单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6661	2025-01-15	Immune Dysregulation and Cellular Composition in Lichen Sclerosus Revealed by Integrative Epigenetic Analysis with Cell Type Deconvolution 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S481324 PMID:39802516	研究论文	本文通过整合DNA甲基化和单细胞RNA测序数据，揭示了硬化性苔藓（LS）中的免疫失调和细胞组成变化	结合DNA甲基化和单细胞RNA测序技术，首次详细描述了LS中的细胞类型特异性甲基化变化和免疫细胞浸润情况	研究样本量未明确说明，可能影响结果的普遍性	研究硬化性苔藓的病因和病理机制，寻找潜在的治疗靶点和诊断标志物	硬化性苔藓患者与正常皮肤组织	数字病理学	皮肤病	DNA甲基化测序, 单细胞RNA测序	EpiSCORE去卷积模型	DNA甲基化数据, 单细胞RNA测序数据	NA
6662	2025-01-15	CORTADO: Hill Climbing Optimization for Cell-Type Specific Marker Gene Discovery 2024-Dec-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.23.630040 PMID:39763976	研究论文	本文介绍了一种基于爬山优化的计算框架CORTADO，用于高效发现细胞类型特异性标记基因	CORTADO通过优化差异表达、基因表达谱的独特性和稀疏性，确保所选标记基因在保持生物学相关性的同时，唯一代表其所属的细胞群，相比传统方法具有更高的敏感性和特异性	NA	解决标记基因选择中的挑战，提高细胞类型特异性标记基因的发现效率和准确性	单细胞RNA测序数据中的细胞亚群及其分子标记	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	爬山优化	单细胞RNA测序数据	多个数据集，包括DLPFC 151507数据集、Zeisel小鼠脑数据集和外周血单核细胞数据集
6663	2025-01-15	Durable complete response after combined treatment with tumor-infiltrating lymphocytes and oncolytic adenovirus (TILT-123) in a patient with metastatic mucosal melanoma 2024-Dec, Immuno-oncology technology DOI:10.1016/j.iotech.2024.100726 PMID:39801682	研究论文	本文报道了一例转移性黏膜黑色素瘤患者通过联合使用肿瘤浸润淋巴细胞和溶瘤腺病毒（TILT-123）治疗后获得持久完全缓解的案例	首次展示了TILT-123与肿瘤浸润淋巴细胞联合治疗在转移性黏膜黑色素瘤中的成功应用，并揭示了治疗过程中肿瘤和血液中的免疫学变化	仅为一例个案研究，样本量有限，需要更大规模的研究来验证其普遍性和有效性	探讨联合免疫治疗方法在转移性黏膜黑色素瘤中的潜在效果	48岁女性转移性鼻窦黏膜黑色素瘤患者	肿瘤免疫治疗	黑色素瘤	免疫组织化学分析、单细胞测序	NA	临床数据、分子数据	1例患者
6664	2025-01-15	Mechanisms of HIF1A-mediated immune evasion in gastric cancer and the impact on therapy resistance 2024-10-10, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-024-09917-x PMID:39384651	研究论文	本研究探讨了胃癌中静止癌细胞（QCCs）通过HIF1A介导的免疫逃逸机制及其对治疗抵抗的影响	揭示了QCCs通过HIF1A介导的糖酵解相关基因上调来抵抗T细胞介导的免疫反应的分子机制，并展示了HIF1A沉默在增强免疫治疗效果方面的潜力	研究主要依赖于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人类临床试验中验证这些发现	探索胃癌中QCCs的免疫抑制机制及其对免疫治疗抵抗的影响，以改进治疗策略	胃癌中的静止癌细胞（QCCs）及其与免疫细胞的相互作用	癌症研究	胃癌	基因编辑技术、转录组测序、单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据、细胞实验数据	未明确提及具体样本数量，但使用了小鼠模型和体外细胞实验
6665	2025-01-15	Single-cell transcriptomics in thyroid eye disease 2024 Oct-Dec, Taiwan journal of ophthalmology IF:1.0Q4 DOI:10.4103/tjo.TJO-D-23-00096 PMID:39803402	综述	本文综述了单细胞转录组学在甲状腺眼病（TED）研究中的应用，总结了近年来的突破和新兴机会	利用高通量单细胞RNA测序技术，在单细胞分辨率上揭示了TED的细胞类型多样性和分子机制，提供了关于新型生物标志物和治疗靶点的前所未有的见解	目前仍有10%-20%的TED患者在治疗停药后复发，20%-30%的患者对主流治疗无反应，原因尚不明确	探讨单细胞和单核转录组数据在表征甲状腺眼病（TED）这一复杂疾病状态中的应用，以改善患者生活质量并促进疾病终点的逆转	甲状腺眼病（TED）患者	数字病理学	甲状腺眼病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
6666	2025-01-15	The role of GDF15 in attenuating noise-induced hidden hearing loss by alleviating oxidative stress 2024-09-18, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-024-09912-2 PMID:39289208	研究论文	本研究探讨了GDF15在减轻噪声引起的隐性听力损失（HHL）中的作用，通过缓解氧化应激来保护耳蜗	首次揭示了GDF15在HHL中的保护作用，并提出了针对GDF15的治疗策略	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究GDF15在噪声引起的隐性听力损失中的作用	小鼠耳蜗	生物医学	听力损失	单细胞转录组分析	小鼠模型	转录组数据	HHL小鼠的耳蜗细胞
6667	2025-01-15	Interferon signaling and ferroptosis in tumor immunology and therapy 2024-Aug-10, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-024-00668-w PMID:39127858	研究论文	本研究旨在阐明干扰素信号通路对肿瘤细胞铁死亡的影响机制及其与CD8+T细胞耗竭的相关性	通过单细胞测序和生物信息学工具揭示了CD8+T细胞耗竭的关键基因及其下游因子，并分析了干扰素相关基因与铁死亡的关系	研究主要依赖于小鼠模型和体外实验，尚未在人类临床试验中验证	探讨干扰素信号通路在肿瘤免疫学和治疗中的作用	肿瘤细胞和CD8+T细胞	肿瘤免疫学	肿瘤	单细胞测序、生物信息学分析	小鼠肿瘤模型	基因表达数据、实验数据	小鼠模型和TCGA数据库中的肿瘤组织样本
6668	2025-01-15	Single-cell transcriptomics reveals antigen-presenting capacity and therapeutic resistance potential of immunomodulatory endothelial cells in colorectal cancer 2024-06, Immunity, inflammation and disease DOI:10.1002/iid3.1311 PMID:38874280	研究论文	本文通过单细胞转录组学揭示了结直肠癌中免疫调节内皮细胞的抗原呈递能力和治疗耐药潜力	首次聚焦于免疫调节内皮细胞（IMECs）在肿瘤免疫平衡调节中的作用及其对抗血管生成疗法（AATs）的影响	研究主要基于公开数据库的单细胞转录组数据，缺乏实验验证	探讨结直肠癌中免疫调节内皮细胞的功能及其对抗血管生成疗法的影响	结直肠癌中的免疫调节内皮细胞（IMECs）	数字病理学	结直肠癌	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	基于公开数据库的结直肠癌样本
6669	2025-01-15	Single-cell analysis reveals insights into epithelial abnormalities in ovarian endometriosis 2024-03-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113716 PMID:38412094	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，分析了卵巢子宫内膜异位症中正常、在位和异位子宫内膜的细胞特征，揭示了该疾病的病理生理机制	首次利用高精度单细胞RNA测序技术，全面描绘了卵巢子宫内膜异位症的细胞图谱，并揭示了凋亡抵抗和慢性炎症的潜在机制	样本量相对较小，仅包括34名个体，且未涉及长期随访数据	研究卵巢子宫内膜异位症的病理生理机制，寻找潜在的治疗靶点	34名个体的正常、在位和异位子宫内膜组织	数字病理学	子宫内膜异位症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	34名个体的子宫内膜组织
6670	2025-01-15	Single-cell RNA-seq reveals keratinocyte and fibroblast heterogeneity and their crosstalk via epithelial-mesenchymal transition in psoriasis 2024-03-12, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06583-z PMID:38472183	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了银屑病中角质形成细胞和成纤维细胞的异质性及其通过上皮-间质转化的相互作用	首次在单细胞水平上揭示了银屑病皮肤中角质形成细胞和成纤维细胞的异质性，并发现它们通过上皮-间质转化相互作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探索银屑病的发病机制，特别是角质形成细胞和成纤维细胞在其中的作用	银屑病模型小鼠和野生型小鼠的皮肤细胞	数字病理学	银屑病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	13个样本中的94,759个细胞
6671	2025-01-15	Gasdermin E promotes translocation of p65 and c-jun into nucleus in keratinocytes for progression of psoriatic skin inflammation 2024-03-01, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06545-5 PMID:38429278	研究论文	本文研究了Gasdermin E（GSDME）在角质形成细胞中对银屑病皮肤炎症进展的作用	揭示了GSDME在角质形成细胞中通过促进p65和c-jun的核转位，以不依赖焦亡的方式参与银屑病的发病机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	探讨GSDME在银屑病皮肤炎症中的作用机制	角质形成细胞和银屑病皮肤炎症	生物医学	银屑病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	基因表达数据	GEO数据集中的银屑病患者样本和IMQ诱导的银屑病样皮炎小鼠模型
6672	2025-01-15	Endocardium gives rise to blood cells in zebrafish embryos 2024-02-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113736 PMID:38308842	研究论文	本研究利用斑马鱼胚胎模型，证明了心内膜在造血过程中的作用，特别是髓系细胞和中性粒细胞的主要来源	首次在斑马鱼胚胎中明确证明心内膜是髓系细胞和中性粒细胞的主要来源，并揭示了Hedgehog信号通路在此过程中的作用	研究结果主要基于斑马鱼胚胎模型，尚未在哺乳动物胚胎中得到验证	探究心内膜在造血过程中的作用及其调控机制	斑马鱼胚胎	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、时间推移成像、谱系追踪	NA	基因表达数据、成像数据	斑马鱼胚胎
6673	2025-01-15	Spatiotemporal role of SETD2-H3K36me3 in murine pancreatic organogenesis 2024-02-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113703 PMID:38265933	研究论文	本文通过多种测序技术研究了SETD2-H3K36me3在小鼠胰腺器官发生中的时空作用	揭示了SETD2在胰腺发育中的关键作用，特别是其在胰腺外分泌和内分泌谱系中的调控机制	研究主要基于小鼠模型，人类胰腺发育的相似性尚需进一步验证	探讨组蛋白修饰在胰腺发育中的协调作用	小鼠胰腺	表观遗传学	胰腺疾病	CUT&Tag, ATAC-seq, bulk RNA测序, 单细胞RNA测序	NA	基因组数据, 转录组数据	NA
6674	2025-01-15	The single-cell transcriptome program of nodule development cellular lineages in Medicago truncatula 2024-02-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113747 PMID:38329875	研究论文	本文描述了Medicago truncatula根在早期根瘤发育过程中对根瘤菌的细胞类型特异性转录组反应	通过单细胞转录组分析，揭示了根瘤发育过程中细胞谱系的转录重编程，并鉴定了新的根瘤调控因子	研究主要集中于早期根瘤发育阶段，未涵盖整个根瘤发育过程	研究Medicago truncatula根在根瘤发育过程中对根瘤菌的细胞类型特异性转录组反应	Medicago truncatula根细胞	植物生物学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	野生型Jemalong A17和超结瘤突变体sunn-4的根细胞
6675	2025-01-15	Single-cell RNA sequencing of cervical exfoliated cells reveals potential biomarkers and cellular pathogenesis in cervical carcinogenesis 2024-02-12, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06522-y PMID:38346944	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了宫颈脱落细胞，揭示了宫颈癌发生过程中的潜在生物标志物和细胞病理机制	首次在单细胞分辨率下描绘了宫颈病变进展过程中免疫细胞和上皮细胞的变化，并识别出一组脂质相关巨噬细胞作为预测低级别鳞状上皮内病变向高级别病变进展的生物标志物	样本量相对较小，仅包括15个样本，且未明确说明这些样本是否来自不同患者	探索宫颈癌发生过程中的细胞异质性和潜在生物标志物，以改进宫颈癌的早期筛查方法	宫颈脱落细胞	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	56,173个宫颈脱落细胞，来自15个样本（包括正常宫颈、低级别鳞状上皮内病变、高级别鳞状上皮内病变和恶性肿瘤）
6676	2025-01-15	Rapid and Quantitative Functional Interrogation of Human Enhancer Variant Activity in Live Mice 2023-Dec-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.10.570890 PMID:38105996	研究论文	本文介绍了一种名为dual-enSERT的Cas9基础的双色荧光报告系统，用于在活体小鼠中快速、定量比较增强子等位基因活性	引入了dual-enSERT技术，能够在任何遗传背景的活体小鼠中快速、定量比较增强子等位基因活性，并结合单细胞转录组学在细胞分辨率上表征变异增强子等位基因	NA	研究人类先天性障碍相关的非编码变异的功能分析	与肢体多指症、自闭症和颅面畸形相关的增强子变异	基因功能分析	先天性障碍	Cas9基础的双色荧光报告系统（dual-enSERT），单细胞转录组学	NA	基因表达数据	活体小鼠胚胎
6677	2025-01-15	Transcriptomic research in atherosclerosis: Unravelling plaque phenotype and overcoming methodological challenges 2023-Dec, Journal of molecular and cellular cardiology plus DOI:10.1016/j.jmccpl.2023.100048 PMID:39802625	综述	本文综述了转录组学在动脉粥样硬化研究中的应用，探讨了其在揭示斑块表型及克服方法学挑战方面的潜力	强调了转录组学研究在理解动脉粥样硬化斑块表型中的价值，并讨论了单细胞测序和多组学数据整合及机器学习在提升研究深度方面的最新进展	研究结果的可重复性低和程序缺乏标准化是该领域面临的主要挑战	通过转录组学研究深入理解动脉粥样硬化的分子机制，推动个性化和以患者为中心的医疗保健	动脉粥样硬化斑块	生物信息学	心血管疾病	bulk或单细胞测序	机器学习	转录组数据	NA
6678	2025-01-14	Dissecting the cellular reprogramming and tumor microenvironment in left- and right-sided Colorectal Cancer by single cell RNA sequencing 2025-Feb, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1016/j.trsl.2024.12.002 PMID:39675521	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究左右侧结直肠癌的细胞重编程和肿瘤微环境差异	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析左右侧结直肠癌的细胞组成、转录特征及功能差异，揭示了右侧结直肠癌中更复杂的细胞间相互作用和免疫抑制模式	研究依赖于公开数据库中的单细胞RNA测序数据，可能存在数据偏差或样本选择限制	探究左右侧结直肠癌在细胞组成、转录特征及肿瘤微环境中的差异，以优化个性化治疗方案	55个结直肠癌样本中的126,279个细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	55个结直肠癌样本中的126,279个细胞
6679	2025-01-14	Recent advancement in the spatial immuno-oncology 2025-Feb, Seminars in cell & developmental biology IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.semcdb.2024.12.003 PMID:39705969	综述	本文总结了空间转录组学和空间蛋白质组学在免疫肿瘤学领域的最新进展，包括单细胞或多细胞类型及细胞状态的高通量分析及其在肿瘤微环境中的应用	总结了空间组学数据的概念框架，并强调了空间免疫肿瘤学的最新知识	NA	总结和更新空间组学在免疫肿瘤学领域的应用和知识	肿瘤微环境中的单细胞或多细胞类型及细胞状态	数字病理学	癌症	空间转录组学, 空间蛋白质组学	NA	空间组学数据	NA
6680	2025-01-14	Identification of cancer-associated fibroblast subtypes and prognostic model development in breast cancer: role of the RUNX1/SDC1 axis in promoting invasion and metastasis 2025-01-03, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-024-09950-w PMID:39753834	研究论文	本研究识别了乳腺癌中癌症相关成纤维细胞（CAF）的分子亚型，并开发了基于CAF的预后模型	发现了RUNX1/SDC1轴在促进乳腺癌细胞侵袭和转移中的作用，并开发了高精度的预后预测模型	未提及具体的研究局限性	研究乳腺癌中癌症相关成纤维细胞的分子亚型及其在肿瘤微环境中的作用	乳腺癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	预后预测模型	RNA测序数据	未提及具体样本数量