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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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6701 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing profiling of mouse endothelial cells in response to pulmonary arterial hypertension
2022-08-24, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvab296
PMID:34528097
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析小鼠内皮细胞在肺动脉高压中的转录组变化 | 首次在单细胞分辨率下系统表征肺动脉高压中内皮细胞的动态变化,并发现跨物种保守的基因表达模式 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限 | 探究肺动脉高压中内皮细胞的功能失调机制 | 小鼠、大鼠和人类的内皮细胞 | 单细胞组学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠内皮细胞(对照和PAH模型),大鼠和人类PAH单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6702 | 2025-10-06 |
Efficacy and limitations of senolysis in atherosclerosis
2022-06-22, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvab208
PMID:34142149
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研究论文 | 本研究探讨了细胞衰老标志物在动脉粥样硬化中的特异性以及遗传和药物性衰老细胞清除(senolysis)对疾病的影响 | 揭示了传统衰老标志物p16在动脉粥样硬化中的局限性,并首次比较了遗传性和药物性衰老细胞清除策略的不同效果 | 传统衰老标志物缺乏特异性,药物性衰老细胞清除可能引起非特异性效应如单核细胞和血小板减少 | 评估衰老细胞清除在动脉粥样硬化治疗中的疗效和局限性 | 血管平滑肌细胞(VSMCs)、小鼠动脉粥样硬化模型、人类VSMCs培养细胞 | 心血管疾病研究 | 动脉粥样硬化 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、谱系追踪、细胞培养 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据 | 人类和小鼠VSMCs细胞、小鼠动脉粥样硬化模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6703 | 2025-10-06 |
The tumour microenvironment shapes innate lymphoid cells in patients with hepatocellular carcinoma
2022-06, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2021-325288
PMID:34340996
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研究论文 | 本研究探讨肝细胞癌肿瘤微环境如何通过细胞因子梯度调控先天淋巴细胞的组成和可塑性 | 首次在肝细胞癌中系统揭示肿瘤微环境通过细胞因子梯度调控ILC亚群转化和功能可塑性 | 样本量相对有限,未在更多癌种中验证发现的特异性 | 研究肿瘤微环境对先天淋巴细胞在肝细胞癌中的调控机制 | 48例肝细胞癌患者的肿瘤组织、癌旁组织和边缘组织 | 单细胞生物学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,批量RNA测序,AbSeq | NA | 单细胞RNA测序数据,流式细胞数据,批量RNA测序数据 | 48例肝细胞癌患者 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
6704 | 2025-10-06 |
The molecular and phenotypic makeup of fetal human skin T lymphocytes
2022-04-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.199781
PMID:34604909
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研究论文 | 本研究开发了从胎儿人类皮肤中分离和扩增T细胞的新工作流程,并系统表征了其分子表型特征 | 建立了首个从胎儿皮肤中高效分离和扩增T细胞的工作流程,并首次全面表征了胎儿皮肤T细胞的分子表型 | 胎儿皮肤样本中T细胞数量稀少可能限制分析的深度,培养过程可能对细胞表型产生未知影响 | 研究胎儿人类皮肤中T细胞的分子和表型特征及其在早期免疫中的作用 | 胎儿人类皮肤组织中的T淋巴细胞 | 免疫学 | NA | 多参数流式细胞术、原位免疫荧光、单细胞转录组测序、TCR受体谱分析 | NA | 流式细胞数据、荧光图像、单细胞转录组数据、TCR序列数据 | 胎儿皮肤活检组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6705 | 2025-10-06 |
Advancing root developmental research through single-cell technologies
2022-02, Current opinion in plant biology
IF:8.3Q1
DOI:10.1016/j.pbi.2021.102113
PMID:34562694
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综述 | 探讨单细胞技术在植物根系发育研究中的应用与前景 | 提出通过整合多组学数据和空间转录组学提升根系发育研究的时空分辨率 | 当前技术仍处于初步阶段,尚未充分发挥单细胞技术的全部潜力 | 推动单细胞技术在植物根系发育研究领域的应用发展 | 拟南芥根分生组织及其他植物物种的根系发育过程 | 植物发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 谱系追踪, 轨迹分析 | 单细胞基因调控网络 | 转录组数据, 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
6706 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals a Conserved Metaplasia Program in Pancreatic Injury
2022-02, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2021.10.027
PMID:34695382
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研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示胰腺损伤中腺泡向导管化生(ADM)的保守化生程序及其与肿瘤发生的关系 | 首次在单细胞水平系统描绘胰腺损伤诱导的ADM细胞群体及其发育轨迹,发现与胃幽门化生相似的转录表型,并证明KrasG12D靶向ADM群体可驱动肿瘤形成 | 样本量相对有限,人类样本仅来自15例慢性胰腺炎患者 | 定义胰腺损伤中腺泡向导管化生(ADM)产生的细胞群体、转录变化及疾病进展标志物 | 小鼠胰腺腺泡细胞、人类慢性胰腺炎手术标本 | 单细胞生物学 | 胰腺疾病 | 单细胞RNA测序、谱系追踪、免疫染色、电子显微镜 | 谱系轨迹分析 | 单细胞转录组数据、组织图像数据 | 超过13,000个EYFP+细胞进行scRNA-seq,15例人类慢性胰腺炎患者手术标本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6707 | 2025-10-06 |
Differential abundance testing on single-cell data using k-nearest neighbor graphs
2022-02, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-021-01033-z
PMID:34594043
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研究论文 | 提出基于k近邻图的单细胞数据差异丰度测试新方法Milo | 使用部分重叠的k近邻图邻域替代传统离散聚类,能识别连续轨迹变化和聚类方法无法检测的扰动 | 基于细胞间相似性结构,可能不适用于所有单细胞数据类型 | 开发单细胞数据差异丰度测试的统计框架 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | k近邻图 | 单细胞基因表达数据 | 模拟数据和真实scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6708 | 2025-10-06 |
Comparative description of the mRNA expression profile of Na+ /K+ -ATPase isoforms in adult mouse nervous system
2022-02, The Journal of comparative neurology
IF:2.3Q1
DOI:10.1002/cne.25234
PMID:34415061
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序数据库分析成年小鼠神经系统中Na+/K+-ATPase不同亚型的mRNA表达模式 | 首次在单细胞水平系统描述Na+/K+-ATPase各亚型在成年小鼠神经系统中的表达谱,并鉴定出α1和α3亚型富集的特定神经元类型 | 研究基于现有数据库,缺乏实验验证;仅关注mRNA水平,未涉及蛋白质表达和功能验证 | 阐明不同Na+/K+-ATPase亚型在神经系统中的表达模式,为相关神经系统疾病的发病机制提供见解 | 成年小鼠神经系统中的不同脑区和各种神经元群体 | 神经科学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 两个成年小鼠神经系统scRNA-Seq数据库 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6709 | 2025-10-06 |
Murine AGM single-cell profiling identifies a continuum of hemogenic endothelium differentiation marked by ACE
2022-01-20, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2020007885
PMID:34517413
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研究论文 | 通过小鼠AGM区域单细胞测序揭示造血内皮细胞分化连续过程及ACE标记作用 | 首次发现血管紧张素-I转换酶(ACE)特异性标记造血前体细胞向造血内皮细胞分化的连续过程 | 研究仅限于小鼠模型,人类相关性需进一步验证 | 解析胚胎期造血干细胞形成的分子和细胞通路 | 小鼠主动脉-性腺-中肾(AGM)区域的造血内皮细胞和背主动脉微环境细胞 | 单细胞组学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 使用Runx1b和Gfi1/1b转基因报告小鼠模型分离的造血内皮细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 全长单细胞RNA测序 |
6710 | 2025-10-06 |
Integration of spatial and single-cell transcriptomic data elucidates mouse organogenesis
2022-01, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-021-01006-2
PMID:34489600
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研究论文 | 本研究通过整合空间转录组和单细胞转录组数据,阐明了小鼠器官发育过程中的细胞类型和分化轨迹 | 开发了基于图像的空间单细胞转录组方法,首次将空间信息与单细胞转录组图谱整合,揭示了scRNA-seq数据中无法观察到的细胞分化轴 | 仅检测了387个目标基因,覆盖度有限;研究局限于小鼠胚胎8-12体节阶段 | 研究复杂组织中细胞命运决定的分子机制 | 小鼠胚胎组织切片 | 空间转录组学 | 发育生物学 | seqFISH, scRNA-seq | NA | 空间转录组数据,单细胞转录组数据 | 小鼠胚胎8-12体节阶段组织切片 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | seqFISH | 顺序荧光原位杂交技术,检测387个目标基因 |
6711 | 2025-10-06 |
Deciphering Mesenchymal Drivers of Human Dupuytren's Disease at Single-Cell Level
2022-01, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2021.05.030
PMID:34274346
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术识别人类掌腱膜挛缩症中致病性间充质细胞亚群及其关键分子通路 | 首次在单细胞水平鉴定出Dupuytren病特异性PDPN/FAP致病性间充质细胞群,并发现TNFRSF12A和SCX在成纤维细胞分化中的关键作用 | 样本量相对有限(35,250个细胞),功能验证仅通过体外细胞培养实验完成 | 解析Dupuytren病的细胞和分子驱动机制,为开发新疗法提供靶点 | 人类Dupuytren病变组织、非致病性筋膜和健康真皮组织 | 单细胞组学 | 掌腱膜挛缩症 | 单细胞RNA测序 | 轨迹分析 | 单细胞转录组数据 | 35,250个单细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6712 | 2025-10-06 |
Simultaneous Analysis of Single-Cell Transcriptomes and Cell Surface Protein Expression of Human Hematopoietic Stem Cells and Progenitors Using the 10x Genomics Platform
2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-1771-7_13
PMID:34766273
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研究论文 | 本文介绍使用10x Genomics平台同时分析人类造血干细胞和祖细胞的单细胞转录组与细胞表面蛋白表达的方法 | 将CITE-seq工作流程与10x Genomics平台结合,实现单细胞转录组和表面蛋白表达的同时分析 | NA | 开发同时表征蛋白质和RNA的单细胞分析方法 | 人类脐带血单核细胞和CD34+富集的造血祖细胞 | 单细胞多组学 | NA | CITE-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据 | NA | 10x Genomics, BioLegend | 单细胞RNA-seq, 免疫表型分析 | 10x Chromium, TotalSeq | 基于液滴的单细胞RNA-seq商业平台, TotalSeq™寡核苷酸偶联抗体 |
6713 | 2025-10-06 |
Delineating chromatin accessibility re-patterning at single cell level during early stage of direct cardiac reprogramming
2022-01, Journal of molecular and cellular cardiology
IF:4.9Q2
DOI:10.1016/j.yjmcc.2021.09.002
PMID:34509499
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研究论文 | 本研究通过单细胞ATAC-seq技术揭示了心脏重编程早期阶段染色质可及性重塑的动态过程 | 首次在单细胞水平系统描绘心脏重编程早期的染色质可及性重编程模式,并发现Smad3在重编程过程中具有双重作用 | 研究聚焦于重编程早期阶段(第3天),未涵盖完整重编程过程 | 解析心脏成纤维细胞直接重编程为心肌细胞过程中染色质景观变化的驱动机制 | 由Mef2c、Gata4和Tbx5诱导的早期重编程心肌细胞(iCMs) | 表观基因组学 | 心血管疾病 | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 表观基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
6714 | 2025-10-06 |
Identification of HSC/MPP expansion units in fetal liver by single-cell spatiotemporal transcriptomics
2022-01, Cell research
IF:28.1Q1
DOI:10.1038/s41422-021-00540-7
PMID:34341490
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研究论文 | 通过单细胞时空转录组技术识别小鼠胎肝中造血干细胞/多能祖细胞扩张单元 | 首次构建小鼠胎肝时空转录组图谱,发现CD93富集的HSC/MPP亚群和由多种生态位细胞组成的HSC PLUS结构单元 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 解析造血干细胞和祖细胞在天然生态位中的扩张机制 | 小鼠胎肝中的造血干细胞/多能祖细胞及其生态位细胞 | 单细胞组学 | 血液系统恶性肿瘤 | 单细胞转录组测序,空间转录组学 | NA | 单细胞基因表达数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
6715 | 2025-10-06 |
Isolation of human fetal intestinal cells for single-cell RNA sequencing
2021-12-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100890
PMID:34746860
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研究论文 | 本文提出了一种从人类胎儿肠道样本中分离上皮和非上皮细胞用于单细胞RNA测序的方案 | 开发了能够从人类胎儿样本中高活性分离肠道细胞的方案,并用于构建人类发育过程中肠道细胞的全层图谱 | NA | 建立适用于单细胞RNA测序的肠道细胞分离方法 | 人类胎儿肠道细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6716 | 2025-10-06 |
CARMN Is an Evolutionarily Conserved Smooth Muscle Cell-Specific LncRNA That Maintains Contractile Phenotype by Binding Myocardin
2021-12-07, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本研究鉴定了一个进化保守的平滑肌细胞特异性长链非编码RNA CARMN,并揭示其通过结合心肌素维持血管平滑肌细胞收缩表型的作用机制 | 首次发现CARMN是与心肌素相互作用的非编码RNA,揭示了其在维持血管平滑肌细胞收缩表型中的新功能 | 研究主要聚焦于血管疾病模型,在其他疾病模型中的作用仍需进一步验证 | 探索血管平滑肌细胞特异性长链非编码RNA的功能及其在血管稳态维持中的作用 | 血管平滑肌细胞、小鼠和大鼠血管损伤模型 | 分子生物学 | 心血管疾病 | RNA测序、实时定量PCR、反义寡核苷酸敲低、腺病毒过表达、RNA pull-down、RNA免疫沉淀、荧光素酶报告基因检测 | 基因敲除小鼠模型、大鼠颈动脉球囊损伤模型 | RNA测序数据、基因表达数据 | 多种组织和细胞类型的公共数据集、小鼠和大鼠血管损伤模型 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
6717 | 2025-10-06 |
Genome-wide analysis of common and rare variants via multiple knockoffs at biobank scale, with an application to Alzheimer disease genetics
2021-12-02, American journal of human genetics
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.ajhg.2021.10.009
PMID:34767756
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研究论文 | 提出一种可扩展的KnockoffScreen-AL方法,用于生物银行规模的全基因组常见和罕见变异分析,并应用于阿尔茨海默病遗传学研究 | 开发了首个适用于生物银行规模(数十万样本和数百万遗传变异)的Knockoff方法,解决了现有方法计算成本高的问题 | 方法主要针对生物银行规模数据,在较小样本量中的性能需要进一步验证 | 开发可扩展的Knockoff方法用于全基因组常见和罕见变异分析,并应用于阿尔茨海默病遗传学研究 | 英国生物银行的388,051个全基因组插补样本,以及独立临床诊断AD荟萃分析的94,437个样本 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | Knockoff方法,全基因组关联分析,单细胞RNA测序,蛋白质组学 | KnockoffScreen-AL | 基因组数据,转录组数据,蛋白质组数据 | 388,051个WG插补样本 + 94,437个独立验证样本 + 143,793个单核转录组 + 735个蛋白质组样本 | NA | 全基因组测序,全基因组插补,单细胞RNA-seq,蛋白质组学 | NA | NA |
6718 | 2025-10-06 |
Mesenchymal stem cell treatment improves outcome of COVID-19 patients via multiple immunomodulatory mechanisms
2021-12, Cell research
IF:28.1Q1
DOI:10.1038/s41422-021-00573-y
PMID:34702946
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研究论文 | 本研究通过临床试验和单细胞RNA测序分析,揭示间充质干细胞通过多种免疫调节机制改善COVID-19患者临床结局 | 首次发现MSC治疗可动员VNN2造血干/祖样细胞新亚群,并阐明其通过调节免疫细胞、抑制中性粒细胞胞外诱捕网和上调kindlin-3信号通路改善预后的新机制 | 样本量相对有限(每组29例),采用单盲设计而非双盲设计 | 验证MSC治疗COVID-19的有效性并探索其免疫调节机制 | COVID-19患者和实验小鼠 | 单细胞测序分析 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 临床数据、单细胞RNA测序数据、影像学数据 | 58例COVID-19患者(29例治疗组/29例对照组)加实验小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6719 | 2025-10-06 |
Breaking the barrier: In vitro models to study choroid plexus development
2021-12, Current opinion in cell biology
IF:6.0Q1
DOI:10.1016/j.ceb.2021.05.005
PMID:34182208
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综述 | 本文探讨了利用体外模型研究脉络丛发育的最新进展 | 重点关注体外三维培养等新型技术在人类脉络丛研究中的应用突破 | 人类脉络丛研究存在伦理和技术限制 | 研究脉络丛发育和生理功能 | 脉络丛组织 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组学, 体外三维培养, 活体成像 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
6720 | 2025-10-06 |
Inter and intra-tumoral heterogeneity as a platform for personalized therapies in medulloblastoma
2021-12, Pharmacology & therapeutics
IF:12.0Q1
DOI:10.1016/j.pharmthera.2021.107828
PMID:33662447
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综述 | 本文综述了髓母细胞瘤的肿瘤间和肿瘤内异质性研究进展及其在个性化治疗中的应用前景 | 系统整合了从传统病理学到单细胞测序技术在不同层次上揭示髓母细胞瘤异质性的研究进展 | 作为罕见疾病研究,当前方法存在应用局限性 | 探讨髓母细胞瘤异质性特征及其对个性化治疗的指导意义 | 髓母细胞瘤患者及肿瘤样本 | 数字病理学 | 髓母细胞瘤 | FISH, 免疫组织化学, 下一代测序, 单细胞测序 | NA | 基因组数据, 分子标志物数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |