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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6601 | 2026-03-11 |
Renal Cell Type and State Estimation in Brightfield Histology Images: A Pilot Study on Diabetic Nephropathy
2025-Feb, Proceedings of SPIE--the International Society for Optical Engineering
DOI:10.1117/12.3047996
PMID:41799653
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研究论文 | 本研究探索了基于机器学习的方法,利用深度学习模型从亮场组织学图像中预测细胞类型和状态,以提升糖尿病肾病的临床诊断和预后评估 | 提出了一种两阶段管道,结合图像到文本检索网络和视觉语言模型,利用CONCH模型从亮场图像中生成组织病理学文本提示,并预测细胞类型/状态比例,相比仅使用图像输入的模型有显著性能提升 | 研究为试点性质,样本量有限,仅基于印第安纳大学收集的糖尿病肾病样本,且依赖于10X Visium空间转录组学数据作为参考,可能限制了模型的泛化能力 | 开发一种从亮场组织学图像中预测细胞类型和状态的机器学习管道,以弥补传统组织病理学与分子诊断之间的差距 | 糖尿病肾病患者的肾组织样本,包括肾小球、肾小管、血管和间质等结构 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 空间转录组学,深度学习 | CONCH, ViT, ResNet | 图像,文本 | 来自印第安纳大学的糖尿病肾病样本的10X Visium FFPE全玻片图像 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10X Visium formalin-fixed paraffin-embedded whole slides images |
| 6602 | 2026-03-11 |
Bayesian Sparse Gaussian Mixture Model for Clustering in High Dimensions
2025, Journal of machine learning research : JMLR
IF:4.3Q2
PMID:41799364
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研究论文 | 本文提出了一种贝叶斯稀疏高斯混合模型,用于高维数据聚类,特别是在单细胞RNA测序数据分析中应用 | 提出了一种计算可行的贝叶斯方法,使用连续尖峰-平板先验估计高维稀疏高斯混合模型,无需预先指定聚类数量,且后验收缩率达到了极小极大最优 | 未明确提及模型在处理极端高维或噪声数据时的具体限制,也未讨论计算复杂度随样本量增长的具体情况 | 开发一种在高维情况下能自适应估计聚类数量的计算可行聚类方法 | 高维数据,特别是单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯稀疏高斯混合模型 | 高维数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6603 | 2026-03-10 |
Platycodin D3 protects against sepsis-associated acute lung injury through direct inhibition of the PKM2-NLRP3 axis
2026-Jun, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2026.112443
PMID:41748044
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研究论文 | 本研究通过整合生物信息学分析和实验验证,发现桔梗皂苷D3通过直接靶向PKM2抑制NLRP3炎症小体激活,从而减轻脓毒症相关急性肺损伤 | 首次将桔梗皂苷D3鉴定为直接结合并稳定PKM2的天然产物,通过靶向PKM2-NLRP3轴治疗脓毒症相关急性肺损伤 | 研究主要基于LPS诱导的小鼠模型和RAW264.7巨噬细胞,临床转化潜力需进一步验证 | 探索靶向PKM2-NLRP3轴治疗脓毒症相关急性肺损伤的新治疗策略 | 脓毒症相关急性肺损伤患者样本、LPS诱导的小鼠模型、RAW264.7巨噬细胞 | 生物信息学与分子药理学 | 脓毒症相关急性肺损伤 | 差异表达谱分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析、单细胞RNA测序、分子对接、微尺度热泳、表面等离子体共振、细胞热位移分析、Seahorse代谢分析 | NA | 基因表达数据、蛋白质相互作用数据、单细胞RNA测序数据、代谢数据 | 脓毒症相关急性肺损伤患者样本、LPS诱导的小鼠模型、RAW264.7巨噬细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6604 | 2026-03-10 |
Targeting CXCL16-expressing macrophages with a biomimetic nanocarrier system attenuates cartilage degeneration in osteoarthritis
2026-Apr-10, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society
IF:10.5Q1
DOI:10.1016/j.jconrel.2026.114734
PMID:41707770
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序识别骨关节炎中表达CXCL16的巨噬细胞,并开发了一种仿生纳米载体系统靶向这些细胞以减轻软骨退变 | 首次利用单细胞RNA测序在骨关节炎中鉴定出CXCL16高表达的巨噬细胞亚群,并创新性地开发了基于CXCR6富集M1巨噬细胞膜的仿生纳米颗粒(MAP6)进行特异性靶向治疗 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床转化效果尚未验证;纳米颗粒的长期安全性和免疫原性需要进一步评估 | 开发靶向骨关节炎中特定巨噬细胞亚群的纳米治疗策略,以调节滑膜炎症并阻止疾病进展 | 人类和小鼠的滑膜组织,以及骨关节炎小鼠模型 | 单细胞测序与纳米医学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 未明确具体样本数量,涉及人类和小鼠滑膜组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6605 | 2026-02-02 |
Corrigendum to 'GLS as a Key Cuproptosis-Related Gene in Periodontitis: Insights from Single-Cell RNA Sequencing' [International Dental Journal Volume 75, Issue 2, April 2025, Pages 1360-1369]
2026-Apr, International dental journal
IF:3.2Q1
DOI:10.1016/j.identj.2025.103953
PMID:41619644
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6606 | 2026-03-10 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Role of Macrophage-Granulosa Cell Crosstalk in Regulating Granulosa Cells Function in Sheep
2026-Mar-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202502486RR
PMID:41801067
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了绵羊卵巢中巨噬细胞与颗粒细胞之间的相互作用如何调控颗粒细胞功能 | 首次在绵羊中利用单细胞RNA测序比较高低繁殖力品种的卵巢细胞图谱,并验证了IGFBP2在巨噬细胞-颗粒细胞互作中的关键调控作用 | 研究仅基于两个绵羊品种,样本量较小;体外共培养实验可能无法完全模拟体内复杂微环境 | 探究巨噬细胞与颗粒细胞间的细胞对话及其对颗粒细胞功能的调控机制 | 绵羊卵巢组织(来自高繁殖力胡羊和低繁殖力蒙古羊) | 单细胞组学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 两个绵羊品种的卵巢组织(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6607 | 2026-03-10 |
Single-Cell Sequencing and Transcriptomic Sequencing Exploration of the Mechanisms Governing Lactylation in Mitochondrial Diseases
2026-Mar-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202504230R
PMID:41801247
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和转录组分析探索了乳酸化修饰在线粒体疾病中的作用机制 | 首次结合单细胞测序与转录组分析探索乳酸化在线粒体疾病中的角色,并利用机器学习识别出三个核心基因EIF3D、SOD1和RPS26 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证仅限于qRT-PCR和Western blotting,样本来源和数量可能有限 | 探索乳酸化修饰与线粒体疾病之间的关联,以揭示其分子病理机制和潜在治疗策略 | 线粒体疾病患者的骨骼肌样本及相关的免疫细胞 | 生物信息学 | 线粒体疾病 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, qRT-PCR, Western blotting | 机器学习算法 | RNA测序数据, 基因表达数据 | 线粒体疾病患者的骨骼肌样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | NA |
| 6608 | 2026-03-10 |
A supramolecular peptide reprograms PD-L1+ tumor-associated macrophages to enhance antitumor immunity in lung adenocarcinoma
2026-Mar-10, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society
IF:10.5Q1
DOI:10.1016/j.jconrel.2026.114657
PMID:41580126
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研究论文 | 本研究开发了一种超分子肽纳米平台MH-PDBP,用于重编程肺腺癌中的PD-L1阳性肿瘤相关巨噬细胞,以增强抗肿瘤免疫 | 通过金亲和自组装构建了超分子肽纳米平台,并利用甘露糖化人血清白蛋白涂层实现选择性靶向肿瘤相关巨噬细胞,促进PD-L1的溶酶体降解并重编程巨噬细胞向M1表型转化 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,尚未在人体临床试验中验证其安全性和有效性 | 旨在克服肺腺癌中免疫抑制性肿瘤免疫微环境,增强免疫检查点抑制剂的疗效 | 肺腺癌患者样本、小鼠模型及肿瘤相关巨噬细胞 | 数字病理 | 肺癌 | 多重免疫组织化学、单细胞RNA测序 | NA | 图像、测序数据 | 来自免疫检查点抑制剂治疗的肺腺癌患者的多重免疫组织化学样本及公共单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6609 | 2026-03-10 |
OralDB: A Transcriptomic Resource for Mechanistic Exploration in Oral Diseases
2026-Mar-08, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/00220345251410498
PMID:41796996
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研究论文 | 本文介绍了OralDB,一个专为口腔疾病设计的首个全面、标准化、交互式的多模态转录组资源平台 | 首次创建了专门针对口腔疾病的综合性、标准化、交互式多模态转录组资源,整合了多种组学数据和疾病类型,解决了数据碎片化和批次效应问题 | 平台主要基于现有公共数据集,可能受限于数据质量和覆盖范围,且未提及对新数据集的持续更新机制 | 开发一个标准化资源平台,以促进口腔疾病的分子机制探索和转化应用研究 | 口腔疾病,包括口腔癌、牙周炎和口腔黏膜疾病等 | 数字病理学 | 口腔癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学(ST)、RNA-seq、微阵列 | NA | 转录组数据 | 2027个组织样本,覆盖73个高质量数据集和20种口腔疾病 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
| 6610 | 2026-03-10 |
KAFSTExp: Kernel Adaptive Filtering With Nyström Approximation for Predicting Spatial Gene Expression From Histology Images
2026-Mar, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2025.3595101
PMID:40758493
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研究论文 | 本文提出了一种名为KAFSTExp的框架,利用病理学基础模型UNI提取组织学图像特征,并引入带Nyström近似的核最小均方算法来预测空间基因表达 | 首次将核自适应滤波与Nyström近似结合应用于从组织学图像预测空间基因表达,显著提高了预测精度并降低了计算成本 | 模型在有限的空间转录组数据集上的泛化能力可能受数据量限制,且依赖于特定病理学基础模型的特征提取 | 开发一种从低成本组织学图像预测空间基因表达的高效计算方法 | 空间转录组数据和组织病理学图像 | 数字病理学 | 肿瘤 | 核自适应滤波,Nyström近似 | 核最小均方算法,UNI基础模型 | 图像,基因表达数据 | 多个空间转录组数据集(具体数量未明确说明) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 6611 | 2026-03-10 |
Endothelial-to-mesenchymal transition primes vascular endothelial cells toward an osteochondrogenic fate
2026-Mar, Vascular pharmacology
IF:3.5Q2
DOI:10.1016/j.vph.2025.107579
PMID:41475635
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研究论文 | 本研究探讨了内皮-间充质转化(EndMT)如何促使血管内皮细胞向成骨和成软骨命运转化,从而在动脉粥样硬化中促进血管功能障碍和钙化 | 首次在体外和体内定义了EndMT衍生细胞的寡能性状态,并揭示了其向成骨和成软骨命运的转化,将内皮功能障碍与血管钙化联系起来 | 研究主要基于HUVECs和鼠类模型,可能无法完全反映人类动脉粥样硬化的复杂性 | 探究EndMT在动脉粥样硬化中的作用,特别是EndMT衍生细胞的分化潜力和功能特性 | 人脐静脉内皮细胞(HUVECs)和动脉粥样硬化模型小鼠中的内皮谱系追踪细胞 | 细胞生物学 | 动脉粥样硬化 | 流式细胞术、单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞RNA测序数据、流式细胞术数据 | 未明确样本数量,但涉及HUVECs和鼠类模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6612 | 2026-03-10 |
Targeting IL27RA Enhances Immunotherapy in Triple-Negative Breast Cancer by Modulating Tumor Cells and the Tumor Microenvironment
2026-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202516703
PMID:41486362
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析,发现IL27RA在三阴性乳腺癌恶性上皮细胞中的上调与免疫检查点阻断治疗抵抗相关,并揭示了其通过PI3K/AKT通路抑制MHC-I表达、损害CD8⁺ T细胞功能的机制 | 首次在单细胞水平上揭示了IL27RA在三阴性乳腺癌免疫治疗抵抗中的关键作用,并发现其通过非经典的PI3K/AKT通路而非传统的IL-27/STAT轴调控MHC-I表达 | 研究样本量有限,主要基于非病理完全缓解患者的配对样本;机制研究主要在动物模型中进行,需要进一步临床验证 | 探究三阴性乳腺癌免疫检查点阻断治疗抵抗的分子机制,并寻找新的治疗靶点 | 三阴性乳腺癌患者肿瘤样本、小鼠原位肿瘤模型 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 非病理完全缓解患者的配对治疗前后肿瘤样本,以及3名病理完全缓解患者的独立队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6613 | 2026-03-10 |
CGRP Enhances the Regeneration of Bone Defects by Regulating Bone Marrow Mesenchymal Stem Cells Through Promoting ANGPTL4 Secretion by Bone Blood Vessels
2026-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202522295
PMID:41487103
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研究论文 | 本研究揭示了降钙素基因相关肽(CGRP)通过促进骨血管分泌ANGPTL4来调节骨髓间充质干细胞,从而增强骨缺损再生的机制 | 首次阐明CGRP通过FAK-AKT-VEGF通路促进血管生成,并通过诱导骨血管内皮细胞分泌ANGPTL4驱动骨髓间充质干细胞成骨分化的双重作用机制,为骨再生提供了新的治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验,临床转化效果仍需进一步验证;单细胞RNA测序数据的分析深度和样本量可能有限 | 探究CGRP在骨缺损修复中通过血管介导的成骨作用机制 | 人类临床数据、小鼠骨缺损模型、人微血管内皮细胞系-1、骨髓间充质干细胞 | 单细胞组学 | 骨缺损/骨损伤 | 单细胞RNA测序,批量转录组测序,实验分析 | NA | 转录组数据,实验数据 | 未明确说明具体样本数量,涉及人类临床数据、小鼠模型和细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 6614 | 2026-03-10 |
Targeting the CMKLR1-Mediated Signaling Rebalances Immunometabolism State in Middle-Age Testicular Macrophages
2026-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202515166
PMID:41538650
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了CMKLR1介导的睾丸巨噬细胞免疫代谢重编程在中年男性生殖功能衰退中的作用,并验证了靶向CMKLR1的治疗潜力 | 首次在人和小鼠睾丸中发现保守的CD206MHCII巨噬细胞亚群,并阐明其通过CMKLR1信号通路在中年期向糖酵解和促炎状态代谢重编程的机制,同时开发了新型CMKLR1拮抗剂肽P12C5 | 研究主要聚焦于中年阶段,对更年轻或更年老阶段的免疫代谢变化覆盖不足;新型拮抗剂肽的长期安全性和临床转化潜力需进一步验证 | 探究脂肪介导的信号如何与局部睾丸免疫相互作用,以及如何通过调节免疫代谢状态改善年龄相关的男性性腺功能减退 | 人和小鼠的睾丸组织,特别是其中的巨噬细胞亚群 | 单细胞组学 | 男性性腺功能减退 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 涉及人类和小鼠的睾丸样本,具体数量未在摘要中明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6615 | 2026-03-10 |
The protective up-regulation of metallothionein-2A in intervertebral disc degeneration inhibits nucleus pulposus cell ferroptosis through activation of the PI3K/AKT/mTOR pathway
2026-Feb-25, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-026-02972-9
PMID:41741409
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研究论文 | 本研究揭示了金属硫蛋白-2A(MT2A)在椎间盘退变中通过激活PI3K/AKT/mTOR通路抑制髓核细胞铁死亡,从而发挥保护作用 | 首次发现MT2A在椎间盘退变中保护性上调,并阐明其通过激活PI3K/AKT/mTOR通路抑制髓核细胞铁死亡的具体分子机制 | 研究主要基于细胞和动物模型,尚未在人体中进行验证;铁死亡在椎间盘退变中的具体作用机制仍需进一步探索 | 阐明MT2A如何抑制椎间盘退变的进展 | 椎间盘退变、髓核细胞 | 分子生物学与细胞生物学 | 椎间盘退变 | 单细胞测序分析、细胞培养、动物模型 | NA | 测序数据、细胞表型数据、动物影像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6616 | 2026-03-10 |
Advances in spatial omics for the analysis of prostate cancer
2026-Feb-21, Analytical and bioanalytical chemistry
IF:3.8Q1
DOI:10.1007/s00216-026-06396-3
PMID:41723338
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综述 | 本文综述了空间组学技术在分析前列腺癌中的应用进展 | 整合了高维分子分析与保留的组织结构,揭示了前列腺癌进展中的关键特征,如基质重塑、免疫逃逸、脂质代谢重编程和治疗耐药性生态位 | NA | 探讨空间组学技术在前列腺癌研究中的最新进展、整合应用及临床转化挑战 | 前列腺癌 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 空间转录组学、空间蛋白质组学、空间表观基因组学、空间代谢组学 | NA | 空间分子数据 | NA | NA | 单细胞空间组学 | NA | NA |
| 6617 | 2026-03-10 |
A Multimodal Single-Cell Epigenomic and 3D Genome Atlas of the Human Basal Ganglia
2026-Feb-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.02.12.705594
PMID:41726865
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研究论文 | 本文构建了人类基底节的多模态单细胞表观基因组和3D基因组图谱,揭示了细胞类型和区域特异性的表观遗传差异 | 首次创建了人类基底节的多模态单细胞表观基因组和3D基因组图谱,整合了DNA甲基化、3D染色质构象、空间转录组学等多组学数据 | NA | 构建人类基底节的综合表观基因组图谱,以解析其细胞类型特异性的表观遗传调控机制 | 人类基底节的主要亚区和细胞类型 | 表观基因组学 | 神经精神疾病 | 多组学测序(snm3C-seq)、MERFISH空间转录组学 | NA | 单细胞多组学数据、空间转录组数据 | 197,003个细胞核(来自八个基底节亚区),整合后总计261,331个细胞 | NA | 单细胞多组学测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 6618 | 2026-03-10 |
Genome-wide single-cell perturbation screens with VIPerturb-seq
2026-Feb-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.02.12.705613
PMID:41726924
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研究论文 | 本文介绍了一种名为VIPerturb-seq的新平台,旨在通过基于探针的检测工作流程,促进全基因组范围的Perturb-seq实验,以应对成本和高通量挑战 | VIPerturb-seq平台引入了分裂探针策略,用于在固定细胞中检测全基因组CRISPR文库,支持在单细胞分析前对重要扰动进行表型富集,并与组合索引工作流程兼容,将Perturb-seq通量提高50倍 | NA | 开发一个平台,以促进常规的全基因组Perturb-seq实验,解决现有方法在成本和通量方面的限制 | 全基因组CRISPRi文库(GuEST-List)以及相关的单细胞扰动筛选 | 单细胞测序技术 | NA | CRISPR-based screening, single-cell sequencing, probe-based detection, combinatorial indexing | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | Perturb-seq, single-cell RNA-seq | VIPerturb-seq | 基于探针的检测工作流程,支持全基因组CRISPR文库检测和表型富集 |
| 6619 | 2026-03-10 |
Parameter-free representations outperform single-cell foundation models on downstream benchmarks
2026-Feb-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.02.11.705358
PMID:41727141
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研究论文 | 本文比较了基于参数化表示的单细胞基础模型与简单线性方法在下游任务中的性能 | 研究发现,无需复杂深度学习表示,通过简单、可解释的线性方法即可在多个基准测试中达到或接近最先进性能,甚至在涉及新细胞类型和生物体的分布外任务中超越基础模型 | 未明确提及具体局限性,但暗示需要更严格的基准测试来评估模型 | 评估单细胞RNA测序数据表示方法的性能,特别是比较基础模型与简单线性方法在下游任务中的表现 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | Transformer, 线性方法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6620 | 2026-02-06 |
Analysis of microarray and single-cell RNA-seq finds gene co-expression, cell-cell communication, and tumor environment associated with cytoskeleton protein in epithelial-mesenchymal transition in ovarian cancer
2026-Feb-04, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04580-6
PMID:41639334
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |