单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6701	2024-11-08	Single-cell spatiotemporal analysis of the lungs reveals Slamf9+ macrophages involved in viral clearance and inflammation resolution 2024-Oct-16, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-024-00734-4 PMID:39414783	研究论文	研究了SARS-CoV-2感染后肺部免疫稳态的恢复过程，发现Slamf9+巨噬细胞在病毒清除和炎症消退中的作用	首次揭示了Slamf9+巨噬细胞在SARS-CoV-2感染后肺部组织修复和炎症消退中的关键作用	研究主要基于叙利亚仓鼠模型和hACE2小鼠模型，尚未在人类中进行直接验证	探究肺部在SARS-CoV-2感染后免疫稳态的恢复机制	SARS-CoV-2感染后的肺部免疫反应和组织修复过程	数字病理学	肺部疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA-seq数据	叙利亚仓鼠模型和hACE2小鼠模型，以及公开的人类尸检单细胞RNA-seq数据
6702	2024-11-08	Endosialin-positive CAFs promote hepatocellular carcinoma progression by suppressing CD8+ T cell infiltration 2024-Sep-10, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009111 PMID:39260826	研究论文	研究了Endosialin阳性CAFs通过抑制CD8+ T细胞浸润促进肝细胞癌进展的机制	首次揭示了Endosialin通过抑制STAT1磷酸化和核转位，减少CXCL9/10表达和分泌，从而抑制CD8+ T细胞浸润，促进肝细胞癌进展	NA	探讨Endosialin阳性CAFs在肝细胞癌进展中的作用及其机制	Endosialin阳性CAFs、CD8+ T细胞、CXCL9/10	数字病理学	肝细胞癌	单细胞测序、流式细胞术、RNA测序	NA	细胞	ENKO小鼠、Hepa1-6细胞、肝细胞癌患者肿瘤组织
6703	2024-11-08	Inference of genomic lesions from single-cell RNA-seq in myeloma improves functional intraclonal and interclonal analysis 2024-08-13, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2023012409 PMID:38830132	研究论文	本文通过结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）、B细胞受体测序和拷贝数异常（CNA）分析，建立了一个可靠的分析流程，用于从转录组分析中推断基因组损伤，并改进了多发性骨髓瘤（MM）和无症状浆细胞瘤（SMM）的功能性克隆间和克隆内分析	本文首次将单细胞RNA测序与B细胞受体测序和拷贝数异常分析相结合，用于推断基因组损伤，并改进了克隆间和克隆内的功能分析	研究样本仅来自5名患者，可能不足以代表所有多发性骨髓瘤和无症状浆细胞瘤的情况	建立一个可靠的分析流程，用于从转录组分析中推断基因组损伤，并改进多发性骨髓瘤和无症状浆细胞瘤的功能性克隆间和克隆内分析	多发性骨髓瘤（MM）和无症状浆细胞瘤（SMM）患者的骨髓浆细胞	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、B细胞受体测序、拷贝数异常（CNA）分析	NA	转录组数据	20,465个骨髓浆细胞，来自5名患者
6704	2024-11-08	Identification of novel immune-related signatures for keloid diagnosis and treatment: insights from integrated bulk RNA-seq and scRNA-seq analysis 2024-07-16, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-024-00647-z PMID:39014455	研究论文	本研究通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，识别出与瘢痕疙瘩诊断和治疗相关的新型免疫相关基因	本研究首次识别出PTGFR、RBP5和LIF作为瘢痕疙瘩的免疫相关基因，并构建了基于这些基因转录组模式的人工神经网络分子诊断模型，为瘢痕疙瘩的诊断和治疗提供了新的策略	本研究主要基于GEO数据库中的数据进行分析，未涉及临床试验验证，因此其临床应用效果有待进一步验证	本研究旨在通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，识别出与瘢痕疙瘩诊断和治疗相关的新型免疫相关基因，并探索其潜在的治疗机制	本研究主要研究对象为瘢痕疙瘩及其相关的免疫相关基因	数字病理学	瘢痕疙瘩	RNA-seq	人工神经网络	转录组数据	NA
6705	2024-11-08	Elucidating the role of liver enzymes as markers and regulators in ovarian cancer: a synergistic approach using Mendelian randomization, single-cell analysis, and clinical evidence 2024-06-24, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-024-00642-4 PMID:38915066	研究论文	研究肝酶作为卵巢癌标志物和调节因子的作用，通过孟德尔随机化、单细胞分析和临床证据的协同方法	首次通过孟德尔随机化和单细胞转录组学分析，揭示了碱性磷酸酶和天冬氨酸氨基转移酶与卵巢癌的因果关系，并提出它们作为保护因子的作用	研究主要基于基因组关联研究和单细胞数据，缺乏大规模临床试验验证	探讨肝酶与卵巢癌的关联，验证其作为生物标志物的潜力及其在卵巢癌中的机制	碱性磷酸酶、天冬氨酸氨基转移酶等肝酶，以及卵巢癌细胞和组织	NA	卵巢癌	孟德尔随机化、单细胞转录组学分析	NA	基因组数据、单细胞转录组数据	283个单核苷酸多态性位点和209个与碱性磷酸酶和天冬氨酸氨基转移酶相关的单核苷酸多态性位点，以及卵巢癌患者和健康个体的样本
6706	2024-11-08	SARS-CoV-2 infection modifies the transcriptome of the megakaryocytes in the bone marrow 2024-06-11, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2023012367 PMID:38522092	研究论文	研究探讨了SARS-CoV-2感染对骨髓中巨核细胞转录组的影响	首次揭示了SARS-CoV-2感染在系统性炎症期间对骨髓巨核细胞转录组的显著影响，并发现这些变化与细胞靠近窦状血管的距离无关	研究仅限于小鼠模型，未检测到SARS-CoV-2 RNA在骨髓中的存在	探究SARS-CoV-2感染是否会影响骨髓中巨核细胞的转录组	骨髓中的巨核细胞	数字病理学	COVID-19	空间转录组学	机器学习	转录组数据	健康小鼠和COVID-19小鼠的骨髓巨核细胞
6707	2024-11-08	Development of novel lysosome-related signatures and their potential target drugs based on bulk RNA-seq and scRNA-seq for diabetic foot ulcers 2024-06-11, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-024-00629-1 PMID:38862997	研究论文	本研究通过bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，识别了与糖尿病足溃疡（DFU）相关的1393个差异表达基因（DEGs），并利用机器学习算法筛选出CLU、RABGEF1和ENPEP作为DFU的新型溶酶体相关分子标志物，并验证了其诊断性能。此外，通过靶向这些标志物，发现了latamoxef、parthenolide、meclofenoxate和lomustine作为潜在的抗DFU药物。	本研究首次通过bulk RNA-seq和scRNA-seq数据结合机器学习算法，识别出CLU、RABGEF1和ENPEP作为DFU的新型溶酶体相关分子标志物，并发现了潜在的抗DFU药物。	本研究主要基于GEO数据库中的数据进行分析，未涉及临床试验验证，因此结果的临床应用仍需进一步验证。	识别糖尿病足溃疡（DFU）的新型分子标志物和潜在治疗药物，以改善DFU患者的预后和降低致残率。	糖尿病足溃疡（DFU）及其相关分子标志物和治疗药物。	数字病理学	糖尿病	RNA-seq	人工神经网络	RNA序列	NA
6708	2024-11-08	Pan-cancer analysis of CDKN2A alterations identifies a subset of gastric cancer with a cold tumor immune microenvironment 2024-05-31, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-024-00615-7 PMID:38822443	研究论文	研究探讨了CDKN2A突变和缺失与泛癌种中免疫检查点抑制剂治疗反应及总体生存期的关联	发现CDKN2A突变和缺失与免疫检查点抑制剂治疗反应及总体生存期的关联，并揭示了CDKN2A突变和缺失对肿瘤免疫微环境的影响	研究样本主要来自四个队列，可能存在样本偏倚；未详细探讨CDKN2A突变和缺失的具体机制	确定CDKN2A突变和缺失与泛癌种中总体生存期及免疫检查点抑制剂治疗反应的关联	CDKN2A突变和缺失在泛癌种中的作用及其对免疫检查点抑制剂治疗反应的影响	数字病理学	胃癌	肿瘤测序	NA	基因组数据	45,000名肿瘤患者
6709	2024-11-08	A Multimodal Omics Framework to Empower Target Discovery for Cardiovascular Regeneration 2024-Apr, Cardiovascular drugs and therapy IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s10557-023-07484-7 PMID:37421484	综述	本文综述了利用单细胞RNA测序技术在多物种和多发育阶段中研究健康和受损心脏的发现，并提出了一种多物种、多组学的元分析框架，以推动心血管再生新靶点的发现	提出了一个多物种、多组学的元分析框架，以推动心血管再生新靶点的发现	NA	推动心血管再生新靶点的发现	健康和受损心脏的细胞转录组	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	转录组	多物种和多发育阶段的样本
6710	2024-11-08	InPACT: a computational method for accurate characterization of intronic polyadenylation from RNA sequencing data 2024-Mar-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46875-8 PMID:38519498	研究论文	提出了一种名为InPACT的计算方法，用于从RNA测序数据中准确表征内含子多聚腺苷酸化	InPACT能够从常规RNA-seq数据中精确表征内含子多聚腺苷酸化，并成功识别出许多先前未注释的内含子多聚腺苷酸化转录本	NA	开发一种可靠的方法来准确表征内含子多聚腺苷酸化	内含子多聚腺苷酸化转录本及其在不同细胞类型中的表达	生物信息学	NA	RNA测序	NA	RNA测序数据	人类细胞、单细胞RNA测序数据
6711	2024-11-08	Light and dopamine impact two circadian neurons to promote morning wakefulness 2024-Mar-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.04.583333 PMID:38496661	研究论文	研究探讨了光线和多巴胺如何影响果蝇的昼夜节律神经元，促进早晨的清醒	首次揭示了光线通过调节多巴胺受体Dop1R1的mRNA水平，影响果蝇早晨清醒的机制	研究仅限于果蝇模型，尚未在哺乳动物中验证	探讨光线和多巴胺对果蝇早晨清醒的影响机制	果蝇的昼夜节律神经元和多巴胺受体Dop1R1	神经科学	NA	单细胞测序、CRISPR/Cas9基因编辑、活体成像	NA	mRNA表达数据	17组昼夜节律神经元，包括两组特定的侧神经元(LNs)
6712	2024-11-08	Enhancing prognostic power in multiple myeloma using a plasma cell signature derived from single-cell RNA sequencing 2024-03-06, Blood cancer journal IF:12.9Q1 DOI:10.1038/s41408-024-01024-8 PMID:38443358	研究论文	利用单细胞RNA测序数据开发了一种新的浆细胞基因特征，并评估了其在多发性骨髓瘤中的预后能力	开发了一种新的浆细胞基因特征（PBM评分），该评分在多发性骨髓瘤中的预后效果独立于现有的国际分期系统（ISS）和修订ISS（R-ISS）	NA	提高多发性骨髓瘤的预后能力	多发性骨髓瘤及其相关浆细胞恶性肿瘤	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	2115个样本，包括1978个多发性骨髓瘤、65个意义未明的单克隆丙种球蛋白病、35个冒烟型多发性骨髓瘤和37个健康对照
6713	2024-11-08	PPARγ Attenuates Cellular Senescence of Alveolar Macrophages in Asthma- COPD Overlap 2024-Mar-05, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4009724/v1 PMID:38496493	研究论文	研究探讨了哮喘-慢性阻塞性肺疾病重叠（ACO）中肺泡巨噬细胞的细胞衰老及其调控基因PPARγ的作用	首次揭示了PPARγ在调节ACO患者肺泡巨噬细胞衰老中的关键作用，并提出其作为潜在治疗靶点的可能性	研究主要基于公共单细胞RNA测序数据和独立队列研究的bulk RNA-Seq及CyTOF数据，缺乏体内实验验证	探讨ACO中主要炎症细胞及其细胞衰老情况，并揭示调控衰老的关键基因	ACO患者的肺组织和支气管肺泡灌洗液中的巨噬细胞	数字病理学	呼吸系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、bulk RNA-Seq、CyTOF	NA	RNA序列数据	ACO患者肺组织样本及支气管肺泡灌洗液样本
6714	2024-11-08	Diverse macrophage populations contribute to distinct manifestations of human cutaneous graft-versus-host disease 2024-02-16, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljad402 PMID:38010706	研究论文	研究了不同巨噬细胞群体在人类皮肤移植物抗宿主病中的不同表现	首次详细描述了单核吞噬细胞在急性皮肤移植物抗宿主病中的身份、起源和功能，并揭示了其在不同临床亚型中的动态作用	研究样本量较小，且仅限于急性皮肤移植物抗宿主病，可能无法全面反映所有类型移植物抗宿主病的情况	研究单核吞噬细胞在急性皮肤移植物抗宿主病中的作用，以期为治疗提供新策略	急性皮肤移植物抗宿主病患者中的单核吞噬细胞	NA	移植物抗宿主病	单细胞RNA测序和多重组织免疫荧光	NA	RNA	36名急性皮肤移植物抗宿主病患者
6715	2024-11-08	Inflammatory Mediators Suppress FGFR2 Expression in Human Keratinocytes to Promote Inflammation 2024, Molecular and cellular biology IF:3.2Q3 DOI:10.1080/10985549.2024.2399766 PMID:39340759	研究论文	研究探讨了炎症介质如何抑制人角质形成细胞中FGFR2的表达以促进炎症	首次揭示了FGFR2在人角质形成细胞中抑制炎症的关键作用，并提出了FGFR2下调在特应性皮炎及其他炎症性疾病发病机制中的潜在作用	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	探讨FGFR2在人角质形成细胞中的功能及其在炎症性疾病中的作用	人角质形成细胞及特应性皮炎患者皮肤样本	NA	特应性皮炎	CRISPR/Cas9基因编辑技术，RNA测序	NA	RNA	体外培养的人角质形成细胞及特应性皮炎患者皮肤样本
6716	2024-11-08	Single-Cell Transcriptomics Reveals STAT1 Drives LHPP Downregulation in Esophageal Squamous Cell Carcinoma Progression 2024 Jan-Dec, Technology in cancer research & treatment IF:2.7Q3 DOI:10.1177/15330338241293485 PMID:39497541	研究论文	本研究利用单细胞转录组学数据探讨了食管鳞状细胞癌（ESCC）中STAT1对LHPP下调的驱动作用	发现了STAT1在ESCC发病机制中对LHPP表达的调控作用，揭示了STAT1与LHPP之间的复杂调控回路	NA	探索食管鳞状细胞癌（ESCC）的分子机制和细胞动力学，特别是转录因子STAT1及其与LHPP的调控关系	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者及其细胞系	数字病理学	食管癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	21名ESCC患者
6717	2024-11-08	Approaches for Benchmarking Single-Cell Gene Regulatory Network Methods 2024, Bioinformatics and biology insights IF:2.3Q3 DOI:10.1177/11779322241287120 PMID:39502448	研究论文	本文讨论了单细胞基因调控网络方法的基准测试方法	本文首次全面讨论了基准测试方法，并提出了替代的基准数据集和额外的考虑因素	本文未具体讨论每种方法的优缺点，而是集中在基准测试方法的讨论上	探讨单细胞基因调控网络方法的基准测试方法	单细胞基因调控网络方法	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	基因数据	NA
6718	2024-11-08	Ustekinumab affects myofibroblast metabolism to alleviate intestinal fibrosis by targeting KDELC1 in Crohn's disease through multi-machine learning combined with single-cell sequencing analysis 2024, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2024.1476592 PMID:39502647	研究论文	本研究通过多机器学习结合单细胞测序分析，探讨了乌司奴单抗通过靶向KDELC1基因缓解克罗恩病肠道纤维化的机制	首次揭示了乌司奴单抗通过靶向KDELC1基因影响肌成纤维细胞代谢，从而缓解肠道纤维化的机制	研究样本量较小，且仅限于克罗恩病患者，未来需扩大样本量并验证在其他疾病中的适用性	探讨乌司奴单抗在克罗恩病中缓解肠道纤维化的遗传机制	克罗恩病患者的肠道组织及健康对照组的肠道组织	生物信息学	克罗恩病	单细胞测序	随机森林	基因表达数据	克罗恩病患者和健康对照组的内镜手术标本
6719	2024-11-08	Histamine and Th2 cytokines independently and synergistically upregulate MMP12 expression in human M2 macrophages 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1429009 PMID:39502691	研究论文	研究探讨了组胺和Th2细胞因子在人M2巨噬细胞中独立及协同上调MMP12表达的机制	揭示了Th2细胞因子和组胺调控MMP12表达的新机制，可能影响特应性皮炎皮肤屏障稳态	NA	研究MMP12在特应性皮炎皮肤病变中的表达及其调控机制	特应性皮炎患者的皮肤病变和健康个体的M2巨噬细胞	NA	特应性皮炎	RNA测序 (scRNA-seq), 定量PCR, ELISA	NA	RNA	特应性皮炎患者和健康个体的M2巨噬细胞样本
6720	2024-11-08	Wound-healing plasticity enables clonal expansion of founder progenitor cells in colitis 2023-11-06, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.08.011 PMID:37652012	研究论文	研究揭示了急性小鼠结肠炎中，伤口愈合过程中的克隆扩展机制	首次通过三维成像、定量命运图谱和单细胞转录组学揭示了伤口愈合过程中上皮细胞的非增殖可塑状态及其对克隆扩展的影响	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨慢性结肠损伤和炎症中克隆扩展的机制	急性小鼠结肠炎中的上皮细胞和创始前体细胞	NA	NA	三维成像、定量命运图谱、单细胞转录组学	NA	图像、转录组数据	小鼠模型