单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27279 篇文献，本页显示第 6641 - 6660 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6641 | 2024-10-28 |
FAVA: high-quality functional association networks inferred from scRNA-seq and proteomics data
2024-02-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae010
PMID:38192003
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研究论文 | 本文介绍了一种名为FAVA的新方法，用于从单细胞RNA测序和蛋白质组学数据中推断高质量的功能关联网络 | FAVA利用变分自编码器将高维数据压缩到低维空间，从而提高了从高维组学数据中推断网络的准确性 | NA | 开发一种新的方法来推断蛋白质功能关联网络，特别是针对研究较少的蛋白质 | 单细胞RNA测序和蛋白质组学数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序、蛋白质组学 | 变分自编码器 | 基因表达数据、蛋白质数据 | 超过0.5百万个条件，预测了1039个研究较少的蛋白质之间的4210个相互作用 |
| 6642 | 2024-10-28 |
Identifying squalene epoxidase as a metabolic vulnerability in high-risk osteosarcoma using an artificial intelligence-derived prognostic index
2024-02, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1586
PMID:38372422
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研究论文 | 本研究通过结合10种机器学习算法，建立了一个基于转录组数据预测骨肉瘤患者总体生存率的模型，并发现角鲨烯环氧化酶（SQLE）作为高风险骨肉瘤患者的代谢脆弱点 | 本研究首次将人工智能衍生的预后指数（AIDPI）应用于骨肉瘤患者的分层，并验证了SQLE作为潜在治疗靶点的有效性 | 本研究主要基于转录组数据，未涵盖所有可能的生物标志物和治疗靶点 | 识别新的生物标志物以分层高风险骨肉瘤患者并指导治疗 | 骨肉瘤患者及其转录组、基因组和表观基因组数据 | 机器学习 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 机器学习模型 | 转录组数据 | 254个样本 |
| 6643 | 2024-10-28 |
Redefining Mucosal Inflammation with Spatial Genomics
2024-02, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/00220345231216114
PMID:38166489
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研究论文 | 本文讨论了空间基因组学技术在重新定义黏膜炎症中的作用 | 引入空间转录组学方法，避免了组织样本的解离，保留了细胞间的空间关系 | 讨论了空间测序技术的局限性和未来发展方向 | 探讨空间技术如何帮助我们更好地理解复杂的黏膜系统 | 人类口腔黏膜及其在健康和疾病中的分子和细胞特征 | 基因组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 6644 | 2024-10-28 |
scCensus: Off-target scRNA-seq reads reveal meaningful biology
2024-Jan-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.29.577807
PMID:38352549
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研究论文 | 本文介绍了scCensus，一个用于系统评估和分类scRNA-seq中非目标读取的综合分析工作流程 | scCensus能够揭示非目标读取中包含的关于染色质结构和转录活动的信息，这些信息可以用于跨模态识别相似细胞和改进基因检测 | NA | 研究scRNA-seq数据中的非目标读取，揭示其潜在的生物学意义 | scRNA-seq数据中的非目标读取 | 单细胞测序 | NA | scRNA-seq | NA | RNA | 七个scRNA-seq数据集 |
| 6645 | 2024-10-28 |
Parameter-Efficient Fine-Tuning Enhances Adaptation of Single Cell Large Language Model for Cell Type Identification
2024-Jan-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.27.577455
PMID:38352605
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研究论文 | 本文提出了一种参数高效的微调方法，用于增强单细胞大语言模型在细胞类型识别中的适应性 | 引入了两种参数高效的微调策略，专门用于优化单细胞大语言模型，以提高细胞类型识别的性能 | 现有研究指出，单细胞大语言模型在零样本设置下表现不佳 | 克服传统微调方法的局限性，如灾难性遗忘和计算效率低下，提高单细胞大语言模型在细胞类型识别中的适应性 | 单细胞大语言模型在细胞类型识别中的应用 | 自然语言处理 | NA | 参数高效的微调 | 单细胞大语言模型 | 单细胞测序数据 | NA |
| 6646 | 2024-10-28 |
StereoSiTE: a framework to spatially and quantitatively profile the cellular neighborhood organized iTME
2024-Jan-02, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giae078
PMID:39452614
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研究论文 | 本文介绍了一种名为StereoSiTE的分析框架，用于空间和定量地分析细胞邻域组织中的肿瘤微环境 | StereoSiTE结合了开源生物信息学工具和自定义算法，能够准确推断细胞邻域内的功能性空间细胞相互作用强度，充分利用空间信息 | NA | 开发一种能够全面利用空间信息的分析框架，以解析肿瘤微环境中的治疗反应机制 | 肿瘤微环境中的细胞邻域和空间细胞相互作用 | 数字病理学 | NA | 空间转录组技术 | NA | 空间转录组数据 | 多个异种移植模型样本 |
| 6647 | 2024-10-28 |
Biomarker discovery in acetaminophen hepatotoxicity: leveraging single-cell transcriptomics and mechanistic insight
2024 Jan-Jun, Expert review of clinical pharmacology
IF:3.6Q2
DOI:10.1080/17512433.2024.2306219
PMID:38217408
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研究论文 | 本文探讨了利用单细胞转录组学和机制研究来发现对乙酰氨基酚肝毒性的生物标志物 | 本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学等方法，识别了新的生物标志物，如CXCL14，并探讨了这些方法在生物标志物发现领域的应用前景 | 尽管识别的生物标志物具有潜力，但仍需进一步验证，特别是需要在大规模队列研究中进行分析 | 识别对乙酰氨基酚诱导的急性肝衰竭的预后生物标志物，以确定哪些患者需要肝移植 | 对乙酰氨基酚肝毒性的生物标志物 | NA | 肝损伤 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 6648 | 2024-10-28 |
RECCIPE: A new framework assessing localized cell-cell interaction on gene expression in multicellular ST data
2024, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2024.1322886
PMID:38327830
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研究论文 | 介绍了一种名为RECCIPE的新框架，用于评估多细胞ST数据中局部细胞间相互作用对基因表达的影响 | 提出了RECCIPE方法，结合基因表达数据、空间信息和细胞类型组成，在多元回归框架中识别细胞信号相互作用，解决了现有方法在ST数据上多重假设检验问题 | 主要针对多细胞ST数据，未提及单细胞分辨率数据的应用 | 开发一种新方法来评估多细胞系统中细胞间相互作用对基因表达的影响 | 多细胞ST数据中的细胞间相互作用及其对基因表达的影响 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | 多元回归 | 基因表达数据 | 使用小鼠阿尔茨海默病模型数据进行验证 |
| 6649 | 2024-10-28 |
Single-cell RNA sequencing of peripheral blood mononuclear cells from pregnant women with Systemic lupus erythematosus
2024, International reviews of immunology
IF:4.3Q2
DOI:10.1080/08830185.2024.2376649
PMID:39066603
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研究论文 | 研究了系统性红斑狼疮孕妇外周血单核细胞的单细胞RNA测序 | 首次揭示了妊娠期活动性和非活动性系统性红斑狼疮患者外周血单核细胞的基因表达差异 | 样本量较小，可能影响结果的普遍性 | 探讨妊娠期系统性红斑狼疮患者的免疫细胞组成和基因表达特征 | 妊娠期活动性和非活动性系统性红斑狼疮患者的外周血单核细胞 | 数字病理学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 12名患者，包括3名活动性非妊娠期患者、3名非活动性非妊娠期患者、3名活动性妊娠期患者和3名非活动性妊娠期患者 |
| 6650 | 2024-10-28 |
Suppression of IL-1β promotes beneficial accumulation of fibroblast-like cells in atherosclerotic plaques in clonal hematopoiesis
2024-Jan, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-023-00405-9
PMID:38362011
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研究论文 | 研究探讨了IL-1β抑制对克隆性造血相关动脉粥样硬化斑块中成纤维细胞样细胞积累的影响 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了人类颈动脉斑块中炎症小体成分在巨噬细胞中的富集，以及IL-1β受体在成纤维细胞和平滑肌细胞中的富集 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 探讨克隆性造血相关动脉粥样硬化斑块中炎症小体和IL-1β的作用 | 克隆性造血相关动脉粥样硬化斑块中的巨噬细胞、成纤维细胞和平滑肌细胞 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型和人类颈动脉斑块样本 |
| 6651 | 2024-10-28 |
B cell phylogenetics in the single cell era
2024-01, Trends in immunology
IF:13.1Q1
DOI:10.1016/j.it.2023.11.004
PMID:38151443
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综述 | 本文综述了如何将B细胞系统发育学与单细胞数据结合以理解免疫反应的现状和潜力 | 本文介绍了单细胞RNA测序与B细胞受体序列配对的新方法，并探讨了其在免疫反应研究中的应用 | NA | 探讨如何结合B细胞系统发育学与单细胞数据以理解免疫反应 | B细胞及其受体序列 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 6652 | 2024-10-28 |
Analysis of cell-cell interaction between mural granulosa cells and cumulus granulosa cells during ovulation using single-cell RNA sequencing data of mouse ovary
2024 Jan-Dec, Reproductive medicine and biology
IF:2.7Q2
DOI:10.1002/rmb2.12564
PMID:38361634
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研究论文 | 研究了在小鼠卵巢排卵过程中，壁颗粒细胞（MGCs）和卵丘颗粒细胞（CGCs）之间的相互作用 | 发现了三个新的相互作用：Ephrins-Ephs通路和Wnt-Lrp6通路从CGCs到MGCs，分别与类固醇生成和脂质运输相关，以及TGF-β-TGFBR1通路从MGCs到CGCs，与透明质酸合成相关 | NA | 研究排卵过程中壁颗粒细胞和卵丘颗粒细胞之间的相互作用 | 小鼠卵巢中的壁颗粒细胞（MGCs）和卵丘颗粒细胞（CGCs） | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 小鼠卵巢样本，6小时后eCG-hCG注射 |
| 6653 | 2024-10-28 |
Unified Mouse and Human Kidney Single-Cell Expression Atlas Reveal Commonalities and Differences in Disease States
2023-11-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000000000000217
PMID:37639336
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，比较了18种小鼠肾脏疾病模型与人类糖尿病肾病患者的基因表达差异，揭示了疾病状态下基因表达的共性和差异 | 首次系统性地分析和比较了多种小鼠肾脏疾病模型的单细胞基因表达数据，并将其与人类糖尿病肾病患者的单细胞数据进行对比 | 小鼠模型与人类患者之间的单细胞基因表达变化重叠较少，表明动物模型与人类疾病之间存在差异 | 研究小鼠肾脏疾病模型与人类疾病状态下基因表达的共性和差异 | 18种小鼠肾脏疾病模型和人类糖尿病肾病患者 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 36个单细胞RNA测序样本和42个批量基因表达数据样本 |
| 6654 | 2024-10-28 |
Liquid-biopsy proteomics combined with AI identifies cellular drivers of eye aging and disease in vivo
2023-10-26, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2023.09.012
PMID:37863056
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研究论文 | 本文通过结合液体活检蛋白质组学和单细胞转录组学，追踪了5953种蛋白质在房水中的细胞来源，并开发了人工智能模型评估个体细胞的衰老情况 | 本文首次将液体活检蛋白质组学与单细胞转录组学结合，用于追踪非再生器官如眼睛和大脑的疾病机制，并揭示了帕金森病中的视网膜退化现象 | 本文的研究主要集中在眼睛，尚未扩展到其他器官系统 | 研究眼睛衰老和疾病的细胞驱动因素，并开发新的分子诊断和预后方法 | 眼睛中的5953种蛋白质及其细胞来源，以及个体细胞的衰老情况 | 生物信息学 | 眼科疾病 | 液体活检蛋白质组学，单细胞转录组学 | 人工智能模型 | 蛋白质组学数据，转录组学数据 | 5953种蛋白质 |
| 6655 | 2024-10-27 |
Visualizing Immune Checkpoint Inhibitors Derived Inflammation in Atherosclerosis
2024-Oct-25, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.324260
PMID:39328090
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研究论文 | 研究使用放射性示踪剂和正电子发射断层扫描（PET）评估免疫检查点抑制剂治疗后小鼠动脉粥样硬化模型中加重的炎症反应 | 首次使用CCR2靶向放射性示踪剂和PET非侵入性地检测免疫检查点抑制剂治疗后动脉粥样硬化中的炎症反应 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中验证 | 探索免疫检查点抑制剂治疗后动脉粥样硬化中炎症反应的机制 | Apoe-/-和Ldlr-/-小鼠 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 正电子发射断层扫描（PET） | NA | 图像 | Apoe-/-和Ldlr-/-小鼠 |
| 6656 | 2024-10-27 |
Dominant immune tolerance in the intestinal tract imposed by RelB-dependent migratory dendritic cells regulates protective type 2 immunity
2024-Oct-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-53112-9
PMID:39443450
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研究论文 | 研究揭示了RelB依赖的迁移性树突状细胞在小肠中对保护性2型免疫的调节作用 | 首次阐明了RelB在小肠中对迁移性树突状细胞分化和功能的影响，以及其对Foxp3调节性T细胞的调节作用 | 研究主要集中在小肠和特定病原体感染后的免疫反应，未涉及其他器官或病原体的影响 | 探讨RelB在树突状细胞中的表达如何调节小肠中的免疫耐受和保护性2型免疫 | 小肠中的树突状细胞、Foxp3调节性T细胞以及RelB的表达 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及小鼠模型和特定病原体感染后的免疫细胞样本 |
| 6657 | 2024-10-27 |
Overloading And unpacKing (OAK) - droplet-based combinatorial indexing for ultra-high throughput single-cell multiomic profiling
2024-Oct-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-53227-z
PMID:39443484
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Overloading And unpacKing (OAK)的液滴组合索引技术，用于超高通量单细胞多组学分析 | OAK技术结合了液滴微流控和组合索引的优点，提高了珠子条码和试剂的利用效率，简化了操作流程 | NA | 开发一种高效、高通量的单细胞多组学分析方法 | 单细胞RNA测序、单核RNA测序和可及染色质分析 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 超过400,000个黑色素瘤细胞 |
| 6658 | 2024-10-27 |
AKAP12 positive fibroblast determines immunosuppressive contexture and immunotherapy response in patients with TNBC by promoting macrophage M2 polarization
2024-Oct-23, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-009877
PMID:39448199
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研究论文 | 研究AKAP12阳性成纤维细胞在三阴性乳腺癌（TNBC）中的作用及其对免疫治疗反应的影响 | 首次发现AKAP12阳性成纤维细胞通过促进巨噬细胞M2极化来塑造TNBC的免疫抑制微环境，并影响免疫治疗效果 | 研究样本量较小，仅涉及80名TNBC患者 | 识别特定成纤维细胞亚群对TNBC发展和免疫治疗反应的贡献 | 三阴性乳腺癌（TNBC）患者中的成纤维细胞和免疫微环境 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 多组学分析、免疫荧光双标记、飞行时间流式细胞术、RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 80名TNBC患者 |
| 6659 | 2024-10-27 |
Glutaminase inhibition in combination with azacytidine in myelodysplastic syndromes: a phase 1b/2 clinical trial and correlative analyses
2024-Oct, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-024-00811-3
PMID:39300320
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研究论文 | 研究了谷氨酰胺酶抑制剂与阿扎胞苷联合治疗骨髓增生异常综合征的临床试验及关联分析 | 首次展示了谷氨酰胺酶抑制剂与阿扎胞苷联合治疗的临床安全性和有效性 | 研究样本量较小，需要进一步的大规模临床试验验证 | 评估谷氨酰胺酶抑制剂与阿扎胞苷联合治疗骨髓增生异常综合征的安全性和有效性 | 骨髓增生异常综合征患者 | NA | 血液疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 30名患者 |
| 6660 | 2024-10-27 |
Spatial analysis reveals targetable macrophage-mediated mechanisms of immune evasion in hepatocellular carcinoma minimal residual disease
2024-Oct, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-024-00828-8
PMID:39304772
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研究论文 | 本文通过空间分析揭示了肝细胞癌微小残留病中由巨噬细胞介导的免疫逃逸机制 | 通过单细胞高多重流式成像和空间转录组学，揭示了PD-L1+ M2样巨噬细胞与干细胞样肿瘤细胞的相互作用，并展示了联合阻断Pdl1和Tgfβ在两种小鼠模型中消除残留干细胞样肿瘤细胞的效果 | NA | 揭示肝细胞癌微小残留病中巨噬细胞介导的免疫逃逸机制，并探索潜在的治疗策略 | 肝细胞癌微小残留病中的巨噬细胞和干细胞样肿瘤细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞高多重流式成像、空间转录组学 | NA | 细胞 | 108名患者，107万个细胞，以及两种小鼠模型 |