单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27667 篇文献，本页显示第 6681 - 6700 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6681 | 2024-11-15 |
Alveolar regeneration by airway secretory-cell-derived p63+ progenitors
2024-Nov-07, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2024.08.005
PMID:39232560
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研究论文 | 研究报道了在博莱霉素诱导的小鼠肺损伤后，p63阳性祖细胞从气道分泌细胞中出现，并参与肺泡修复和再生 | 首次揭示了p63阳性祖细胞来源于气道分泌细胞，并在肺损伤后通过不同途径分化为肺泡I型和II型细胞 | NA | 阐明肺损伤后肺泡修复和再生的机制 | p63阳性祖细胞的来源和分化途径 | NA | NA | 单细胞RNA测序、克隆分析、双重组酶介导的顺序遗传谱系追踪 | NA | RNA | 小鼠肺组织样本 |
| 6682 | 2024-11-15 |
Macrophage-mediated heart repair and remodeling: A promising therapeutic target for post-myocardial infarction heart failure
2024-Nov, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.31372
PMID:39014935
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综述 | 本文综述了巨噬细胞在心肌梗死后心脏修复和重塑中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 本文整合了巨噬细胞在心肌梗死后心衰过程中的时空动态、功能、机制和信号传导，并讨论了新兴的生物材料和针对巨噬细胞的治疗剂 | NA | 揭示心肌梗死后心衰的机制，并探讨巨噬细胞靶向治疗的可能性 | 巨噬细胞在心肌梗死后心脏修复和重塑中的作用 | NA | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 6683 | 2024-11-15 |
Decoder-seq enhances mRNA capture efficiency in spatial RNA sequencing
2024-Nov, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-02086-y
PMID:38228777
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Decoder-seq的空间RNA测序技术，该技术结合了树枝状纳米基质和微流控坐标条码，提高了mRNA捕获效率和分辨率 | Decoder-seq技术在DNA密度和分辨率方面相比现有方法有显著提升，同时保持了高灵敏度 | NA | 开发一种高灵敏度和高分辨率的空间RNA测序技术 | 小鼠嗅球中的低表达嗅觉受体基因、小鼠海马体的空间单细胞图谱、人类肾细胞癌的肿瘤微环境 | 空间转录组学 | 肾细胞癌 | 空间RNA测序 | NA | RNA | 小鼠嗅球、小鼠海马体、人类肾细胞癌样本 |
| 6684 | 2024-11-15 |
Inhibition of JNK ameliorates rod photoreceptor degeneration in a mouse model of retinitis pigmentosa
2024-Nov, FEBS letters
IF:3.0Q3
DOI:10.1002/1873-3468.14978
PMID:39010325
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研究论文 | 研究了JNK抑制对视网膜色素变性小鼠模型中视杆细胞退化的影响 | 发现JNK信号通路的增强与视网膜色素变性中的视杆细胞退化有关，并通过抑制JNK减轻了微胶质细胞的激活和视杆细胞的退化 | NA | 探讨视网膜色素变性中视杆细胞退化的分子机制及潜在治疗策略 | 视网膜色素变性小鼠模型中的视杆细胞和微胶质细胞 | NA | 视网膜色素变性 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | rd1小鼠模型 |
| 6685 | 2024-11-15 |
Understanding mechanisms of JAK1 inhibition on synovial fibroblasts using combinatorial approaches of bulk and single cell RNAseq analyses
2024-11, Clinical and experimental rheumatology
IF:3.4Q2
DOI:10.55563/clinexprheumatol/s705qn
PMID:38910570
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研究论文 | 研究使用组合方法分析JAK1抑制剂对类风湿关节炎患者滑膜成纤维细胞的影响 | 首次通过bulk和单细胞RNA测序分析JAK1抑制剂对滑膜成纤维细胞的影响，揭示了JAK抑制剂不仅抑制炎症通路，还导致成纤维细胞分化为多个异质性细胞群 | 样本量较小，仅包括6个bulk RNA-seq和4个scRNA-seq供体 | 研究JAK1抑制剂对类风湿关节炎患者滑膜成纤维细胞的分子效应 | 类风湿关节炎患者的滑膜成纤维细胞 | NA | 类风湿关节炎 | RNA测序 | NA | RNA | 6个bulk RNA-seq供体和4个scRNA-seq供体 |
| 6686 | 2024-11-15 |
A Comprehensive Analysis of LYAR in Colorectal Cancer: Prognostic Marker and Therapeutic Target
2024-Nov, Cancer biotherapy & radiopharmaceuticals
DOI:10.1089/cbr.2023.0181
PMID:39159060
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研究论文 | 研究探讨了LYAR在结直肠癌中的生物学机制和临床价值 | 发现LYAR在结直肠癌组织中显著上调，与不良预后相关，并揭示了其在肿瘤免疫微环境中的作用及作为治疗靶点的潜力 | NA | 探索LYAR在结直肠癌中的生物学功能及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力 | LYAR在结直肠癌中的表达、功能及其与临床病理特征和患者预后的关系 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 基因集富集分析 (GSEA), 免疫组化, 单细胞RNA测序 | NA | mRNA表达数据, 蛋白质表达数据 | 多个公共数据库和内部免疫组化数据 |
| 6687 | 2024-11-15 |
Chromosome-contiguous genome for the Haecon-5 strain of Haemonchus contortus reveals marked genetic variability and enables the discovery of essential gene candidates
2024-Nov, International journal for parasitology
IF:3.7Q1
DOI:10.1016/j.ijpara.2024.08.003
PMID:39168434
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研究论文 | 本文报道了澳大利亚Haecon-5株Haemonchus contortus的染色体连续基因组，并利用该基因组和转录组资源预测了关键基因候选者 | 首次提供了Haecon-5株的高质量染色体连续基因组，并发现了显著的基因组变异和基因排列差异 | 需要进一步研究以阐明所识别基因在寄生虫生物学和宿主-寄生虫相互作用中的具体作用 | 提供Haecon-5株的高质量基因组，以促进宿主-寄生虫相互作用、药物发现和群体遗传学等领域的研究 | Haecon-5株Haemonchus contortus的基因组和关键基因候选者 | 基因组学 | 寄生虫病 | 机器学习 | NA | 基因组数据 | Haecon-5株的基因组和转录组数据 |
| 6688 | 2024-11-15 |
Cross-Species Insights into Trophoblast Invasion During Placentation Governed by Immune-Featured Trophoblast Cells
2024-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202407221
PMID:39234818
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研究论文 | 本文通过比较分析大鼠、小鼠和猪的单细胞RNA测序数据，揭示了胎盘发育过程中滋养层细胞侵袭的调控机制，并使用人类子痫前期疾病模型进行了验证 | 发现了具有免疫特征的滋养层细胞（iTrophoblast），这种细胞仅存在于侵袭性胎盘中，并调控滋养层细胞在胎盘形成过程中的侵袭 | NA | 揭示胎盘发育过程中滋养层细胞侵袭的调控机制 | 大鼠、小鼠、猪的胎盘以及人类子痫前期疾病模型 | NA | 妊娠相关疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞立体测序（scStereo-seq） | NA | 单细胞RNA数据 | 大鼠、小鼠和猪的胎盘样本以及人类子痫前期疾病模型 |
| 6689 | 2024-11-15 |
Unveiling osmoregulation and immunological adaptations in Eleutheronema tetradactylum gills through high-throughput single-cell transcriptome sequencing
2024-Nov, Fish & shellfish immunology
IF:4.1Q1
DOI:10.1016/j.fsi.2024.109878
PMID:39245186
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研究论文 | 通过高吞吐量单细胞转录组测序揭示Eleutheronema tetradactylum鳃中的渗透调节和免疫适应 | 首次使用高吞吐量单细胞RNA测序技术分析Eleutheronema tetradactylum鳃中的细胞异质性，并首次将离子细胞细分为四个亚群 | NA | 研究Eleutheronema tetradactylum鳃中的渗透调节和免疫适应机制 | Eleutheronema tetradactylum鳃中的细胞类型和基因信息 | 基因组学 | NA | 高吞吐量单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 加权基因共表达网络分析 (WGCNA) | 转录组数据 | Eleutheronema tetradactylum鳃中的16种不同细胞类型 |
| 6690 | 2024-11-15 |
Mesoscopic structure graphs for interpreting uncertainty in non-linear embeddings
2024-Nov, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109105
PMID:39265479
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研究论文 | 本文提出了一种名为ManiGraph的节点链接可视化技术，用于解释非线性降维方法中的不确定性 | 通过构建动态介观结构图和测量区域适应的可信度，重新思考高维和低维空间之间的邻域保真度 | NA | 解决基于概率的非线性降维方法在计算过程中可能引入的失真误差和误导性可视化问题 | 非线性降维方法中的不确定性解释 | 机器学习 | NA | 非线性降维方法（如t-SNE和UMAP） | NA | 图像 | 包括3D玩具数据、fashion-MNIST、单细胞RNA测序数据和histopathology-MNIST |
| 6691 | 2024-11-15 |
Targeting the autoreactive CD8+ T-cell receptor in type 1 diabetes: Insights from scRNA-seq for immunotherapy
2024-Nov, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2024.107433
PMID:39343113
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了自身反应性CD8+ T细胞受体在1型糖尿病中的机制作用及潜在治疗应用 | 首次揭示了CD8 T细胞在1型糖尿病小鼠胰腺组织中的主要作用，并发现基因TRAJ23在1型糖尿病中的偏好性及其敲除对NOD小鼠症状的缓解作用 | 研究仅基于NOD小鼠模型，结果的普适性有待进一步验证 | 探讨自身反应性CD8+ T细胞受体在1型糖尿病中的作用机制及治疗潜力 | 1型糖尿病小鼠的CD8+ T细胞及其受体 | 免疫学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 非肥胖糖尿病（NOD）小鼠的T细胞数据 |
| 6692 | 2024-11-15 |
Pathogenic mechanisms, diagnostic, and therapeutic potential of microvesicles in diabetes and its complications
2024-Nov, Archives of biochemistry and biophysics
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.abb.2024.110168
PMID:39349130
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综述 | 本文综述了微泡在糖尿病及其并发症中的发病机制、诊断和治疗潜力 | 探讨了微泡作为糖尿病及其并发症的生物标志物和治疗工具的潜力 | 微泡的分离和表征、分子机制的理解以及临床验证仍存在挑战 | 分析微泡在糖尿病及其并发症中的作用，并探讨其作为诊断和治疗工具的潜力 | 微泡在糖尿病及其并发症中的作用 | NA | 糖尿病 | 单细胞RNA测序和蛋白质组学 | NA | NA | NA |
| 6693 | 2024-11-15 |
Quiescent cancer cells induced by high-density cultivation reveals cholesterol-mediated survival and lung metastatic traits
2024-Nov, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-024-02861-x
PMID:39390252
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研究论文 | 本文通过高密度培养诱导静止癌细胞模型，研究胆固醇介导的生存和肺转移特性 | 开发了一种通过高密度培养诱导的静止癌细胞模型，揭示了CDC25A在静止状态下的重要作用及其通过内体途径增强胆固醇代谢的机制 | 缺乏普遍接受的静止癌细胞模型限制了对静止癌细胞生存机制的理解 | 研究静止癌细胞在高密度培养条件下的生存机制及其在肺转移中的作用 | 静止癌细胞及其在高密度培养条件下的分子机制 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫沉淀-质谱（IP-MS）、代谢组学、胆固醇测定、PLA等分子实验 | NA | 单细胞RNA数据、代谢数据、机械力数据 | 涉及多种分子实验和动物模型 |
| 6694 | 2024-11-15 |
Single-cell transcriptome profiles and E-64 inhibitor data reveal the essential role of cysteine proteases in the ontogeny of Ichthyophthirius multifiliis
2024-Nov, Fish & shellfish immunology
IF:4.1Q1
DOI:10.1016/j.fsi.2024.109979
PMID:39442737
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序和E-64抑制剂数据揭示了胱氨酸蛋白酶在Ich病原体发育中的关键作用 | 首次通过单细胞RNA测序和E-64抑制剂实验验证了胱氨酸蛋白酶在Ich病原体发育中的重要作用 | 研究主要集中在体外实验，缺乏体内实验验证 | 探究Ich病原体发育机制并寻找有效的预防方法 | Ich病原体Ichthyophthirius multifiliis的不同发育阶段 | 数字病理学 | 鱼类疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 四个发育阶段的Ichthyophthirius multifiliis样本 |
| 6695 | 2024-11-15 |
Collapsible tree: interactive web app to present collapsible hierarchies
2024-Nov-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae645
PMID:39460943
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Collapsible Tree的JavaScript框架和交互式网页应用，用于展示可折叠的层次结构 | Collapsible Tree能够在单个层次图中展示单细胞转录组学的细胞状态和基因表达数据，支持跨谱系和亚谱系的基因表达比较 | NA | 开发一种新的数据可视化工具，以更好地展示单细胞转录组学中的层次结构 | 单细胞转录组学的基因表达数据和细胞谱系结构 | 计算机视觉 | NA | t-SNE, UMAP | NA | 基因表达数据 | NA |
| 6696 | 2024-11-15 |
Differential expression and co-expression reveal cell types relevant to genetic disorder phenotypes
2024-Nov-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae646
PMID:39468724
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研究论文 | 本研究整合了非疾病样本的单细胞RNA测序数据与已知的遗传疾病基因和表型信息，预测了482种疾病表型相关的特定细胞类型 | 通过差异表达和共表达机制，揭示了文献中未记录的新关联，强调了细胞环境在疾病表现中的关键作用 | NA | 确定罕见遗传疾病中受遗传变异影响的特定细胞类型，以推进诊断和治疗 | 482种疾病表型相关的细胞类型 | 基因组学 | 遗传疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 非疾病样本 |
| 6697 | 2024-11-15 |
SOX10 mediates glioblastoma cell-state plasticity
2024-Nov, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s44319-024-00258-8
PMID:39285246
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研究论文 | 研究探讨了SOX10在胶质母细胞瘤细胞状态可塑性中的作用，并利用这一机制设计了新的治疗策略 | 首次揭示了SOX10抑制通过神经干细胞/发育样细胞状态转变促进胶质母细胞瘤进展的机制，并提出了基于单细胞表型可塑性分析的肿瘤治疗设计 | 研究主要基于动物模型和细胞系，需要进一步的临床验证 | 探讨SOX10在胶质母细胞瘤治疗失败中的作用，并设计新的治疗策略 | 胶质母细胞瘤细胞和神经干细胞样细胞状态 | NA | 脑癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 动物模型和细胞系 |
| 6698 | 2024-11-15 |
GEEES: inferring cell-specific gene-enhancer interactions from multi-modal single-cell data
2024-Nov-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae638
PMID:39468737
|
研究论文 | 提出了一种名为GEEES的新方法，用于从多模态单细胞数据中推断细胞特异性的基因增强子相互作用 | GEEES能够在单细胞水平上推断基因增强子相互作用，并显著提高了性能，特别是在考虑基因增强子距离的情况下 | 尽管GEEES在性能上有所提升，但整体改进幅度不大，且现有实验驱动的基准数据集的一致性有限，需要新的高通量实验来验证 | 开发一种新的计算方法，用于从多模态单细胞数据中推断细胞特异性的基因增强子相互作用 | 基因增强子相互作用 | 生物信息学 | NA | 多变量回归 | NA | 多模态单细胞数据 | 大量基准数据集 |
| 6699 | 2024-11-15 |
Cellular responses to neoadjuvant FOLFOX6-bevacizumab treatment in colorectal cancers analyzed by single-cell transcriptome analysis
2024-Nov, Pathology, research and practice
DOI:10.1016/j.prp.2024.155681
PMID:39471526
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研究论文 | 研究了新辅助FOLFOX6联合贝伐珠单抗治疗对结直肠癌肿瘤微环境中细胞亚群的影响 | 首次通过单细胞RNA测序分析了新辅助FOLFOX6联合贝伐珠单抗治疗对结直肠癌肿瘤微环境中细胞亚群的具体变化 | 研究样本量较小，仅包括四名患者 | 探讨新辅助FOLFOX6联合贝伐珠单抗治疗对结直肠癌肿瘤微环境中细胞亚群的影响 | 结直肠癌患者的肿瘤组织 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 四名结直肠癌患者 |
| 6700 | 2024-11-15 |
Proximogram-A multi-omics network-based framework to capture tissue heterogeneity integrating single-cell omics and spatial profiling
2024-Nov, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109082
PMID:39255657
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研究论文 | 本文提出了一种基于多组学网络的框架Proximogram，用于整合单细胞组学和空间分析数据，以捕捉组织异质性 | Proximogram通过图表示法整合了独立获得的组学和空间数据，提高了分类效果 | NA | 开发一种可定制和可扩展的方法，以整合多模态生物数据，提高疾病分类的准确性 | 胰腺疾病的正常组织、慢性胰腺炎和胰腺导管腺癌 | 数字病理学 | 胰腺疾病 | 单细胞RNA测序、多重免疫荧光成像 | 图深度学习模型 | 图像、基因表达数据 | 来自两个胰腺疾病患者的样本 |