单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6641	2024-11-11	Inhibition of PNCK inflames tumor microenvironment and sensitizes head and neck squamous cell carcinoma to immune checkpoint inhibitors 2024-Oct-12, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009893 PMID:39395840	研究论文	研究探讨了PNCK在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的作用及其与免疫检查点抑制剂的关系	首次揭示了PNCK在调节肿瘤微环境（TME）和增强免疫检查点抑制剂敏感性中的关键作用	研究主要基于体外和体内实验，需要进一步的临床验证	探讨PNCK在HNSCC中的作用及其对免疫治疗的影响	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）及其肿瘤微环境	癌症研究	头颈部鳞状细胞癌	测序技术、单细胞转录组学、蛋白质组学	NA	基因表达数据、蛋白质数据	包括体外细胞实验、体内动物模型和公共数据库数据
6642	2024-11-11	Systematic Analysis of Human Colorectal Cancer scRNA-seq Revealed Limited Pro-tumoral IL-17 Production Potential in Gamma Delta T Cells 2024-Jul-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.18.604156 PMID:39071278	研究论文	本研究重新分析了九个已发表的人类结直肠癌全组织单细胞RNA测序数据集，揭示了γδ T细胞在结直肠癌肿瘤微环境中产生促肿瘤IL-17的潜力有限	首次系统分析了γδ T细胞在结直肠癌中的IL-17产生潜力，并发现其主要功能为细胞毒性效应细胞而非IL-17产生者	研究仅基于已发表的数据集，未进行新的实验验证	探讨γδ T细胞在结直肠癌肿瘤微环境中的作用及其产生IL-17的潜力	γδ T细胞在结直肠癌中的功能和IL-17产生潜力	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	165名结直肠癌患者，共951,785个细胞，其中18,483个为γδ T细胞
6643	2024-11-11	Advances in single-cell sequencing technology in microbiome research 2024-Jul, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2023.101129 PMID:38545125	综述	本文回顾了微生物检测技术的发展历史，分析了单细胞测序在微生物应用中的难点，并总结了新兴的微生物单细胞测序技术（Microbe-seq）的特点及应用前景	介绍了新兴的微生物单细胞测序技术（Microbe-seq）及其在微生物研究中的应用前景	Microbe-seq技术仍处于优化阶段	促进单细胞测序技术在微生物中的广泛应用并推动技术的进一步改进	微生物的基因型和功能表达	NA	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
6644	2024-11-11	Ephrin Forward Signaling Controls Interspecies Cell Competition in Pluripotent Stem Cells 2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.02.597057 PMID:38895424	研究论文	研究探讨了在小鼠和人类多能干细胞共培养中，Ephrin A配体在小鼠细胞中如何通过信号传导导致相邻的人类细胞死亡的机制	开发了一种跨物种细胞接触报告系统，揭示了Ephrin A配体在跨物种多能干细胞竞争中的关键作用	NA	阐明跨物种多能干细胞竞争在早期胚胎发生中的关键机制，并为在动物中生成人类化组织或器官开辟新途径	小鼠和人类多能干细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
6645	2024-11-11	Spatial transcriptomics reveals molecular dysfunction associated with cortical Lewy pathology 2024-Mar-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47027-8 PMID:38531900	研究论文	研究使用空间转录组学技术分析了与皮质Lewy病理相关的分子功能障碍	首次在帕金森病和相关痴呆症中识别出易受Lewy病理影响的特定兴奋性神经元类别，并描述了由聚集物引起的分子功能障碍的保守特征	NA	研究皮质神经元中Lewy病理相关的分子变化	帕金森病和相关痴呆症中的皮质神经元	数字病理学	帕金森病	空间转录组学	NA	转录组数据	包括帕金森病、Lewy体痴呆和预形成纤维α-突触核蛋白病变的鼠模型中的神经元
6646	2024-11-11	Identification of novel protein biomarkers from the blood and urine for the early diagnosis of bladder cancer via proximity extension analysis 2024-03-26, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-04951-z PMID:38532419	研究论文	本研究通过邻近延伸分析技术，从血液和尿液中识别出膀胱癌的潜在新型蛋白质生物标志物，并建立了一种新的非侵入性检测方法用于早期诊断	本研究首次通过邻近延伸分析技术，从血液和尿液中识别出与膀胱癌发展相关的蛋白质生物标志物，并建立了一个诊断模型用于早期膀胱癌的检测	本研究仅在有限的样本量中验证了蛋白质生物标志物的表达，未来需要在更大规模的临床样本中进行验证	识别膀胱癌的早期诊断生物标志物，并建立一种新的非侵入性检测方法	膀胱癌患者和健康对照组的血液和尿液样本	数字病理学	膀胱癌	邻近延伸分析（PEA）	LASSO回归	蛋白质表达数据	99名膀胱癌患者和50名健康对照组
6647	2024-11-11	Spatial Transcriptomic and Metabolomic Landscapes of Oral Submucous Fibrosis-Derived Oral Squamous Cell Carcinoma and its Tumor Microenvironment 2024-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202306515 PMID:38229179	研究论文	本研究整合空间转录组学和空间代谢组学技术，揭示了口腔黏膜下纤维化衍生的口腔鳞状细胞癌及其肿瘤微环境的分子机制	首次发现部分口腔黏膜下纤维化衍生的口腔鳞状细胞癌细胞在原位癌区域发生部分上皮-间质转化，获得成纤维细胞样表型并参与胶原蛋白沉积，并揭示了肿瘤微环境中上皮细胞、成纤维细胞和免疫细胞之间的复杂相互作用	NA	揭示口腔黏膜下纤维化衍生的口腔鳞状细胞癌的分子机制	口腔黏膜下纤维化衍生的口腔鳞状细胞癌及其肿瘤微环境	数字病理学	口腔癌	空间转录组学和空间代谢组学	NA	转录组和代谢组数据	NA
6648	2024-11-11	Pan-Cancer Drivers Are Recurrent Transcriptional Regulatory Heterogeneities in Early-Stage Luminal Breast Cancer 2021-04-01, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-20-1034 PMID:33531373	研究论文	本文研究了早期腔内乳腺癌中的异质性转录调控，并识别出跨癌症类型的复发性基因异质性	本文改进了随机波动分析方法，结合10细胞RNA测序技术，识别出早期腔内乳腺癌中的复发性基因异质性，并发现这些基因与跨癌症类型的驱动基因有关	本文方法在敏感性、噪声和样本处理方面存在局限性	研究早期腔内乳腺癌中的异质性转录调控，并识别出跨癌症类型的复发性基因异质性	早期腔内乳腺癌中的异质性转录调控	数字病理学	乳腺癌	RNA测序	NA	转录组数据	晚期发病、早期腔内乳腺癌患者
6649	2024-11-11	Mapping gene regulatory networks from single-cell omics data 2018-07-01, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elx046 PMID:29342231	综述	本文综述了从单细胞组学数据中构建基因调控网络（GRN）的最新方法	讨论了单细胞转录组数据中噪声水平和数据稀疏性增加的挑战，并介绍了单细胞表观基因组学技术（如单细胞ATAC-seq和单细胞DNA甲基化分析）在解析基因调控程序中的应用	NA	探讨如何从单细胞数据中解析基因调控网络，以理解细胞异质性	单细胞转录组数据和单细胞表观基因组数据	基因组学	NA	单细胞ATAC-seq, 单细胞DNA甲基化分析	NA	转录组数据, 表观基因组数据	NA
6650	2024-11-10	Multi-omics reveal immune microenvironment alterations in multiple myeloma and its precursor stages 2024-11-06, Blood cancer journal IF:12.9Q1 DOI:10.1038/s41408-024-01172-x PMID:39505839	研究论文	本研究系统地描述了多发性骨髓瘤及其前体阶段的肿瘤免疫微环境变化	首次全面分析了从单克隆丙种球蛋白病未定性（MGUS）和冒烟型多发性骨髓瘤（SMM）到新诊断多发性骨髓瘤的肿瘤免疫微环境变化	NA	系统地表征多发性骨髓瘤及其前体阶段的肿瘤免疫微环境和肿瘤-免疫相互作用	多发性骨髓瘤及其前体阶段的肿瘤免疫微环境	数字病理学	多发性骨髓瘤	CIBERSORT、质谱流式细胞术（CyTOF）和单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	包括健康供体在内的多个样本
6651	2024-11-10	Copper drives remodeling of metabolic state and progression of clear cell renal cell carcinoma 2024-Oct-31, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-0187 PMID:39476412	研究论文	研究揭示了铜在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的积累及其对代谢状态和肿瘤进展的影响	首次系统性地探讨了铜在ccRCC中的作用，揭示了铜通过促进CuCOX生物合成来增强肿瘤生长，并提出了新的治疗靶点	NA	探讨铜在透明细胞肾细胞癌中的作用及其对肿瘤代谢和进展的影响	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）	NA	肾癌	代谢组学、脂质组学、同位素标记葡萄糖和谷氨酰胺通量分析、转录组学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	转录组数据、代谢数据	肿瘤样本、细胞系、异种移植模型、PDX模型
6652	2024-11-10	Contribution of VEGF-B-Induced Endocardial Endothelial Cell Lineage in Physiological Versus Pathological Cardiac Hypertrophy 2024-May-24, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.324136 PMID:38655691	研究论文	研究VEGF-B诱导的心内膜内皮细胞谱系在生理性和病理性心脏肥大中的作用	首次探讨了自分泌和旁分泌VEGF-B表达在转基因和基因转导小鼠中的心脏效应，揭示了VEGF-B诱导的特定心内膜来源内皮细胞群体的扩展及其在生理性和病理性心脏肥大中的不同作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证这些发现	探讨VEGF-B在心脏肥大中的作用及其对心脏功能的潜在影响	VEGF-B诱导的心内膜内皮细胞谱系及其在生理性和病理性心脏肥大中的作用	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	转基因小鼠模型
6653	2024-11-10	High throughput functional profiling of genes at intraocular pressure loci reveals distinct networks for glaucoma 2024-04-18, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddae003 PMID:38272457	研究论文	研究通过基因敲除和高通量功能分析，揭示了与青光眼相关基因的网络	首次在单细胞水平上通过高通量分析研究了基因敲除对眼内压相关基因的影响，并识别出三个具有相似转录组特征的基因网络	研究仅限于特定的细胞系和基因敲除，可能无法完全代表所有青光眼病例	旨在识别与原发性开角型青光眼相关的遗传和形态变异	原发性开角型青光眼相关的基因和细胞形态	数字病理学	青光眼	单细胞RNA测序	NA	图像和基因表达数据	62个基因在55个位点的敲除，包括五个非靶向对照组
6654	2024-11-09	ERP44 could serve as a bridge mediating prognosis and immunity for glioma via single-cell and bulk RNA-sequencing 2025-Jan-15, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2024.148963 PMID:39341519	研究论文	研究探讨了ERP44在胶质瘤中的作用及其对预后和免疫的影响	首次整合蛋白质组学、单细胞和批量RNA测序数据，研究ERP44在胶质瘤患者中的潜在功能	NA	探讨ERP44在胶质瘤中的作用及其对预后和免疫的影响	ERP44在胶质瘤中的表达及其对患者预后和免疫的影响	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)，批量RNA测序，蛋白质组学	NA	RNA	使用了TCGA数据集、GSE50161、GSE4290以及qRT-PCR验证的数据
6655	2024-11-09	Single-Cell Multi-Dimensional data analysis reveals the role of ARL4C in driving rheumatoid arthritis progression and Macrophage polarization dynamics 2024-Nov-15, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112987 PMID:39182267	研究论文	研究揭示了ARL4C在驱动类风湿性关节炎进展和巨噬细胞极化动态中的作用	首次通过单细胞RNA测序和Bulk RNA测序数据的综合分析，发现激活的成纤维样滑膜细胞（FLSs）中ARL4C的高表达，并证明了ARL4C在RA FLSs中的关键作用	NA	探讨ARL4C在类风湿性关节炎进展中的作用及其对巨噬细胞极化的影响	成纤维样滑膜细胞（FLSs）和巨噬细胞	数字病理学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和Bulk RNA测序（Bulk-seq）	NA	RNA	来自类风湿性关节炎（RA）、骨关节炎（OA）和创伤患者的成纤维样滑膜细胞（FLSs）
6656	2024-11-09	CD19+CD73+ B cells infiltration indicates poor prognosis and unfavorable responses to immunotherapy in gastric cancer 2024-Nov-15, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113002 PMID:39213870	研究论文	研究探讨了CD73在胃癌患者B细胞中的表达及其功能机制	发现了CD19+CD73+ B细胞在胃癌中的高浸润与不良预后和免疫治疗反应减弱之间的关联	研究样本量有限，仅包括390名胃癌患者	探索CD73在胃癌患者B细胞中的表达及其对预后和免疫治疗反应的影响	胃癌患者的CD19+CD73+ B细胞	数字病理学	胃癌	双免疫组化染色、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	组织样本	390名胃癌患者和8名胃癌患者的肿瘤及非肿瘤组织样本
6657	2024-11-09	Molecular mechanisms promoting long-term cytopenia after BCMA CAR-T therapy in multiple myeloma 2024-11-12, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2023012522 PMID:39058976	研究论文	研究了BCMA CAR-T疗法在多发性骨髓瘤患者中引起的长期细胞减少的分子机制	首次评估了BCMA CAR-T细胞对造血干细胞和祖细胞分化的旁分泌效应，并发现其通过上调早期造血分化相关的转录因子导致细胞成熟停滞	研究样本量较小，且未探讨所有可能的分子机制	探讨BCMA CAR-T疗法在多发性骨髓瘤患者中引起长期细胞减少的机制，并寻找减轻这种毒性的潜在治疗方法	接受BCMA CAR-T细胞治疗的48名多发性骨髓瘤患者	NA	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	48名患者
6658	2024-11-09	Low-intensity focused ultrasound stimulation promotes stroke recovery via astrocytic HMGB1 and CAMK2N1 in mice 2024-Nov-05, Stroke and vascular neurology IF:4.4Q1 DOI:10.1136/svn-2023-002614 PMID:38191183	研究论文	研究低强度聚焦超声刺激通过星形胶质细胞中的HMGB1和CAMK2N1促进小鼠中风恢复的机制	首次揭示了低强度聚焦超声刺激通过上调HMGB1和下调CAMK2N1在星形胶质细胞亚群中促进中风后血管生成和突触生成的机制	研究仅在动物模型中进行，尚未在人类中验证	探讨低强度聚焦超声刺激在中风恢复中的细胞和分子机制	小鼠中风模型中的星形胶质细胞	神经科学	中风	低强度聚焦超声刺激、激光散斑成像、电生理记录、iTRAQ蛋白质组学分析、单细胞RNA测序、荧光原位杂交、Western blot	NA	图像、电生理数据、蛋白质表达数据、基因表达数据	成年雄性小鼠
6659	2024-11-09	Olfr2-positive macrophages originate from monocytes proliferate in situ and present a pro-inflammatory foamy-like phenotype 2024-Nov-05, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae153 PMID:39229899	研究论文	研究了Olfr2阳性血管巨噬细胞的功能表型和起源，发现这些细胞起源于单核细胞，并在动脉粥样硬化早期积累，表现出增殖和促炎潜力	首次揭示了Olfr2阳性血管巨噬细胞起源于单核细胞，并在动脉粥样硬化早期积累，具有增殖和促炎潜力	研究主要基于Apoe-/-小鼠模型，结果的普适性需要进一步验证	探讨Olfr2阳性血管巨噬细胞在动脉粥样硬化中的功能表型和起源	Olfr2阳性血管巨噬细胞及其在动脉粥样硬化中的作用	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术、Mass cytometry	NA	RNA-seq数据	使用Apoe-/-小鼠模型进行实验
6660	2024-11-09	Single-cell RNA sequencing elucidated the landscape of breast cancer brain metastases and identified ILF2 as a potential therapeutic target 2024-Nov, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13697 PMID:38943472	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了乳腺癌脑转移的生态系统，并鉴定了ILF2作为潜在的治疗靶点	首次通过单细胞RNA测序全面描绘了乳腺癌脑转移的肿瘤生态系统，并发现ILF2在乳腺癌脑转移进展中的关键作用	研究样本量较小，仅涉及六个患者的乳腺癌脑转移数据	开发更有效的治疗策略，探索乳腺癌脑转移的潜在治疗靶点	乳腺癌脑转移患者的肿瘤生态系统及ILF2的功能	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	六个乳腺癌脑转移患者的样本