单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 6701 - 6720 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6701 | 2024-10-29 |
A comparison of marker gene selection methods for single-cell RNA sequencing data
2024-02-26, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03183-0
PMID:38409056
|
研究论文 | 本文比较了59种用于单细胞RNA测序数据中标记基因选择的计算方法 | 首次全面评估了多种标记基因选择方法在单细胞RNA测序数据中的表现 | 仅限于单细胞RNA测序数据，未涵盖其他类型的基因表达数据 | 评估和比较不同标记基因选择方法在单细胞RNA测序数据中的性能 | 单细胞RNA测序数据中的标记基因选择方法 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 14个真实数据集和超过170个模拟数据集 |
| 6702 | 2024-10-29 |
Molecular portraits of patients with intrahepatic cholangiocarcinoma who diverge as rapid progressors or long survivors on chemotherapy
2024-02-23, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2023-330748
PMID:37758326
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研究论文 | 研究通过分子分析预测肝内胆管癌患者对化疗的反应 | 首次通过预处理分子谱预测肝内胆管癌患者对化疗的反应，并揭示了肿瘤与骨髓细胞动态变化对化疗反应的影响 | 需要进一步开发和验证该转录组特征以应用于精准化疗策略 | 研究肝内胆管癌患者在接受化疗后快速进展或长期生存的分子基础 | 肝内胆管癌患者及其诊断活检样本 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 全转录组分析、空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 一批具有可比基线特征的肝内胆管癌患者 |
| 6703 | 2024-10-29 |
Scalable nonparametric clustering with unified marker gene selection for single-cell RNA-seq data
2024-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.11.579839
PMID:38405697
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研究论文 | 本文介绍了一种名为NCLUSION的无参数聚类方法，用于单细胞RNA测序数据，能够在聚类的同时选择标记基因 | NCLUSION采用贝叶斯稀疏先验的无穷混合模型，能够在聚类的同时识别标记基因，避免了用户指定的启发式方法和后选择差异表达分析的局限性 | NA | 解决当前单细胞RNA测序数据聚类方法中用户指定启发式和后选择差异表达分析的局限性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 无穷混合模型 | 表达数据 | 多达数百万个细胞的数据集 |
| 6704 | 2024-10-29 |
Established and emerging techniques for the study of microglia: visualization, depletion, and fate mapping
2024, Frontiers in cellular neuroscience
IF:4.2Q2
DOI:10.3389/fncel.2024.1317125
PMID:38425429
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综述 | 本文综述了用于研究小胶质细胞的现有和新兴技术，包括可视化、耗竭和命运图谱 | 介绍了用于研究小胶质细胞形态、超微结构和动力学的标记工具和报告模型，以及用于选择性小胶质细胞耗竭和调节的策略 | NA | 旨在全面讨论这些现有和新兴技术，并应用于研究小胶质细胞在发育、稳态和中枢神经系统病理中的作用 | 小胶质细胞及其在中枢神经系统中的功能 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA | NA |
| 6705 | 2024-10-29 |
moSCminer: a cell subtype classification framework based on the attention neural network integrating the single-cell multi-omics dataset on the cloud
2024, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.17006
PMID:38426141
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研究论文 | 本文介绍了一种基于注意力神经网络的细胞亚型分类框架moSCminer，该框架整合了单细胞多组学数据集 | 首次将三种单细胞多组学数据集（基因表达、DNA甲基化和DNA可及性）整合用于细胞亚型识别，并利用注意力机制学习各组学特征的相对重要性 | NA | 开发一种自动化的计算预测框架，用于从单细胞多组学数据中准确注释细胞亚型 | 单细胞多组学数据集中的细胞亚型 | 数字病理学 | NA | 单细胞多组学测序 | 注意力神经网络 | 多组学数据 | NA |
| 6706 | 2024-10-29 |
Macrophage-Myofibroblast Transition as a Potential Origin for Skeletal Muscle Fibrosis After Injury via Complement System Activation
2024, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S450599
PMID:38384372
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研究论文 | 研究急性骨骼肌损伤后肌成纤维细胞的来源及其在纤维化形成中的作用 | 首次证明急性损伤后骨骼肌中存在巨噬细胞向肌成纤维细胞的转变，并揭示补体系统在此过程中的激活作用 | 需要更多证据直接支持巨噬细胞向肌成纤维细胞转变在急性损伤后骨骼肌纤维化中的促纤维化作用 | 探讨急性骨骼肌损伤后纤维化的来源及其机制，为开发抗纤维化疗法提供依据 | 小鼠急性骨骼肌损伤后的单细胞转录组 | NA | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 小鼠骨骼肌样本 |
| 6707 | 2024-10-29 |
Establishment of a chemokine-based prognostic model and identification of CXCL10+ M1 macrophages as predictors of neoadjuvant therapy efficacy in colorectal cancer
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1400722
PMID:39170612
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研究论文 | 本文构建了一个基于趋化因子的预测模型，并识别出CXCL10+ M1巨噬细胞作为预测新辅助治疗效果的标志物 | 本文首次将趋化因子与新辅助治疗效果关联，并利用单细胞RNA测序技术识别出CXCL10+ M1巨噬细胞作为潜在的治疗反应预测因子 | 本文的验证主要基于TCGA和GEO数据库的数据，未来需要在更多临床样本中进行验证 | 构建一个基于趋化因子的预测模型，以帮助风险分层和个性化治疗 | 结直肠癌患者的新辅助治疗效果 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO-Cox预测模型 | RNA-seq数据 | NA |
| 6708 | 2024-10-29 |
Single-cell RNA sequencing highlights the immunosuppression of IDO1+ macrophages in the malignant transformation of oral leukoplakia
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.99112
PMID:39239507
|
研究论文 | 研究了IDO1+巨噬细胞在口腔白斑恶性转化中的免疫抑制作用 | 首次构建了包含口腔鳞状细胞癌、癌前口腔白斑和癌旁组织的单细胞转录组图谱，并验证了IDO1+巨噬细胞在口腔癌变中的免疫抑制作用 | 样本量较小，仅涉及3名患者 | 探讨IDO1+巨噬细胞在口腔癌变中的免疫抑制作用及其机制 | 口腔鳞状细胞癌、癌前口腔白斑和癌旁组织中的巨噬细胞亚群 | 数字病理学 | 口腔癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 3名患者 |
| 6709 | 2024-10-29 |
Activation of Toll-like receptor 2 promotes mesenchymal stem/stromal cell-mediated immunoregulation and angiostasis through AKR1C1
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.100327
PMID:39239520
|
研究论文 | 研究TLR2激活对间充质干细胞（MSCs）介导的免疫调节和血管生成抑制的影响 | 首次揭示了TLR2-AKR1C1信号通路在MSCs中的重要作用，及其在损伤后维持组织稳态中的功能 | 研究主要集中在体外实验和小鼠模型，需要进一步验证在人体中的效果 | 探讨TLR2在损伤后MSCs稳态功能中的作用 | 间充质干细胞（MSCs）、单核细胞/巨噬细胞、小鼠模型 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 |
| 6710 | 2024-10-29 |
DAB2 + macrophages support FAP + fibroblasts in shaping tumor barrier and inducing poor clinical outcomes in liver cancer
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.99046
PMID:39239526
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研究论文 | 研究探讨了肝癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性和细胞间通讯，发现DAB2+巨噬细胞支持FAP+成纤维细胞形成肿瘤屏障并导致不良临床结局 | 通过综合分析单细胞、批量和空间转录组数据，揭示了肝癌中CAFs的复杂性及其与巨噬细胞的相互作用 | 研究主要集中在肝癌，未来需要验证这种通讯模式在其他实体恶性肿瘤中的适用性 | 深入理解肝癌中CAFs的异质性和细胞间通讯，以提高免疫治疗效果和改善临床结局 | 肝癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）和肿瘤相关巨噬细胞（TAMs） | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量转录组分析、空间转录组分析、多重免疫荧光 | NA | 转录组数据 | 235个肝癌scRNA-seq样本，包含超过120万细胞，以及90名肝癌患者的临床队列 |
| 6711 | 2024-10-28 |
Recent advances in spatially variable gene detection in spatial transcriptomics
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2024.01.016
PMID:38370977
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综述 | 本文综述了空间转录组学中空间变异基因检测的最新进展 | 本文介绍了近年来提出的多种新方法及其创新概念 | NA | 探讨空间转录组学数据分析中的空间变异基因检测方法 | 空间转录组学数据中的空间变异基因 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | NA | 转录组数据 | NA |
| 6712 | 2024-10-28 |
CancerSCEM 2.0: an updated data resource of single-cell expression map across various human cancers
2024-Oct-26, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae954
PMID:39460627
|
研究论文 | CancerSCEM 2.0是一个更新后的单细胞表达图谱数据资源，涵盖多种人类癌症 | CancerSCEM 2.0增加了拷贝数变异评估、转录因子富集、伪时间轨迹构建和多种生物特征评分，并引入了新的单细胞水平癌症代谢图 | NA | 提供一个集成、分析和可视化单细胞RNA测序数据的公共资源，支持癌症相关研究 | 单细胞RNA测序数据，涵盖肿瘤、匹配正常和外周血样本 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 1466个数据集，涵盖127个研究项目和74种癌症类型 |
| 6713 | 2024-10-28 |
Atp13a5 Marker Reveals Pericyte Specification in the Mouse Central Nervous System
2024-Oct-23, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.0727-24.2024
PMID:39261008
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研究论文 | 本文报道了一种新的中枢神经系统（CNS）周细胞标记物Atp13a5，并通过单细胞转录组学和基因敲入模型验证了其在小鼠CNS中的特异性 | 首次发现Atp13a5作为CNS周细胞的特异性标记物，并建立了带有tdTomato报告基因和Cre重组酶的敲入模型 | 研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他物种 | 揭示CNS周细胞的功能特异性，并为研究周细胞异质性和血脑屏障功能提供可靠工具 | 小鼠CNS中的周细胞及其在血脑屏障中的作用 | NA | NA | 单细胞转录组学 | 基因敲入模型 | 基因表达数据 | 小鼠胚胎和成年小鼠的CNS组织 |
| 6714 | 2024-10-28 |
Potential mechanisms of metabolic reprogramming induced by ischemia-reperfusion injury in diabetic myocardium
2024-Oct, Journal of diabetes
IF:3.0Q2
DOI:10.1111/1753-0407.70018
PMID:39450829
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研究论文 | 研究探讨了糖尿病心肌在缺血-再灌注损伤后的代谢重编程及其潜在机制 | 首次通过代谢组学和单细胞RNA测序技术揭示了糖尿病心肌在缺血-再灌注损伤后脂肪酸代谢的显著上升趋势，并发现PPARA信号通路的过度激活可能参与了代谢重编程的调控 | 研究仅限于db/db小鼠模型，结果的普适性有待进一步验证 | 探索糖尿病心肌在缺血-再灌注损伤后的代谢重编程及其潜在机制 | 糖尿病心肌在缺血-再灌注损伤后的代谢变化 | NA | 心血管疾病 | 代谢组学, 单细胞RNA测序 | NA | 代谢物, RNA | 四组小鼠心脏组织样本 |
| 6715 | 2024-10-26 |
Single-Cell RNA Sequencing and Combinatorial Approaches for Understanding Heart Biology and Disease
2024-Sep-30, Biology
DOI:10.3390/biology13100783
PMID:39452092
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序和组合方法在理解心脏生物学和疾病中的最新进展 | 结合转录组与空间维度和其他组学数据，提供对单细胞功能、微环境、动态过程及其相互关系的全面理解 | NA | 介绍单细胞分辨率下心脏健康和疾病的最新进展及其未来应用前景 | 心脏细胞的多样性及其在心脏发育和疾病中的作用 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组、基因组、表观基因组和蛋白质组数据 | 数百到数百万个单细胞 |
| 6716 | 2024-10-28 |
Catching the Big Fish in Big Data: A Meta-Analysis of Zebrafish Kidney scRNA-Seq Datasets Highlights Conserved Molecular Profiles of Macrophages and Neutrophils in Vertebrates
2024-Sep-27, Biology
DOI:10.3390/biology13100773
PMID:39452082
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meta-analysis | 本文通过meta分析斑马鱼肾脏单细胞RNA测序数据，揭示了脊椎动物巨噬细胞和中性粒细胞的保守分子特征 | 首次对斑马鱼肾脏免疫细胞进行大规模单细胞RNA测序meta分析，确认了与哺乳动物相似的关键遗传通路 | 研究仅限于斑马鱼肾脏免疫细胞，未涵盖其他物种或组织 | 探讨脊椎动物先天免疫系统的保守分子特征 | 斑马鱼肾脏中的巨噬细胞和中性粒细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 约250,000个免疫细胞 |
| 6717 | 2024-10-28 |
A robust statistical approach for finding informative spatially associated pathways
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae543
PMID:39451157
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研究论文 | 本文介绍了一种新的统计框架，用于识别与空间变异性相关的功能通路 | 该方法通过创新地应用布朗距离协方差检验，直接识别与空间变异性相关的功能通路，避免了基因选择和参数选择的限制，允许非线性和复杂依赖关系 | NA | 旨在通过分析空间转录组数据，深入理解细胞在不同空间域中的活动协调机制 | 人类和小鼠的实际数据集 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 布朗距离协方差检验 | 基因表达数据 | 人类和小鼠的数据集 |
| 6718 | 2024-10-28 |
Intracellular spatial transcriptomic analysis toolkit (InSTAnT)
2024-Sep-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-49457-w
PMID:39242579
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研究论文 | 本文介绍了一种名为InSTAnT的计算工具包，用于从空间转录组数据中提取分子关系 | InSTAnT通过专门的统计测试和算法，能够检测基因对和模块在单分子分辨率下的共定位模式 | NA | 开发一种工具来解锁基于成像的空间转录组技术（如MERFISH）的全部潜力，以发现亚细胞生物模式 | 基因对和模块在单细胞和细胞景观中的共定位模式 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 五个不同数据集，代表两种不同的细胞系、两种脑结构、两种物种和三种不同技术 |
| 6719 | 2024-10-28 |
Single-cell sequencing reveals the transcriptional alternations of 17β-estradiol suppressing primordial follicle formation in neonatal mouse ovaries
2024-Sep, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13713
PMID:38988058
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研究论文 | 研究揭示了17β-雌二醇抑制新生小鼠卵巢原始卵泡形成的转录变化 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了17β-雌二醇处理对新生小鼠卵巢原始卵泡形成和细胞增殖的抑制作用及其分子机制 | 研究仅限于新生小鼠模型，未探讨其他动物模型或人类中的情况 | 探讨雌激素在原始卵泡形成中的调控作用 | 新生小鼠卵巢中的原始卵泡和相关细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 新生小鼠卵巢样本 |
| 6720 | 2024-10-28 |
Pan-cancer analysis of ABCC1 as a potential prognostic and immunological biomarker
2024-Mar, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2024.101882
PMID:38290247
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研究论文 | 本文研究了ABCC1在多种癌症中的表达及其作为预后和免疫生物标志物的潜力 | 首次全面分析了ABCC1在癌症免疫浸润和泛癌预后中的作用 | 研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，缺乏临床试验验证 | 探讨ABCC1在癌症中的表达及其对预后和免疫反应的影响 | ABCC1在不同癌症类型中的表达及其与免疫细胞浸润的关系 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 涉及多种癌症类型的TCGA数据和GEO数据库中的肝细胞癌scRNA-seq数据 |