单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 27353 篇文献,本页显示第 6621 - 6640 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量
6621 2024-10-30
ncPlantDB: a plant ncRNA database with potential ncPEP information and cell type-specific interaction
2024-Oct-29, Nucleic acids research IF:16.6Q1
研究论文 介绍了一个名为ncPlantDB的综合数据库,整合了43种植物的ncRNA和ncPEP数据,并提供了细胞类型特异性交互信息 ncPlantDB是首个全面整合植物ncRNA和ncPEP数据的数据库,提供了细胞特异性交互网络和可视化工具 NA 填补现有植物ncRNA数据库在ncPEP信息和细胞类型特异性交互方面的不足 植物ncRNA及其编码的ncPEP 基因组学 NA 单细胞RNA测序和Ribo-seq分析 NA ncRNA和ncPEP数据 43种植物,包含353140个ncRNA和3799个ncPEP
6622 2024-10-30
scLTdb: a comprehensive single-cell lineage tracing database
2024-Oct-29, Nucleic acids research IF:16.6Q1
研究论文 本文介绍了一个名为scLTdb的综合单细胞谱系追踪数据库 首次提供了一个全面的单细胞谱系追踪数据库,包含109个经过手动筛选和标准流程分析的数据集 NA 开发一个综合的单细胞谱系追踪数据库,以促进对细胞命运决定和谱系承诺的理解 单细胞谱系追踪数据集 生物信息学 NA 单细胞测序技术 NA 单细胞数据 109个数据集
6623 2024-10-30
LnCeCell 2.0: an updated resource for lncRNA-associated ceRNA networks and web tools based on single-cell and spatial transcriptomics sequencing data
2024-Oct-29, Nucleic acids research IF:16.6Q1
研究论文 本文介绍了LnCeCell 2.0,一个基于单细胞和空间转录组测序数据的lncRNA相关ceRNA网络和网络工具的更新资源 LnCeCell 2.0数据库在数据量和功能上进行了显著扩展和改进,包括增加了257个单细胞RNA测序和stRNA-seq数据集,836,581个细胞特异性和空间点特异的ceRNA相互作用和功能网络,以及15,489个实验支持的lncRNA生物标志物 NA 开发和更新一个资源,用于研究基于单细胞和空间转录组测序数据的lncRNA相关ceRNA网络 lncRNA相关ceRNA网络及其在疾病病理、诊断和治疗中的作用 生物信息学 NA 单细胞RNA测序和空间转录组测序(stRNA-seq) NA 转录组数据 257个单细胞RNA测序和stRNA-seq数据集,涉及86种疾病/表型和80种人类正常组织,以及20,326名癌症患者的临床信息
6624 2024-10-30
IRescue: uncertainty-aware quantification of transposable elements expression at single cell level
2024-Oct-28, Nucleic acids research IF:16.6Q1
研究论文 本文介绍了一种名为IRescue的软件,用于在单细胞水平上量化转座元件的表达 IRescue软件结合了独特的UMI去重算法和期望最大化过程,有效纠正测序错误并重新分配多重映射读数的计数 NA 研究转座元件在不同组织中的细胞多样性及其在疾病进展中的潜在作用 转座元件在单细胞水平上的表达 数字病理学 结直肠癌 单细胞RNA测序 NA RNA-seq数据 包括来自人类结直肠癌、脑部、皮肤老化和SARS-CoV-2感染及恢复期间的PBMCs的单细胞和细胞核RNA-seq数据
6625 2024-10-30
Non-glycanated ΔDCN isoform in muscle invasive bladder cancer mediates cancer stemness and gemcitabine resistance
2024-Oct-28, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
研究论文 研究了非糖基化ΔDCN异构体在肌肉浸润性膀胱癌中的作用及其对癌症干细胞和吉西他滨耐药性的影响 首次揭示了非糖基化ΔDCN异构体在膀胱癌干细胞中的存在及其对癌症干细胞特性和吉西他滨化疗耐药性的影响 研究主要基于体外和体内实验,缺乏临床试验数据支持 探讨DCN在肌肉浸润性膀胱癌中的调控作用及其对膀胱癌干细胞的影响机制 膀胱癌干细胞和肌肉浸润性膀胱癌 数字病理学 膀胱癌 scRNA-seq、流式细胞术、CCK8和Sphere形成实验 NA 基因表达数据、临床病理特征和生存数据 来自TCGA和GEO的数据,包括临床组织样本和膀胱癌细胞系
6626 2024-10-30
Caerin 1.1 and 1.9 peptides halt B16 melanoma metastatic tumours via expanding cDC1 and reprogramming tumour macrophages
2024-Oct-28, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 研究了caerin 1.1和1.9肽在B16黑色素瘤模型中通过扩增cDC1和重编程肿瘤相关巨噬细胞来抑制转移性肿瘤的潜力 结合免疫疗法,caerin 1.1和1.9肽能够有效调节原发和继发性肿瘤的微环境,减少肿瘤生长并增强系统性免疫 NA 探讨caerin 1.1和1.9肽在B16黑色素瘤模型中与免疫疗法结合的治疗潜力 B16黑色素瘤模型中的肿瘤生长和转移 免疫学 黑色素瘤 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 NA
6627 2024-10-30
Integrated analysis of bulk and single-cell RNA sequencing reveals the impact of nicotinamide and tryptophan metabolism on glioma prognosis and immunotherapy sensitivity
2024-Oct-28, BMC neurology IF:2.2Q3
研究论文 本研究通过整合批量和单细胞RNA测序数据,探讨了烟酰胺和色氨酸代谢对胶质瘤预后和免疫治疗敏感性的影响 首次全面评估了烟酰胺和色氨酸代谢对胶质瘤预后和肿瘤免疫微环境的影响,并开发了相关模型用于预测胶质瘤的预后和免疫治疗敏感性 研究主要基于TCGA、CGGA和GSE159416的数据,体外实验验证范围有限 探讨烟酰胺和色氨酸代谢与胶质瘤预后及免疫状态的关系,并开发预测模型 胶质瘤患者的批量和单细胞RNA测序数据 数字病理学 脑肿瘤 RNA测序 LASSO回归 转录组数据 TCGA、CGGA和GSE159416的数据
6628 2024-10-30
Comprehensive analysis of clinical features, mRNA splicing, and immunological role of REEP5 in esophageal squamous cell carcinoma
2024-10-27, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 本文综合分析了REEEP5在食管鳞状细胞癌中的临床特征、mRNA剪接和免疫学作用 首次全面探讨了REEEP5在食管鳞状细胞癌中的生物学功能及其在肿瘤微环境中的作用,并验证了其在肿瘤和非肿瘤组织中的表达差异 研究样本量相对较小,且仅限于食管鳞状细胞癌,可能限制了结果的普适性 探讨REEEP5在食管鳞状细胞癌中的生物学功能及其在肿瘤微环境中的作用 REEEP5在食管鳞状细胞癌中的表达及其与临床特征、mRNA剪接和免疫反应的关系 数字病理学 食管癌 RNA-seq, 单细胞RNA-seq (scRNA-seq) NA 基因表达数据 272名食管鳞状细胞癌患者
6629 2024-10-30
Multiple cell types including melanocytes contribute to elastogenesis in the developing murine aortic valve
2024-10-26, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 研究探讨了小鼠主动脉瓣发育过程中弹性纤维的生成机制,发现多种细胞类型包括黑色素细胞参与其中 首次揭示了黑色素细胞在小鼠主动脉瓣弹性纤维生成中的关键作用 研究主要集中在小鼠模型上,未来需进一步验证在人类中的适用性 探讨主动脉瓣发育过程中弹性纤维的生成机制 小鼠主动脉瓣中的弹性纤维生成 NA NA 空间转录组学和RT-qPCR NA 基因表达数据 小鼠模型
6630 2024-10-30
Profiling the transcriptomic age of single-cells in humans
2024-Oct-26, Communications biology IF:5.2Q1
研究论文 本文利用scRNA-seq数据开发单细胞转录组时钟,预测人类血液细胞的年龄 首次在人类中开发单细胞转录组时钟,填补了单细胞水平上人类细胞年龄预测的空白 研究仅限于血液细胞,且样本量相对较小 开发单细胞转录组时钟,预测人类细胞的年龄 人类血液细胞 基因组学 NA scRNA-seq NA 转录组数据 1,058,909个血液细胞,来自508名健康捐赠者(年龄范围19至75岁)
6631 2024-10-30
Shrinkage estimation of gene interaction networks in single-cell RNA sequencing data
2024-Oct-26, BMC bioinformatics IF:2.9Q1
研究论文 本文开发了一种用于单细胞RNA测序数据的稀疏逆协方差矩阵估计框架,以捕捉基因之间的直接功能相互作用 提出了基于负二项分布的零膨胀模型,增强了稀疏方法在零膨胀数据中的性能,同时不影响非零膨胀计数数据 NA 分析单细胞RNA测序数据中的基因相互作用网络 单细胞RNA测序数据中的基因相互作用 生物信息学 NA 单细胞RNA测序 稀疏逆协方差矩阵估计 基因表达数据 NA
6632 2024-10-30
The development of the occurrence and metastasis of breast cancer by single-cell sequencing
2024-Oct-26, Cancer cell international IF:5.3Q1
综述 本文综述了单细胞测序技术在乳腺癌发生和转移中的应用 介绍了单细胞测序技术在发现乳腺癌分子亚群、疾病发展和多种机制中的应用 未提及具体的研究局限性 探讨单细胞测序技术在乳腺癌综合治疗中的新思路 乳腺癌的发生和转移机制 数字病理学 乳腺癌 单细胞测序 NA 基因结构和表达水平数据 未提及具体样本数量
6633 2024-10-30
Endothelial KLF11 is a novel protector against diabetic atherosclerosis
2024-Oct-26, Cardiovascular diabetology IF:8.5Q1
研究论文 研究探讨了内皮细胞中的KLF11因子在糖尿病性动脉粥样硬化中的保护作用 首次揭示了KLF11在糖尿病性动脉粥样硬化中的保护作用 研究仅在特定的小鼠模型中进行,尚未在人类中验证 探讨KLF11在糖尿病性动脉粥样硬化中的作用及其潜在的治疗应用 内皮细胞中的KLF11因子及其在糖尿病性动脉粥样硬化中的作用 心血管疾病 糖尿病 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA RNA 内皮特异性KLF11转基因和敲除小鼠
6634 2024-10-30
Identification of molecular subtypes based on bile acid metabolism in cholangiocarcinoma
2024-Oct-25, BMC cancer IF:3.4Q2
研究论文 本研究基于胆汁酸代谢特征对胆管癌进行分子亚型分类 建立了基于胆汁酸代谢的胆管癌新分类方法,并验证了其在预测肿瘤微环境和预后中的重要性 NA 研究胆汁酸代谢在胆管癌发展中的作用,并基于此识别特定亚型以优化患者个体化治疗和预后评估 胆管癌患者的胆汁酸代谢特征及分子亚型 NA 胆管癌 超高效液相色谱串联质谱法、单细胞RNA测序 NA 胆汁酸代谢数据、单细胞RNA测序数据 30种胆汁酸
6635 2024-10-30
High expression of PLA2G2A in fibroblasts plays a crucial role in the early progression of carotid atherosclerosis
2024-Oct-24, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 研究PLA2G2A基因在动脉粥样硬化早期进展中的作用及其机制 发现PLA2G2A在血管成纤维细胞中高表达,并通过激活巨噬细胞补体和凝血级联途径促进斑块进展 研究主要基于小鼠模型和临床患者信息,未涉及人类大规模临床试验 探讨PLA2G2A在动脉粥样硬化早期进展中的作用及其机制 PLA2G2A基因在动脉粥样硬化斑块中的表达特征及其对斑块进展的影响 心血管疾病 心血管疾病 单细胞转录组测序 NA 单细胞转录组数据 两组颈动脉斑块的单细胞转录组数据及临床患者信息
6636 2024-10-30
Identification of HSPG2 as a bladder pro-tumor protein through NID1/AKT signaling
2024-Oct-23, Cancer cell international IF:5.3Q1
研究论文 研究探讨了HSPG2在膀胱癌进展中的作用及其通过NID1/AKT信号通路促进肿瘤生长的机制 首次揭示了HSPG2在膀胱癌中的促肿瘤作用及其通过NID1/AKT信号通路的机制 研究主要基于体外实验和动物模型,尚未在临床试验中验证 探讨HSPG2在膀胱癌进展中的作用及其分子机制 HSPG2在膀胱癌中的表达及其对肿瘤细胞增殖和化疗耐药性的影响 数字病理学 膀胱癌 单细胞RNA测序、转录组分析、CCK-8、Transwell、Western blotting、免疫染色 NA RNA 7个患者样本、28个正常组织、407个膀胱肿瘤组织、HSPG2高表达和低表达的肿瘤类器官小鼠模型
6637 2024-10-30
Disulfidptosis-related subtype and prognostic signature in prostate cancer
2024-Oct-23, Biology direct IF:5.7Q1
研究论文 研究探讨了二硫化物死亡相关基因在前列腺癌分类和肿瘤微环境调控中的作用,并开发了相关的预后模型 首次建立了基于二硫化物死亡相关基因的前列腺癌预后模型,并分析了其在肿瘤免疫微环境和免疫治疗敏感性中的作用 研究主要基于体外实验和基因表达数据,缺乏临床样本的验证 探讨二硫化物死亡与前列腺癌的关系,并开发相关的预后模型 前列腺癌患者及其肿瘤微环境 数字病理学 前列腺癌 机器学习 NA 基因表达数据 前列腺癌细胞和患者样本
6638 2024-10-30
STASCAN deciphers fine-resolution cell distribution maps in spatial transcriptomics by deep learning
2024-Oct-22, Genome biology IF:10.1Q1
研究论文 本文介绍了一种基于深度学习的方法STASCAN,用于解析空间转录组学中的细粒度细胞分布图 开发了一种新的基于深度学习的方法STASCAN,通过整合基因表达谱和组织学图像来预测空间细胞分布 NA 提高空间转录组学中细胞分布图的分辨率 空间转录组学中的细胞分布 机器学习 NA 深度学习 NA 图像 多种空间转录组学技术中的数据集
6639 2024-10-30
The levels of amino acid metabolites in serum induce the pathogenesis of atopic dermatitis by mediating the inflammatory protein S100A12
2024-10-08, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 研究探讨了血清中氨基酸代谢物水平通过调节炎症蛋白S100A12在特应性皮炎发病机制中的作用 首次揭示了氨基酸代谢物与特应性皮炎病理之间的因果关系,并阐明了S100A12作为中介蛋白的机制 研究主要基于遗传学分析,未涉及临床试验验证 确定代谢物与特应性皮炎之间的遗传关系,并揭示氨基酸代谢物影响特应性皮炎的途径 血清中的氨基酸代谢物和炎症蛋白S100A12 NA 特应性皮炎 全基因组关联研究(GWAS)、双向两样本孟德尔随机化(MR)、单细胞测序 NA 基因数据、蛋白质数据 未明确提及具体样本数量
6640 2024-10-30
DrugFormer: Graph-Enhanced Language Model to Predict Drug Sensitivity
2024-Oct, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 提出了一种名为DrugFormer的新型图增强语言模型,用于预测药物敏感性 DrugFormer整合了序列化的基因标记和基于基因的知识图谱,以提高药物反应预测的准确性 NA 解决药物抗性问题,提高化疗和靶向治疗的响应率 多发性骨髓瘤和急性髓系白血病患者的单细胞数据 机器学习 血液肿瘤 scRNA-seq 语言模型 单细胞数据 多发性骨髓瘤和急性髓系白血病患者的单细胞数据
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