髓系细胞的影响 | 本研究揭示了FOS在HNSCC肿瘤微环境中不同细胞群体中的表达差异，并探讨了其与免疫和缺氧相关通路的关联，为HNSCC的治疗提供了新的潜在靶点 | NA | 研究FOS在HNSCC局部复发中的免疫微环境调节作用 | FOS在HNSCC肿瘤微环境中对成纤维细胞和髓系细胞的调节作用 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | RNA测序 | NA | RNA | HNSCC患者组织样本及相邻非癌组织样本 |
| 6726 | 2024-10-25 |
Single-cell and bulk RNA-sequencing reveal SPP1 and CXCL12 as cell-to-cell communication markers to predict prognosis in lung adenocarcinoma
2024-Oct, Environmental toxicology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/tox.24297
PMID:38622884
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研究论文 | 本研究通过单细胞和批量RNA测序数据，揭示了SPP1和CXCL12作为细胞间通讯标志物，用于预测肺腺癌预后的潜力 | 首次揭示了SPP1和CXCL12在肺腺癌微环境中的细胞间通讯作用，并探讨了它们与免疫细胞的关系 | 研究依赖于公共数据集，可能存在数据质量和样本偏差的问题 | 探讨肺腺癌微环境中的细胞间通讯特征及其与预后的关系 | 肺腺癌肿瘤组织及其邻近的非肿瘤组织 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA测序 | NA | RNA | 使用了来自公共数据集的肺腺癌批量RNA测序数据和单细胞RNA测序数据 |
| 6727 | 2024-10-25 |
PTPN7 mediates macrophage-polarization and determines immunotherapy in gliomas: A single-cell sequencing analysis
2024-Oct, Environmental toxicology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/tox.24259
PMID:38581214
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研究论文 | 研究探讨了PTPN7在胶质瘤微环境中的作用及其对免疫治疗的影响 | 首次系统分析了PTPN7在胶质瘤微环境中的特征及其对免疫治疗的影响 | 研究主要基于单细胞测序和细胞培养实验，缺乏临床验证 | 探讨PTPN7在胶质瘤中的作用及其对免疫治疗的影响 | PTPN7在胶质瘤中的表达、预后价值、基因组特征、免疫特性及对化疗和免疫治疗的预测作用 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 涉及HMC3和M0细胞与U251和T98G细胞的共培养实验 |
| 6728 | 2024-10-25 |
RNA modification-related EIF4G2 is an immunotherapy determinant in osteosarcoma: A single-cell sequencing analysis
2024-Oct, Environmental toxicology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/tox.24261
PMID:38578024
|
研究论文 | 本研究探讨了RNA修饰与骨肉瘤免疫治疗之间的关系，并识别出EIF4G2作为关键的免疫治疗决定因素 | 首次建立了RNA修饰与骨肉瘤免疫治疗之间的联系，并识别出EIF4G2作为潜在的治疗靶点 | NA | 探索骨肉瘤中RNA修饰与免疫治疗之间的关系，以识别新的治疗靶点 | 骨肉瘤中的RNA修饰和免疫治疗 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞测序 | 随机森林 | RNA修饰相关特征 | NA |
| 6729 | 2024-10-25 |
Using single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing data to reveal a correlation between smoking and neutrophil activation in esophageal carcinoma patients
2024-Oct, Environmental toxicology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/tox.24312
PMID:38700434
|
研究论文 | 研究使用单细胞RNA测序和批量RNA测序数据揭示吸烟与食管癌患者中性粒细胞激活之间的关联 | 首次揭示了吸烟与食管癌患者中性粒细胞激活之间的关联，并探讨了中性粒细胞在肿瘤微环境中的促癌作用 | 研究依赖于公共数据库的数据，可能存在数据质量和样本代表性的限制 | 探讨吸烟与食管癌患者中性粒细胞激活之间的关系 | 食管癌患者的中性粒细胞 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 公共数据库中的数据，具体样本数量未提及 |
| 6730 | 2024-10-25 |
LineageVAE: reconstructing historical cell states and transcriptomes toward unobserved progenitors
2024-Oct-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae520
PMID:39172488
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为LineageVAE的新型计算方法，利用深度学习技术重建不可观测的细胞状态和转录组 | 开发了LineageVAE，一种基于深度生成模型的计算方法，能够将具有相同谱系条码的scRNA-seq观测数据转换为潜在细胞状态空间中的序列轨迹，从而重建不可观测的细胞状态转变、历史转录组和调控动力学 | 由于实验性质，观测数据稀疏，早期状态的细胞并非后期观测细胞的直接祖先 | 克服单细胞RNA测序在动态过程中测量基因表达变化的限制，重建不可观测的细胞状态和转录组 | 细胞状态转变、历史转录组和调控动力学 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | VAE | 基因表达数据 | 涉及造血和重编程成纤维细胞数据集 |
| 6731 | 2024-10-25 |
Single-cell and spatial transcriptomics reveal apelin/APJ pathway's role in microvessel formation and tumour progression in hepatocellular carcinoma
2024-Oct, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70152
PMID:39434201
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研究论文 | 本研究探讨了apelin/APJ通路在肝细胞癌（HCC）中的作用及其对微血管形成和肿瘤进展的影响 | 首次通过单细胞和空间转录组学技术揭示了apelin/APJ通路在HCC中的功能，并验证了其作为潜在治疗靶点的可能性 | 实验验证主要集中在基因沉默对血管生成的影响，未涉及其他治疗策略的探索 | 阐明apelin/APJ通路在HCC中的功能，并识别潜在的治疗生物标志物 | 肝细胞癌（HCC）中的apelin/APJ通路及其对微血管形成和肿瘤进展的影响 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞转录组学、空间转录组学 | 机器学习模型 | 基因表达数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 6732 | 2024-10-25 |
Research progress on single-cell expression quantitative trait loci
2024-Oct, Yi chuan = Hereditas
DOI:10.16288/j.yczz.24-162
PMID:39443309
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综述 | 本文综述了单细胞表达定量性状位点（sc-eQTL）研究的最新进展 | 利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）揭示依赖于细胞类型、状态和动态的eQTL，增强了对基因表达相关遗传变异的分析能力 | 当前研究面临实验设计和建模方法的挑战 | 提供新的视角来识别与疾病相关的位点并阐明基因调控机制 | 单细胞表达定量性状位点（sc-eQTL） | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 6733 | 2024-10-25 |
Points2Regions: Fast, interactive clustering of imaging-based spatial transcriptomics data
2024-Sep, Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology
DOI:10.1002/cyto.a.24884
PMID:38958502
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研究论文 | 介绍了一种名为Points2Regions的计算工具，用于快速识别空间转录组学数据中具有相似mRNA组成的区域 | 通过将点（代表mRNA）栅格化到金字塔网格上进行快速特征提取，并结合层次聚类和k-means聚类进行高效聚类，实现了跨多个尺度的快速区域发现 | 未提及具体限制 | 开发一种不依赖额外数据且能快速识别空间转录组学数据中相似mRNA组成区域的工具 | 空间转录组学数据中的mRNA组成区域 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 层次聚类和k-means聚类 | 空间点数据 | 两个模拟数据集和真实世界数据集 |
| 6734 | 2024-10-25 |
The role of proliferating stem-like plasma cells in relapsed or refractory multiple myeloma: Insights from single-cell RNA sequencing and proteomic analysis
2024-Sep, British journal of haematology
IF:5.1Q1
DOI:10.1111/bjh.19486
PMID:38671576
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研究论文 | 本文通过整合单细胞RNA测序和蛋白质组学数据，研究了复发或难治性多发性骨髓瘤中增殖性干细胞样浆细胞的作用 | 首次鉴定出增殖性干细胞样浆细胞（PSPCs），并发现NUCKS1和LGALS1作为其标志基因，揭示了MDK信号通路在PSPCs与微环境细胞间通信中的作用 | 样本量相对较小，且仅限于特定患者群体 | 探讨复发或难治性多发性骨髓瘤中增殖性干细胞样浆细胞的分子机制及潜在治疗策略 | 复发或难治性多发性骨髓瘤患者中的浆细胞 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序、质谱分析 | NA | RNA、蛋白质 | 15名浆细胞疾病患者和144名浆细胞疾病患者的CD138浆细胞 |
| 6735 | 2024-08-07 |
FAM110A could serve as a prognostic biomarker for patients with breast cancer: A comprehensive analysis by integrating bulk and single-cell sequencing
2024-Sep, Asian journal of surgery
IF:3.5Q1
DOI:10.1016/j.asjsur.2024.05.014
PMID:38729881
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6736 | 2024-08-07 |
ACAP1 could serve as a novel prognostic biomarker associated with tumor immunity in clear-cell renal cell carcinoma: A comprehensive analysis by integrating bulk and single-cell sequencing
2024-Sep, Asian journal of surgery
IF:3.5Q1
DOI:10.1016/j.asjsur.2024.05.024
PMID:38724393
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6737 | 2024-10-25 |
Spatial transcriptomic analysis of adult hippocampal neurogenesis in the human brain
2024 Sep-Oct, Journal of psychiatry & neuroscience : JPN
IF:4.1Q1
DOI:10.1503/jpn.240026
PMID:39414359
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研究论文 | 研究通过空间转录组学和多重荧光原位杂交技术评估人类海马体中的成年神经发生现象 | 首次在人类海马体样本中结合空间转录组学和多重荧光原位杂交技术评估成年神经发生现象 | 样本量小且仅包含男性样本 | 评估人类海马体中的成年神经发生现象 | 人类海马体样本中的成年神经发生现象 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学和多重荧光原位杂交 | NA | 组织样本 | 共12个样本，包括婴儿、青少年、年轻成年和中年男性 |
| 6738 | 2024-10-25 |
Unique expression and critical role of metallothionein 3 in the control of osteoclastogenesis and osteoporosis
2024-Aug, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-024-01290-3
PMID:39085359
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研究论文 | 研究探讨了金属硫蛋白3（MT3）在调控破骨细胞生成和骨质疏松中的独特表达和关键作用 | 首次揭示了MT3在骨细胞调控中的作用，并提出了MT3通过ROS和SP1双轴调控破骨细胞生成和骨代谢的机制 | NA | 探讨MT3在破骨细胞生成和骨质疏松中的作用及其调控机制 | 破骨细胞、骨质疏松 | NA | 骨质疏松 | 单细胞RNA测序、ATAC测序、转录组测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 6739 | 2024-10-25 |
Spatial transcriptomics implicates impaired BMP signaling in NF1 fracture pseudarthrosis in murine and patient tissues
2024-Jul-11, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.176802
PMID:38990653
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研究论文 | 本文通过空间转录组学研究了NF1缺陷小鼠和患者组织中骨折假关节形成过程中BMP信号通路的异常 | 首次通过空间转录组学分析揭示了NF1缺陷小鼠和患者骨折假关节形成过程中BMP信号通路的异常，并提供了潜在的治疗干预策略 | 研究仅限于小鼠模型和单个患者样本，需要进一步验证和扩展 | 探讨NF1缺陷小鼠和患者骨折假关节形成过程中的分子机制 | NF1缺陷小鼠和患者的骨折组织 | 数字病理学 | 神经纤维瘤病 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠模型和单个患者样本 |
| 6740 | 2024-10-25 |
Thrombospondin-1 promotes fibro-adipogenic stromal expansion and contractile dysfunction of the diaphragm in obesity
2024-Jul-02, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.175047
PMID:38954467
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研究论文 | 研究探讨了肥胖状态下膈肌纤维化和脂肪生成间质扩张及其收缩功能障碍的机制 | 首次揭示了血栓调节蛋白1（THBS1）在肥胖诱导的膈肌重塑和收缩功能障碍中的关键作用 | 研究仅在动物模型中进行，尚未在人体中验证 | 探究肥胖状态下膈肌功能障碍的病理生理机制 | 肥胖小鼠的膈肌 | NA | 肥胖 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 野生型（WT）和Thbs1敲除（Thbs1-/-）小鼠的膈肌样本 |