单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27773 篇文献，本页显示第 6681 - 6700 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6681 | 2024-11-19 |
Vulture: cloud-enabled scalable mining of microbial reads in public scRNA-seq data
2024-01-02, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giad117
PMID:38195165
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研究论文 | 介绍了一种名为Vulture的可扩展云端管道，用于在公共单细胞RNA测序数据中进行微生物读取的挖掘 | Vulture比本地工具和现有云端工具更快，且在云端计算系统上成本更低，能够从大规模公共单细胞RNA测序数据中挖掘未知的宿主-微生物相互作用 | NA | 开发一种可扩展且经济的框架，用于从大规模公共单细胞RNA测序数据中挖掘宿主-微生物相互作用 | 单细胞RNA测序数据中的微生物读取 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 2个COVID-19患者、3个肝细胞癌患者和2个胃癌患者的公共测序数据 |
| 6682 | 2024-11-19 |
EAGS: efficient and adaptive Gaussian smoothing applied to high-resolved spatial transcriptomics
2024-01-02, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giad097
PMID:38373746
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研究论文 | 本文提出了一种高效自适应高斯平滑（EAGS）方法，用于高分辨率空间转录组数据的插补 | EAGS方法通过自适应的双因子平滑，基于细胞的空间和表达信息创建模式，并利用这些模式为平滑过程创建自适应权重，从而恢复基因表达谱 | NA | 提高高分辨率空间转录组数据的信噪比和数据质量 | 高分辨率空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 高斯平滑 | NA | 空间转录组数据 | 小鼠大脑和嗅球的高分辨率空间转录组数据 |
| 6683 | 2024-11-19 |
Deciphering spatial domains from spatially resolved transcriptomics with Siamese graph autoencoder
2024-01-02, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giae003
PMID:38373745
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研究论文 | 本文提出了一种名为SGAE的新框架，用于空间域识别，结合了Siamese图自编码器的优势，以改进空间转录组数据分析中的细胞聚类性能 | SGAE通过在样本和特征层面减少信息相关性，提高了表示的区分能力，从而解决了现有GNN方法中的表示崩溃问题 | NA | 解决空间转录组数据分析中细胞聚类的表示崩溃问题，提高聚类性能 | 空间转录组数据中的细胞聚类 | 机器学习 | NA | 图神经网络 (GNN) | Siamese图自编码器 | 空间转录组数据 | NA |
| 6684 | 2024-11-19 |
Improved integration of single-cell transcriptome data demonstrates common and unique signatures of heart failure in mice and humans
2024-01-02, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giae011
PMID:38573186
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研究论文 | 本文通过改进的单细胞转录组数据整合方法，比较了小鼠和人类心力衰竭的转录特征 | 提出了名为OrthoIntegrate的整合管道，能够独特地分配直系同源基因并合并不同物种的单细胞RNA测序数据 | 发现小鼠模型与人类心力衰竭患者之间存在独特的调控途径，表明两者之间的可比性有限 | 研究小鼠和人类心力衰竭的共同和独特转录特征，以提高疾病模型的相似性和预测价值 | 心力衰竭患者和小鼠的心脏组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 心力衰竭患者和小鼠的心脏组织样本 |
| 6685 | 2024-11-19 |
TooManyCellsInteractive: A visualization tool for dynamic exploration of single-cell data
2024-Jan-02, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giae056
PMID:39172544
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研究论文 | 介绍了一种名为TooManyCellsInteractive的基于浏览器的JavaScript应用程序，用于交互式探索单细胞数据 | 提供了一个直观的界面，用于可视化和操作层次化细胞亚群的径向树表示，并允许用户在多个分辨率下轻松叠加、过滤和比较生物学特征 | NA | 开发一种用户友好的工具，用于探索和可视化大规模单细胞测序数据 | 单细胞数据中的细胞亚群 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞数据 | NA |
| 6686 | 2024-11-19 |
Interindividual Variation in Gut Nitrergic Neuron Density Is Regulated By GDNF Levels and ETV1
2024, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.101405
PMID:39299667
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研究论文 | 研究探讨了GDNF水平和ETV1对肠道一氧化氮能神经元密度个体间差异的调控机制 | 首次揭示了GDNF水平通过调节ETV1转录因子影响肠道一氧化氮能神经元密度和功能的机制 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类中验证 | 探究调控肠道神经系统的机制及其在常见人类疾病中的作用 | 人类和小鼠的肠道神经系统和GDNF水平 | NA | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | RNA | 41个正常成人结肠活检样本和人类及小鼠发育中肠道的单细胞RNA-seq数据 |
| 6687 | 2024-11-19 |
scShapes: a statistical framework for identifying distribution shapes in single-cell RNA-sequencing data
2022-12-28, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giac126
PMID:36691728
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scShapes的统计框架，用于识别单细胞RNA测序数据中的差异分布 | scShapes通过广义线性模型量化基因特异性细胞间变异性，能够检测与平均表达变化无关的细微差异，并识别通过标准方法未发现的生物学相关基因 | NA | 开发一种新的统计方法来分析单细胞RNA测序数据中的基因表达分布差异 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达分布 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 广义线性模型 | 基因表达数据 | NA |
| 6688 | 2024-11-19 |
Single-cell transcriptome analysis illuminating the characteristics of species-specific innate immune responses against viral infections
2022-12-28, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giad086
PMID:37848618
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，比较了灵长类动物和蝙蝠在面对病原体刺激时的免疫反应差异 | 发现了蝙蝠中由病原体刺激诱导的独特单核细胞亚群，并揭示了蝙蝠对DNA病毒感染的强大反应 | NA | 探讨不同物种间对病毒感染的先天免疫反应差异 | 灵长类动物（人类、黑猩猩和猕猴）和蝙蝠（埃及果蝠）的外周血单核细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及灵长类动物和蝙蝠的多种样本 |
| 6689 | 2024-11-19 |
Imputation method for single-cell RNA-seq data using neural topic model
2022-12-28, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giad098
PMID:38000911
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研究论文 | 本文介绍了一种基于神经主题模型的单细胞RNA测序数据插补方法scNTImpute | 提出了一种新的插补框架scNTImpute，利用神经网络提取单细胞转录组数据的潜在主题特征，并根据神经网络学习的混合模型确定受dropout现象影响的转录组数据，从而准确插补缺失表达值 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中由于dropout现象导致的零值过多问题，提高下游功能分析的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的缺失表达值 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经网络 | 转录组数据 | NA |
| 6690 | 2024-11-19 |
Cellsnake: a user-friendly tool for single-cell RNA sequencing analysis
2022-12-28, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giad091
PMID:37889009
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研究论文 | 介绍了一种名为Cellsnake的用户友好型单细胞RNA测序分析工具 | 开发了Cellsnake，一个综合、可重复且易于访问的单细胞数据分析工作流程，解决了非专家用户在使用现有工具时遇到的安装问题、缺乏关键功能或批处理模式以及学习曲线陡峭的问题 | NA | 开发一个用户友好的工具，用于单细胞RNA测序数据分析 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 6691 | 2024-11-19 |
Stardust: improving spatial transcriptomics data analysis through space-aware modularity optimization-based clustering
2022-08-10, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giac075
PMID:35946989
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研究论文 | 提出了一种新的空间转录组数据聚类方法Stardust，通过空间感知模块化优化进行聚类，以提高空间转录组数据的分析效果 | Stardust方法能够灵活地结合空间和转录组信息进行聚类，并提供参数自动调整和无参数版本，动态调整空间信息的贡献 | 尚未明确空间信息与转录组信息结合对聚类结果的具体改进程度 | 改进空间转录组数据的聚类分析，提高后续下游分析的准确性 | 空间转录组数据中的数据点（spots）及其聚类结果 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 聚类算法 | 空间转录组数据 | 使用了10x Genomics网站上的空间转录组数据集进行评估 |
| 6692 | 2024-11-19 |
scMAPA: Identification of cell-type-specific alternative polyadenylation in complex tissues
2022-04-30, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giac033
PMID:35488860
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研究论文 | 开发了一种名为scMAPA的计算方法，用于在复杂组织中识别细胞类型特异性的选择性多聚腺苷酸化（APA）基因 | scMAPA结合了计算变化点算法和统计模型，避免了现有方法对读取覆盖形状的假设，并能调整不期望的变异来源，提高了灵敏度、鲁棒性和稳定性 | NA | 开发一种新的计算方法，用于在单细胞RNA测序数据中识别细胞类型特异性的选择性多聚腺苷酸化基因 | 选择性多聚腺苷酸化（APA）基因在复杂组织中的细胞类型特异性功能 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | 计算变化点算法和统计模型 | RNA测序数据 | 包括人类外周血单核细胞和来自多个区域的小鼠脑组织中的多种细胞类型 |
| 6693 | 2024-11-19 |
Triku: a feature selection method based on nearest neighbors for single-cell data
2022-03-12, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giac017
PMID:35277963
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Triku的特征选择方法，用于单细胞RNA测序数据分析 | Triku通过选择在k近邻图中接近的细胞群表达的基因，优先选择定义主要细胞群的基因，从而避免了现有方法对高表达基因的偏倚 | NA | 开发一种新的特征选择方法，以提高单细胞RNA测序数据分析的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的基因选择 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人工和生物基准数据集 |
| 6694 | 2024-11-19 |
Comparative analysis of common alignment tools for single-cell RNA sequencing
2022-01-27, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giac001
PMID:35084033
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研究论文 | 本文比较了几种常见的单细胞RNA测序数据对齐工具的性能 | 本文首次详细比较了Cell Ranger 6、STARsolo、Kallisto、Alevin和Alevin-fry在10X Genomics数据上的表现 | 研究仅限于10X Genomics数据，未涵盖其他测序平台 | 评估不同单细胞RNA测序对齐工具在基因定量、整体性能和差异表达基因检测方面的差异 | Cell Ranger 6、STARsolo、Kallisto、Alevin和Alevin-fry五种工具 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 3个已发表的人类和小鼠数据集 |
| 6695 | 2024-11-18 |
Dissection of Gene Expression at the Single-Cell Level: scRNA-seq
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4192-7_9
PMID:39546202
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研究论文 | 本文讨论了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在基因表达研究中的应用 | scRNA-seq技术能够以单细胞分辨率揭示基因表达特征，识别与疾病相关的新细胞类型 | NA | 深入理解基因表达的单细胞分辨率 | 单细胞RNA测序技术及其在基因表达研究中的应用 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 数千到数百万个转录本 |
| 6696 | 2024-11-18 |
Characterization of CD8+ virtual memory T cells in IL-4 knockout mice using single-cell RNA sequencing
2024-Dec-17, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2024.150950
PMID:39515094
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研究论文 | 研究了IL-4敲除小鼠中CD8+虚拟记忆T细胞的单细胞RNA测序特征 | 首次详细描述了IL-4敲除小鼠中CD8+虚拟记忆T细胞的基因表达特征及其在缺乏IL-4情况下的变化 | 研究仅限于IL-4敲除小鼠，未探讨其他免疫调节因子对CD8+虚拟记忆T细胞的影响 | 探讨IL-4对CD8+虚拟记忆T细胞在周围组织中扩展的微小影响 | IL-4敲除C57BL/6小鼠的CD8+虚拟记忆T细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | Seurat分析 | 基因表达数据 | 来自野生型和IL-4敲除小鼠的CD8脾细胞 |
| 6697 | 2024-11-18 |
Discovering explainable biomarkers for breast cancer anti-PD1 response via network Shapley value analysis
2024-Dec, Computer methods and programs in biomedicine
IF:4.9Q1
DOI:10.1016/j.cmpb.2024.108481
PMID:39488042
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研究论文 | 本文提出了一种基于合作博弈理论的新型特征选择方法，用于识别乳腺癌免疫治疗反应的解释性生物标志物 | 本文创新性地将Shapley值分析应用于基因调控网络，以量化特征重要性，并通过网络扩展原则和节点邻接性来增强特征选择的可解释性 | NA | 旨在识别预测乳腺癌免疫治疗反应的生物标志物 | 乳腺癌患者的免疫治疗反应 | 机器学习 | 乳腺癌 | Shapley值分析 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 6698 | 2024-11-18 |
Long-Term Follow-up of Levonorgestrel Intrauterine Device for Atypical Hyperplasia and Early Endometrial Cancer Reveals Relapse Characterized by Immune Exhaustion
2024-Nov-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-0362
PMID:38922360
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研究论文 | 本文研究了左炔诺孕酮宫内节育器（LIUD）治疗子宫内膜非典型增生和早期子宫内膜癌的长期随访结果，发现复发与免疫耗竭相关 | 首次通过空间转录组学和计算细胞类型反卷积及通路分析，研究了LIUD治疗后的复发机制，揭示了免疫耗竭在复发中的作用 | 研究样本量较小，仅包括5名患者的纵向活检样本，可能影响结果的普适性 | 探讨LIUD治疗子宫内膜非典型增生和早期子宫内膜癌的长期疗效及复发机制 | 子宫内膜非典型增生和早期子宫内膜癌患者 | NA | 妇科肿瘤 | 空间转录组学（Nanostring GeoMX数字空间分析） | NA | 转录组数据 | 43名患者，其中5名患者的纵向活检样本 |
| 6699 | 2024-11-18 |
YAP1 Inhibition Induces Phenotype Switching of Cancer-Associated Fibroblasts to Tumor Suppressive in Prostate Cancer
2024-Nov-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0932
PMID:39137404
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研究论文 | 研究揭示了YAP1抑制剂在前列腺癌中诱导癌症相关成纤维细胞表型转换的机制 | 首次揭示了YAP1在调节癌症相关成纤维细胞表型中的作用，并提出了一种通过靶向YAP1来改变成纤维细胞亚型以增强免疫检查点阻断疗法效果的治疗策略 | NA | 揭示调节癌症相关成纤维细胞可塑性的机制，以增强前列腺癌对免疫检查点阻断疗法的响应 | 前列腺癌中的癌症相关成纤维细胞及其表型转换 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序、RNA测序、流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 四个前列腺癌单细胞RNA测序数据集 |
| 6700 | 2024-11-18 |
A Dual-Payload Antibody-Drug Conjugate Targeting CD276/B7-H3 Elicits Cytotoxicity and Immune Activation in Triple-Negative Breast Cancer
2024-Nov-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-4099
PMID:39186778
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研究论文 | 研究开发了一种双载荷抗体药物偶联物（DualADC），用于治疗三阴性乳腺癌（TNBC），通过靶向CD276/B7-H3诱导细胞毒性和免疫激活 | 首次开发了一种双载荷抗体药物偶联物，结合了传统的细胞毒性载荷和免疫调节的Toll样受体7/8激动剂，有效杀伤多种TNBC亚型并增强肿瘤微环境中的免疫功能 | NA | 开发一种新的抗体药物偶联物，用于治疗难治性转移性三阴性乳腺癌 | 三阴性乳腺癌（TNBC）及其肿瘤微环境中的免疫细胞 | NA | 乳腺癌 | 抗体药物偶联物（ADC） | NA | RNA测序、多重细胞因子分析、组织学 | NA |