单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6621	2024-11-02	Regulation of lymphoid-myeloid lineage bias through regnase-1/3-mediated control of Nfkbiz 2024-01-18, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023020903 PMID:37922454	研究论文	研究揭示了regnase-1和regnase-3通过调控Nfkbiz mRNA的降解，影响造血干细胞和祖细胞（HSPCs）的淋巴-髓系分化倾向	首次阐明了regnase-1和regnase-3在HSPCs中通过调控Nfkbiz mRNA的降解，决定淋巴系命运并限制髓系分化的机制	NA	探讨造血干细胞和祖细胞（HSPCs）中淋巴-髓系分化倾向的调控机制	造血干细胞和祖细胞（HSPCs）	NA	NA	单细胞RNA测序、转座酶可及染色质测序	NA	RNA	NA
6622	2024-10-26	IDEIS: a tool to identify PTPRC/CD45 isoforms from single-cell transcriptomic data 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1446931 PMID:39445006	研究论文	本文介绍了一种名为IDEIS的工具，用于从单细胞转录组数据中识别PTPRC/CD45的异构体	IDEIS软件能够直接从单细胞转录组数据中量化CD45异构体，无需生成额外的DNA测序文库	NA	开发一种工具，用于从单细胞转录组数据中准确识别和量化CD45异构体	PTPRC/CD45基因的异构体及其在免疫细胞亚群中的表达模式	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	转录组数据	使用10× Genomics 5'测序技术生成的数据集
6623	2024-11-02	Identifying HIF1A and HGF as two hub genes in aortic dissection and function analysis by integrating RNA sequencing and single-cell RNA sequencing data 2024, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2024.1475991 PMID:39479394	研究论文	通过整合RNA测序和单细胞RNA测序数据，筛选出主动脉夹层的关键基因HIF1A和HGF，并分析其功能	首次整合RNA测序和单细胞RNA测序数据，筛选出主动脉夹层的关键基因HIF1A和HGF，并分析其在单细胞水平的功能	研究仅基于公共数据集，未进行体内实验验证	探索主动脉夹层的调控机制，为诊断和治疗提供参考	主动脉夹层的关键基因及其功能	基因表达	心血管疾病	RNA测序、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	四个AD相关数据集，包括GSE153434、GSE98770、GSE52093和GSE213740
6624	2024-11-02	Arid3c identifies an uncharacterized subpopulation of V2 interneurons during embryonic spinal cord development 2024, Frontiers in cellular neuroscience IF:4.2Q2 DOI:10.3389/fncel.2024.1466056 PMID:39479525	研究论文	研究旨在通过比较胚胎脊髓V2中间神经元与其他细胞的转录组，识别新的标记基因以描述V2中间神经元群体的多样性	发现了Arid3c基因，识别出一个未被描述的V2中间神经元亚群，该亚群与V2c中间神经元部分重叠，并具有Onecut因子和Sox2的表达特征	研究未完全解析导致这种神经元多样化的机制	识别新的标记基因以进一步描述脊髓V2中间神经元群体的多样性	胚胎脊髓V2中间神经元及其亚群	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	胚胎脊髓V2中间神经元及其他细胞
6625	2024-11-02	IL-21-producing effector Tfh cells promote B cell alloimmunity in lymph nodes and kidney allografts 2023-Oct-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.169793 PMID:37870962	研究论文	研究IL-21产生效应Tfh细胞在同种异体肾移植中的作用及其对B细胞克隆动力学的影响	首次揭示了IL-21产生效应Tfh细胞在同种异体肾移植中的具体亚群、起源和功能	研究基于小鼠模型，结果的临床相关性需要进一步验证	探讨IL-21产生效应Tfh细胞在同种异体肾移植中的作用	IL-21产生效应Tfh细胞及其在肾移植排斥中的功能	免疫学	肾移植	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
6626	2024-11-02	Epigenetic Mechanisms of Brain Sexual Differentiation 2022-11-01, Cold Spring Harbor perspectives in biology IF:6.9Q1 DOI:10.1101/cshperspect.a039099 PMID:35817509	review	本文讨论了围产期雌二醇信号如何组织啮齿动物大脑中的细胞和分子性别差异	本文介绍了最近发现的由雌激素受体α（ERα）激活的基因调控程序，展示了真正的表观遗传机制	NA	探讨早期激素信号对大脑的持久影响及其机制	啮齿动物大脑中的性别差异	NA	NA	单细胞测序	NA	基因表达	NA
6627	2024-10-30	Integrating multiomics and Single-Cell communication analysis to uncover Ankylosing spondylitis mechanisms 2024-Dec-25, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113276 PMID:39357209	研究论文	本文通过整合多组学和单细胞通信分析，揭示了强直性脊柱炎的发病机制	本文首次通过单细胞测序和分子对接技术，识别了Cassia twigs在治疗强直性脊柱炎中的潜在药物靶点	样本量相对较小，且仅限于特定类型的样本	探讨强直性脊柱炎的发病机制及Cassia twigs的治疗作用	强直性脊柱炎患者和非患者的血液样本及临床数据	生物信息学	风湿性疾病	单细胞测序	逻辑回归	基因表达数据	28,458个个体样本，其中6,101个为强直性脊柱炎患者，22,357个为非患者
6628	2024-10-30	Single-cell sequencing in diffuse large B-cell lymphoma: C1qC is a potential tumor-promoting factor 2024-Dec-25, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113319 PMID:39388888	研究论文	研究C1qC在弥漫性大B细胞淋巴瘤中的潜在促瘤机制	首次揭示了C1qC在弥漫性大B细胞淋巴瘤中的促瘤作用，并提出了C1qC作为潜在治疗靶点的可能性	研究主要集中在C1qC在M2巨噬细胞中的表达及其对淋巴瘤细胞的影响，未全面探讨C1qC在其他免疫细胞中的作用	探索C1qC在弥漫性大B细胞淋巴瘤中的潜在机制及其临床意义	弥漫性大B细胞淋巴瘤患者及C1qC在免疫细胞中的表达	数字病理学	淋巴瘤	单细胞测序	NA	基因表达数据	涉及弥漫性大B细胞淋巴瘤患者的临床数据及免疫细胞样本
6629	2024-10-30	Single-cell sequencing reveals the heterogeneity of immune landscape in drug users with HIV infection 2024-Dec-25, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113338 PMID:39405936	研究论文	本文通过单细胞RNA测序揭示了药物使用者中HIV感染的免疫景观异质性	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了药物使用者与非药物使用者中HIV感染的免疫细胞异质性	研究仅限于外周血单核细胞，未涵盖其他组织或器官的免疫细胞	揭示药物使用对HIV感染免疫发病机制的影响	健康对照个体、药物使用HIV感染者和非药物使用HIV感染者的外周血单核细胞	数字病理学	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	RNA	健康对照个体、药物使用HIV感染者和非药物使用HIV感染者的外周血单核细胞样本
6630	2024-10-30	Mtb/HIV co-infection immune microenvironment subpopulations heterogeneity 2024-Dec-25, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113341 PMID:39405943	研究论文	研究了HIV-1和结核分枝杆菌（Mtb）共感染患者外周血单个核细胞的免疫微环境异质性	构建了Mtb/HIV共感染的单细胞全局转录图谱，揭示了不同细胞亚群的异质性，并发现了可能参与免疫反应的关键细胞亚群	研究仅基于Gene Expression Omnibus数据库和中国国家基因库核苷酸序列档案的单细胞RNA测序数据，样本量和数据来源有限	探讨HIV-1和结核分枝杆菌共感染对免疫反应和免疫细胞亚群的影响	HIV-1感染者和Mtb/HIV共感染者的外周血单个核细胞	NA	结核病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
6631	2024-10-30	New evidence of vascular defects in neurodegenerative diseases revealed by single cell RNA sequencing 2024-Nov-06, Clinical science (London, England : 1979) DOI:10.1042/CS20241658 PMID:39469930	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了神经退行性疾病中的血管缺陷，并总结了中枢神经系统血管结构和组织的最新进展	首次系统性地总结了神经退行性疾病中血管细胞类型或亚型的疾病特异性改变，并提出了血管缺陷可能是神经退行性疾病的早期共同特征	血管缺陷在疾病进展中的发生和作用仍未充分探索	揭示神经退行性疾病中的血管缺陷及其对神经退化的影响	神经退行性疾病中的血管细胞类型和结构	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及小鼠、健康个体和神经退行性疾病患者的样本
6632	2024-10-30	A multidimensional analysis reveals distinct immune phenotypes and the composition of immune aggregates in pediatric acute myeloid leukemia 2024-Nov, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-024-02381-w PMID:39187578	研究论文	本文通过多维分析揭示了儿童急性髓系白血病（AML）中不同的免疫表型和免疫聚集物的组成	本文首次在儿童AML中进行了多维度的免疫微环境分析，揭示了免疫浸润骨髓的特征和T细胞网络的组成	研究仅限于儿童AML病例，未涉及成人AML或其他类型的白血病	了解儿童AML骨髓中T细胞和其他微环境群体的组成、表型和空间组织，为未来的免疫治疗试验提供信息	儿童急性髓系白血病（AML）患者的骨髓免疫微环境	数字病理学	血液肿瘤	空间转录组学	NA	转录组数据	近三分之一的儿童AML病例
6633	2024-10-30	Substantive Similarities Between Synovial Fluid and Synovial Tissue T cells in Inflammatory Arthritis Via Single-Cell RNA and T Cell Receptor Sequencing 2024-Nov, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.42949 PMID:38973560	研究论文	通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序，研究了炎症性关节炎中滑液和滑膜组织T细胞的实质相似性	首次通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序直接比较了滑液和滑膜组织中的记忆T细胞，揭示了它们在TCR库和T细胞亚群组成上的相似性	研究样本仅限于六名炎症性关节炎患者，可能限制了结果的普适性	探讨滑液中的T细胞是否能真实反映滑膜组织中的T细胞群体	滑液和滑膜组织中的记忆T细胞	NA	炎症性关节炎	单细胞RNA测序，T细胞受体测序	NA	RNA	六名炎症性关节炎患者
6634	2024-10-30	ncPlantDB: a plant ncRNA database with potential ncPEP information and cell type-specific interaction 2024-Oct-29, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1017 PMID:39470718	研究论文	介绍了一个名为ncPlantDB的综合数据库，整合了43种植物的ncRNA和ncPEP数据，并提供了细胞类型特异性交互信息	ncPlantDB是首个全面整合植物ncRNA和ncPEP数据的数据库，提供了细胞特异性交互网络和可视化工具	NA	填补现有植物ncRNA数据库在ncPEP信息和细胞类型特异性交互方面的不足	植物ncRNA及其编码的ncPEP	基因组学	NA	单细胞RNA测序和Ribo-seq分析	NA	ncRNA和ncPEP数据	43种植物，包含353140个ncRNA和3799个ncPEP
6635	2024-10-30	scLTdb: a comprehensive single-cell lineage tracing database 2024-Oct-29, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae913 PMID:39470724	研究论文	本文介绍了一个名为scLTdb的综合单细胞谱系追踪数据库	首次提供了一个全面的单细胞谱系追踪数据库，包含109个经过手动筛选和标准流程分析的数据集	NA	开发一个综合的单细胞谱系追踪数据库，以促进对细胞命运决定和谱系承诺的理解	单细胞谱系追踪数据集	生物信息学	NA	单细胞测序技术	NA	单细胞数据	109个数据集
6636	2024-10-30	LnCeCell 2.0: an updated resource for lncRNA-associated ceRNA networks and web tools based on single-cell and spatial transcriptomics sequencing data 2024-Oct-29, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae947 PMID:39470723	研究论文	本文介绍了LnCeCell 2.0，一个基于单细胞和空间转录组测序数据的lncRNA相关ceRNA网络和网络工具的更新资源	LnCeCell 2.0数据库在数据量和功能上进行了显著扩展和改进，包括增加了257个单细胞RNA测序和stRNA-seq数据集，836,581个细胞特异性和空间点特异的ceRNA相互作用和功能网络，以及15,489个实验支持的lncRNA生物标志物	NA	开发和更新一个资源，用于研究基于单细胞和空间转录组测序数据的lncRNA相关ceRNA网络	lncRNA相关ceRNA网络及其在疾病病理、诊断和治疗中的作用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序和空间转录组测序(stRNA-seq)	NA	转录组数据	257个单细胞RNA测序和stRNA-seq数据集，涉及86种疾病/表型和80种人类正常组织，以及20,326名癌症患者的临床信息
6637	2024-10-30	IRescue: uncertainty-aware quantification of transposable elements expression at single cell level 2024-Oct-28, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae793 PMID:39271103	研究论文	本文介绍了一种名为IRescue的软件，用于在单细胞水平上量化转座元件的表达	IRescue软件结合了独特的UMI去重算法和期望最大化过程，有效纠正测序错误并重新分配多重映射读数的计数	NA	研究转座元件在不同组织中的细胞多样性及其在疾病进展中的潜在作用	转座元件在单细胞水平上的表达	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	包括来自人类结直肠癌、脑部、皮肤老化和SARS-CoV-2感染及恢复期间的PBMCs的单细胞和细胞核RNA-seq数据
6638	2024-10-30	Non-glycanated ΔDCN isoform in muscle invasive bladder cancer mediates cancer stemness and gemcitabine resistance 2024-Oct-28, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands) DOI:10.1007/s13402-024-00998-8 PMID:39466536	研究论文	研究了非糖基化ΔDCN异构体在肌肉浸润性膀胱癌中的作用及其对癌症干细胞和吉西他滨耐药性的影响	首次揭示了非糖基化ΔDCN异构体在膀胱癌干细胞中的存在及其对癌症干细胞特性和吉西他滨化疗耐药性的影响	研究主要基于体外和体内实验，缺乏临床试验数据支持	探讨DCN在肌肉浸润性膀胱癌中的调控作用及其对膀胱癌干细胞的影响机制	膀胱癌干细胞和肌肉浸润性膀胱癌	数字病理学	膀胱癌	scRNA-seq、流式细胞术、CCK8和Sphere形成实验	NA	基因表达数据、临床病理特征和生存数据	来自TCGA和GEO的数据，包括临床组织样本和膀胱癌细胞系
6639	2024-10-30	Caerin 1.1 and 1.9 peptides halt B16 melanoma metastatic tumours via expanding cDC1 and reprogramming tumour macrophages 2024-Oct-28, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05763-x PMID:39468595	研究论文	研究了caerin 1.1和1.9肽在B16黑色素瘤模型中通过扩增cDC1和重编程肿瘤相关巨噬细胞来抑制转移性肿瘤的潜力	结合免疫疗法，caerin 1.1和1.9肽能够有效调节原发和继发性肿瘤的微环境，减少肿瘤生长并增强系统性免疫	NA	探讨caerin 1.1和1.9肽在B16黑色素瘤模型中与免疫疗法结合的治疗潜力	B16黑色素瘤模型中的肿瘤生长和转移	免疫学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
6640	2024-10-30	Integrated analysis of bulk and single-cell RNA sequencing reveals the impact of nicotinamide and tryptophan metabolism on glioma prognosis and immunotherapy sensitivity 2024-Oct-28, BMC neurology IF:2.2Q3 DOI:10.1186/s12883-024-03924-5 PMID:39468708	研究论文	本研究通过整合批量和单细胞RNA测序数据，探讨了烟酰胺和色氨酸代谢对胶质瘤预后和免疫治疗敏感性的影响	首次全面评估了烟酰胺和色氨酸代谢对胶质瘤预后和肿瘤免疫微环境的影响，并开发了相关模型用于预测胶质瘤的预后和免疫治疗敏感性	研究主要基于TCGA、CGGA和GSE159416的数据，体外实验验证范围有限	探讨烟酰胺和色氨酸代谢与胶质瘤预后及免疫状态的关系，并开发预测模型	胶质瘤患者的批量和单细胞RNA测序数据	数字病理学	脑肿瘤	RNA测序	LASSO回归	转录组数据	TCGA、CGGA和GSE159416的数据