单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6721	2024-11-08	Reconstructing human brown fat developmental trajectory in vitro 2023-11-06, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.08.001 PMID:37647896	研究论文	研究通过单细胞RNA测序技术，分析了小鼠肩胛间棕色脂肪的发育过程，并成功在体外重现了人类棕色脂肪细胞的分化轨迹	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了棕色脂肪细胞分化过程中GATA6转录因子的表达，并成功在体外重现了人类棕色脂肪细胞的分化	研究主要集中在小鼠模型上，人类棕色脂肪细胞的分化过程可能存在差异	揭示棕色脂肪细胞的发育轨迹，并探索在体外重现人类棕色脂肪细胞分化的方法	小鼠肩胛间棕色脂肪和人类多能干细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠肩胛间棕色脂肪和人类多能干细胞的单细胞样本
6722	2024-11-08	Combined inactivation of RB and Hippo converts differentiating Drosophila photoreceptors into eye progenitor cells through derepression of homothorax 2023-11-06, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.09.003 PMID:37848027	研究论文	研究了RB和Hippo通路在果蝇光感受器细胞分化中的相互作用	揭示了RB和Hippo通路通过抑制homothorax表达来维持光感受器细胞分化的机制	NA	探讨RB和Hippo通路在细胞增殖和分化中的相互作用机制	果蝇光感受器细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
6723	2024-11-08	Bayesian-frequentist hybrid inference framework for single cell RNA-seq analyses 2023-Oct-03, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3384541/v1 PMID:37886581	研究论文	本文提出了一种贝叶斯-频率主义混合推断框架用于单细胞RNA测序分析	本文的创新点在于提出了贝叶斯-频率主义混合框架，以提高单细胞RNA测序数据中差异表达基因的识别能力	本文的局限性在于仅在一个特例（特发性肺纤维化）中进行了验证，尚未在其他疾病或数据集中进行广泛验证	本文的研究目的是提高单细胞RNA测序数据中差异表达基因的识别能力	本文的研究对象是单细胞RNA测序数据中的差异表达基因	生物信息学	肺部疾病	单细胞RNA测序	贝叶斯-频率主义混合框架	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
6724	2024-11-08	Single-nucleus chromatin accessibility identifies a critical role for TWIST1 in idiopathic pulmonary fibrosis myofibroblast activity 2023-07, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.00474-2022 PMID:37142338	研究论文	研究通过单核染色质可及性分析，揭示了TWIST1在特发性肺纤维化肌成纤维细胞活性中的关键作用	首次通过单核染色质可及性分析结合单细胞RNA测序数据，精确识别了TWIST1在特发性肺纤维化肌成纤维细胞中的关键转录因子活性	研究样本量较小，仅包括3例特发性肺纤维化患者和2例供体对照	探讨TWIST1在特发性肺纤维化肌成纤维细胞活性中的调控作用	特发性肺纤维化患者的肺组织和肌成纤维细胞	数字病理学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序、单核染色质可及性测序	NA	基因表达数据、染色质可及性数据	3例特发性肺纤维化患者和2例供体对照的肺组织，以及10例特发性肺纤维化和8例对照的单细胞RNA测序数据
6725	2024-11-08	Single-cell transcriptomics reveals that tumor-infiltrating natural killer cells are activated by localized ablative immunotherapy and share anti-tumor signatures induced by immune checkpoint inhibitors 2023-May-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.05.02.539163 PMID:37205468	研究论文	研究通过单细胞转录组学揭示肿瘤浸润自然杀伤细胞在局部消融免疫疗法激活下与免疫检查点抑制剂诱导的抗肿瘤特征共享	首次揭示局部消融免疫疗法激活自然杀伤细胞的细胞毒性，并发现上调基因与癌症患者的有益临床结果正相关	NA	探讨自然杀伤细胞在癌症治疗中的激活基因特征和通路	自然杀伤细胞在肿瘤微环境中的转录变化	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	使用MMTV-PyMT小鼠模型和人类样本进行分析
6726	2024-11-08	M-CSFR/CSF1R signaling regulates myeloid fates in zebrafish via distinct action of its receptors and ligands 2022-03-08, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2021005459 PMID:34979548	研究论文	研究了斑马鱼中M-CSFR/CSF1R信号通路在髓系细胞分化、增殖和存活中的作用	揭示了Csf1rb在斑马鱼粒细胞生成中的未知作用，并发现Il34信号通过Csf1rb对粒细胞的重要性	NA	探讨斑马鱼中Csf1rs及其配体在胚胎和成年髓系生成中的作用	斑马鱼的Csf1rs及其配体（Csf1a、Csf1b和Il34）在髓系生成中的作用	NA	癌症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	成年斑马鱼的全肾骨髓（WKM）造血细胞
6727	2024-11-07	Inhibition of SUMOylation Induces Adaptive Antitumor Immunity against Pancreatic Cancer through Multiple Effects on the Tumor Microenvironment 2024-Nov-04, Molecular cancer therapeutics IF:5.3Q1 DOI:10.1158/1535-7163.MCT-23-0572 PMID:39150446	研究论文	研究通过抑制SUMOylation诱导胰腺癌的适应性抗肿瘤免疫，并探讨其在肿瘤微环境中的多重效应	首次探讨了SUMOylation抑制在胰腺癌肿瘤微环境中对适应性抗肿瘤免疫的影响	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在临床试验中验证	探索改善胰腺导管腺癌患者预后的新治疗靶点	胰腺导管腺癌及其肿瘤微环境	NA	胰腺癌	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	使用临床相关的小鼠胰腺癌模型进行研究
6728	2024-11-07	CRISPR Screening of Transcribed Super-Enhancers Identifies Drivers of Triple-Negative Breast Cancer Progression 2024-Nov-04, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3995 PMID:39186674	研究论文	研究通过CRISPR筛选转录超级增强子，识别三阴性乳腺癌进展的驱动因素	系统分析了三阴性乳腺癌特异性转录增强子的调控机制及其非编码增强子RNA（eRNA）转录本，并使用高吞吐量CRISPR干扰实验结合RNA测序，无偏倚地检测了全基因组的目标基因	NA	探讨eRNA产生的超级增强子如何驱动基因表达网络，从而影响三阴性乳腺癌的生物学特性	三阴性乳腺癌（TNBC）的转录超级增强子及其eRNA转录本	数字病理学	乳腺癌	CRISPR干扰、RNA测序、Hi-C染色质相互作用图谱、单细胞RNA测序、高吞吐量测序	NA	基因组数据、转录组数据	NA
6729	2024-11-07	HiDDEN: a machine learning method for detection of disease-relevant populations in case-control single-cell transcriptomics data 2024-Nov-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53666-8 PMID:39487129	研究论文	本文介绍了一种名为HiDDEN的机器学习方法，用于在病例对照单细胞转录组数据中检测与疾病相关的细胞群体	HiDDEN方法能够改进病例对照标签，准确反映每个细胞的扰动状态，从而在模拟数据和实际数据中表现出优于标准分析流程的能力	标准单细胞分析方法在受影响子集较小或扰动强度较弱时无法有效隔离受影响的病例细胞及其标记	开发一种能够准确检测病例对照单细胞转录组数据中与疾病相关细胞群体的方法	病例对照单细胞转录组数据中的细胞群体及其与疾病相关的扰动状态	机器学习	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	包括人类多发性骨髓瘤前体条件数据和鼠类脱髓鞘模型数据
6730	2024-11-07	Single-cell sequencing: Current applications in various tuberculosis specimen types 2024-Nov, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13698 PMID:38956399	综述	本文综述了单细胞测序技术在结核病研究中的应用，特别是其在分析不同来源结核病样本中的应用	单细胞测序技术具有高分辨率，能够超越传统技术，揭示与结核病发病机制相关的免疫细胞亚群的组成和比例	NA	探讨单细胞测序技术在结核病研究中的临床应用潜力	结核病样本，主要包括外周血和肺部样本	数字病理学	结核病	单细胞测序	NA	细胞	NA
6731	2024-11-07	Combined lineage tracing and scRNA-seq reveal the activation of Sox9+ cells in renal regeneration with PGE2 treatment 2024-Nov, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13679 PMID:38801100	研究论文	研究揭示了PGE2处理下Sox9+细胞在肾再生中的激活机制	首次结合谱系追踪和单细胞RNA测序技术，揭示了PGE2在急性肾损伤后激活Sox9+细胞并促进其分化为近端小管上皮细胞的机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中验证	揭示内源性再生和修复机制，开发针对驻留干细胞谱系的特定疗法	Sox9+干细胞在急性肾损伤后的命运决定机制	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	Sox9谱系追踪小鼠模型中的样本
6732	2024-11-07	Macrophages in the infarcted heart acquire a fibrogenic phenotype, expressing matricellular proteins, but do not undergo fibroblast conversion 2024-Nov, Journal of molecular and cellular cardiology IF:4.9Q2 DOI:10.1016/j.yjmcc.2024.07.010 PMID:39089570	研究论文	研究探讨了心肌梗死后巨噬细胞是否转化为成纤维细胞及其对细胞外基质表达的影响	首次通过谱系追踪和单细胞转录组学方法，证明了心肌梗死后的巨噬细胞并未转化为成纤维细胞，但表达多种促纤维化基质蛋白	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类心肌梗死的数据	验证心肌梗死后巨噬细胞是否转化为成纤维细胞，并分析其细胞外基质表达特征	心肌梗死后的巨噬细胞及其细胞外基质表达	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠心肌梗死模型
6733	2024-11-07	Immunologic Profiling of CSF in Subarachnoid Neurocysticercosis Reveals Specific Interleukin-10-Producing Cell Populations During Treatment 2024-Nov, Neurology(R) neuroimmunology & neuroinflammation DOI:10.1212/NXI.0000000000200320 PMID:39475624	研究论文	研究了在治疗期间，蛛网膜下腔神经囊虫病（SANCC）患者脑脊液（CSF）中免疫细胞群体的特征，特别是IL-10产生细胞的分布和作用	首次全面分析了SANCC患者CSF和外周血中IL-10产生细胞的多样性和动态变化	样本量较小，仅包括5名患者，可能影响结果的普遍性	深入理解SANCC的免疫学机制，特别是IL-10在治疗过程中的作用	SANCC患者的脑脊液和外周血中的免疫细胞群体	NA	神经囊虫病	单细胞RNA测序和流式细胞术	NA	细胞	5名SANCC患者，共8份脑脊液样本和4份匹配的外周血样本
6734	2024-11-07	Construction of a Prognostic Model for Mitochondria and Macrophage Polarization Correlation in Glioma Based on Single-Cell and Transcriptome Sequencing 2024-Nov, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70083 PMID:39491527	研究论文	本研究通过生物信息学分析构建了一个基于线粒体和巨噬细胞极化相关基因的胶质瘤预后模型	揭示了与胶质瘤预后相关的五个基因（ECI2, MCCC2, OXCT1, SUCLG2, 和 CPT2），为个性化治疗和预后提供了新的见解	NA	探讨线粒体相关基因和巨噬细胞极化相关基因与胶质瘤预后的关系	胶质瘤患者的预后预测	生物信息学	脑肿瘤	单细胞RNA测序和转录组测序	风险模型	基因表达数据	包括TCGA-GBMLGG, mRNA-seq-325, mRNA-seq-693, GSE16011, GSE4290, 和 GSE138794等多个数据集
6735	2024-11-07	Epigenetic agents plus anti-PD-1 reprogram the tumor microenvironment and restore antitumor efficacy in Hodgkin lymphoma 2024-10-31, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024024487 PMID:39093981	研究论文	研究评估了三联疗法（组蛋白去乙酰化酶抑制剂、DNA甲基转移酶抑制剂和抗PD-1抗体）在复发/难治性经典霍奇金淋巴瘤中的疗效和安全性	首次评估了三联疗法在先前接受过DP疗法的患者中的疗效，并揭示了该疗法通过调节肿瘤微环境克服免疫疗法抵抗的机制	研究样本量较小，且仅限于先前接受过DP疗法的患者	评估三联疗法在复发/难治性经典霍奇金淋巴瘤中的疗效和安全性，并探讨其克服免疫疗法抵抗的机制	复发/难治性经典霍奇金淋巴瘤患者	肿瘤学	霍奇金淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	52名患者
6736	2024-11-07	GraphCVAE: Uncovering cell heterogeneity and therapeutic target discovery through residual and contrastive learning 2024-Oct-31, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2024.123208 PMID:39488267	研究论文	本文介绍了一种名为GraphCVAE的模型，通过结合空间和形态信息、纠正批次效应和管理异质数据，增强空间域识别能力	GraphCVAE结合了多层图卷积网络和变分自编码器，通过对比学习捕捉细胞类型和状态的细微差异，显著提高了空间信息表示和整合的准确性	NA	提高空间转录组学中空间域识别的准确性，揭示细胞异质性和治疗靶点	空间转录组学数据，特别是前额叶皮质和胶质母细胞瘤等疾病数据	机器学习	NA	图卷积网络（GCN），变分自编码器（VAE），对比学习	图卷积网络（GCN），变分自编码器（VAE）	空间转录组学数据	涉及多种空间转录组学数据集，包括前额叶皮质和胶质母细胞瘤等
6737	2024-11-07	Exogenous IL-33 promotes tumor immunity via macroscopic regulation of ILC2s 2024-10-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-77751-6 PMID:39478174	研究论文	研究探讨了外源性IL-33通过宏观调控ILC2s促进肿瘤免疫的作用	首次揭示了外源性IL-33通过减少中性粒细胞积累和增加ILC2s比例来改善肿瘤免疫微环境，并促进抗肿瘤免疫反应	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证其效果	探讨外源性IL-33对肿瘤免疫微环境的影响及其机制	外源性IL-33、ILC2s、中性粒细胞、肿瘤免疫微环境	NA	黑色素瘤	scRNA-seq、流式细胞术	NA	基因表达数据、细胞比例数据	Il7rArg1小鼠
6738	2024-11-07	The critical involvement of monocytes/macrophages in the pathogenesis of primary Sjögren's syndrome: New evidence from Mendelian randomization and single-cell sequencing 2024-Oct-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e39130 PMID:39497977	研究论文	本文探讨了单核细胞/巨噬细胞在原发性干燥综合征（pSS）发病机制中的关键作用	结合单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，全面揭示了单核细胞/巨噬细胞在pSS复杂发病机制中的贡献	NA	揭示单核细胞/巨噬细胞在原发性干燥综合征发病机制中的作用	单核细胞/巨噬细胞在原发性干燥综合征中的基因表达和信号通路变化	NA	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序，孟德尔随机化分析	NA	基因表达数据	1434个差异表达基因，其中60个与pSS发生密切相关
6739	2024-11-07	Novel mechanisms of intestinal flora regulation in high-altitude hypoxia 2024-Oct-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38220 PMID:39498080	研究论文	研究探讨了在高海拔低氧环境下，厚壁菌门介导的巨噬细胞极化和糖酵解代谢重编程的分子机制	揭示了厚壁菌门通过抑制HIF-1α/糖酵解途径来缓解高海拔低氧引起的肠道黏膜屏障损伤	NA	探究高海拔低氧环境下肠道菌群调节的分子机制	厚壁菌门介导的巨噬细胞极化和糖酵解代谢重编程	NA	NA	单细胞转录组测序、蛋白质组分析、代谢组分析	NA	转录组数据、蛋白质数据、代谢物数据	NA
6740	2024-11-07	Deciphering STAT3's negative regulation of LHPP in ESCC progression through single-cell transcriptomics analysis 2024-Oct-28, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-024-00962-0 PMID:39468431	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析揭示了STAT3对LHPP在食管鳞状细胞癌进展中的负调控作用	发现了STAT3对LHPP表达的显著调控作用，揭示了食管鳞状细胞癌发病机制的新方面	NA	阐明食管鳞状细胞癌中的细胞动力学和分子机制，特别是STAT3与LHPP的转录相互作用	食管鳞状细胞癌患者的肿瘤和邻近正常组织细胞	数字病理学	食管鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	44,206个细胞样本，包括21名食管鳞状细胞癌患者的临床样本