单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新，已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价10元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 27435 篇文献，本页显示第 6661 - 6680 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6661 | 2024-11-04 |
Integration of scRNA-seq data by disentangled representation learning with condition domain adaptation
2024-Mar-16, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05706-9
PMID:38493095
|
研究论文 | 提出了一种名为scDisco的单细胞RNA测序数据整合方法，通过解耦表示学习和条件域适应策略来减少批次效应并分离生物效应和条件特异性效应 | scDisco通过条件特异性域适应网络和条件特异性批量归一化层，成功解耦生物效应和条件特异性效应，并增强条件特异性表示 | NA | 加速在不同生物条件下系统差异的探索 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 变分自编码器（VAE） | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 6662 | 2024-11-04 |
OralExplorer: a web server for exploring the mechanisms of oral inflammatory diseases
2024-03-15, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05019-8
PMID:38491529
|
研究论文 | 开发了一个名为OralExplorer的网络工具，用于探索口腔炎症性疾病的机制 | 整合了公开的口腔炎症性疾病数据，并提供全面的在线生物信息学分析 | NA | 解决口腔炎症性疾病数据未充分利用的问题，探索其分子机制 | 口腔炎症性疾病及其相关数据 | 生物信息学 | 口腔炎症性疾病 | qPCR, IHC | NA | 转录组数据, 单细胞测序数据 | 35个相关数据集，涵盖6种主要疾病类型和901个样本 |
| 6663 | 2024-11-04 |
In vivo CRISPR screening directly targeting testicular cells
2024-Mar-13, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2024.100510
PMID:38447574
|
研究论文 | 本文开发了一种体内CRISPR筛选方法，通过靶向睾丸细胞来识别影响精子发生的关键基因 | 首次将体外CRISPR筛选方法应用于体内，成功识别了影响精子发生的Rd3基因，并开发了Hub-Explorer工具来分析细胞类型特异性信号通路 | NA | 研究CRISPR-Cas9在体内筛选中的应用，识别影响精子发生的分子机制 | 睾丸细胞和精子发生过程 | 生物技术 | NA | CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 蛋白质组学 | NA | 基因表达数据, 蛋白质相互作用数据 | NA |
| 6664 | 2024-11-04 |
Proteomic analysis of ascitic extracellular vesicles describes tumour microenvironment and predicts patient survival in ovarian cancer
2024-Mar, Journal of extracellular vesicles
IF:15.5Q1
DOI:10.1002/jev2.12420
PMID:38490958
|
研究论文 | 本文通过质谱分析腹水外泌体中的蛋白质，描述了卵巢癌的肿瘤微环境并预测患者生存 | 本文首次定义了卵巢癌腹水外泌体的核心蛋白质组，并发现这些外泌体主要来源于非恶性细胞类型，如巨噬细胞和成纤维细胞 | NA | 研究卵巢癌腹水外泌体的蛋白质组成及其在肿瘤微环境中的作用，并评估其对患者生存的预测潜力 | 卵巢癌患者的腹水外泌体及其蛋白质组成 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 质谱分析 | NA | 蛋白质 | NA |
| 6665 | 2024-11-04 |
High-Resolution Spatial Transcriptomic Atlas of Mouse Soleus Muscle: Unveiling Single Cell and Subcellular Heterogeneity in Health and Denervation
2024-Feb-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.26.582103
PMID:38464282
|
研究论文 | 本研究利用Seq-Scope技术，构建了小鼠比目鱼肌的高分辨率空间转录组图谱，揭示了健康和去神经化状态下肌肉细胞和亚细胞的异质性 | 本研究首次在亚微米空间分辨率下观察整个转录组，揭示了肌肉纤维、其他细胞类型和特定亚细胞结构的详细特征 | NA | 深入理解肌肉细胞转录组的多样性及其在去神经化反应中的变化 | 小鼠比目鱼肌在健康和去神经化状态下的基因表达 | 数字病理学 | NA | Seq-Scope | NA | 基因表达数据 | 小鼠比目鱼肌样本 |
| 6666 | 2024-11-04 |
Exploring tumor endothelial cells heterogeneity in hepatocellular carcinoma: insights from single-cell sequencing and pseudotime analysis
2024, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.18362
PMID:39484208
|
研究论文 | 本研究探讨了肝细胞癌中肿瘤内皮细胞的异质性及其在肿瘤进展中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序和伪时间分析揭示了肝细胞癌中肿瘤内皮细胞的异质性及其在肿瘤进展中的动态变化 | 研究样本量较小，且仅基于公开数据库的数据进行分析 | 探索肝细胞癌中肿瘤内皮细胞的异质性及其在肿瘤进展中的作用，以识别新的治疗靶点和策略 | 肝细胞癌中的肿瘤内皮细胞及其在肿瘤进展中的作用 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 9个原发性肝癌样本 |
| 6667 | 2024-11-04 |
Benchmarking algorithms for joint integration of unpaired and paired single-cell RNA-seq and ATAC-seq data
2023-10-24, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03073-x
PMID:37875977
|
研究论文 | 本文评估了九种现有的单细胞多组学数据整合方法，探讨了多组学数据在分析现有单模态数据中的作用 | 本文首次系统地比较了多种单细胞多组学数据整合方法，并强调了多组学数据在细胞类型注释中的重要性 | 本文指出，多组学数据集中的细胞核数量不足可能会影响注释的可靠性 | 评估现有单细胞多组学数据整合方法的性能，并探讨其在单模态数据分析中的应用 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核ATAC测序（snATAC-seq）数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单核ATAC测序（snATAC-seq） | NA | 基因表达数据，染色质可及性数据 | 多组学数据集中的细胞核数量 |
| 6668 | 2024-11-04 |
SpaDecon: cell-type deconvolution in spatial transcriptomics with semi-supervised learning
2023-04-07, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-04761-x
PMID:37029267
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为SpaDecon的半监督学习方法，用于空间转录组学中的细胞类型反卷积 | SpaDecon结合了基因表达、空间位置和组织学信息，显著提高了细胞类型反卷积的准确性 | NA | 旨在提高空间转录组学中细胞类型反卷积的准确性 | 空间转录组学数据中的细胞类型分布 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 半监督学习 | 基因表达数据 | 四个真实空间转录组学数据集和四个伪空间转录组学数据集 |
| 6669 | 2024-11-04 |
Tempo: an unsupervised Bayesian algorithm for circadian phase inference in single-cell transcriptomics
2022-11-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-34185-w
PMID:36323668
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Tempo的无监督贝叶斯算法，用于从单细胞转录组数据中推断昼夜节律相位 | Tempo算法结合了时钟领域的知识，并量化了相位估计的不确定性，提供了比现有方法更准确的昼夜节律相位估计 | NA | 解决现有方法在单细胞RNA测序数据中昼夜节律相位估计不准确且缺乏不确定性量化的问题 | 单细胞昼夜节律相位和转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯变分推断 | 转录组数据 | NA |
| 6670 | 2024-11-02 |
Genomic Profiling and Immune Phenotyping of Neuroendocrine Bladder Cancer
2024-Nov-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-1277
PMID:39226396
|
研究论文 | 研究神经内分泌膀胱癌的基因组特征和免疫表型 | 揭示了神经内分泌膀胱癌的免疫微环境特征，并发现混合型神经内分泌膀胱癌具有免疫浸润表型 | 样本量较小，特别是单细胞RNA测序样本仅有一个 | 探索神经内分泌膀胱癌的免疫治疗潜力 | 神经内分泌膀胱癌的基因组和免疫表型 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 基因组分析、转录组分析、单细胞RNA测序、免疫组化分析 | NA | 基因组数据、转录组数据、单细胞RNA数据、图像数据 | 基因组数据19例，转录组数据3例，单细胞RNA测序1例，免疫组化分析34例 |
| 6671 | 2024-11-02 |
Single-Cell View of Tumor Microenvironment Gradients in Pleural Mesothelioma
2024-Nov-01, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-0017
PMID:38959428
|
研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术构建了胸膜间皮瘤肿瘤微环境的综合细胞图谱 | 首次通过单细胞RNA测序技术构建了胸膜间皮瘤肿瘤微环境的图谱，并发现了与不良疾病结局相关的四个癌症内在程序和一个新的胎儿样内皮细胞群体 | NA | 提高对胸膜间皮瘤肿瘤微环境的理解，以改进免疫治疗策略 | 胸膜间皮瘤肿瘤微环境中的细胞群体及其基因表达程序 | 数字病理学 | 胸膜间皮瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 54个表达程序和多个细胞群体 |
| 6672 | 2024-11-02 |
Spatial transcriptomics of meningeal inflammation reveals inflammatory gene signatures in adjacent brain parenchyma
2024-Oct-30, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.88414
PMID:39475792
|
研究论文 | 研究通过磁共振成像（MRI）引导的空间转录组学分析，揭示了在小鼠自身免疫性脑膜炎模型中，脑膜炎症区域及其邻近脑实质的转录特征 | 首次在脑膜炎症模型中进行了详细的空间转录组学分析，并揭示了炎症信号通路在脑膜炎症区域及其邻近脑实质中的差异激活 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证结果 | 探讨脑膜炎症与脑灰质病理之间的机制联系 | 小鼠自身免疫性脑膜炎模型中的脑膜炎症区域及其邻近脑实质 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠模型 |
| 6673 | 2024-11-02 |
Single-cell transcriptomics of rectal organoids from individuals with perianal fistulizing Crohn's disease reveals patient-specific signatures
2024-10-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-75947-4
PMID:39477985
|
研究论文 | 研究分析了来自患有肛周瘘管克罗恩病患者的直肠类器官的单细胞转录组，揭示了患者特异性的基因表达特征 | 首次在单细胞水平上分析了来自不同患者的直肠类器官，揭示了与疾病、性别和祖先相关的基因表达特征 | 研究主要集中在直肠类器官的基因表达分析，未涉及炎症信号的详细研究 | 探讨肛周瘘管克罗恩病患者直肠类器官的病理决定因素 | 来自不同患者的直肠类器官和黏膜细胞 | 数字病理学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 77,044个直肠类器官细胞（13名患者，8名CD患者，5名对照）和141,367个黏膜上皮细胞（29名患者，18名CD患者，11名对照） |
| 6674 | 2024-11-02 |
Detecting significant expression patterns in single-cell and spatial transcriptomics with a flexible computational approach
2024-10-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-75314-3
PMID:39478009
|
研究论文 | 提出了一种名为SPIRAL的算法，用于检测单细胞和空间转录组数据中的显著表达模式 | SPIRAL算法基于高斯统计，能够检测所有统计上显著的生物过程，并具有灵活性，可以构建基于统计显著性和一致性差异表达的基因和细胞子集 | NA | 开发一种新的计算方法，用于检测单细胞和空间转录组数据中的显著表达模式 | 单细胞、空间和批量RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | RNA测序 | 高斯统计 | 基因表达数据 | NA |
| 6675 | 2024-11-02 |
Integrating machine learning and single-cell transcriptomic analysis to identify potential biomarkers and analyze immune features of ischemic stroke
2024-10-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-77495-3
PMID:39478056
|
研究论文 | 本研究利用机器学习和单细胞转录组测序分析，揭示缺血性中风的新型生物标志物及其免疫特征 | 通过整合机器学习和单细胞转录组测序分析，揭示了缺血性中风的新型生物标志物和免疫特征 | NA | 揭示缺血性中风的生物标志物和免疫特征，为治疗策略提供新见解 | 缺血性中风的生物标志物和免疫特征 | 机器学习 | 中风 | 单细胞转录组测序（scRNA-seq） | 机器学习算法 | 基因表达数据 | NA |
| 6676 | 2024-11-02 |
The G protein-coupled receptor ADGRG6 maintains mouse growth plate homeostasis through IHH signaling
2024-Oct-29, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research
IF:5.1Q1
DOI:10.1093/jbmr/zjae144
PMID:39236220
|
研究论文 | 研究ADGRG6/GPR126在维持小鼠生长板稳态中的作用及其通过IHH信号通路的机制 | 揭示了ADGRG6在维持小鼠生长板稳态中的关键作用，特别是通过调节PTHrP/IHH信号通路来影响软骨细胞的增殖和肥大分化 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证其相关性 | 探讨ADGRG6在维持小鼠生长板稳态中的作用及其分子机制 | 小鼠生长板中的软骨细胞和骨软骨前体细胞 | NA | NA | 分子遗传学和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 使用甲醛固定石蜡包埋的组织样本进行研究 |
| 6677 | 2024-11-02 |
Application and new findings of scRNA-seq and ST-seq in prostate cancer
2024-Oct-29, Cell regeneration (London, England)
DOI:10.1186/s13619-024-00206-w
PMID:39470950
|
综述 | 本文综述了scRNA-seq和ST-seq技术在前列腺癌研究中的应用和新发现 | 介绍了scRNA-seq和ST-seq技术在揭示前列腺癌及其微环境异质性和功能变化方面的突破 | NA | 探讨前列腺癌发病机制和疾病进展，为诊断和治疗提供参考 | 前列腺癌及其微环境 | 数字病理学 | 前列腺癌 | scRNA-seq, ST-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 6678 | 2024-11-02 |
A method for in silico exploration of potential glioblastoma multiforme attractors using single-cell RNA sequencing
2024-10-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-74985-2
PMID:39472601
|
研究论文 | 本文提出了一种利用单细胞RNA测序数据寻找潜在癌症吸引子的方法，并在胶质母细胞瘤数据集中进行了测试 | 本文创新性地使用癌症吸引子概念解释胶质母细胞瘤的异质性，并通过构建基因调控网络和参数估计框架来探索潜在的吸引子 | 本文的方法主要在胶质母细胞瘤数据集中进行了测试，其通用性在其他类型癌症中的表现尚未充分验证 | 研究胶质母细胞瘤的潜在吸引子，并探索其在癌症动力学模拟和治疗靶点研究中的应用 | 胶质母细胞瘤的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | 基因调控网络 | 基因表达数据 | NA |
| 6679 | 2024-11-02 |
Alteration of the metabolite interconversion enzyme in sperm and Sertoli cell of non-obstructive azoospermia: a microarray data and in-silico analysis
2024-10-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-77875-9
PMID:39472682
|
研究论文 | 研究非阻塞性无精子症患者精子和小管细胞中代谢物相互转化酶的基因表达模式 | 使用微阵列和生物信息学技术分析了2912个编码代谢物相互转化酶的基因，并预测了这些蛋白质的功能和分子相互作用，识别出关键的枢纽基因 | NA | 探讨非阻塞性无精子症患者睾丸细胞中代谢物相互转化酶的基因表达模式，以理解其分子机制 | 非阻塞性无精子症患者的精子和小管细胞 | NA | NA | 微阵列分析，生物信息学 | NA | 基因表达数据 | 2912个基因，3个非阻塞性无精子症患者的小管细胞样本 |
| 6680 | 2024-11-02 |
HTS and scRNA-seq revealed that the location and RSS quality of the mammalian TRBV and TRBJ genes impact biased rearrangement
2024-Oct-29, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-10887-x
PMID:39472808
|
研究论文 | 研究探讨了哺乳动物TRBV和TRBJ基因的位置和RSS质量对偏倚重排的影响 | 首次通过单细胞RNA测序和高通量测序揭示了TRBV和TRBJ基因的位置和RSS质量对V(D)J重排频率的影响 | 尚未完全阐明具体的调控机制和效率 | 研究V(D)J重排的机制和效率 | 哺乳动物TRBV和TRBJ基因的位置和RSS质量 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和高通量测序 (HTS) | NA | RNA序列 | 包括灵长类（人类和猕猴）、啮齿类（BALB/c、C57BL/6和昆明小鼠）、偶蹄类（水牛）和翼手类（Rhinolophus affinis）等多个物种 |