单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6641	2024-10-30	Comprehensive analysis of clinical features, mRNA splicing, and immunological role of REEP5 in esophageal squamous cell carcinoma 2024-10-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-77631-z PMID:39463444	研究论文	本文综合分析了REEEP5在食管鳞状细胞癌中的临床特征、mRNA剪接和免疫学作用	首次全面探讨了REEEP5在食管鳞状细胞癌中的生物学功能及其在肿瘤微环境中的作用，并验证了其在肿瘤和非肿瘤组织中的表达差异	研究样本量相对较小，且仅限于食管鳞状细胞癌，可能限制了结果的普适性	探讨REEEP5在食管鳞状细胞癌中的生物学功能及其在肿瘤微环境中的作用	REEEP5在食管鳞状细胞癌中的表达及其与临床特征、mRNA剪接和免疫反应的关系	数字病理学	食管癌	RNA-seq, 单细胞RNA-seq (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	272名食管鳞状细胞癌患者
6642	2024-10-30	Multiple cell types including melanocytes contribute to elastogenesis in the developing murine aortic valve 2024-10-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-73673-5 PMID:39461968	研究论文	研究探讨了小鼠主动脉瓣发育过程中弹性纤维的生成机制，发现多种细胞类型包括黑色素细胞参与其中	首次揭示了黑色素细胞在小鼠主动脉瓣弹性纤维生成中的关键作用	研究主要集中在小鼠模型上，未来需进一步验证在人类中的适用性	探讨主动脉瓣发育过程中弹性纤维的生成机制	小鼠主动脉瓣中的弹性纤维生成	NA	NA	空间转录组学和RT-qPCR	NA	基因表达数据	小鼠模型
6643	2024-10-30	Profiling the transcriptomic age of single-cells in humans 2024-Oct-26, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07094-5 PMID:39462118	研究论文	本文利用scRNA-seq数据开发单细胞转录组时钟，预测人类血液细胞的年龄	首次在人类中开发单细胞转录组时钟，填补了单细胞水平上人类细胞年龄预测的空白	研究仅限于血液细胞，且样本量相对较小	开发单细胞转录组时钟，预测人类细胞的年龄	人类血液细胞	基因组学	NA	scRNA-seq	NA	转录组数据	1,058,909个血液细胞，来自508名健康捐赠者（年龄范围19至75岁）
6644	2024-10-30	Shrinkage estimation of gene interaction networks in single-cell RNA sequencing data 2024-Oct-26, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05946-9 PMID:39462345	研究论文	本文开发了一种用于单细胞RNA测序数据的稀疏逆协方差矩阵估计框架，以捕捉基因之间的直接功能相互作用	提出了基于负二项分布的零膨胀模型，增强了稀疏方法在零膨胀数据中的性能，同时不影响非零膨胀计数数据	NA	分析单细胞RNA测序数据中的基因相互作用网络	单细胞RNA测序数据中的基因相互作用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	稀疏逆协方差矩阵估计	基因表达数据	NA
6645	2024-10-30	The development of the occurrence and metastasis of breast cancer by single-cell sequencing 2024-Oct-26, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03531-x PMID:39462368	综述	本文综述了单细胞测序技术在乳腺癌发生和转移中的应用	介绍了单细胞测序技术在发现乳腺癌分子亚群、疾病发展和多种机制中的应用	未提及具体的研究局限性	探讨单细胞测序技术在乳腺癌综合治疗中的新思路	乳腺癌的发生和转移机制	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序	NA	基因结构和表达水平数据	未提及具体样本数量
6646	2024-10-30	Endothelial KLF11 is a novel protector against diabetic atherosclerosis 2024-Oct-26, Cardiovascular diabetology IF:8.5Q1 DOI:10.1186/s12933-024-02473-y PMID:39462409	研究论文	研究探讨了内皮细胞中的KLF11因子在糖尿病性动脉粥样硬化中的保护作用	首次揭示了KLF11在糖尿病性动脉粥样硬化中的保护作用	研究仅在特定的小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探讨KLF11在糖尿病性动脉粥样硬化中的作用及其潜在的治疗应用	内皮细胞中的KLF11因子及其在糖尿病性动脉粥样硬化中的作用	心血管疾病	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	内皮特异性KLF11转基因和敲除小鼠
6647	2024-10-30	Identification of molecular subtypes based on bile acid metabolism in cholangiocarcinoma 2024-Oct-25, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-13081-0 PMID:39455933	研究论文	本研究基于胆汁酸代谢特征对胆管癌进行分子亚型分类	建立了基于胆汁酸代谢的胆管癌新分类方法，并验证了其在预测肿瘤微环境和预后中的重要性	NA	研究胆汁酸代谢在胆管癌发展中的作用，并基于此识别特定亚型以优化患者个体化治疗和预后评估	胆管癌患者的胆汁酸代谢特征及分子亚型	NA	胆管癌	超高效液相色谱串联质谱法、单细胞RNA测序	NA	胆汁酸代谢数据、单细胞RNA测序数据	30种胆汁酸
6648	2024-10-30	High expression of PLA2G2A in fibroblasts plays a crucial role in the early progression of carotid atherosclerosis 2024-Oct-24, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05679-6 PMID:39449149	研究论文	研究PLA2G2A基因在动脉粥样硬化早期进展中的作用及其机制	发现PLA2G2A在血管成纤维细胞中高表达，并通过激活巨噬细胞补体和凝血级联途径促进斑块进展	研究主要基于小鼠模型和临床患者信息，未涉及人类大规模临床试验	探讨PLA2G2A在动脉粥样硬化早期进展中的作用及其机制	PLA2G2A基因在动脉粥样硬化斑块中的表达特征及其对斑块进展的影响	心血管疾病	心血管疾病	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	两组颈动脉斑块的单细胞转录组数据及临床患者信息
6649	2024-10-30	Identification of HSPG2 as a bladder pro-tumor protein through NID1/AKT signaling 2024-Oct-23, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03527-7 PMID:39438949	研究论文	研究探讨了HSPG2在膀胱癌进展中的作用及其通过NID1/AKT信号通路促进肿瘤生长的机制	首次揭示了HSPG2在膀胱癌中的促肿瘤作用及其通过NID1/AKT信号通路的机制	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在临床试验中验证	探讨HSPG2在膀胱癌进展中的作用及其分子机制	HSPG2在膀胱癌中的表达及其对肿瘤细胞增殖和化疗耐药性的影响	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序、转录组分析、CCK-8、Transwell、Western blotting、免疫染色	NA	RNA	7个患者样本、28个正常组织、407个膀胱肿瘤组织、HSPG2高表达和低表达的肿瘤类器官小鼠模型
6650	2024-10-30	Disulfidptosis-related subtype and prognostic signature in prostate cancer 2024-Oct-23, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-024-00544-4 PMID:39444006	研究论文	研究探讨了二硫化物死亡相关基因在前列腺癌分类和肿瘤微环境调控中的作用，并开发了相关的预后模型	首次建立了基于二硫化物死亡相关基因的前列腺癌预后模型，并分析了其在肿瘤免疫微环境和免疫治疗敏感性中的作用	研究主要基于体外实验和基因表达数据，缺乏临床样本的验证	探讨二硫化物死亡与前列腺癌的关系，并开发相关的预后模型	前列腺癌患者及其肿瘤微环境	数字病理学	前列腺癌	机器学习	NA	基因表达数据	前列腺癌细胞和患者样本
6651	2024-10-30	STASCAN deciphers fine-resolution cell distribution maps in spatial transcriptomics by deep learning 2024-Oct-22, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03421-5 PMID:39439006	研究论文	本文介绍了一种基于深度学习的方法STASCAN，用于解析空间转录组学中的细粒度细胞分布图	开发了一种新的基于深度学习的方法STASCAN，通过整合基因表达谱和组织学图像来预测空间细胞分布	NA	提高空间转录组学中细胞分布图的分辨率	空间转录组学中的细胞分布	机器学习	NA	深度学习	NA	图像	多种空间转录组学技术中的数据集
6652	2024-10-30	The levels of amino acid metabolites in serum induce the pathogenesis of atopic dermatitis by mediating the inflammatory protein S100A12 2024-10-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-74522-1 PMID:39379513	研究论文	研究探讨了血清中氨基酸代谢物水平通过调节炎症蛋白S100A12在特应性皮炎发病机制中的作用	首次揭示了氨基酸代谢物与特应性皮炎病理之间的因果关系，并阐明了S100A12作为中介蛋白的机制	研究主要基于遗传学分析，未涉及临床试验验证	确定代谢物与特应性皮炎之间的遗传关系，并揭示氨基酸代谢物影响特应性皮炎的途径	血清中的氨基酸代谢物和炎症蛋白S100A12	NA	特应性皮炎	全基因组关联研究（GWAS）、双向两样本孟德尔随机化（MR）、单细胞测序	NA	基因数据、蛋白质数据	未明确提及具体样本数量
6653	2024-10-30	DrugFormer: Graph-Enhanced Language Model to Predict Drug Sensitivity 2024-Oct, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202405861 PMID:39206872	研究论文	提出了一种名为DrugFormer的新型图增强语言模型，用于预测药物敏感性	DrugFormer整合了序列化的基因标记和基于基因的知识图谱，以提高药物反应预测的准确性	NA	解决药物抗性问题，提高化疗和靶向治疗的响应率	多发性骨髓瘤和急性髓系白血病患者的单细胞数据	机器学习	血液肿瘤	scRNA-seq	语言模型	单细胞数据	多发性骨髓瘤和急性髓系白血病患者的单细胞数据
6654	2024-10-30	scDRMAE: integrating masked autoencoder with residual attention networks to leverage omics feature dependencies for accurate cell clustering 2024-Oct-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae599 PMID:39404795	研究论文	本文提出了一种基于掩码自编码器和残差注意力网络的细胞聚类模型scDRMAE，用于整合多组学数据并准确进行细胞聚类	scDRMAE通过掩码机制有效学习不同特征之间的关系，并通过注意力机制动态调整不同组学数据的权重，从而在多组学数据中实现更准确的细胞聚类	NA	克服单组学数据信息不足的限制，通过整合多组学数据进行细胞聚类	单细胞测序数据中的细胞聚类	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	掩码自编码器（Masked Autoencoder）和残差注意力网络（Residual Attention Networks）	多组学数据	15个多组学数据集
6655	2024-10-30	A multi-modality and multi-granularity collaborative learning framework for identifying spatial domains and spatially variable genes 2024-Oct-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae607 PMID:39418177	研究论文	本文提出了一种多模态和多粒度协同学习框架，用于识别空间域和空间变异基因	通过掩蔽部分基因表达数据来减轻模态偏差的影响，使用共享图卷积网络整合基因和图像特征，并采用图自监督学习处理特征融合中的噪声	NA	准确识别空间域和空间变异基因，以理解组织结构和生物功能	空间域和空间变异基因	机器学习	NA	图卷积网络	图卷积网络	多模态数据（基因表达、空间上下文、组织学图像）	NA
6656	2024-10-30	A Single-Cell Atlas of the Substantia Nigra Reveals Therapeutic Effects of Icaritin in a Rat Model of Parkinson's Disease 2024-Sep-30, Antioxidants (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/antiox13101183 PMID:39456437	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术揭示了黑质中的细胞多样性，并探讨了黄酮类化合物icariin在帕金森病大鼠模型中的治疗效果	首次在帕金森病大鼠模型中识别出一种新的细胞亚型——突触丰富的细胞（SRCs），并发现icariin能够改善SRCs与其他细胞群的紧密相互作用，具有抗神经炎症、抗氧化和免疫改善作用	研究仅限于大鼠模型，尚未在人类中验证icariin的治疗效果	探讨帕金森病中黑质细胞的多样性及其在疾病中的作用，并评估icariin作为潜在治疗药物的效果	帕金森病大鼠模型中的黑质细胞	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	帕金森病大鼠模型中的黑质细胞
6657	2024-10-30	Revolutionizing soybean genomics: How CRISPR and advanced sequencing are unlocking new potential 2024-Sep-03, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-024-01435-7 PMID:39223394	研究论文	本文探讨了CRISPR和高级测序技术如何革新大豆基因组学，推动大豆遗传改良	利用CRISPR-Cas9基因编辑技术和单细胞RNA测序（scRNA-seq）等先进技术，实现了对大豆基因组的精确修改和深入研究	NA	探索大豆基因组学的革新方法，推动大豆遗传改良	大豆（Glycine max L.）的基因组和遗传改良	基因组学	NA	CRISPR-Cas9基因编辑技术，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据	涉及野生和栽培大豆的基因组数据
6658	2024-10-29	Machine learning-based gene expression biomarkers to distinguish Zika and Dengue virus infections: implications for diagnosis 2024-Sep, Virusdisease DOI:10.1007/s13337-024-00885-8 PMID:39464736	研究论文	本研究利用机器学习算法和生物信息学分析，识别用于区分寨卡病毒和登革病毒感染的基因生物标志物	本研究首次使用机器学习算法和生物信息学分析，识别出10个基因生物标志物，用于区分寨卡病毒和登革病毒感染	本研究的结果需要进一步的实验验证	识别用于区分寨卡病毒和登革病毒感染的基因生物标志物，以改进诊断方法	寨卡病毒和登革病毒感染	机器学习	NA	单细胞RNA测序	逻辑回归、支持向量机、随机森林、决策树	基因表达数据	GSE110496数据集中的24小时时间点的单细胞RNA测序数据
6659	2024-10-30	A review on advancements in feature selection and feature extraction for high-dimensional NGS data analysis 2024-Aug-19, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-024-01415-x PMID:39158621	综述	本文综述了用于高维NGS数据分析的特征选择和特征提取技术的最新进展	本文系统比较了各种统计学、机器学习和深度学习方法在NGS和微阵列数据解释中的应用	本文主要关注技术综述，未提供具体实验验证	探讨如何通过特征选择和特征提取技术提高高维NGS数据的分析效率和模型性能	NGS和微阵列数据	机器学习	NA	NGS	NA	基因组学、转录组学、蛋白质组学和宏基因组学数据	NA
6660	2024-10-30	Precision oncology in neurofibromatosis type 1: quantification of differential sensitivity to selumetinib in plexiform neurofibromas using single-cell RNA sequencing 2024-Aug, Journal of neuro-oncology IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s11060-024-04711-5 PMID:38739187	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术量化了神经纤维瘤1型中丛状神经纤维瘤对selumetinib的差异敏感性	首次使用单细胞RNA测序技术在单细胞水平上量化药物反应，揭示了selumetinib在神经纤维瘤1型中的差异敏感性	样本量较小，仅包括七个丛状神经纤维瘤	验证单细胞RNA测序技术在量化神经纤维瘤1型中丛状神经纤维瘤对selumetinib敏感性方面的应用	神经纤维瘤1型中的丛状神经纤维瘤	数字病理学	神经纤维瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	七个丛状神经纤维瘤，共658个Schwann细胞（中位数）