单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6641	2024-11-04	Revealing molecular mechanisms of early-onset tongue cancer by spatial transcriptomics 2024-Nov-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-76044-2 PMID:39482351	研究论文	本研究通过空间转录组学揭示了早发性舌癌的分子机制	首次成功整合了来自FF和FFPE样本的空间转录组学数据，并揭示了早发性舌癌的独特特征	样本量较小，仅包括9名患者	探讨早发性舌癌的分子机制及其与老年患者的差异	早发性舌癌患者的肿瘤组织	数字病理学	舌癌	空间转录组学	NA	转录组数据	9名舌鳞状细胞癌患者，分为年轻组（5名）和老年组（4名）
6642	2024-11-04	Prostaglandin E2-EP2/EP4 signaling induces immunosuppression in human cancer by impairing bioenergetics and ribosome biogenesis in immune cells 2024-Nov-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53706-3 PMID:39487111	研究论文	研究了前列腺素E2（PGE2）通过EP2/EP4信号通路在人类癌症中诱导免疫抑制的机制	首次揭示了PGE2通过EP2/EP4信号通路影响肿瘤微环境中免疫细胞的生物能量代谢和核糖体生物发生，从而抑制免疫反应	研究主要基于小鼠模型和人类癌症样本的单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证	探讨前列腺素E2在肿瘤微环境中对免疫细胞的影响及其机制	人类癌症中的免疫细胞和肿瘤微环境	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA	人类癌症样本和小鼠同基因肿瘤模型中的免疫细胞
6643	2024-11-04	Characterization of metastasis-specific macrophages in colorectal cancer for prognosis prediction and immunometabolic remodeling 2024-Nov-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-77248-2 PMID:39487182	研究论文	本研究开发了一种预测结直肠癌肝转移和预后的预测模型，通过识别特定的巨噬细胞亚群	首次基于EEF1G+巨噬细胞基因特征构建了8基因风险模型EMGS，用于预测结直肠癌肝转移患者的预后	研究主要基于公开数据库的数据，缺乏临床验证	预测结直肠癌肝转移患者的预后并识别潜在的治疗靶点	结直肠癌肝转移患者的巨噬细胞亚群及其基因特征	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	风险模型	基因表达数据	使用了GSE231559、TCGA和GEO数据库的数据
6644	2024-11-04	Mechanism differences in the start time of sublingual immunotherapy in a mouse allergic airway inflammation model 2024-Nov-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-78062-6 PMID:39487347	研究论文	研究了在过敏性气道炎症小鼠模型中，舌下免疫疗法（SLIT）的启动时间机制差异	首次详细研究了SLIT在预防性和治疗性模型中的时机差异及其对免疫耐受的影响	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	评估SLIT在预防性和治疗性模型中的疗效及其机制	过敏性气道炎症小鼠模型中的SLIT效果	NA	过敏性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和T细胞受体测序	NA	RNA序列和T细胞受体序列	小鼠样本
6645	2024-11-04	Genetic association between epilepsy and gliomas: Insights from Mendelian randomization and single-cell transcriptomic analyses 2024-Nov-01, Epilepsy & behavior : E&B IF:2.3Q2 DOI:10.1016/j.yebeh.2024.110114 PMID:39488096	研究论文	研究探讨了癫痫与胶质瘤之间的遗传关联及其生物学机制	通过孟德尔随机化分析和单细胞转录组分析揭示了癫痫与胶质瘤之间的潜在因果关系	NA	探讨癫痫与胶质瘤之间的遗传关联及其生物学机制	癫痫与胶质瘤的遗传变异及其在胶质瘤进展中的作用	NA	脑肿瘤	全基因组关联研究、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用来自Gene Expression Omnibus (GEO)数据库的GSE221534数据集进行分析
6646	2024-11-04	SPP1+ macrophages and FAP+ fibroblasts promote the progression of pMMR gastric cancer 2024-Oct-31, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-76298-w PMID:39482333	研究论文	研究了错配修复状态对胃癌肿瘤免疫微环境的影响	首次揭示了pMMR胃癌中GC2细胞、SPP1+巨噬细胞和FAP+成纤维细胞在促进肿瘤进展中的作用	样本量相对较小，且仅限于特定类型的胃癌患者	探讨错配修复状态对胃癌肿瘤免疫微环境的影响	胃癌患者的肿瘤组织和正常组织	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	33个新鲜组织样本，来自25名患者，包括10个正常组织、6个dMMR肿瘤组织和17个pMMR肿瘤组织
6647	2024-11-04	Hyperuricemia suppresses lumican, exacerbating adverse remodeling after myocardial infarction by promoting fibroblast phenotype transition 2024-Oct-31, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05778-4 PMID:39482719	研究论文	研究尿酸血症通过抑制lumican表达加剧心肌梗死后不良重塑的机制	首次揭示了尿酸血症通过减少lumican表达促进心肌梗死后纤维母细胞表型转变，从而加剧不良心脏重塑	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在临床患者中验证	探讨尿酸血症在心肌梗死病理过程中的作用及其机制	尿酸血症对心肌梗死后心脏重塑的影响	心血管疾病	心血管疾病	酶联免疫吸附测定、免疫荧光、单细胞RNA测序、Western blotting、实时定量PCR	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	痛风患者、心衰患者和小鼠模型的数据
6648	2024-11-04	Theoretical framework for the difference of two negative binomial distributions and its application in comparative analysis of sequencing data 2024-Oct-29, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278843.123 PMID:39406498	研究论文	本文推导了两个负二项分布差异的理论框架，并将其应用于单细胞RNA测序数据中差异表达基因的检测	提出了一个新的计算方法DEGage，用于检测单细胞RNA测序数据中的差异表达基因，并展示了其在模拟和真实数据集上的优越性能	NA	推导两个负二项分布差异的理论结果，并开发新的计算方法用于差异表达基因的检测	单细胞RNA测序数据中的差异表达基因	生物信息学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及17种细胞类型的前列腺癌单细胞RNA测序数据集以及小鼠神经元单细胞RNA测序数据集
6649	2024-11-04	Inhibitory Fcγ receptor deletion enhances CD8 T cell stemness increasing anti-PD-1 therapy responsiveness against glioblastoma 2024-Oct-26, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009449 PMID:39461881	研究论文	研究通过删除抑制性Fcγ受体增强CD8 T细胞的干细胞特性，从而提高抗PD-1疗法对胶质母细胞瘤的响应	首次探讨了通过删除FcγRIIB受体来增强CD8 T细胞的干细胞特性，从而提高抗PD-1疗法对胶质母细胞瘤的响应	研究仅在鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探讨通过调节CD8 T细胞的干细胞特性来提高免疫检查点阻断疗法对胶质母细胞瘤的疗效	CD8 T细胞、FcγRIIB受体、胶质母细胞瘤	免疫学	脑肿瘤	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞	使用Fcgr2b-/-小鼠和GL261胶质母细胞瘤模型进行研究
6650	2024-11-04	Single-nucleus transcriptional and chromatin accessibility analyses of maturing mouse Achilles tendon uncover the molecular landscape of tendon stem/progenitor cells 2024-Oct-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.24.619991 PMID:39484401	研究论文	研究通过单核转录组和染色质可及性分析，揭示了成熟小鼠跟腱中肌腱干细胞/祖细胞的分子特征	首次鉴定出CD55和CD248作为肌腱干细胞/祖细胞的新型表面抗原标记物	NA	探讨肌腱干细胞/祖细胞在不同生长阶段的特征及其在肌腱修复中的作用	小鼠跟腱细胞中的肌腱干细胞/祖细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、单核ATAC测序	NA	基因表达数据、染色质可及性数据	2周龄和6周龄小鼠的跟腱细胞
6651	2024-11-04	SPI1+CD68+ macrophages as a biomarker for gastric cancer metastasis: a rationale for combined antiangiogenic and immunotherapy strategies 2024-Oct-24, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009983 PMID:39455096	研究论文	本研究探讨了SPI1+CD68+肿瘤相关巨噬细胞在胃癌转移中的作用及其作为生物标志物的潜力	首次揭示了SPI1+CD68+肿瘤相关巨噬细胞在胃癌中的高表达与转移性病变的关系，并探讨了其在免疫治疗和抗血管生成治疗中的潜在作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步的人体临床试验验证	评估SPI1+CD68+肿瘤相关巨噬细胞在胃癌中的作用及其作为生物标志物的潜力	胃癌组织中的SPI1+CD68+肿瘤相关巨噬细胞及其在肿瘤进展和治疗中的作用	NA	胃癌	免疫组织化学、免疫荧光、流式细胞术、单细胞转录组分析、多重荧光免疫组织化学、染色质免疫沉淀	NA	组织	NA
6652	2024-11-04	Development of a humanized mouse model with functional human materno-fetal interface immunity 2024-Oct-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.176527 PMID:39435662	研究论文	开发了一种具有功能性人类母胎界面免疫的人源化小鼠模型	通过busulfan预处理，成功构建了怀孕的人类免疫系统（HIS）小鼠模型，该模型在母胎界面重构了多谱系的人类免疫子集	NA	研究人类母胎界面免疫的功能和特征	人类母胎界面免疫	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
6653	2024-11-04	Contrasting the development of larval and adult body plans during the evolution of biphasic lifecycles in sea urchins 2024-Oct-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.203015 PMID:39465623	研究论文	研究了海胆在双相生命周期中幼体和成体体型的发育过程	使用单细胞RNA测序分析了加速的非摄食型幼体发育模式，并发现了与摄食型幼体相比的细胞类型特化变化	NA	探讨双相生命周期中幼体和成体发育的调控机制	海胆Heliocidaris erythrogramma的发育过程	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	从胚胎到变态前一天的海胆Heliocidaris erythrogramma幼体样本
6654	2024-11-04	A Part-to-Whole Circular Cell Explorer 2024-Oct-14, ArXiv PMID:39483344	研究论文	设计了一种交互式可视化分析系统，用于解决现有空间转录组学方法中的感知问题，并增加了过滤、钻取和聚类分析功能	提出了一种新的交互式可视化分析系统，解决了现有方法中的感知问题，并增加了多种分析功能	NA	帮助研究人员深入理解组织内复杂生物过程的分子机制	空间转录组学中的细胞测量数据，如基因表达和细胞类型	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
6655	2024-11-02	Single-cell analysis of tumor microenvironment and cell adhesion reveals that interleukin-1 beta promotes cancer cell proliferation in breast cancer 2024-Oct, Animal models and experimental medicine IF:3.8Q2 DOI:10.1002/ame2.12445 PMID:38860503	研究论文	研究探讨了三阴性乳腺癌中肿瘤微环境和细胞粘附的作用，发现白细胞介素-1β促进癌细胞增殖	首次揭示了浆细胞在三阴性乳腺癌中的作用，并识别出IL1B作为新的预后标志物	研究样本量较小，且仅限于三阴性乳腺癌	探讨三阴性乳腺癌中肿瘤微环境和细胞粘附的作用	三阴性乳腺癌样本中的单细胞RNA测序数据	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	26个乳腺癌样本，包括5个HER2阳性、12个ER阳性/PR阳性和9个三阴性乳腺癌样本
6656	2024-11-04	scCaT: An explainable capsulating architecture for sepsis diagnosis transferring from single-cell RNA sequencing 2024-Oct, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012083 PMID:39432561	研究论文	本文介绍了一种名为scCaT的深度学习框架，用于脓毒症诊断，结合了胶囊架构和Transformer模型，利用单细胞RNA测序数据进行建模，并将其迁移到批量RNA数据上	scCaT框架通过胶囊架构将基因按生物功能分组，提供了基因表达编码的可解释性，并利用Transformer作为解码器进行脓毒症患者和对照组的分类	NA	开发一种可解释的深度学习模型，用于脓毒症诊断，并将其从单细胞RNA测序数据迁移到批量RNA数据	脓毒症患者和对照组的分类	机器学习	脓毒症	单细胞RNA测序	Transformer	RNA测序数据	单细胞测试集和七个批量RNA队列
6657	2024-11-04	Graph contrastive learning as a versatile foundation for advanced scRNA-seq data analysis 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae558 PMID:39487083	研究论文	本文提出了一种基于图对比学习的新框架scSimGCL，用于单细胞RNA测序数据的细胞聚类分析	scSimGCL结合了细胞-细胞图结构和对比学习，显著提升了细胞聚类的性能	NA	开发一种简单而有效的框架，用于生成高质量的表示，以实现稳健的细胞聚类	单细胞RNA测序数据中的细胞聚类	机器学习	NA	图对比学习	图神经网络	单细胞RNA测序数据	模拟和真实单细胞RNA测序数据集
6658	2024-11-04	NKG2C and NKG2A coexpression defines a highly functional antiviral NK population in spontaneous HIV control 2024-Sep-17, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.182660 PMID:39288262	研究论文	本研究全面分析了长期病毒控制下的HIV精英控制者（ECs）的NK细胞库，发现NKG2C+CD57+记忆样NK细胞在ECs中显著富集，并揭示了这些细胞在抗HIV感染中的关键作用	首次揭示了NKG2C和NKG2A共表达的记忆样NK细胞在HIV控制中的重要作用，并发现了这些细胞独特的转录特征	研究主要集中在NK细胞的功能和表型分析，未涉及其他免疫细胞的相互作用	探讨NK细胞在HIV精英控制者中的作用及其机制	HIV精英控制者的NK细胞	免疫学	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	RNA	HIV精英控制者和未感染个体的NK细胞
6659	2024-11-04	Human breastmilk memory T cells throughout lactation manifest activated tissue-oriented profile with prominent regulation 2024-Sep-03, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.181788 PMID:39435660	研究论文	研究分析了母乳中记忆T细胞在哺乳期的特征及其在免疫调节中的作用	首次使用单细胞RNA测序和流式细胞术对母乳中的T细胞进行全面表征，揭示了其独特的组织适应性和免疫调节功能	研究主要集中在母乳T细胞的表型和功能分析，未深入探讨其在新生儿免疫支持中的具体机制	探讨母乳中不同免疫活性成分对新生儿免疫的贡献	母乳中的记忆T细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序，流式细胞术	NA	基因表达数据，细胞表面标记数据	未明确提及具体样本数量
6660	2024-11-04	Momordicine-I Suppresses Head and Neck Cancer Growth by Reprogrammimg Immunosuppressive Effect of the Tumor-Infiltrating Macrophages and B Lymphocytes 2024-May-02, Molecular cancer therapeutics IF:5.3Q1 DOI:10.1158/1535-7163.MCT-23-0718 PMID:38315993	研究论文	研究了Momordicine-I通过重编程肿瘤浸润巨噬细胞和B淋巴细胞的免疫抑制效应来抑制头颈癌生长的机制	揭示了Momordicine-I通过调节肿瘤微环境中免疫细胞的分子表达，特别是通过抑制Sfln4和Cxcl3的表达，来抑制头颈癌生长的机制	研究主要在免疫功能正常的鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探讨Momordicine-I抑制头颈癌生长的机制，特别是在肿瘤微环境中的作用	头颈癌、肿瘤浸润巨噬细胞、B淋巴细胞	NA	头颈癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了两种免疫功能正常的鼠模型，分别使用MOC2和SCC VII细胞